Seqüenciamento de peptídeos usando espectrometria de massas: um guia prático

This paper introduces the basics of peptide mass spectra interpretation applied to proteomics and is directed to chemists, biochemists and biologists. The manuscript presents a well detailed protocol aiming to serve as a first choice guide for understanding peptide sequencing. The tutorial was elaborated based on both a thorough bibliographic revision and the author's experience. In order to prove the applicability of the proposed guide, spectra obtained on different instruments have been successfully interpreted by applying the presented rational.

Cloning, expression and purification of recombinant streptokinase: partial characterization of the protein expressed in Escherichia coli

We cloned the streptokinase (STK) gene of Streptococcus equisimilis in an expression vector of Escherichia coli to overexpress the profibrinolytic protein under the control of a tac promoter. Almost all the recombinant STK was exported to the periplasmic space and recovered after gentle lysozyme digestion of induced cells. The periplasmic fraction was chromatographed on DEAE Sepharose followed by chromatography on phenyl-agarose. Active proteins eluted between 4.5 and 0% ammonium sulfate, when a linear gradient was applied. Three major STK derivatives of 47.5 kDa, 45 kDa and 32 kDa were detected by Western blot analysis with a polyclonal antibody. The 32-kDa protein formed a complex with human plasminogen but did not exhibit Glu-plasminogen activator activity, as revealed by a zymographic assay, whereas the 45-kDa protein showed a Km = 0.70 µM and kcat = 0.82 s-1, when assayed with a chromogen-coupled substrate. These results suggest that these proteins are putative fragments of STK, possibly derived from partial degradation during the export pathway or the purification steps. The 47.5-kDa band corresponded to the native STK, as revealed by peptide sequencing

Sequencing and expression analysis of hepcidin mRNA in donkey (Equus asinus) liver

The hypoferremia that is observed during systemic inflammatory processes is mediated by hepcidin, which is a peptide that is mainly synthesized in the livers of several mammalian species. Hepcidin plays a key role in iron metabolism and in the innate immune system. It's up-regulation is particularly useful during acute inflammation, and it restricts the iron availability that is necessary for the growth of pathogenic microorganisms. In this study, the hepcidin mRNA of Equus asinus has been characterized, and the expression of donkey hepcidin in the liver has been determined. The donkey hepcidin sequence has an open reading frame (ORF) of 261 nucleotides, and the deduced corresponding protein sequence has 86 amino acids. The amino acid sequence of donkey hepcidin was most homologous to Equus caballus (98%). The mature donkey hepcidin sequence (25 amino acids) was 100% homologous to the equine mature hepcidin and has eight conserved cysteine residues that are found in all of the investigated hepcidin sequences. The expression profile of donkey hepcidin in the liver was high and was similar to the reference gene expression. The donkey hepcidin sequence was deposited in GenBankTM (HQ902884) and may be useful for additional studies on iron metabolism and the inflammatory process in this species.

A high-copy T7 Escherichia coli expression vector for the production of recombinant proteins with a minimal N-terminal His-tagged fusion peptide

We report here the construction of a vector derived from pET3-His and pRSET plasmids for the expression and purification of recombinant proteins in Escherichia coli based on T7 phage RNA polymerase. The resulting pAE plasmid combined the advantages of both vectors: small size (pRSET), expression of a short 6XHis tag at N-terminus (pET3-His) and a high copy number of plasmid (pRSET). The small size of the vector (2.8 kb) and the high copy number/cell (200-250 copies) facilitate the subcloning and sequencing procedures when compared to the pET system (pET3-His, 4.6 kb and 40-50 copies) and also result in high level expression of recombinant proteins (20 mg purified protein/liter of culture). In addition, the vector pAE enables the expression of a fusion protein with a minimal amino-terminal hexa-histidine affinity tag (a tag of 9 amino acids using XhoI restriction enzyme for the 5'cloning site) as in the case of pET3-His plasmid and in contrast to proteins expressed by pRSET plasmids (a tag of 36 amino acids using BamHI restriction enzyme for the 5'cloning site). Thus, although proteins expressed by pRSET plasmids also have a hexa-histidine tag, the fusion peptide is much longer and may represent a problem for some recombinant proteins.

