Lack of Correlation between Seminal and Plasma HIV-1 Viral Loads is Associated with CD4T Cell Depletion in Therapy-naïve HIV-1+ Patients

The present study was conducted to investigate a possible correlation between plasma (PVL) and seminal viral load (SVL) on treatment-naïve HIV-1-infected patients in Vitória, ES, Brazil. We also evaluated whether the progressive immunosuppression associated with HIV disease (as evidenced by declining CD4 T cell counts) has any impact on the correlation between PVL and SVL HIV-1. Viral load on paired blood and semen samples from 56 consecutive treatment-naïve patients were evaluated and compared to CD4 cell counts. Viral load and T cell counts (cells/µl) were determined by NASBA and by flow cytometry, respectively. Overall, a strong positive correlation between PVL and SVL (rho = 0.438, p = 0.001) was observed. However, when patients were grouped according to their CD4 counts, this correlation was only significant among patients with CD4 counts > 200 cells/µl. Results presented here demonstrate the existence of a strong correlation between PVL and SVL on patients with CD4 cell counts > 200 cells/µl, suggesting that this association may correlate with disease progression.

Search for Borrelia sp. in ticks collected from potential reservoirs in an urban forest reserve in the State of Mato Grosso do Sul, Brazil: a short report

A total of 128 ticks of the genus Amblyomma were recovered from 5 marsupials (Didelphis albiventris) - with 4 recaptures - and 17 rodents (16 Bolomys lasiurus and 1 Rattus norvegicus) captured in an urban forest reserve in Campo Grande, State of Mato Grosso do Sul, Brazil. Of the ticks collected, 95 (78.9%) were in larval form and 22 (21.1%) were nymphs; the only adult (0.8%) was identified as A. cajennense. Viewed under dark-field microscopy in the fourth month after seeding, 9 cultures prepared from spleens and livers of the rodents, blood of the marsupials, and macerates of Amblyomma sp. nymphs revealed spiral-shaped, spirochete-like structures resembling those of Borrelia sp. Some of them showed little motility, while others were non-motile. No such structures could be found either in positive Giemsa-stained culture smears or under electron microscopy. No PCR amplification of DNA from those cultures could be obtained by employing Leptospira sp., B. burgdorferi, and Borrelia sp. primers. These aspects suggest that the spirochete-like structures found in this study do not fit into the genera Borrelia or Leptospira, requiring instead to be isolated for proper identification.

Screening of Amazonian plants from the Adolpho Ducke forest reserve, Manaus, state of Amazonas, Brazil, for antimicrobial activity

Tropical forests are species-rich reserves for the discovery and development of antimicrobial drugs. The aim of this work is to investigate the in vitro antimicrobial potential of Amazon plants found within the National Institute on Amazon Research's Adolpho Ducke forest reserve, located in Manaus, state of Amazonas, Brazil. 75 methanol, chloroform and water extracts representing 12 plant species were tested for antimicrobial activity towards strains of Mycobacterium smegmatis, Escherichia coli, Streptococcus sanguis, Streptococcus oralis, Staphylococcus aureus and Candida albicans using the gel-diffusion method. Active extracts were further evaluated to establish minimum inhibitory concentrations (MIC) and antimicrobial profiles using bioautography on normal-phase thin-layer chromatography plates. Diclinanona calycina presented extracts with good antimicrobial activity and S. oralis and M. smegmatis were the most sensitive bacteria. D. calycina and Lacmellea gracilis presented extracts with the lowest MIC (48.8 µg/ml). D. calycina methanol and chloroform leaf extracts presented the best overall antimicrobial activity. All test organisms were sensitive to D. calycina branch chloroform extract in the bioautography assay. This is the first evaluation of the biological activity of these plant species and significant in vitro antimicrobial activity was detected in extracts and components from two species, D. calycina and L. gracilis.

