Tracking a tuberculosis outbreak over 21 years: strain-specific single nucleotide polymorphism-typing combined with targeted whole genome sequencing.

BACKGROUND  Whole genome sequencing (WGS) is increasingly used in molecular-epidemiological investigations of bacterial pathogens, despite cost- and time-intensive analyses. We combined strain-specific single nucleotide polymorphism (SNP)-typing and targeted WGS to investigate a tuberculosis cluster spanning 21 years in Bern, Switzerland. METHODS  Based on genome sequences of three historical outbreak Mycobacterium tuberculosis isolates, we developed a strain-specific SNP-typing assay to identify further cases. We screened 1,642 patient isolates, and performed WGS on all identified cluster isolates. We extracted SNPs to construct genomic networks. Clinical and social data were retrospectively collected. RESULTS  We identified 68 patients associated with the outbreak strain. Most were diagnosed in 1991-1995, but cases were observed until 2011. Two thirds belonged to the homeless and substance abuser milieu. Targeted WGS revealed 133 variable SNP positions among outbreak isolates. Genomic network analyses suggested a single origin of the outbreak, with subsequent division into three sub-clusters. Isolates from patients with confirmed epidemiological links differed by 0-11 SNPs. CONCLUSIONS  Strain-specific SNP-genotyping allowed rapid and inexpensive identification of M. tuberculosis outbreak isolates in a population-based strain collection. Subsequent targeted WGS provided detailed insights into transmission dynamics. This combined approach could be applied to track bacterial pathogens in real-time and at high resolution.

Soziale Ungleichheit von Bildungschancen und Chancengleichheit - eine Reanalyse mit bildungspolitischen Implikationen

Zweifelsohne war und ist das Prinzip der Chancengleichheit – gleiches Recht auf Entfaltung ungleicher Anlagen – eine Maxime für die Bildungspolitik und Gestal-tung von Bildungssystemen (vgl. Müller 1998; Friedeburg 1992; Baumert 1991: 333). Diese Prämisse wird nicht zuletzt durch Artikel 3, Absatz 3 des Grundgeset-zes, wonach niemand wegen seines Geschlechts, seiner Abstammung, seiner Ras-se, seiner Sprache, seiner Heimat und Herkunft, seines Glaubens, seiner religiösen oder politischen Anschauungen benachteiligt oder bevorzugt werden darf, inhalt-lich vorgegeben. So lag ein Hauptteil der Zielsetzungen von Bildungsreformen seit den 1960er Jahren darin, die Rahmenbedingungen für den Bildungszugang – für die Chancennutzung – in der Weise zu setzen, dass weder das strukturelle Angebot an Bildungsgelegenheiten noch sozialstrukturelle Eigenschaften von Schulkindern und ihres Elternhauses systematische Einflüsse auf den Bildungsweg und den Erwerb von Bildungszertifikaten haben (Friedeburg 1992). Mit dem Ausbau des Schul- und Hochschulwesens und den institutionellen Reformen seit den 1960er Jahren ist das Ziel auch größtenteils erreicht worden, dass neben institutionellen Barrieren auch ökonomische und geografische Barrieren beim Bildungszugang weitgehend an Bedeutung verloren haben (Müller 1998; Krais 1996). Bildungs-disparitäten nach sozialstrukturellen Merkmalen wie etwa Klassenlage des Eltern-hauses haben sich ebenfalls bis zu einem bestimmten Grad abgeschwächt (Müller und Haun 1994; Schimpl-Neimanns 2000). Insbesondere konnten Mädchen ihre Bildungsdefizite gegenüber den Jungen mehr als ausgleichen (Rodax und Rodax 1996; Rodax 1995), sodass nunmehr von einer Bildungsungleichheit zu Unguns-ten von Jungen auszugehen ist (Diefenbach und Klein 2002; Becker 2007). Einige der beabsichtigten wie unbeabsichtigten Folgen dieser Reformbemühungen kön-nen am Wandel der Bildungsbeteiligung, insbesondere beim Übergang von der Grundschule auf das Gymnasium, abgelesen werden (Becker 2006).

