Mycobacteria mobility shift assay: a method for the rapid identification of Mycobacterium tuberculosis and nontuberculous mycobacteria

The identification of mycobacteria is essential because tuberculosis (TB) and mycobacteriosis are clinically indistinguishable and require different therapeutic regimens. The traditional phenotypic method is time consuming and may last up to 60 days. Indeed, rapid, affordable, specific and easy-to-perform identification methods are needed. We have previously described a polymerase chain reaction-based method called a mycobacteria mobility shift assay (MMSA) that was designed for Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and nontuberculous mycobacteria (NTM) species identification. The aim of this study was to assess the MMSA for the identification of MTC and NTM clinical isolates and to compare its performance with that of the PRA-hsp65 method. A total of 204 clinical isolates (102 NTM and 102 MTC) were identified by the MMSA and PRA-hsp65. For isolates for which these methods gave discordant results, definitive species identification was obtained by sequencing fragments of the 16S rRNA and hsp65 genes. Both methods correctly identified all MTC isolates. Among the NTM isolates, the MMSA alone assigned 94 (92.2%) to a complex or species, whereas the PRA-hsp65 method assigned 100% to a species. A 91.5% agreement was observed for the 94 NTM isolates identified by both methods. The MMSA provided correct identification for 96.8% of the NTM isolates compared with 94.7% for PRA-hsp65. The MMSA is a suitable auxiliary method for routine use for the rapid identification of mycobacteria.

Correlations between major risk factors and closely related Mycobacterium tuberculosis isolates grouped by three current enotyping procedures: a population-based study in northeast Mexico

The characteristics of tuberculosis (TB) patients related to a chain of recent TB transmissions were investigated. Mycobacterium tuberculosis (MTB) isolates (120) were genotyped using the restriction fragment length polymorphism-IS6110 (R), spacer oligotyping (S) and mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats (M) methods. The MTB isolates were clustered and the clusters were grouped according to the similarities of their genotypes. Spearman’s rank correlation coefficients between the groups of MTB isolates with similar genotypes and those patient characteristics indicating a risk for a pulmonary TB (PTB) chain transmission were ana- lysed. The isolates showing similar genotypes were distributed as follows: SMR (5%), SM (12.5%), SR (1.67%), MR (0%), S (46.67%), M (5%) and R (0%). The remaining 35 cases were orphans. SMR exhibited a significant correlation (p < 0.05) with visits to clinics, municipalities and comorbidities (primarily diabetes mellitus). S correlated with drug consumption and M with comorbidities. SMR is needed to identify a social network in metropolitan areas for PTB transmission and S and M are able to detect risk factors as secondary components of a transmission chain of TB.

Mycobacterium tuberculosis epitope-specific interferon-g production in healthy Brazilians reactive and non-reactive to tuberculin skin test

The interferon (IFN)-γ response to peptides can be a useful diagnostic marker of Mycobacterium tuberculosis (MTB) latent infection. We identified promiscuous and potentially protective CD4+ T-cell epitopes from the most conserved regions of MTB antigenic proteins by scanning the MTB antigenic proteins GroEL2, phosphate-binding protein 1 precursor and 19 kDa antigen with the TEPITOPE algorithm. Seven peptide sequences predicted to bind to multiple human leukocyte antigen (HLA)-DR molecules were synthesised and tested with IFN-γ enzyme-linked immunospot (ELISPOT) assays using peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from 16 Mantoux tuberculin skin test (TST)-positive and 16 TST-negative healthy donors. Eighty-eight percent of TST-positive donors responded to at least one of the peptides, compared to 25% of TST-negative donors. Each individual peptide induced IFN-γ production by PBMCs from at least 31% of the TST-positive donors. The magnitude of the response against all peptides was 182 ± 230 x 106 IFN-γ spot forming cells (SFC) among TST-positive donors and 36 ± 62 x 106 SFC among TST-negative donors (p = 0.007). The response to GroEL2 (463-477) was only observed in the TST-positive group. This combination of novel MTB CD4 T-cell epitopes should be tested in a larger cohort of individuals with latent tuberculosis (TB) to evaluate its potential to diagnose latent TB and it may be included in ELISPOT-based IFN-γ assays to identify individuals with this condition.