New classification of natural breeding habitats for Neotropical anophelines in the Yanomami Indian Reserve, Amazon Region, Brazil and a new larval sampling methodology

Here we present the first in a series of articles about the ecology of immature stages of anophelines in the Brazilian Yanomami area. We propose a new larval habitat classification and a new larval sampling methodology. We also report some preliminary results illustrating the applicability of the methodology based on data collected in the Brazilian Amazon rainforest in a longitudinal study of two remote Yanomami communities, Parafuri and Toototobi. In these areas, we mapped and classified 112 natural breeding habitats located in low-order river systems based on their association with river flood pulses, seasonality and exposure to sun. Our classification rendered seven types of larval habitats: lakes associated with the river, which are subdivided into oxbow lakes and nonoxbow lakes, flooded areas associated with the river, flooded areas not associated with the river, rainfall pools, small forest streams, medium forest streams and rivers. The methodology for larval sampling was based on the accurate quantification of the effective breeding area, taking into account the area of the perimeter and subtypes of microenvironments present per larval habitat type using a laser range finder and a small portable inflatable boat. The new classification and new sampling methodology proposed herein may be useful in vector control programs.

Biomass estimation of Triplectides egleri Sattler (Trichoptera, Leptoceridae) in a stream at Ducke Reserve, Central Amazonia

ABSTRACT Biomass is a fundamental measure for understanding the structure and functioning (e.g. fluxes of energy and nutrients in the food chain) of aquatic ecosystems. We aim to provide predictive models to estimate the biomass of Triplectides egleri Sattler, 1963, in a stream in Central Amazonia, based on body and case dimensions. We used body length, head-capsule width, interocular distance and case length and width to derive biomass estimations. Linear, exponential and power regression models were used to assess the relationship between biomass and body or case dimensions. All regression models used in the biomass estimation of T. egleri were significant. The best fit between biomass and body or case dimensions was obtained using the power model, followed by the exponential and linear models. Body length provided the best estimate of biomass. However, the dimensions of sclerotized structures (interocular distance and head-capsule width) also provided good biomass predictions, and may be useful in estimating biomass of preserved and/or damaged material. Case width was the dimension of the case that provided the best estimate of biomass. Despite the low relation, case width may be useful in studies that require low stress on individuals.

Use of legal reserve areas as geochemical background in hydrosedimentology studies¹

In hydrosedimentology studies the determination of the trace element concentrations at the study site is imperative, since this background can be used to assess the enrichment of sediments with these elements. This enrichment can be the result of the natural process of geological formation or of anthropogenic activities. In the latter case, guidelines are used to indicate the concentrations at which trace elements cause ecotoxicity effects on the environment. Thus, this study used legal reserve areas in the municipality of Toledo, PR, where natural forests are maintained, with no or minimal human interference to establish background levels. The results of atomic emission spectrometry with inductively coupled argon plasma showed that the legal reserves have lower levels of trace elements than other theoretical references, but equivalent concentrations to the safety levels recommended by international guidelines. It was concluded that determining values is fundamental to recommend this background as scientific database for research in the area of hydrosedimentology of this site and also as a way of environmental management of the watershed of this municipality.

Eficiência de índices fenotípicos de comprimento de raiz seminal na avaliação de plantas individuais de milho quanto à tolerância ao alumínio

O objetivo deste trabalho foi testar a eficiência do comprimento relativo de raiz seminal (CRRS) e do comprimento líquido de raiz seminal (CLRS) como indicadores fenotípicos quanto à tolerância ao alumínio na avaliação de plantas individuais de milho. Plântulas de genótipos tolerantes e suscetíveis ao Al foram submetidas a solução nutritiva contendo nível tóxico deste elemento, por um período de sete dias, após o qual, determinaram-se os valores de CRRS e CLRS. Os resultados obtidos quando se utilizaram valores médios para CRRS e CLRS mostraram que ambos os índices foram capazes de discriminar com eficiência os materiais tolerantes dos suscetíveis. Entretanto, quando foram utilizados os valores de CRRS e CLRS obtidos a partir de plantas individuais, observou-se a existência de plantas tolerantes com valores típicos de plantas suscetíveis, o que indica que a avaliação fenotípica de plantas individuais pelos dois índices está sujeita a erros significativos, principalmente na caracterização de plantas suscetíveis. Portanto, em estudos para mapeamento de "quantitative trait loci" (QTLs) ligados à tolerância ao Al, nos quais utilizam-se estes índices fenotípicos, o mais apropriado é avaliar famílias F3, onde é possível obter valores médios para CRRS e CLRS e utilizar estas médias para representar os valores fenotípicos das respectivas plantas F2.

