A Trustability Metric for Code Search based on Developer Karma

The promise of search-driven development is that developers will save time and resources by reusing external code in their local projects. To efficiently integrate this code, users must be able to trust it, thus trustability of code search results is just as important as their relevance. In this paper, we introduce a trustability metric to help users assess the quality of code search results and therefore ease the cost-benefit analysis they undertake trying to find suitable integration candidates. The proposed trustability metric incorporates both user votes and cross-project activity of developers to calculate a "karma" value for each developer. Through the karma value of all its developers a project is ranked on a trustability scale. We present JBENDER, a proof-of-concept code search engine which implements our trustability metric and we discuss preliminary results from an evaluation of the prototype.

ABCtoolbox: a versatile toolkit for approximate Bayesian computations

Background The estimation of demographic parameters from genetic data often requires the computation of likelihoods. However, the likelihood function is computationally intractable for many realistic evolutionary models, and the use of Bayesian inference has therefore been limited to very simple models. The situation changed recently with the advent of Approximate Bayesian Computation (ABC) algorithms allowing one to obtain parameter posterior distributions based on simulations not requiring likelihood computations. Results Here we present ABCtoolbox, a series of open source programs to perform Approximate Bayesian Computations (ABC). It implements various ABC algorithms including rejection sampling, MCMC without likelihood, a Particle-based sampler and ABC-GLM. ABCtoolbox is bundled with, but not limited to, a program that allows parameter inference in a population genetics context and the simultaneous use of different types of markers with different ploidy levels. In addition, ABCtoolbox can also interact with most simulation and summary statistics computation programs. The usability of the ABCtoolbox is demonstrated by inferring the evolutionary history of two evolutionary lineages of Microtus arvalis. Using nuclear microsatellites and mitochondrial sequence data in the same estimation procedure enabled us to infer sex-specific population sizes and migration rates and to find that males show smaller population sizes but much higher levels of migration than females. Conclusion ABCtoolbox allows a user to perform all the necessary steps of a full ABC analysis, from parameter sampling from prior distributions, data simulations, computation of summary statistics, estimation of posterior distributions, model choice, validation of the estimation procedure, and visualization of the results.

Liver transplantation for patients with metastatic endocrine tumors: single-center experience with 15 patients

In contrast to other secondary liver malignancy, orthotopic liver transplantation (OLT) is considered as a treatment modality for nonresectable endocrine liver metastases in selected patients. However, only few series have assessed patient selection criteria and long-term results, and no reports have focused on the impact of new technologies in this regard. Between 1992 and 2004, 28 patients with malignant endocrine tumors underwent evaluation for OLT according to our protocol. Data were entered into a prospective database. During pretransplant evaluation, somatostatin receptor scintigraphy detected extrahepatic metastases not diagnosed in standard imaging in 10 patients. Of them, 3 showed aberrant Ki67 labeling results. One patient was excluded from further evaluation due to severe carcinoid heart. Thus far, 15 patients, 10 men and 5 women, aged 37 to 67 years, were subjected to the transplant procedure (11 deceased donor OLT, 3 living donor liver transplantations, and 1 cluster transplantation). Four patients died during the hospital treatment. The median follow-up of the discharged patients was 60.8 months. The actuarial patient survival was 78.3% at 1 year and 67.2% at 5 years. The actuarial 1-, 2-, and 5-year tumor-free survival amounted to 69.4%, 48.3%, and 48.3%, respectively. Two patients underwent surgery for isolated tumor recurrence. In 2 patients, peptide receptor radiotherapy was carried out because of multilocular recurrent disease. In conclusion, liver transplantation is a realistic therapeutic option for highly selected patients with hepatic metastases of endocrine tumors. Our strategy, which implements strict pretransplant selection and aggressive surgical approach, in case of disease recurrence, in addition to systemic radiopeptide treatment, led to an excellent long-term survival cure, however, is unlikely to be achieved.