Delays in childhood immunization in a conflict area: a study from Sierra Leone during civil war

ABSTRACT: BACKGROUND: Sierra Leone has undergone a decade of civil war from 1991 to 2001. From this period few data on immunization coverage are available, and conflict-related delays in immunization according to the Expanded Programme on Immunization (EPI) schedule have not been investigated. We aimed to study delays in childhood immunization in the context of civil war in a Sierra Leonean community. METHODS: We conducted an immunization survey in Kissy Mess-Mess in the Greater Freetown area in 1998/99 using a two-stage sampling method. Based on immunization cards and verbal history we collected data on immunization for tuberculosis, diphtheria, tetanus, pertussis, polio, and measles by age group (0-8/9-11/12-23/24-35 months). We studied differences between age groups and explored temporal associations with war-related hostilities taking place in the community. RESULTS: We included 286 children who received 1690 vaccine doses; card retention was 87%. In 243 children (85%, 95% confidence interval (CI): 80-89%) immunization was up-to-date. In 161 of these children (56%, 95%CI: 50-62%) full age-appropriate immunization was achieved; in 82 (29%, 95%CI: 24-34%) immunization was not appropriate for age. In the remaining 43 children immunization was partial in 37 (13%, 95%CI: 9-17) and absent in 6 (2%, 95%CI: 1-5). Immunization status varied across age groups. In children aged 9-11 months the proportion with age-inappropriate (delayed) immunization was higher than in other age groups suggesting an association with war-related hostilities in the community. CONCLUSION: Only about half of children under three years received full age-appropriate immunization. In children born during a period of increased hostilities, immunization was mostly inappropriate for age, but recommended immunizations were not completely abandoned. Missing or delayed immunization represents an additional threat to the health of children living in conflict areas.

Soziale Ungleichheit von Bildungschancen und Chancengleichheit

Zweifelsohne war und ist das Prinzip der Chancengleichheit eine Maxime für die Bildungspolitik und Gestaltung von Bildungssystemen (vgl. Müller 1998; Friedeburg 1992; Baumert 1991: 333). Diese Prämisse wird nicht zuletzt durch Artikel 3, Absatz 3 des Grundgesetzes, wonach niemand wegen seines Geschlechts, seiner Abstammung, seiner Rasse, seiner Sprache, seiner Heimat und Herkunft, seines Glaubens, seiner religiösen oder politischen Anschauungen benachteiligt oder bevorzugt werden darf, inhaltlich vorgegeben. So lag ein Hauptteil der Zielsetzungen von Bildungsreformen seit den 1960er Jahren darin, die Rahmenbedingungen für den Bildungszugang in der Weise zu setzen, dass weder das strukturelle Angebot an Bildungsgelegenheiten noch sozialstrukturelle Eigenschaften von Schulkindern und ihres Elternhauses systematische Einflüsse auf den Bildungsweg und den Erwerb von Bildungszertifikaten haben (Friedeburg 1992). Mit dem Ausbau des Schul- und Hochschulwesens und den institutionellen Reformen seit den 1960er Jahren ist das Ziel auch größtenteils erreicht worden, dass neben institutionellen Barrieren auch ökonomische und geografische Barrieren beim Bildungszugang weitgehend an Bedeutung verloren haben (vgl. Müller 1998; Krais 1996). Bildungsdisparitäten nach sozialstrukturellen Merkmalen haben sich ebenfalls weitgehend abgeschwächt (Müller und Haun 1994). Insbesondere konnten Mädchen ihre Bildungsdefizite gegenüber den Jungen mehr als ausgleichen (Rodax und Rodax 1996; Rodax 1995), sodass nunmehr von einer Bildungsungleichheit zuungunsten von Jungen auszugehen ist (Diefenbach und Klein 2002; Becker und Nietfeld 1999; Becker 1998). Einige der beabsichtigten wie unbeabsichtigten Folgen dieser Reformbemühungen können am Wandel der Bildungsbeteiligung, insbesondere beim Übergang von der Grundschule auf das Gymnasium, abgelesen werden (Köhler 1992).