Germinação de sementes de jenipapo: temperatura, substrato e morfologia do desenvolvimento pós-seminal

O presente trabalho teve como objetivos definir o tipo de substrato e a temperatura mais adequados à germinação de sementes de jenipapo (Genipa americana L.), conhecer a morfologia das sementes e seu desenvolvimento pós-seminal, caracterizando as plântulas normais, o tipo de germinação e os padrões de anormalidade. Para tanto, realizou-se um experimento colocando-se as sementes sobre os seguintes substratos: papel, vermiculita e solo, nas temperaturas constantes de 20°C, 25°C, 30°C, e 35°C e alternada de 20°C-30°C. O delineamento estatístico empregado foi o inteiramente casualizado (5 x 3), com quatro repetições de 50 sementes. Foram analisados os parâmetros germinação normal (%) e velocidade de germinação. Os melhores resultados foram obtidos nas temperaturas constantes de 25°C, 30°C e 35°C, e nos substratos vermiculita e solo.

Abundance and diversity of soil mites of fragmented habitats in a biosphere reserve in Southern Nigeria

Soil samples were collected from the top 7.5 cm of soil in a Strict Natural Reserve (SNR), a surrounding buffer zone, a cassava farm and matured plantations of Gmelina, teak, and pine, so as to determine if plantation establishment and intensive cultivation affect the density and diversity of soil mites. Altogether, 41 taxonomic groups of mites were identified. The diversity and densities of mites in within the SNR, the buffer zone and the Gmelina were more than the diversity and densities in the cassava farm, teak and pine plantations. Each plantation had its own unique community structure which was different from the community structure in the SNR plot. The SNR plot and Gmelina were dominated by detritivorous cryptostigmatid mites unlike teak and pine which were dominated by predatory mesostigmatid and prostigmatid mites respectively. Low cryptostigmatid mite densities in the plantations and cassava farm were seen as a consequence of low fertility status of the soil, the evidence of which was revealed by soil pH and organic matter data.

Substrato, temperatura de germinação e desenvolvimento pós-seminal de sementes de Dalbergia nigra

O objetivo deste trabalho foi definir o tipo de substrato e a temperatura mais adequada à germinação de sementes de Dalbergia nigra (Vell.) Fr. All. Ex Benth (jacarandá-da-bahia), e conhecer a morfologia de seu desenvolvimento pós-seminal e caracterizar as plântulas normais, o tipo de germinação e os padrões de anormalidade. As sementes foram semeadas nos substratos sobre papel, rolo de papel e sobre vermiculita, nas temperaturas constantes de 20, 25, 30 e 35°C e alternadas de 20-30°C e 20-35°C. O delineamento estatístico empregado foi o inteiramente casualizado (6x3), com quatro repetições de 50 sementes. Foram analisados os seguintes parâmetros: porcentagem de germinação normal (plântulas normais) e velocidade de emergência de plântulas. Os melhores resultados foram verificados nas temperaturas de 25°C e 20-30°C, nos substratos sobre vermiculita e rolo de papel. Plântulas normais foram caracterizadas como faneroepígeas em relação ao tipo de germinação.

Ant species distribution along a topographic gradient in a "terra-firme" forest reserve in Central Amazonia

In Amazonia, topographical variations in soil and forest structure within "terra-firme" ecosystems are important factors correlated with terrestrial invertebrates' distribution. The objective of this work was to assess the effects of soil clay content and slope on ant species distribution over a 25 km² grid covering the natural topographic continuum. Using three complementary sampling methods (sardine baits, pitfall traps and litter samples extracted in Winkler sacks), 300 subsamples of each method were taken in 30 plots distributed over a wet tropical forest in the Ducke Reserve (Manaus, AM, Brazil). An amount of 26,814 individuals from 11 subfamilies, 54 genera, 85 species and 152 morphospecies was recorded (Pheidole represented 37% of all morphospecies). The genus Eurhopalothrix was registered for the first time for the reserve. Species number was not correlated with slope or clay content, except for the species sampled from litter. However, the Principal Coordinate Analysis indicated that the main pattern of species composition from pitfall and litter samples was related to clay content. Almost half of the species were found only in valleys or only on plateaus, which suggests that most of them are habitat specialists. In Central Amazonia, soil texture is usually correlated with vegetation structure and moisture content, creating different microhabitats, which probably account for the observed differences in ant community structure.

