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En este estudio se evaluó la sostenibilidad de los agroecosistemas tradicionales y alternativos de producción de maíz en tres Ejidos de la Región Selva de Chiapas, mediante la aplicación del enfoque agroecológico (MESMIS). El estudio se realizó en dos ciclos agrícolas: milpa y tornamil. En el primero se evaluaron los sistemas de roza-tumba-quema (R‑T‑Q), sin quema y en sucesión de nescafé (Mucuna deeringiana Bort.). En el segundo ciclo se analizaron tres sistemas sin quema con diferentes periodos de nescafé, y se modificó la densidad poblacional para analizar su efecto sobre la producción. Los valores de los indicadores económicos y sociales se obtuvieron a través de técnicas participativas. En la milpa se determinó el efecto positivo del fuego en el control de las arvenses y de la plaga Diatraea liniolata (Walker). Los sistemas alternativos con uso de abono verde presentaron mejores resultados en los aspectos agronómicos. Los sistemas con modificación de la densidad poblacional obtuvieron un mayor rendimiento de grano y una mayor rentabilidad financiera. En el análisis final integrado, los sistemas alternativos obtuvieron mejores resultados, aunque los sistemas de R‑T‑Q, por la adaptación al medio ambiente, obtuvieron resultados positivos en algunas variables. Por tanto, su uso en la región constituye una realidad etnocultural lejos de desaparecer en el futuro cercano.