Widespread nasal carriage of Mycobacterium lepraeamong a healthy population in a hyperendemic region of northeastern Brazil

A case-control study was conducted to determine the presence ofMycobacterium leprae DNA in nasal secretions of leprosy cases and nonleprosy individuals in Fortaleza, Brazil. It included 185 cases identified by physicians at the Dona Libânia National Reference Centre for Sanitary Dermatology (CDERM). A control group (Co) (n = 136) was identified among individuals from CDERM not diagnosed as leprosy cases. To augment the spatial analysis of M. leprae specific repetitive element (RLEP) positive prevalence, an external group (EG) (n = 121), a convenience sample of healthy students, were included. Polymerase chain reaction for the RLEP sequence was conducted for all participants. Prevalence of RLEP positivity for cases and Co were 69.2% and 66.9%, respectively, significantly higher than for EG (28.1%), and reported elsewhere. Male sex, belonging to a lower socioeconomic status (D/E), history of a previous contact with a case and being older, were associated with being a leprosy case. Our geographical analysis demonstrated that the bacillus is widespread among the healthy population, with clusters of RLEP positive multibacillary cases concentrated in distinct areas of the city. Our results suggest that in endemic areas, as in Fortaleza, surveillance for both nonhousehold leprosy contacts and members of the general population living in cluster areas should be implemented.

A molecular platform for the diagnosis of multidrug-resistant and pre-extensively drug-resistant tuberculosis based on single nucleotide polymorphism mutations present in Colombian isolates of Mycobacterium tuberculosis

Developing a fast, inexpensive, and specific test that reflects the mutations present in Mycobacterium tuberculosis isolates according to geographic region is the main challenge for drug-resistant tuberculosis (TB) control. The objective of this study was to develop a molecular platform to make a rapid diagnosis of multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant TB based on single nucleotide polymorphism (SNP) mutations present in therpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA genes from Colombian M. tuberculosis isolates. The amplification and sequencing of each target gene was performed. Capture oligonucleotides, which were tested before being used with isolates to assess the performance, were designed for wild type and mutated codons, and the platform was standardised based on the reverse hybridisation principle. This method was tested on DNA samples extracted from clinical isolates from 160 Colombian patients who were previously phenotypically and genotypically characterised as having susceptible or MDR M. tuberculosis. For our method, the kappa index of the sequencing results was 0,966, 0,825, 0,766, 0,740, and 0,625 forrpoB, katG, inhA,ahpC, and gyrA, respectively. Sensitivity and specificity were ranked between 90-100% compared with those of phenotypic drug susceptibility testing. Our assay helps to pave the way for implementation locally and for specifically adapted methods that can simultaneously detect drug resistance mutations to first and second-line drugs within a few hours.

Avaliação da adequação de aplicação de técnicas multivariadas em estudos do comportamento do consumidor em teses e dissertações de duas instituições de ensino superior

Este artigo faz parte de um amplo estudo de avaliação da adequação no uso de técnicas estatísticas multivariadas em teses e dissertações de duas instituições de ensino superior na área de marketing na temática do comportamento do consumidor, entre 1997 e 2006. Neste artigo são focalizadas onze técnicas multivariadas (análise de regressão, análise discriminante, análise de regressão logística, correlação canônica, análise multivariada de variância, análise conjunta, modelagem de equações estruturais, análise fatorial, análise de conglomerados, análise de correspondência, escalonamento multidimensional), as quais têm apresentado grande potencial de uso em estudos de marketing. Foi objetivo no trabalho relatado a análise da adequação do emprego dessas técnicas às necessidades dos problemas de pesquisa apresentados nas teses e dissertações e, também, a aferição do nível de adequação no atendimento de suas premissas. De forma geral, os resultados sugerem a necessidade de um aumento do comprometimento dos pesquisadores na verificação de todos os preceitos teóricos de aplicação das técnicas multivariadas.

Representações socias em enfermagem: comentários sobre teses e dissertações

O ponto de partida deste trabalho se constitui de um levantamento de teses e dissertações desenvolvidas por enfermeiros com o objetivo de verificar como a representação social foi utilizada enquanto referencial teórico nestas pesquisas. Através de uma leitura sistemática dos trabalhos destacou-se as temáticas, os principais resultados e as reflexões que estes propunham para as práticas profissionais de enfermagem. Constatou-se, a partir dos trabalhos analisados que este referencial teórico é utilizado pelos enfermeiros, e que alguns estudos desenvolvidos trazem resultados significativos favorecendo a mudança da visão desses profissionais.

Pesquisas de enfermagem em terapia intensiva: análise de dissertações e teses

A proposta deste trabalho é analisar as dissertações e teses nacionais realizadas na área de enfermagem em terapia intensiva. Para tal, foram consultados os resumos desses estudos publicados nos Catálogos do Centro de Estudos e Pesquisas em Enfermagem - volume 01 (1979) ao 15 (1997), buscando conhecer o número de trabalhos produzidos, local de defesa, temática e referencial teórico-metodológico utilizado.

