L'expérience de Iéna démontre les avantages de la diversité végétale pour les prairies

A number of studies suggest that there could be a positive relationship between the productivity of a plant community and its floristic diversity. Besides, for grasslands, productivity is not the only desirable advantage. The Jena trials, constituting a large-scale and long-duration experiment, were set up to tackle these questions. In the plots of the Jena trials, the number of species varies from 1 to 60. Various sub-trials deal with the effects of the composition and the diversity of a pasture sward on its productivity, the diversity of certain organisms, and several ecological processes. The results from the first 6 years show clearly that there exist positive relationships between the number of species, the presence of legumes and/or the functional diversity on the one hand, and on the other the productivity, the resistance to encroachment by plants and to pathogenic fungi, and the cycles of nutrients. The positive effects of the floristic diversity on the processes at the scale of the eco-system are of importance to the agricultural production and to the general environmental impact.

A 19-Mb de novo deletion on BTA 22 including MITF leads to microphthalmia and the absence of pigmentation in a Holstein calf.

Mutations in MITF lead to a large variety of phenotypes in human, mice and other species. They mostly affect pigmentation and hearing, whereas in mice, they may additionally cause microphthalmia and osteopetrosis. In this study, we report a single case of a Holstein calf with lack of pigmentation and microphthalmia born to healthy parents. Mendelian analysis of high-density SNP genotypes reveals a large number of parentage errors showing missing paternal alleles in the offspring, indicating a deletion encompassing 19 Mb on BTA 22. The genomic deletion affects the paternal allele and includes MITF and 131 other annotated genes. As the calf shows only one copy of the BTA 22 segment, the observed phenotype is probably caused by haploinsufficiency of the genes in that genomic region. Both the observed lack of skin pigmentation and reduced eye size can most likely be explained by a lack of MITF function.

Dégradation des forêts et stock de carbone dans la biomasse épigée de la forêt dense humide de Manompana - Nord Est de Madagascar

L’estimation du stock de carbone contenu dans les forêts peut être effectuée de plusieurs manières. Les méthodes les plus connues sont destructives et nécessitent l’abattage d’un grand nombre représentatif d’arbres. Cette représentativité est difficilement atteinte dans les forêts tropicales, présentant une diversité d’espèces exceptionnelles, comme à Madagascar. Afin d’évaluer le niveau de dégradation des forêts, une étude d'images par télédétection est effectuée au moyen de l’analyse du signal radiométrique, combinée à un inventaire non destructif de biomasse. L’étude de la dynamique du paysage proposé est alors basée sur une correction atmosphérique d’une image SPOT 5, de l’année 2009, et sur une classification semi supervisée de l’occupation des sols, combinant une classification préliminaire non supervisée, un échantillonnage aléatoire des classes et une classification supervisée avec un maximum de vraisemblance. La validation est effectuée à l’aide de points indépendants relevés lors des inventaires de biomasse avec des valeurs du stock de carbone bien précises. La classification non supervisée a permis de ressortir deux classes de forêt dénommées « peu dégradée » et « dégradée ». La première désigne l’état climax (le stock de carbone a atteint une valeur qui varie peu) alors que la seconde est caractérisée par un taux de carbone plus faible que le niveau climax, mais qui peut être atteint sans perturbation. Cette première classification permet alors de répartir les placettes d’inventaire dans chaque classe. La méthode d’inventaire recueille à la fois des données dendrométriques classiques (espèce, densité, hauteur totale, hauteur fût, diamètre) et des échantillons représentatifs de branches et de feuilles sur un arbre. Ces différents paramètres avec la densité de bois permettent d’établir une équation allométrique de laquelle est estimée la biomasse totale d’un arbre et conséquemment de la formation forestière. Par la suite, la classification supervisée a été effectuée à partir d’échantillons aléatoires donnant la valeur de séparabilité des classes, de la classification finale. De plus, les valeurs de stocks de carbone à l’hectare, estimées de chaque placette, ont permis de valider cette classification et d’avoir une évaluation de la précision. La connaissance de ce niveau de dégradation issue de données satellitaires à haute résolution spatiale, combinées à des données d’inventaire, ouvre le champ du suivi interannuel du stock de carbone et subséquemment de la modélisation de la situation future du stock de carbone dans différents types de forêts.