A Smart TCP Acknowledgment Approach for Multihop Wireless Networks

Reliable data transfer is one of the most difficult tasks to be accomplished in multihop wireless networks. Traditional transport protocols like TCP face severe performance degradation over multihop networks given the noisy nature of wireless media as well as unstable connectivity conditions in place. The success of TCP in wired networks motivates its extension to wireless networks. A crucial challenge faced by TCP over these networks is how to operate smoothly with the 802.11 wireless MAC protocol which also implements a retransmission mechanism at link level in addition to short RTS/CTS control frames for avoiding collisions. These features render TCP acknowledgments (ACK) transmission quite costly. Data and ACK packets cause similar medium access overheads despite the much smaller size of the ACKs. In this paper, we further evaluate our dynamic adaptive strategy for reducing ACK-induced overhead and consequent collisions. Our approach resembles the sender side's congestion control. The receiver is self-adaptive by delaying more ACKs under nonconstrained channels and less otherwise. This improves not only throughput but also power consumption. Simulation evaluations exhibit significant improvement in several scenarios

MARVIN: a medical research application framework based on open source software

This paper describes the open source framework MARVIN for rapid application development in the field of biomedical and clinical research. MARVIN applications consist of modules that can be plugged together in order to provide the functionality required for a specific experimental scenario. Application modules work on a common patient database that is used to store and organize medical data as well as derived data. MARVIN provides a flexible input/output system with support for many file formats including DICOM, various 2D image formats and surface mesh data. Furthermore, it implements an advanced visualization system and interfaces to a wide range of 3D tracking hardware. Since it uses only highly portable libraries, MARVIN applications run on Unix/Linux, Mac OS X and Microsoft Windows.

Supporting Task-oriented Navigation in IDEs with Configurable HeatMaps

Mainstream IDEs generally rely on the static structure of a software project to support browsing and navigation. We propose HeatMaps, a simple but highly configurable technique to enrich the way an IDE displays the static structure of a software system with additional kinds of information. A heatmap highlights software artifacts according to various metric values, such as bright red or pale blue, to indicate their potential degree of interest. We present a prototype system that implements heatmaps, and we describe an initial study that assesses the degree to which different heatmaps effectively guide developers in navigating software.

Querying Runtime Information in the IDE

Code queries focus mainly on the static structure of a system. To comprehend the dynamic behavior of a system however, a software engineer needs to be able to reason about the dynamics of this system, for instance by querying a database of dynamic information. Such a querying mechanism should be directly available in the IDE where the developers implements, navigates and reasons about the software system. We propose (i) concepts to gather dynamic information, (ii) the means to query this information, and (iii) tools and techniques to integrate querying of dynamic information in the IDE, including the presentation of results generated by queries.

Hop-to-Hop Reliability in IP-Based Wireless Sensor Networks - A Cross-Layer Approach

To interconnect a wireless sensor network (WSN) to the Internet, we propose to use TCP/IP as the standard protocol for all network entities. We present a cross layer designed communication architecture, which contains a MAC protocol, IP, a new protocol called Hop-to-Hop Reliability (H2HR) protocol, and the TCP Support for Sensor Nodes (TSS) protocol. The MAC protocol implements the MAC layer of beacon-less personal area networks (PANs) as defined in IEEE 802.15.4. H2HR implements hop-to-hop reliability mechanisms. Two acknowledgment mechanisms, explicit and implicit ACK are supported. TSS optimizes using TCP in WSNs by implementing local retransmission of TCP data packets, local TCP ACK regeneration, aggressive TCP ACK recovery, congestion and flow control algorithms. We show that H2HR increases the performance of UDP, TCP, and RMST in WSNs significantly. The throughput is increased and the packet loss ratio is decreased. As a result, WSNs can be operated and managed using TCP/IP.

Differentiating hippocampal subregions by means of quantitative magnetization transfer and relaxometry: preliminary results

The hippocampal formation (HF) of healthy control subjects and schizophrenic patients was examined using an MRI experiment that implements sequences for relaxometry and magnetization transfer (MT) quantification. In addition to the semi-quantitative magnetization transfer ratio (MTR), all of the observable properties of the binary spin bath model were included. The study demonstrates that, in contrast to the MTR, quantitative MT parameters (especially the T2 relaxation time of restricted protons, T2b) are capable to differentiate functionally significant subregions within the HF. The MT methodology appears to be a promising new tool for the differential microstructural evaluation of the HF in neuropsychiatric disorders accompanied by memory disturbances.

