Microbiota and Microsatellite genotypes of Pacific oysters stemming from three oyster bed in the Northern Wadden Sea

Background: Studies of oyster microbiomes have revealed that a limited number of microbes, including pathogens, can dominate microbial communities in host tissues such as gills and gut. Much of the bacterial diversity however remains underexplored and unexplained, although environmental conditions and host genetics have been implicated. We used 454 next generation 16S rRNA amplicon sequencing of individually tagged PCR reactions to explore the diversity of bacterial communities in gill tissue of the invasive Pacific oyster Crassostrea gigas stemming from genetically differentiated beds under ambient outdoor conditions and after a multifaceted disturbance treatment imposing stress on the host. Results: While the gill associated microbial communities in oysters were dominated by few abundant taxa (i.e. Sphingomonas, Mycoplasma) the distribution of rare bacterial groups correlated to relatedness between the hosts under ambient conditions. Exposing the host to disturbance broke apart this relationship by removing rare phylotypes thereby reducing overall microbial diversity. Shifts in the microbiome composition in response to stress did not result in a net increase in genera known to contain potentially pathogenic strains. Conclusion: The decrease in microbial diversity and the disassociation between population genetic structure of the hosts and their associated microbiome suggest that disturbance (i.e. stress) may play a significant role for the assembly of the natural microbiome. Such community shifts may in turn also feed back on the course of disease and the occurrence of mass mortality events in oyster populations.

Fossil record of foraminifera and ostracoda from the Elsterian-Saalian-Interglacial in Schleswig-Holstein, Germany

Die in den Ablagerungen des marinen Elster-Saale-Interglazials (= Holstein-See = Stör-Meer) gefundenen und als autochthon betrachteten Foraminiferen und Ostrakoden kommen alle noch rezent vor. In vielen Proben wurden daneben aus dem Tertiär und der Oberkreide aufgearbeitete Foraminiferen gefunden. In den Proben aus Muldsberg, Albersdorf und Esbjerg konnte eine gleichgerichtete Faunen-veränderung vom Liegenden zum Hangenden beobachtet werden. Die Formen der jeweils unteren Proben gehören subarktischen bis hochborealen Temperaturen, etwa vollmarinem Milieu und mindestens 30 m Wassertiefe an. Ins Hangende hinein wurde nach Foraminiferen und Ostrakoden das Meer flacher, wärmer und brackischer, bis es schließlich in den obersten Proben wattähnliche Verhältnisse mit wahrscheinlich etwas geringerer Temperatur als am heutigen südlichen Nordseerand erreichte. Diese Beobachtung stimmt überein mit den von GRAHLE (1936) an Mollusken gewonnenen Erkenntnissen und den Schlüssen, die andere Bearbeiter aus einzelnen Mikrofaunen zogen. Es wurde versucht, die Faunen der restlichen Aufschlüsse in das oben erwähnte Schema einzuordnen. Dies gelang nur in zwei Fällen nicht. In Oldenhütten ist das Versagen wahrscheinlich auf unentwirrte Lagerungsstörungen zurückzuführen, in der Austernbank Tarbek liegen abweichende fazielle Verhältnisse vor. Die restlichen Aufschlüsse zeigen, daß aus den vom Eis gestörten Sedimenten doch oft ein sinnvolles Bild rekonstruiert werden kann. Die im kälteren Teil der Holstein-See auftretende Foraminifere Elphidium subarcticum CUSHMAN scheint in den Absätzen des schleswig-holsteinischen Eem-Meeres zu fehlen.