The GATO gene annotation tool for research laboratories

Large-scale genome projects have generated a rapidly increasing number of DNA sequences. Therefore, development of computational methods to rapidly analyze these sequences is essential for progress in genomic research. Here we present an automatic annotation system for preliminary analysis of DNA sequences. The gene annotation tool (GATO) is a Bioinformatics pipeline designed to facilitate routine functional annotation and easy access to annotated genes. It was designed in view of the frequent need of genomic researchers to access data pertaining to a common set of genes. In the GATO system, annotation is generated by querying some of the Web-accessible resources and the information is stored in a local database, which keeps a record of all previous annotation results. GATO may be accessed from everywhere through the internet or may be run locally if a large number of sequences are going to be annotated. It is implemented in PHP and Perl and may be run on any suitable Web server. Usually, installation and application of annotation systems require experience and are time consuming, but GATO is simple and practical, allowing anyone with basic skills in informatics to access it without any special training. GATO can be downloaded at [http://mariwork.iq.usp.br/gato/]. Minimum computer free space required is 2 MB.

Polymorphism of the promoter region and exon 1 of the CTLA4 gene in endemic pemphigus foliaceus (fogo selvagem)

Endemic pemphigus foliaceus (EPF) is an autoimmune bullous skin disease characterized by acantholysis and antibodies against a desmosomal protein, desmoglein 1. Genetic and environmental factors contribute to development of this multifactorial disease. HLA class II and some cytokine gene polymorphisms are the only genetic markers thus far known to be associated with susceptibility to or protection from EPF. The cytotoxic T-lymphocyte antigen-4 gene (CTLA4) encodes a key immunoreceptor molecule that regulates and inhibits T-cell proliferation. It participates in the regulatory process controlling autoreactivity and therefore has been considered a strong candidate gene in autoimmune diseases. In the search for genes that might influence EPF pathogenesis, we analyzed variants of the CTLA4 gene in a sample of 118 patients and 291 controls from a Brazilian population. This is the first study investigating the possible role of polymorphisms of the 2q33 chromosomal region in differential susceptibility to pemphigus foliaceus. Promoter region and exon 1 single nucleotide polymorphisms -318 (C,T) and 49 (A,G) were genotyped using sequence-specific oligonucleotide probes after amplification by the polymerase chain reaction. The allelic and genotypic frequencies did not differ significantly between the patient and the control groups (-318T: 9.8 and 10.9%, 49G: 33.0 and 35.2% were the allelic frequencies in patients and controls, respectively). In addition, no significant difference was found when the patient and control population samples were stratified by the presence of HLA-DRB1 alleles. We conclude that the CTLA4 -318 (C,T) and 49 (A,G) polymorphisms do not play a major role in EPF development.

Adesão de linhagem selvagem de Streptococcus thermophilus em superfície de aço inoxidável e efeitos da higienização na sua remoção

Linhagem selvagem de Streptococcus thermophilus isolada de leite pasteurizado foi avaliada em modelo experimental quanto a adesão em superfície de aço inoxidável e comportamento frente à limpeza e sanificação. Em leite, a adesão do microrganismo em aço inoxidável foi estudada em 6h de contato a 45°C sob agitação e uma higienização com detergentes alcalino e ácido seguida de sanificação foi utilizada para avaliação do comportamento das células aderidas frente à higienização. Esse microrganismo aderiu a essa superfície produzindo uma carga de 10(4)UFC/cm². Após a limpeza alcalina não foram detectadas células aderidas; em seguida a limpeza ácida 6 UFC/cm² ainda foram detectadas. A sanificação com hipoclorito de sódio, após a limpeza, foi suficiente para reduzir a carga de S. thermophilus selvagem aderida ao aço inoxidável. O modelo experimental mostrou-se adequado para o estudo, indicando que a cultura selvagem de Streptococcus thermophilus é produtora de biofilme em superfície de aço inoxidável. A limpeza da superfície de aço inoxidável por detergência alcalina remove mais que 99,9% das células aderidas. Pequenos números de células remanescentes são removidos na detergência ácida o que demonstra a necessidade das diferentes etapas e tipos de detergentes para a eficiência da limpeza. Melhores resultados na remoção desse biofilme são alcançadas com detergência alcalina seguida de detergência ácida e mais eficientemente quando se utiliza uma sanificação complementar com hipoclorito de sódio.