Biomembrana de látex: novo método para o revestimento da cavidade aberta nas timpanomastoidectomia

As neocavidades pós-timpanomastoidectomias de cavidade aberta (TMCA) são normalmente preenchidas por cadarço ou fita cardíaca untados com pomada antibiótica. A remoção deste tampão usualmente causa sangramento e desconforto para o paciente. Propomos para tanto a utilização de uma biomembrana de látex natural para forrar a neocavidade, servindo como uma interface entre o osso cruento e o material de tamponamento. FORMA DE ESTUDO: Clínico prospectivo. OBJETIVOS: Estudar o desempenho da biomembrana como uma interface entre o osso cruento e o material de tamponamento e analisar seu papel na epitelização da neocavidade. MATERIAL E MÉTODO: Foram analisadas 64 orelhas de pacientes submetidos à TMCA e meatoplastia. A biomembrana foi utilizada em 54 das orelhas operadas, sendo que nas outras 10 orelhas o tamponamento da cavidade foi realizado somente com fita cardíaca. RESULTADOS: Na maioria das 54 orelhas onde a biomembrana foi utilizada observou-se maior facilidade na remoção do curativo tampão (sem sangramento ou desconforto para o paciente), menor demanda de tempo para sua retirada, além da epitelização mais precoce da neocavidade. CONCLUSÃO: A utilização da biomembrana de látex revelou-se método eficaz no revestimento da neocavidade, facilitando a remoção do tampão e a epitelização da neocavidade.

Avaliação de um novo enxaguatório na formação de cáseos amigdalianos

Os cáseos amigdalianos afetam uma significativa porcentagem da população. As cirurgias, conservadoras ou não, têm sido as únicas alternativas viáveis de tratamento. Entretanto, ainda hoje não há um método econômico e não-invasivo de tratamento que apresente resultados satisfatórios. OBJETIVOS: Os objetivos deste estudo são avaliar a eficiência de um enxaguatório, cujos ingredientes ativos associam substâncias oxigenantes e antimicrobianas, na diminuição da formação dos cáseos amigdalianos e da saburra lingual, cuja etiologia é semelhante à dos cáseos, e avaliar a redução da concentração dos compostos sulfurados voláteis (CSVs). FORMA DE ESTUDO: Estudo clínico e experimental, randomizado, duplo-cego, placebo-controlado. MATERIAL E MÉTODO: Foi utilizada uma amostra de 50 voluntários, com queixa de tonsilite crônica caseosa há mais de um ano. A pesquisa foi realizada em 2005, nas cidades de São Paulo e Campinas. RESULTADOS: Para o grupo que utilizou a solução placebo, não houve correlação entre as variáveis nem significância estatística nos resultados. Para o grupo que utilizou o enxaguatório, os resultados foram significativos em todos os quesitos analisados. CONCLUSÕES: O novo enxaguatório demonstrou ser uma alternativa conservadora viável para o tratamento da tonsilite crônica caseosa, sendo eficiente também na redução da formação de saburra lingual e concentração dos CSVs.

O Brasil e o mundo no limiar do novo século: diplomacia e desenvolvimento

Durante o primeiro mandato do Presidente Fernando Henrique Cardoso, a renovação do sentimento de autoconfiança do país e o respeito da comunidade internacional favoreceram a política externa. Diante das dificuldades econômicas na virada de ano 1998-99, a diplomacia deve manter a visão do longo prazo. O Brasil continua a ser um "país que conta", e que depende fundamentalmente de si próprio para desenvolver-se. Mas é também preciso que melhorem as condições externas. O Brasil empenha-se em contribuir para os debates sobre transformações na ordem internacional. A tarefa prioritária da diplomacia nacional é a de criação de condições externas tão favoráveis quanto possível para o desenvolvimento. A agenda externa do país em 1999 - crise financeira internacional; protecionismo dos países industrializados; integração regional (MERCOSUL, Comunidade Andina, México); ALCA; Cúpula América Latina e Caribe-Europa; negociações agrícolas e "Rodada do Milênio" na OMC; imagem - tem conseqüências importantes para o processo de desenvolvimento nacional.