Affective attitudes to face images associated with intracerebral EEG source location before face viewing

We investigated whether different, personality-related affective attitudes are associated with different brain electric field (EEG) sources before any emotional challenge (stimulus exposure). A 27-channel EEG was recorded in 15 subjects during eyes-closed resting. After recording, subjects rated 32 images of human faces for affective appeal. The subjects in the first (i.e., most negative) and fourth (i.e., most positive) quartile of general affective attitude were further analyzed. The EEG data (mean=25±4.8 s/subject) were subjected to frequency-domain model dipole source analysis (FFT-Dipole-Approximation), resulting in 3-dimensional intracerebral source locations and strengths for the delta–theta, alpha, and beta EEG frequency band, and for the full range (1.5–30 Hz) band. Subjects with negative attitude (compared to those with positive attitude) showed the following source locations: more inferior for all frequency bands, more anterior for the delta–theta band, more posterior and more right for the alpha, beta and 1.5–30 Hz bands. One year later, the subjects were asked to rate the face images again. The rating scores for the same face images were highly correlated for all subjects, and original and retest affective mean attitude was highly correlated across subjects. The present results show that subjects with different affective attitudes to face images had different active, cerebral, neural populations in a task-free condition prior to viewing the images. We conclude that the brain functional state which implements affective attitude towards face images as a personality feature exists without elicitors, as a continuously present, dynamic feature of brain functioning.

QoE-aware Multiple Path Video Transmission for Wireless Multimedia Sensor Networks

Wireless Multimedia Sensor Networks (WMSNs) promise a wide scope of emerging potential applications in both civilian and military areas, which require visual and audio information to enhance the level of collected information. The transmission of multimedia content requires a minimal video quality level from the user’s perspective. However, links in WMSN communi- cations are typically unreliable, as they often experience fluctuations in quality and weak connectivity, and thus, the routing protocol must evaluate the routes by using end-to-end link quality information to increase the packet delivery ratio. Moreover, the use multiple paths together with key video metrics can enhance the video quality level. In this paper, we propose a video-aware multiple path hierarchical routing protocol for efficient multimedia transmission over WMSN, called video-aware MMtransmission. This protocol finds node-disjoint multiple paths, and implements an end-to-end link quality estimation with minimal over- head to score the paths. Thus, our protocol assures multimedia transmission with Quality of Experience (QoE) and energy-efficiency support. The simula- tion results show the benefits of video-aware MMtransmission for disseminating video content by means of energy-efficiency and QoE analysis.

Globalized Antiquity: Uses and Perceptions of the Past in South Asia, Mesoamerica, and Europe

„Antike“ ist keine europäische Exklusivität: Das Buch zeigt, wie in Südasien, Mesoamerika und Europa je eigene Antiken konstruiert werden. In den untersuchten vorkolonialen, kolonialen und postkolonialen Zusammenhängen wird die Antike durch die zeitgenössische Geschichtspolitik stark mitbestimmt. Der Vergleich lässt die Verflechtung der Vorstellungen über die Vergangenheit zwischen „klassischer“ europäischer, indischer und mesoamerikanischer Antike von der frühen Neuzeit bis in die Gegenwart erkennen. Das Buch bietet Denkanstöße für Personen, die sich mit historisch interessierter Kulturanthropologie, kritischer Altertumswissenschaft und Globalgeschichte beschäftigen.

Schmiede ─ Heiligtum ─ Wassermühle. Cham-Hagendorn (Kanton Zug) in römischer Zeit. Ausgrabungen 1944/45 und 2003/04