A second generation radiation hybrid map to aid the assembly of the bovine genome sequence

BACKGROUND: Several approaches can be used to determine the order of loci on chromosomes and hence develop maps of the genome. However, all mapping approaches are prone to errors either arising from technical deficiencies or lack of statistical support to distinguish between alternative orders of loci. The accuracy of the genome maps could be improved, in principle, if information from different sources was combined to produce integrated maps. The publicly available bovine genomic sequence assembly with 6x coverage (Btau_2.0) is based on whole genome shotgun sequence data and limited mapping data however, it is recognised that this assembly is a draft that contains errors. Correcting the sequence assembly requires extensive additional mapping information to improve the reliability of the ordering of sequence scaffolds on chromosomes. The radiation hybrid (RH) map described here has been contributed to the international sequencing project to aid this process. RESULTS: An RH map for the 30 bovine chromosomes is presented. The map was built using the Roslin 3000-rad RH panel (BovGen RH map) and contains 3966 markers including 2473 new loci in addition to 262 amplified fragment-length polymorphisms (AFLP) and 1231 markers previously published with the first generation RH map. Sequences of the mapped loci were aligned with published bovine genome maps to identify inconsistencies. In addition to differences in the order of loci, several cases were observed where the chromosomal assignment of loci differed between maps. All the chromosome maps were aligned with the current 6x bovine assembly (Btau_2.0) and 2898 loci were unambiguously located in the bovine sequence. The order of loci on the RH map for BTA 5, 7, 16, 22, 25 and 29 differed substantially from the assembled bovine sequence. From the 2898 loci unambiguously identified in the bovine sequence assembly, 131 mapped to different chromosomes in the BovGen RH map. CONCLUSION: Alignment of the BovGen RH map with other published RH and genetic maps showed higher consistency in marker order and chromosome assignment than with the current 6x sequence assembly. This suggests that the bovine sequence assembly could be significantly improved by incorporating additional independent mapping information.

Parlons dzongkha: Langue du Bhoutan

Le Bouthan, petit royaume himalayen, est caractérisé par la grande diversité de ses langues. Pour communiquer et créer une identité nationale, le dzongkha, "la langue des forteresses", est adoptée dans les années 1960. Cette langue de l'ouest du pays est apparentée au tibétain et au dränjoke, la langue du Sikkim. Ce livre présente le pays et une grammaire de dzongkha raisonnée. Il cherche à pallier le manque de documentation pour le public francophone.

Independent polled mutations leading to complex gene expression differences in cattle

The molecular regulation of horn growth in ruminants is still poorly understood. To investigate this process, we collected 1019 hornless (polled) animals from different cattle breeds. High-density SNP genotyping confirmed the presence of two different polled associated haplotypes in Simmental and Holstein cattle co-localized on BTA 1. We refined the critical region of the Simmental polled mutation to 212 kb and identified an overlapping region of 932 kb containing the Holstein polled mutation. Subsequently, whole genome sequencing of polled Simmental and Holstein cows was used to determine polled associated genomic variants. By genotyping larger cohorts of animals with known horn status we found a single perfectly associated insertion/deletion variant in Simmental and other beef cattle confirming the recently published possible Celtic polled mutation. We identified a total of 182 sequence variants as candidate mutations for polledness in Holstein cattle, including an 80 kb genomic duplication and three SNPs reported before. For the first time we showed that hornless cattle with scurs are obligate heterozygous for one of the polled mutations. This is in contrast to published complex inheritance models for the bovine scurs phenotype. Studying differential expression of the annotated genes and loci within the mapped region on BTA 1 revealed a locus (LOC100848215), known in cow and buffalo only, which is higher expressed in fetal tissue of wildtype horn buds compared to tissue of polled fetuses. This implicates that the presence of this long noncoding RNA is a prerequisite for horn bud formation. In addition, both transcripts associated with polledness in goat and sheep (FOXL2 and RXFP2), show an overexpression in horn buds confirming their importance during horn development in cattle.

Deletion in the EVC2 gene causes chondrodysplastic dwarfism in Tyrolean Grey cattle.

During the summer of 2013 seven Italian Tyrolean Grey calves were born with abnormally short limbs. Detailed clinical and pathological examination revealed similarities to chondrodysplastic dwarfism. Pedigree analysis showed a common founder, assuming autosomal monogenic recessive transmission of the defective allele. A positional cloning approach combining genome wide association and homozygosity mapping identified a single 1.6 Mb genomic region on BTA 6 that was associated with the disease. Whole genome re-sequencing of an affected calf revealed a single candidate causal mutation in the Ellis van Creveld syndrome 2 (EVC2) gene. This gene is known to be associated with chondrodysplastic dwarfism in Japanese Brown cattle, and dwarfism, abnormal nails and teeth, and dysostosis in humans with Ellis-van Creveld syndrome. Sanger sequencing confirmed the presence of a 2 bp deletion in exon 19 (c.2993_2994ACdel) that led to a premature stop codon in the coding sequence of bovine EVC2, and was concordant with the recessive pattern of inheritance in affected and carrier animals. This loss of function mutation confirms the important role of EVC2 in bone development. Genetic testing can now be used to eliminate this form of chondrodysplastic dwarfism from Tyrolean Grey cattle.