Análise histopatológica de produtos de adenotonsilectomia de janeiro de 2001 a maio de 2003

As tonsilas palatinas e faríngeas são agregados encapsulados incompletos de nódulos linfóides em contato direto com o epitélio de revestimento do trato aerodigestivo. TIPO DE ESTUDO: Estudo retrospectivo baseado na revisão de prontuários dos pacientes submetidos a adenotonsilectomias no Hospital de Clínicas da Faculdade de Medicina de Marília durante o período de janeiro de 2001 a maio de 2003. OBJETIVO: Relatar o perfil dos pacientes e as principais alterações histopatológicas em 250 pacientes com hipertrofia de tonsilas palatinas e faríngea, infecções de repetição ou ambos. MATERIAL E MÉTODOS: Análise histopatológica de 250 pacientes submetidos a adenotonsilectomia ou tonsilectomia entre adultos e crianças. RESULTADOS: Dos 250 pacientes, 117 (46,8%) são do sexo feminino e 133 (53,2%) masculino. A idade média foi de 7,3 anos e variou de 2 a 34 anos. A principal indicação cirúrgica foi a concomitância de infecções de repetição e hipertrofia de tonsilas palatinas e faríngea, sendo que em 160 (64%) foram classificadas em 3+/4+. Em 205 (82%) pacientes foi encontrada hiperplasia linfóide ou linfóide folicular. 45 (18%) também apresentaram inflamação aguda supurativa focal. Dentre estes, 2 pacientes tiveram cistos de inclusão epidermóide, outros 2 com colônias de Actinomyces sp e 1 paciente com lesão compatível com Doença da Arranhadura de Gato. DISCUSSÃO: Os dados apresentados neste trabalho nos mostram uma possível relação das tonsilites de repetição com as hipertrofias tonsilas palatinas e faríngea. CONCLUSÃO: O exame anatomopatológico de rotina das tonsilectomias apresenta uma relação custo/benefício negativa, no entanto, por problemas de ordem legal, ético, fica o médico sujeito à solicitação desse exame.

Simetria e entropia: sobre a noção de estrutura de Lévi-Strauss

Em um artigo famoso mas pouco compreendido, Lévi-Strauss define as noções de estrutura e de modelos, e afirma a importância dessas noções para as Ciências Sociais. Encontramos ali as noções de "grupo", de "estrutura topológica" e de "estrutura de ordem", a distinção entre "modelos mecânicos" e a de "modelos estatísticos", e uma classificação das Ciências Sociais (a História, a Sociologia, a Etnografia e a Etnologia) a partir dessas noções . Trata-se de "cientificismo" depois abandonado? Não, porque o uso dessas noções não somente permanece em sua obra posterior, como elas envolvem algumas das idéias mais básicas de Lévi-Strauss sobre as sociedades e seu movimento histórico. É verdade que Lévi-Strauss utiliza metaforicamente essas noções, de maneira que não adianta buscar nos seus textos as definições científicas para eles. Em vez disso, guiado por um esforço consciente de combinar sempre sensibilidade e razão, desrespeitando a moderna separação entre "ciências do espírito" e "ciências da natureza", Lévi-Strauss expressou alguns de seus temas centrais. Um deles é a importância das simetrias como propriedades comuns à natureza e à mente humana. O segundo é a visão da história como perda de simetrias. Esses temas encontram-se entremeados em suas análises de mitos e de parentesco, mas também no domínio da arte, na música e na pintura. Curiosamente, os projetos formulados por Lévi-Strauss no seu artigo sobre "A noção de estrutura em Antropologia", bem como no "Pensamento selvagem" e outros trabalhos no mesmo espírito, embora sejam vistos por muitos como ultrapassados, encontram-se em pleno vigor fora do mainstream da Antropologia, em disciplinas como a Neurociência, a Etnociência e a Teoria de sistemas auto-organizativos.