1944/1945 wurde in Cham-Hagendorn eine Wassermühle ausgegraben, die dank ihrer aussergewöhnlich guten Holzerhaltung seit langem einen prominenten Platz in der Forschung einnimmt. 2003 und 2004 konnte die Kantonsarchäologie Zug den Platz erneut archäologisch untersuchen. Dabei wurden nicht nur weitere Reste der Wassermühle, sondern auch Spuren älterer und jüngerer Anlagen geborgen: eine ältere und eine jüngere Schmiedewerkstatt (Horizont 1a/Horizont 3) sowie ein zweiphasiges Heiligtum (Horizonte 1a/1b). All diese Anlagen lassen sich nun in das in den neuen Grabungen erkannte stratigraphische Gerüst einhängen (s. Beil. 2). Dank der Holzerhaltung können die meisten Phasen dendrochronologisch datiert werden (s. Abb. 4.1/1a): Horizont 1a mit Schlagdaten zwischen 162(?)/173 und 200 n. Chr., Horizont 1b um 215/218 n. Chr. und Horizont 2 um 231 n. Chr. Ferner konnten in den neuen Grabungen Proben für mikromorphologische und archäobotanische Untersuchungen entnommen werden (Kap. 2.2; 3.11). In der vorliegenden Publikation werden der Befund und die Baustrukturen vorgelegt, (Kap. 2), desgleichen sämtliche stratifizierten Funde und eine umfassende Auswahl der 1944/1945 geborgenen Funde (Kap. 3). Dank anpassender Fragmente, sog. Passscherben, lassen sich diese zum Teil nachträglich in die Schichtenabfolge einbinden. Die mikromorphologischen und die archäobotanischen Untersuchungen (Kap. 2.2; 3.11) zeigen, dass der Fundplatz in römischer Zeit inmitten einer stark vom Wald und dem Fluss Lorze geprägten Landschaft lag. In unmittelbarer Nähe können weder eine Siedlung noch einzelne Wohnbauten gelegen haben. Die demnach nur gewerblich und sakral genutzten Anlagen standen an einem Bach, der vermutlich mit jenem Bach identisch ist, der noch heute das Groppenmoos entwässert und bei Cham-Hagendorn in die Lorze mündet (s. Abb. 2.4/1). Der antike Bach führte wiederholt Hochwasser ─ insgesamt sind fünf grössere Überschwemmungsphasen auszumachen (Kap. 2.2; 2.4). Wohl anlässlich eines Seehochstandes durch ein Überschwappen der Lorze in den Bach ausgelöst, müssen diese Überschwemmungen eine enorme Gewalt entwickelt haben, der die einzelnen Anlagen zum Opfer fielen. Wie die Untersuchung der Siedlungslandschaft römischer Zeit rund um den Zugersee wahrscheinlich macht (Kap. 6 mit Abb. 6.2/2), dürften die Anlagen von Cham-Hagendorn zu einer in Cham-Heiligkreuz vermuteten Villa gehören, einem von fünf grösseren Landgütern in diesem Gebiet. Hinweise auf Vorgängeranlagen fehlen, mit denen die vereinzelten Funde des 1. Jh. n. Chr. (Kap. 4.5) in Verbindung gebracht werden könnten. Diese dürften eher von einer der Überschwemmungen bachaufwärts weggerissen und nach Cham-Hagendorn eingeschwemmt worden sein. Die Nutzung des Fundplatzes (Horizont 1a; s. Beil. 6) setzte um 170 n. Chr. mit einer Schmiedewerkstatt ein (Kap. 2.5.1). Der Fundanfall, insbesondere die Schmiedeschlacken (Kap. 3.9) belegen, dass hier nur hin und wieder Geräte hergestellt und repariert wurden (Kap. 5.2). Diese Werkstatt war vermutlich schon aufgelassen und dem Verfall preisgegeben, als man 200 n. Chr. (Kap. 4.2.4) auf einer Insel zwischen dem Bach und einem Lorzearm ein Heiligtum errichtete (Kap. 5.3). Beleg für den sakralen Status dieser Insel ist in erster Linie mindestens ein eigens gepflanzter Pfirsichbaum, nachgewiesen mit Pollen, einem Holz und über 400 Pfirsichsteinen (Kap. 3.11). Die im Bach verlaufende Grenze zwischen dem sakralen Platz und der profanen Umgebung markierte man zusätzlich mit einer Pfahlreihe (Kap. 2.5.3). In diese war ein schmaler Langbau integriert (Kap. 2.5.2), der an die oft an Temenosmauern antiker Heiligtümer angebauten Portiken erinnert und wohl auch die gleiche Funktion wie diese gehabt hatte, nämlich das Aufbewahren von Weihegaben und Kultgerät (Kap. 5.3). Das reiche Fundmaterial, das sich in den Schichten der ersten Überschwemmung fand (s. Abb. 5./5), die um 205/210 n. Chr. dieses Heiligtum zerstört hatte, insbesondere die zahlreiche Keramik (Kap. 3.2.4), und die zum Teil auffallend wertvollen Kleinfunde (Kap. 3.3.3), dürften zum grössten Teil einst in diesem Langbau untergebracht gewesen sein. Ein als Glockenklöppel interpretiertes, stratifiziertes Objekt spricht dafür, dass die fünf grossen, 1944/1945 als Stapel aufgefundenen Eisenglocken vielleicht auch dem Heiligtum zuzuweisen sind (Kap. 3.4). In diesen Kontext passen zudem die überdurchschnittlich häufig kalzinierten Tierknochen (Kap. 3.10). Nach der Überschwemmung befestigte