A política externa do Brasil no início de um novo século: uma mensagem do Presidente da República

O artigo define as linhas da política exterior do governo do Presidente Fernando Henrique Cardoso tendo em vista três mudanças fundamentais pelas quais o país tem passado: 1. de um regime autoritário para a democracia; 2. abertura do mercado; e 3. estabilização da moeda. O artigo questiona, também, o que pode ser feito a partir de agora, tendo em vista os crescentes fluxos transnacionais e a interdependência internacional cada vez maior.

A busca de um novo paradigma: política exterior, comércio externo e federalismo no Brasil

O artigo examina o processo de inserção das entidades federativas no cenário do comércio internacional. Para tanto, faz uma análise das relações entre o Estado federativo do Brasil e as relações internacionais do mesmo, com vista ao comércio exterior. Ressalta a nova conjuntura, na qual se faz mister a participação dos Estados-membro articulados com o governo central brasileiro. Destaca o papel do Nordeste, em especial o Ceará, nesse novo contexto econômico.

As relações em eixo: novo paradigma da teoria das relações internacionais?

No presente artigo se propõe as "relações em eixo" como um novo conceito paradigmático da Teoria das Relações Internacionais. Paradigma que, alcançado através da análise das relações bilaterais franco-alemãs e argentino-brasileiras, de 1870 aos nossos dias, permite analisar a formação, a condução e a consolidação de processos regionais de integração que têm por objectivo ultrapassar o quadro estritamente economicista das formas elementares de integração.

O novo pleito brasileiro no mar: a plataforma continental estendida e o Projeto Amazônia Azul

O presente estudo analisa a submissão do Brasil a uma plataforma continental estendida formulada à Comissão de Limites da Plataforma Continental (CLPC). Primeiramente, o trabalho apresenta a evolução dos limites marítimos brasileiros ao longo de sua formação histórica até o momento atual. Posteriormente, examina o conceito jurídico de plataforma continental elaborado pela Convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar (CNUDM) e a atuação da CLPC na fixação dos limites exteriores desse espaço do mar. Na parte final, destaca as implicações das recomendações "definitivas e obrigatórias" dessa instituição internacional sobre os interesses brasileiros na plataforma continental estendida.

Comportamento agronômico de progênies F4 de cafeeiros oriundos do cruzamento entre os cultivares Mundo Novo e Catuaí

A espécie Coffea arabica L é cultivada em todas as regiões cafeeiras do Estado de Minas Gerais, com predominância dos cultivares Catuaí e Mundo Novo, por seu vigor vegetativo, alto potencial produtivo e boa qualidade de bebida. Visando a identificar e selecionar progênies de cafeeiro com boas características agronômicas, foi instalado e conduzido um experimento na Fazenda Experimental da EPAMIG, no município de Três Pontas, MG. Foram avaliadas 39 progênies na 4ª geração de autofecundação, após o 2º retrocruzamento entre 'Catuaí' e 'Mundo Novo' (genitor recorrente), desenvolvidas pelo programa de melhoramento genético da Epamig. Os cultivares Catuaí Vermelho MG 99, Rubi MG 1192 e Acaiá Cerrado MG 1474 foram utilizados como testemunhas. Foram analisadas as características: produção de café beneficiado em sc.ha-1 de oito safras (1998/1999 a 2005/2006), vigor vegetativo, percentagem de frutos chochos e classificação quanto à peneira. Ficou evidente que existe variabilidade genética dentro do grupo de progênies estudadas. As maiores produtividades foram encontradas na sétima e oitava colheita. As progênies 1189-9-80-1 e 1189-9-80-3 apresentaram melhor desempenho, em todas as características avaliadas e serão selecionadas para futuros trabalhos de melhoramento genético, sendo lançadas como cultivar ou utilizadas em hibridações.