Caracterização morfológica de frutos e sementes e desenvolvimento pós-seminal de Tamarindus indica L. - Leguminosae: caesalpinioideae

O tamarindeiro (Tamarindus indica L.) pertence à família Leguminosae e é uma árvore frutífera, nativa da África tropical, de onde se dispersou por todas as regiões tropicais do mundo. A caracterização morfológica de frutos e sementes é importante para identificação das espécies, bem como serve de base para estudos que visem a maiores conhecimentos ligados à germinação e vigor. Este trabalho teve por objetivo descrever a morfologia de frutos, sementes e plântulas, bem como caracterizar o processo germinativo de Tamarindus indica L. Para o estudo do fruto, foram observados tipo, cor, dimensões, textura e consistência do pericarpo e deiscência e número de sementes por fruto. Os aspectos observados nas sementes foram: cor, dimensões, textura e consistência dos tegumentos; e forma, borda, posição do hilo e de outras estruturas presentes e características do embrião. O estádio de plântula foi considerado quando os protófilos já estavam totalmente formados. Os elementos vegetativos descritos e ilustrados foram radícula, coleto, hipocótilo, cotilédones, epicótilo, protófilos e caule. O fruto de Tamarindus indica é um legume indeiscente medindo aproximadamente 7,3 a 9,2 cm e contendo de 1 a 11 sementes. O eixo embrionário encontra-se inserido nos cotilédones, sendo axial e invaginado. A germinação da semente é do tipo epígea. A plântula apresenta protófilos compostos de seis a nove pares de folíolos pequenos opostos e glabros.

Using aster multispectral imagery for mapping woody invasive species in pico da vara natural reserve (Azores Islands, Portugal)

This paper aims to assess the effectiveness of ASTER imagery to support the mapping of Pittosporum undulatum, an invasive woody species, in Pico da Vara Natural Reserve (S. Miguel Island, Archipelago of the Azores, Portugal). This assessment was done by applying K-Nearest Neighbor (KNN), Support Vector Machine (SVM) and Maximum Likelihood (MLC) pixel-based supervised classifications to 4 different geographic and remote sensing datasets constituted by the Visible, Near-Infrared (VNIR) and Short Wave Infrared (SWIR) of the ASTER sensor and by digital cartography associated to orography (altitude and "distance to water streams") of which the spatial distribution of Pittosporum undulatum directly depends. Overall, most performed classifications showed a strong agreement and high accuracy. At targeted species level, the two higher classification accuracies were obtained when applying MLC and KNN to the VNIR bands coupled with auxiliary geographic information use. Results improved significantly by including ecology and occurrence information of species (altitude and distance to water streams) in the classification scheme. These results show that the use of ASTER sensor VNIR spectral bands, when coupled to relevant ancillary GIS data, can constitute an effective and low cost approach for the evaluation and continuous assessment of Pittosporum undulatum woodland propagation and distribution within Protected Areas of the Azores Islands.

A análise seminal deve ser requisitada para homens com histórico de fertilidade prévia?