man für 215 n. Chr. (Kap. 4.2.4) das unterspülte Bachufer mit einer Uferverbauung (Kap. 2.6.1). Mit dem Bau eines weiteren, im Bach stehenden Langbaus (Kap. 2.6.2) stellte man 218 n. Chr. das Heiligtum auf der Insel in ähnlicher Form wieder her (Horizont 1b; s. Beil. 7). Von der Pfahlreihe, die wiederum die sakrale Insel von der profanen Umgebung abgrenzte, blieben indes nur wenige Pfähle erhalten. Dennoch ist der sakrale Charakter der Anlage gesichert. Ausser dem immer noch blühenden Pfirsichbaum ist es ein vor dem Langbau aufgestelltes Ensemble von mindestens 23 Terrakottafigurinen (s. Abb. 3.6/1), elf Veneres, zehn Matres, einem Jugendlichen in Kapuzenmantel und einem kindlichen Risus (Kap. 3.6; s. auch Kap. 2.6.3). In den Sedimenten der zweiten Überschwemmung, der diese Anlage um 225/230 n. Chr. zum Opfer gefallen war, fanden sich wiederum zahlreiche Keramikgefässe (Kap. 3.2.4) und zum Teil wertvolle Kleinfunde wie eine Glasperle mit Goldfolie (Kap. 3.8.2) und eine Fibel aus Silber (Kap. 3.3.3), die wohl ursprünglich im Langbau untergebracht waren (Kap. 5.3.2 mit Abb. 5/7). Weitere Funde mit sicherem oder möglichem sakralem Charakter finden sich unter den 1944/1945 geborgenen Funden (s. Abb. 5/8), etwa ein silberner Fingerring mit Merkurinschrift, ein silberner Lunula-Anhänger, eine silberne Kasserolle (Kap. 3.3.3), eine Glasflasche mit Schlangenfadenauflage (Kap. 3.8.2) und einige Bergkristalle (Kap. 3.8.4). Im Bereich der Terrakotten kamen ferner mehrere Münzen (Kap. 3.7) zum Vorschein, die vielleicht dort niedergelegt worden waren. Nach der zweiten Überschwemmung errichtete man um 231 n. Chr. am Bach eine Wassermühle (Horizont 2; Kap. 2.7; Beil. 8; Abb. 2.7/49). Ob das Heiligtum auf der Insel wieder aufgebaut oder aufgelassen wurde, muss mangels Hinweisen offen bleiben. Für den abgehobenen Zuflusskanal der Wassermühle verwendete man mehrere stehen gebliebene Pfähle der vorangegangenen Anlagen der Horizonte 1a und 1b. Obwohl die Wassermühle den 28 jährlichen Überschwemmungshorizonten (Kap. 2.2) und den Funden (Kap. 4.3.2; 4.4.4; 45) zufolge nur bis um 260 n. Chr., während gut einer Generation, bestand, musste sie mindestens zweimal erneuert werden – nachgewiesen sind drei Wasserräder, drei Mühlsteinpaare und vermutlich drei Podeste, auf denen jeweils das Mahlwerk ruhte. Grund für diese Umbauten war wohl der weiche, instabile Untergrund, der zu Verschiebungen geführt hatte, so dass das Zusammenspiel von Wellbaum bzw. Sternnabe und Übersetzungsrad nicht mehr funktionierte und das ganze System zerbrach. Die Analyse von Pollen aus dem Gehhorizont hat als Mahlgut Getreide vom Weizentyp nachgewiesen (Kap. 3.11.4). Das Abzeichen eines Benefiziariers (Kap. 3.3.2 mit Abb. 3.3/23,B71) könnte dafür sprechen, dass das verarbeitete Getreide zumindest zum Teil für das römische Militär bestimmt war (s. auch Kap. 6.2.3). Ein im Horizont 2 gefundener Schreibgriffel und weitere stili sowie eine Waage für das Wägen bis zu 35-40 kg schweren Waren aus dem Fundbestand von 1944/1945 könnten davon zeugen, dass das Getreide zu wägen und zu registrieren war (Kap. 3.4.2). Kurz nach 260 n. Chr. fiel die Wassermühle einem weiteren Hochwasser zum Opfer. Für den folgenden Horizont 3 (Beil. 9) brachte man einen Kiesboden ein und errichtete ein kleines Gebäude (Kap. 2.8). Hier war wohl wiederum eine Schmiede untergebracht, wie die zahlreichen Kalottenschlacken belegen (Kap. 3.9), die im Umfeld der kleinen Baus zum Vorschein kamen. Aufgrund der Funde (Kap. 4.4.4; 4.5) kann diese Werkstatt nur kurze Zeit bestanden haben, höchstens bis um 270 n. Chr., bevor sie einem weiteren Hochwasser zum Opfer fiel. Von der jüngsten Anlage, die wohl noch in römische Zeit datiert (Horizont 4; Beil. 10), war lediglich eine Konstruktion aus grossen Steinplatten zu fassen (Kap. 2.9.1). Wozu sie diente, muss offen bleiben. Auch der geringe Fundanfall spricht dafür, dass die Nutzung des Platzes, zumindest für die römische Zeit, allmählich ein Ende fand (Kap. 4.5). Zu den jüngsten Strukturen gehören mehrere Gruben (Kap. 2.9.2), die vielleicht der Lehmentnahme dienten. Mangels Funden bleibt ihre Datierung indes ungewiss. Insbesondere wissen wir nicht, ob sie noch in römische Zeit datieren oder jünger sind. Spätestens mit der fünften Überschwemmung, die zur endgültigen Verlandung führte und wohl schon in die frühe Neuzeit zu setzen ist, wurde der Platz aufgelassen und erst mit dem Bau der bestehenden Fensterfabrik Baumgartner wieder besetzt.