Milan Kundera et la littérature mondiale

« Les littératures nationales ne signifient plus grand-chose aujourd’hui. Nous entrons dans l’ère de la littérature mondiale et il appartient à chacun de nous de hâter cette évolution » (Goethe). Milan Kundera, écrivain natif de Moravie ayant émigré en France en 1975, reprend à son compte cet idéal formulé en 1827 par Goethe et le réactive : selon lui, en effet, le seul contexte où peuvent véritablement se révéler le sens et la valeur d’une œuvre est le grand contexte de l’histoire supranationale. Dans cet espace de diversité où l’œuvre n’est pas soutenue par son prestige national, mais par son originalité, un roman tchèque (littérature d’une petite nation) aussi bien qu’un roman français (littérature d’une grande nation) peut trouver sa place. Comment faire une histoire de la littérature mondiale sans la présenter comme une juxtaposition d’histoires littéraires nationales ? C’est la question à laquelle cette conférence s’efforcera de répondre en s’appuyant sur les réflexions culturelles aussi bien que politiques de Milan Kundera.

A 4 Mb high resolution BAC contig on bovine chromosome 1q12 and comparative analysis with human chromosome 21q22

The bovine RPCI-42 BAC library was screened to construct a sequence-ready ~4 Mb single contig of 92 BAC clones on BTA 1q12. The contig covers the region between the genes KRTAP8P1 and CLIC6. This genomic segment in cattle is of special interest as it contains the dominant gene responsible for the hornless or polled phenotype in cattle. The construction of the BAC contig was initiated by screening the bovine BAC library with heterologous cDNA probes derived from 12 human genes of the syntenic region on HSA 21q22. Contig building was facilitated by BAC end sequencing and chromosome walking. During the construction of the contig, 165 BAC end sequences and 109 single-copy STS markers were generated. For comparative mapping of 25 HSA 21q22 genes, genomic PCR primers were designed from bovine EST sequences and the gene-associated STSs mapped on the contig. Furthermore, bovine BAC end sequence comparisons against the human genome sequence revealed significant matches to HSA 21q22 and allowed the in silico mapping of two new genes in cattle. In total, 31 orthologues of human genes located on HSA 21q22 were directly mapped within the bovine BAC contig, of which 16 genes have been cloned and mapped for the first time in cattle. In contrast to the existing comparative bovine-human RH maps of this region, these results provide a better alignment and reveal a completely conserved gene order in this 4 Mb segment between cattle, human and mouse. The mapping of known polled linked BTA 1q12 microsatellite markers allowed the integration of the physical contig map with existing linkage maps of this region and also determined the exact order of these markers for the first time. Our physical map and transcript map may be useful for positional cloning of the putative polled gene in cattle.

Connecteurs pragmatiques et métareprésentation: l’exemple de parce que

L’objectif principal de cet article est de montrer que certains emplois des connecteurs pragmatiques nécessitent la construction d’une métareprésentation. Nous verrons d’abord que les capacités humaines de métareprésentation sont diverses et montrerons ensuite que cette diversité se retrouve dans les différents types d’emplois des connecteurs. Nous proposerons une esquisse de modèle qui rend compte de cette propriété des connecteurs dans le cadre de la théorie de la pertinence. Enfin, nous testerons la validité de notre modèle en présentant des données dans le domaine de l’acquisition du langage, plus particulièrement sur la production de parce que chez des enfants entre deux et quatre ans.

Regards sur l’interculturalité. Un parcours interdisciplinaire

Avec la mondialisation, les contacts dans la diversité culturelle se sont extraordinairement intensifiés. Mais les phénomènes interculturels ne sont pas toujours bien vécus, ni bien compris. Les éléments les plus apparents ne sont pas nécessairement les plus profonds. Il en résulte un débat public souvent confus. Ce livre tente de l’éclairer en présentant une vue d’ensemble des domaines de l’interculturalité, à travers un parcours interdisciplinaire. Ce faisant, il propose des instruments critiques pour élucider des processus complexes et fondamentaux du monde contemporain.

Regards sur l'interculturalité. Un parcours interdisciplinaire

Avec la mondialisation, les contacts dans la diversité culturelle se sont extraordinairement intensifiés. Mais les phénomènes interculturels ne sont pas toujours bien vécus, ni bien compris. Les éléments les plus apparents ne sont pas nécessairement les plus profonds. Il en résulte un débat public souvent confus. Ce livre tente de l'éclairer en présentant une vue d'ensemble des domaines de l'interculturalité, à travers un parcours interdisciplinaire. Ce faisant, il propose des instruments critiques pour élucider des processus complexes et fondamentaux du monde contemporain.