OBJETIVOS: determinar se a história prévia de fertilidade pode predizer o atual status de fertilidade de um paciente masculino examinado por infertilidade do casal. MÉTODOS: estudo retrospectivo envolvendo análises seminais de 183 pacientes consecutivos subférteis avaliados entre setembro de 2002 e março de 2004. Foram excluídos do estudo os pacientes que haviam se submetido a radioterapia, quimioterapia, orquiectomia ou vasectomia. Os valores médios de todas as análises foram usados em pacientes com múltiplas análises de sêmen. Pacientes com concentração espermática superior a 20x10(6) espermatozóides/mL, motilidade superior a 50% e espermatozóides com morfologia estrita superior a 14% foram considerados normais. Os pacientes foram divididos em dois grupos, segundo o status de fertilidade: infertilidade primária (118 pacientes) e infertilidade secundária (65 pacientes). Os dados foram analisados pelos testes estatísticos chi2 e teste t de Student. RESULTADOS: não houve diferença na idade média entre os pacientes com infertilidade primária, 37,3±6,3, e infertilidade secundária, 38,1±5,9; p=0,08. No grupo de pacientes com infertilidade primária, 51,9% (61 pacientes) tiveram uma concentração espermática normal, 70,3% (83 pacientes) tiveram a motilidade espermática normal e 26,37% (31 pacientes), por sua vez, morfologia normal. No grupo de pacientes com infertilidade secundária, 53,8% (35 pacientes) tiveram concentração espermática normal, 75,4% (49 pacientes) tiveram motilidade espermática normal e 32,3% (21 pacientes), morfologia normal. Nenhuma diferença significativa foi detectada na concentração espermática (21,3x10(6)/mL versus 23,1x10(6)/mL; p=0,07), motilidade (45,2 versus 48,1%; p=0,08) e morfologia (6,1 versus 6,4%; p=0,09) entre os grupos de pacientes com infertilidade primária e secundária. CONCLUSÕES: a análise seminal deve ser solicitada mesmo em casos de fertilidade masculina prévia. Os médicos não devem presumir que um paciente possui uma análise seminal normal, baseados no fato de este possuir história de estabelecimento de uma gravidez no passado.

Obtenção de gametas seguros por meio de associação de técnicas de processamento seminal para casais sorodiscordantes para HIV

RESUMO OBJETIVO: o objetivo deste estudo foi avaliar os parâmetros laboratoriais e clínicos de pacientes submetidos à reprodução humana assistida, associando técnicas de processamento seminal para eliminação de partículas virais da amostra de sêmen em casais nos quais o homem é infectado pelo vírus da imunodeficiência humana adquirida (HIV). MÉTODOS: foram avaliados 11 ciclos de injeção intracitoplasmática de espermatozóide (ICSI) realizados em casais nos quais os homens eram infectados pelo HIV (Grupo HIV), e 35 ciclos de ICSI nos quais se utilizaram espermatozóides doados (Grupo Controle). As amostras de sêmen dos doadores foram submetidas à análise seminal completa, processamento seminal (lavagem) e criopreservação. Os homens do Grupo HIV receberam antibioticoterapia prévia e realizou-se análise seminal, lavagem e gradiente descontínuo de densidade antes da criopreservação. As amostras foram avaliadas para carga viral e a ICSI foi realizada quando não houve detecção do HIV. RESULTADOS: quanto aos resultados da análise seminal, os grupos se mostraram comparáveis em relação à concentração e motilidade progressiva dos espermatozóides. Entretanto, a porcentagem de espermatozóides morfologicamente normais foi maior no Grupo Controle (14,3%) comparado ao HIV (5,8%; p=0,002). Na avaliação dos parâmetros embrionários, as taxas de fertilização normal (Controle: 74,7% e HIV: 71,7; p=0,838) e de bons embriões (Controle: 42,4% e HIV: 65,1%; p=0,312) foram semelhantes. Por outro lado, o Grupo Controle apresentou melhores resultados clínicos que o HIV (gestação continuada: 52,9 e 12,5%; p=0,054; implantação: 42,6 e 10,4%; p=0,059, respectivamente), apesar de as diferenças não serem estatisticamente significantes. Após o nascimento, não houve soroconversão das mães e das crianças nascidas. CONCLUSÕES: a associação de técnicas de processamento seminal para eliminação do HIV de amostras seminais não interferiu nos parâmetros laboratoriais de ciclos de reprodução humana assistida. Por outro lado, demonstrou excelentes resultados na obtenção de gametas seguros para casais sorodiscordantes.