Teses produzidas nos programas de Pós-Graduação em Enfermagem de 1983 a 2001

Este estudo descreve a relação das teses de doutorado em enfermagem defendidas nos Programas de Pós-Graduação em Enfermagem, no Brasil, com as linhas de pesquisas definidas pela área da Enfermagem, em três campos: profissional, assistencial e organizacional. É uma pesquisa descritiva-exploratória, com base nos relatórios dos programas de Pós-Graduação, avaliados pela Capes e no Catálogo Informações sobre Pesquisas e Pesquisadores em Enfermagem CEPEn/ABEn, referentes ao período de 1983-2001, totalizando 448 resumos. O campo assistencial alberga o maior número de produção, seguido do organizacional e do profissional. As investigações evidenciam uma tendência para estudos de abordagem qualitativa, descortinando possibilidades de aprofundamento do conhecimento da realidade ou compreensão de fenômenos sociais que tangenciam a prática da enfermagem, porém, os estudos de intervenção na prática profissional e de desenvolvimento de tecnologia ainda estão em fase de construção.

Construindo o conhecimento em saúde coletiva: uma análise das teses e dissertações produzidas

Realizou-se um estudo com objetivo de analisar a produção do saber da enfermagem em saúde coletiva, resultante da pós-graduação vinculada ao Departa-mento de Enfermagem em Saúde Coletiva da Escola de Enfermagem da Universidade de São Paulo, no período de 1992 a 2004. Foram produzidas 86 teses e dissertações sobre múltiplos objetos, principalmente sobre os perfis epidemiológicos e de reprodução social, articulados aos processos de saúde-doença dos grupos sociais. Houve predomínio de análises qualitativas e do referencial teórico-metodológico materialista-histórico e dialético. Grupos populacionais de determinados territórios constituíram a fonte empírica mais freqüente. Concluiu-se que a adoção de categorias analíticas relativas à produção e reprodução social, assim como gênero e geração, possibilitaram a aproximação real do objeto para interpretar e intervir, contribuindo para o avanço dos conheci-mentos em saúde coletiva.

Análise das citações das dissertações de mestrado e teses de doutorado em saúde pública (1990-1994): estudo exploratório

Parte de análise de dissertações de mestrado e teses de doutorado defendidas, de 1990 a 1994, nos cursos de pós-graduação em saúde pública da Escola Nacional de Saúde Pública da Fundação Oswaldo Cruz (ENSP/Fiocruz), Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo (FSP/USP) e Instituto de Medicina Social da Universidade Estadual do Rio de Janeiro (IMS/UERJ), visando a detectar aspectos referentes às características dos documentos citados, como subsídios para estabelecimento de indicadores necessários à avaliação da produção científica brasileira no campo da saúde pública. O conjunto das citações amostradas (6 019) de 266 dissertações de mestrado e 84 teses de doutorado revelou que os artigos de periódicos contribuíram com maior número de citações (46,7%); o percentual de livros foi mais representativo para as teses de doutorado; a maior concentração dos documentos citados encontra-se no conjunto publicado de 6 a 10 anos da defesa da dissertação/tese; o idioma português predominou nas citações (49,3%) e o inglês para os artigos de periódicos; os alunos valeram-se mais de dissertações/teses de outras instituições do que das escolas que freqüentaram.

Inteligência obtida pela aplicação de data mining em base de teses francesas sobre o Brasil

O assunto Brasil foi analisado na base de teses francesas DocThèses, compreendendo os anos de 1969 a 1999. Utilizou-se a técnica de Data Mining como ferramenta para obter inteligência e conhecimento. O software utilizado para a limpeza da base DocThèses foi o Infotrans, e, para a preparação dos dados, empregou-se o Dataview. Os resultados da análise foram ilustrados com a aplicação dos pressupostos da Lei de Zipf, classificando-se as informações em trivial, interessante e ruído, conforme a distribuição de freqüência. Conclui-se que a técnica do Data Mining associada a softwares especialistas é uma poderosa aliada no emprego de inteligência no processo decisório em todos os níveis, inclusive o nível macro, pois oferece subsídios para a consolidação, investimento e desenvolvimento de ações e políticas.

A Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade de São Paulo

Apresentação dos aspectos principais da Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade de São Paulo (USP): o processo de desenvolvimento adotado para a implementação do site, a tecnologia utilizada, a arquitetura e a funcionalidade. Discussão sobre a Biblioteca Digital no processo de pós-graduação da USP. Relato das várias decisões não-técnicas adotadas ao longo do projeto, que tiveram grande impacto no resultado final.