O Brasil de Montaigne

Este artigo propõe uma nova leitura dos célebres ensaios dedicados por Montaigne à América e a seus povos, inicialmente à luz da forma retórica da declamação, neles adotada. A comparação entre os Ensaios "americanos" permite ainda evidenciar o lugar privilegiado do Brasil, e de seus Canibais, na reflexão de Montaigne acerca do Novo Mundo, e a composição de uma imagem de todos os seus povos como ao mesmo tempo conformada ao modelo edênico dos Tupinambá e elevada à dignidade dos grandes homens da Antiguidade - "tupinambizada" e "romanizada".

Hábitos alimentares, infecção natural e distribuição de triotomíneos domiciliados na região nordeste do Brasil

São apresentadas as informações obtidas no inquérito triatomíneo levado a efeito na região nordeste do Brasil. As características biogeográficas incluem a presença de áreas semi-áridas da caatinga e amplas faixas transicionais com outras feições paisagísticas. Entre estas foram incluídas as da floresta tropical atlântica e as inclusões florestadas mais extensas. No período de 1975 a 1980 foram examinados 15.342 triotomíneos coletados no ambiente domiciliar, visando detectar as presenças de sangue ingerido e de infecção natural por Trypanosoma tipo cruzi. O conteúdo intestinal foi submetido a reações com antisoros para homem, cão, gato, roedor (Kattus), marsupial (Didelphis) e ave (Gallus). Por ordem de freqüência, as espécies encontradas foram Triatoma pseudomaculada (40,6%), Panstrongylus megistus (19,7%), Triatoma brasiliensis e T. sordida (ambos com 14,3%), Rhodnius nasutus (6,1%) e Triatoma infestans (1,1%); além de em algumas outras raras. A presença de sangue foi detectada em 42,4% e a infecção em 3,4% desse total de espécimens examinados. Observou-se elevada mobilidade alimentar, com coeficientes gerais de 54,8% para ave e 30,0% para homem. Em nível específico pôde determinar apreciável grau de antropofilia em P. megistus e, em menor intensidade, em T. brasiliensis. Por sua vez, T. infestans mostrou-se altamente antropófilo. Observou-se apreciável ornitofilia em T. pseudomaculata e T. sordida, com elevada intensidade em R. nasutus. Por outro lado, a presença de sangue humano em espécimens capturados no peridomicílio indicou a ocorrência de freqüente mobilidade espacial, com exceção de T. infestans que não mostrou evidências de abandonar o domicílio. A tendência à domiciliação, além desta, revelou-se apreciável em P. megistus, moderada em T. brasiliensi, T. pseudomaculata, T. sordida e praticamente nula em R. nasutus. A distribuição geográfica confirmou o caráter autóctone de T. brasiliensis, T. pseudomaculata e R. nasutus em relação à caatinga, e do P. megistus em relação às regiões florestais atlânticas e de inclusão. Este último revelou caráter invasivo no que concerne à caatinga, enquanto T. infestans e T. sordida mostraram o mesmo aspecto quanto à região nordeste como um todo. Os resultados permitem concluir que, na transmissão regional epidemiologicamente significante da tripanossomíase americana, desempenha papel relevante o P. megistus, em primeiro lugar, e o T. brasiliensis, em segundo. Dependendo de fatores vários, provavelmente da densidade, poderão atuar secundariamente nesse sentido o T. pseudomaculata e o T. sordida. Quanto à T. infestans, a sua presença, em número reduzido, representa, no momento, risco apenas potencial. O controle rotineiro, mediante a desinsetização domiciliar, deverá fornecer bons resultados no que concerne à interrupção da transmissão. Todavia a reinfestação, pelo menos do peridomicílio, deverá provavelmente continuar. E isso em virtude de focos extradomiciliares que fornecem espécimens com tendência à colonização no ambiente humano. É de se prever que ela se fará a custa do P. megistus nas áreas florestais atlânticas e de inclusão e de T. brasiliensis, T. pseudomaculata e R. nasutus nas áreas da caatinga. A vigilância epidemiológica deverá pois levar em conta esses aspectos e tender a aumentar sua eficiência pela continuidade das pesquisas.