First valence, then arousal: the temporal dynamics of brain electric activity evoked by emotional stimuli

The temporal dynamics of the neural activity that implements the dimensions valence and arousal during processing of emotional stimuli were studied in two multi-channel ERP experiments that used visually presented emotional words (experiment 1) and emotional pictures (experiment 2) as stimulus material. Thirty-two healthy subjects participated (mean age 26.8 +/- 6.4 years, 24 women). The stimuli in both experiments were selected on the basis of verbal reports in such a way that we were able to map the temporal dynamics of one dimension while controlling for the other one. Words (pictures) were centrally presented for 450 (600) ms with interstimulus intervals of 1,550 (1,400) ms. ERP microstate analysis of the entire epochs of stimulus presentations parsed the data into sequential steps of information processing. The results revealed that in several microstates of both experiments, processing of pleasant and unpleasant valence (experiment 1, microstate #3: 118-162 ms, #6: 218-238 ms, #7: 238-266 ms, #8: 266-294 ms; experiment 2, microstate #5: 142-178 ms, #6: 178-226 ms, #7: 226-246 ms, #9: 262-302 ms, #10: 302-330 ms) as well as of low and high arousal (experiment 1, microstate #8: 266-294 ms, #9: 294-346 ms; experiment 2, microstate #10: 302-330 ms, #15: 562-600 ms) involved different neural assemblies. The results revealed also that in both experiments, information about valence was extracted before information about arousal. The last microstate of valence extraction was identical with the first microstate of arousal extraction.

Diminishing reciprocal fairness by disrupting the right prefrontal cortex.

Humans restrain self-interest with moral and social values. They are the only species known to exhibit reciprocal fairness, which implies the punishment of other individuals' unfair behaviors, even if it hurts the punisher's economic self-interest. Reciprocal fairness has been demonstrated in the Ultimatum Game, where players often reject their bargaining partner's unfair offers. Despite progress in recent years, however, little is known about how the human brain limits the impact of selfish motives and implements fair behavior. Here we show that disruption of the right, but not the left, dorsolateral prefrontal cortex (DLPFC) by low-frequency repetitive transcranial magnetic stimulation substantially reduces subjects' willingness to reject their partners' intentionally unfair offers, which suggests that subjects are less able to resist the economic temptation to accept these offers. Importantly, however, subjects still judge such offers as very unfair, which indicates that the right DLPFC plays a key role in the implementation of fairness-related behaviors.