Avaliação ultrassonográfica do aparelho reprodutor em serpentes vivíparas da família Boidae

A reprodução faz parte do ciclo de vida dos animais permitindo a perpetuação e a conservação das espécies. Em serpentes, existe uma escassez de informações técnicas a respeito do ciclo reprodutivo. Este estudo teve o objetivo de avaliar o aparelho reprodutivo por meio da ultrassonografia em serpentes vivíparas cativas da família Boidae, permitindo diagnosticar as diferentes fases reprodutivas. Foram avaliadas ultrassonograficamente onze serpentes adultas de quatro espécies da família Boidae: Eunectes murinus, Boa constrictor constrictor, Corallus hortulanus e Epicrates cenchria pertencentes ao acervo do Museu Biológico do Instituto Butantan, São Paulo Brasil. Para a avaliação ultrassonográfica, as serpentes foram contidas fisicamente com gancho herpetológico e depois manualmente por aproximadamente 15 minutos. A avaliação foi feita aplicando-se gel acústico sobre a pele e posicionando o transdutor na linha lateral-ventral direita e esquerda, em região medial do corpo em sentido crânio-caudal. O exame ultrassonográfico permitiu avaliar todo o ciclo reprodutivo nas serpentes. Nas avaliações ultrassonográficas das fêmeas pode-se definir as fases de desenvolvimento ovariano e ovidutal. Os folículos ovarianos durante a fase pré-vitelogênica foram visualizados como homogêneos e anecogênicos, em forma de "cacho de uva". Já na fase vitelogênica, os folículos estavam maiores e mais ecogênicos seguidos uns dos outros, como um "colar de pérolas". Quando não houve cópula, os folículos foram reabsorvidos dentro do ovário retornando a fase pré-vitelogênica. Na fase pós ovulatória foram visualizados três estágios bem definidos de desenvolvimento fetal dentro do oviduto: 1) logo após a ovulação (e fecundação), somente o vitelo foi visualizado; 2) o vitelo ocupava 60% e o feto 40% do ovo e 3) o feto estava formado e não havia vitelo. Nos machos, os testículos foram visualizados como uma imagem homogênea e hipoecogênica quando se encontravam em estágio reprodutivo. Quando não estavam reprodutivos não era possível visualizar a imagem do testículo devido ao seu tamanho. A avaliação ultrassonográfica do aparelho reprodutor em serpentes demonstrou ser uma técnica de diagnóstico segura, não invasiva e que permite o acompanhamento das principais fases reprodutivas

The GATO gene annotation tool for research laboratories

Large-scale genome projects have generated a rapidly increasing number of DNA sequences. Therefore, development of computational methods to rapidly analyze these sequences is essential for progress in genomic research. Here we present an automatic annotation system for preliminary analysis of DNA sequences. The gene annotation tool (GATO) is a Bioinformatics pipeline designed to facilitate routine functional annotation and easy access to annotated genes. It was designed in view of the frequent need of genomic researchers to access data pertaining to a common set of genes. In the GATO system, annotation is generated by querying some of the Web-accessible resources and the information is stored in a local database, which keeps a record of all previous annotation results. GATO may be accessed from everywhere through the internet or may be run locally if a large number of sequences are going to be annotated. It is implemented in PHP and Perl and may be run on any suitable Web server. Usually, installation and application of annotation systems require experience and are time consuming, but GATO is simple and practical, allowing anyone with basic skills in informatics to access it without any special training. GATO can be downloaded at [http://mariwork.iq.usp.br/gato/]. Minimum computer free space required is 2 MB.

Cloning, sequence analysis, and expression of cDNA coding for the major house dust mite allergen, Der f 1, in Escherichia coli

Our objective was to clone, express and characterize adult Dermatophagoides farinae group 1 (Der f 1) allergens to further produce recombinant allergens for future clinical applications in order to eliminate side reactions from crude extracts of mites. Based on GenBank data, we designed primers and amplified the cDNA fragment coding for Der f 1 by nested-PCR. After purification and recovery, the cDNA fragment was cloned into the pMD19-T vector. The fragment was then sequenced, subcloned into the plasmid pET28a(+), expressed in Escherichia coli BL21 and identified by Western blotting. The cDNA coding for Der f 1 was cloned, sequenced and expressed successfully. Sequence analysis showed the presence of an open reading frame containing 966 bp that encodes a protein of 321 amino acids. Interestingly, homology analysis showed that the Der p 1 shared more than 87% identity in amino acid sequence with Eur m 1 but only 80% with Der f 1. Furthermore, phylogenetic analyses suggested that D. pteronyssinus was evolutionarily closer to Euroglyphus maynei than to D. farinae, even though D. pteronyssinus and D. farinae belong to the same Dermatophagoides genus. A total of three cysteine peptidase active sites were found in the predicted amino acid sequence, including 127-138 (QGGCGSCWAFSG), 267-277 (NYHAVNIVGYG) and 284-303 (YWIVRNSWDTTWGDSGYGYF). Moreover, secondary structure analysis revealed that Der f 1 contained an a helix (33.96%), an extended strand (17.13%), a ß turn (5.61%), and a random coil (43.30%). A simple three-dimensional model of this protein was constructed using a Swiss-model server. The cDNA coding for Der f 1 was cloned, sequenced and expressed successfully. Alignment and phylogenetic analysis suggests that D. pteronyssinus is evolutionarily more similar to E. maynei than to D. farinae.