Infestação por ancilostomídeos e toxocarídeos em cães e gatos apreendidos em vias públicas, São Paulo (Brasil)

Foram examinadas fezes, coletadas após o sacrifício, de 9.150 cães e 674 gatos, capturados nas vias públicas do Município de São Paulo, SP (Brasil), visando o encontro de ovos e parásitos das famílias Ancylostomidae e Ascaridae. A coleta do material ocorreu durante os anos de 1980-1985. As seguintes taxas de infestação foram observadas: 59,83% dos cães e 22,26% dos gatos estiveram positivos para ovos de Ancylostoma sp., enquanto que 11,70% dos cães e 17,65% dos gatos apresentaram ovos de Toxocara sp.

Surtos interespecíficos de dermatomicoses por Microsporum canis e Microsporum gypseum

As dermatomicoses dos animais domésticos constituem zoonoses importantes, urna vez que estes mantêm estreito contato com a espécie humana, dada a alta infectividade observada nesses processos. Relata-se a ocorrência de sete surtos de dermatomicoses, um por M. gypseum envolvendo um gato e um indivíduo do sexo feminino e os outros por M. canis envolvendo 20 indivíduos da espécie humana (adultos, jovens e crianças de ambos os sexos), 5 cães, 16 gatos e um macaco gibão (Hylobates lar).

Ecología urbana de Triatoma infestans en Argentina: asociación entre Triatoma infestans y palomares

Estudio se realizó en una área urbana de la Capital de la Provincia de San Juan, Argentina, en un barrio de 768 apartamentos distribuidos en edificios de 3 y 7 pisos que rodean una bodega central abandonada. Se capturaron 329 ejemplares de Triatoma infestans, 293 en 4 terrazas de torres de 7 pisos y 36 en el interior de la bodega, associados con numerosas palomas que colomizaban estos sitios. Los insectos se refugiaban en el guano acumulado entre bloques de cemento que cubren las terrazas y en la bodega dentro de toneles en desuso. Se identificaron dos focos principales de vectores associados con densos palomares: un 81,5% del total de triatomas colectados se halló en una de las torres y un 11% en la bodega. A los 6 meses del tratamiento insecticida, resultaron positivas terrazas en las que previamente no se habia capturado T. infestans. El perfil alimentario de los triatomas muestra un predominio de ingestas simples sobre ave; en los edificios y en la bodega el 95% de los T. infestans analizados se alimentó sólo de ave; el resto fueron ingestas simples o dobles sobre humano, perro o gato. Ningún T. infestans presentó infección con Trypanosoma cruzi.

Estimativa de populações canina e felina domiciliadas em zona urbana do Estado de São Paulo

OBJETIVO: Dada a importância do conhecimento acerca da população de cães e gatos domiciliados para o adequado planejamento e avaliação das ações de controle da raiva em áreas urbanas, propõe-se a utilização de um valor preciso de estimativa dessas populações com base em indicadores populacionais humanos. MÉTODOS: Foi calculada a razão entre as populações humana e animal (canina e felina) por meio de inspeções domiciliares, no Município de Taboão da Serra, SP. O município foi dividido em duas áreas homogêneas distintas socioeconomicamente, de acordo com o algoritmo da média k, de modo a permitir a comparação das razões homem:animal (cão e gato) das áreas homogêneas. RESULTADOS: A razão entre a população humana e a população canina foi 5,14 e a entre a humana e a felina foi 30,57. Não foi observada diferença significativa ao comparar-se as razões entre as populações humana e animal das áreas homogêneas. CONCLUSÕES: A adoção de uma metodologia de estimativa populacional canina e felina domiciliada, baseada em indicadores populacionais humanos, é a mais indicada e facilmente exeqüível quando comparada ao censo canino.

Fontes alimentares de Triatoma pseudomaculata no Estado do Ceará, Brasil

OBJETIVO: Triatoma pseudomaculata, espécie peridomiciliar, é encontrada apresentando baixa taxa de infecção por Trypanosoma cruzi. Com o objetivo de identificar os possíveis reservatórios de T. cruzi, investigou-se a ocorrência desse triatomíneo no domicílio, bem como suas fontes alimentares. MÉTODOS: De janeiro de 2001 a julho de 2002 foram capturados 921 espécimes de T. pseudomaculata em 13 municípios do sul do Estado do Ceará. O conteúdo intestinal dos triatomíneos foi retirado, espalhado em disco de papel de filtro e analisado por precipitina para os seguintes anti-soros: ave, roedor, cão, gambá, lagarto, boi/cabra, gato, porco, barata e humano. A investigação da presença de T. cruzi foi feita observando-se parte do conteúdo intestinal dos insetos a fresco, entre lâmina e lamínula, e pela sua semeadura em meio de cultura. RESULTADOS: Do total examinado, 184 (90,6%) foram positivos para os anti-soros testados: ave (62,5%)> roedor (33,7%)> cão (20,1%)> gambá (9,8%)> lagarto (5%)> boi-cabra (5%)> gato (2,7%)> porco (2,2%)> barata (2,2%)> humano (1,6%). As alimentações variaram de zero (não reagiram) a quatro da seguinte forma: não reagiram (9,4%), uma (57,1%), duas (26%), três (7%) ou quatro (0,5%). Das fontes alimentares identificadas apenas três espécimes (1,6%) foram positivos para T. cruzi. CONCLUSÕES: A baixa incidência de sangue humano mostra que T. pseudomaculata está bem adaptado ao peridomicílio. Porém, a vigilância epidemiológica na região sul do Estado do Ceará se faz necessária tendo em vista a proximidade da espécie ao domicílio.

Dimensionamento da população de cães e gatos do interior do Estado de São Paulo

OBJETIVO: Estimar a população total de cães e a de gatos com proprietário, visando ao melhor planejamento das ações de controle das doenças que envolvam esses animais. MÉTODOS: O estudo foi realizado no interior do Estado de São Paulo, no período de maio a dezembro de 2002. Foram pesquisados 41 municípios e 100 setores censitários, sorteados por amostragem probabilística, estratificada, por conglomerados em dois estágios. Os estratos foram formados agrupando-se os municípios segundo tamanho da população e condições de vida. Para obter os dados da população canina, foi utilizada a Técnica Pasteur São Paulo, desenvolvida para estimar e classificar os cães segundo graus de dependência e restrição. RESULTADOS: Foram visitados 20.958 domicílios e em 52,6% deles o morador possuía cão. A média de cães por domicílio foi de 1,6. Em relação aos gatos, foram encontrados 4.624 deles, concentrados em 12,6% dos domicílios. Os resultados obtidos apontam para a relação cão/habitante de 1:4,0 e de gato/habitante de 1:16,4. CONCLUSÕES: As razões animal/habitante observadas foram bem mais elevadas do que o esperado. Ao serem incorporadas na avaliação da campanha de vacinação contra raiva canina, evidenciaram padrões mais reais de cobertura, levando à rediscussão das metas de vacinação dos municípios. Foi constatada a existência de associação entre o tamanho do município ou condições de vida da população e o nível de restrição dos cães.

Uso de sistemas de informação geográfica em campanhas de vacinação contra a raiva

OBJETIVO: Desenvolver método para planejamento e avaliação de campanhas de vacinação contra a raiva animal. MÉTODOS: O desenvolvimento da metodologia baseou-se em sistemas de informação geográfica para estimar a população e a densidade animal (canina e felina) por setores censitários e subprefeituras do município de São Paulo, em 2002. O número de postos de vacinação foi estimado para atingir uma dada cobertura vacinal. Foram utilizadas uma base de dados censitários para a população humana, e estimativas para razões cão:habitante e gato:habitante. RESULTADOS: Os números estimados foram de 1.490.500 cães e 226.954 gatos em São Paulo, uma densidade populacional de 1.138,14 animais domiciliados por km². Foram vacinados, na campanha de 2002, 926.462 animais, garantindo uma cobertura vacinal de 54%. O número total estimado de postos no município para atingir uma cobertura vacinal de 70%, vacinando em média 700 animais por posto foi de 1.729. Estas estimativas foram apresentadas em mapas de densidade animal, segundo setores censitários e subprefeituras. CONCLUSÕES: A metodologia desenvolvida pode ser aplicada de forma sistemática no planejamento e no acompanhamento das campanhas de vacinação contra a raiva, permitindo que sejam identificadas áreas de cobertura vacinal crítica.