Allergen motifs and the prediction of allergenicity

We have recently shown that the majority of allergens can be represented by allergen motifs. This observation prompted us to experimentally investigate the synthesized peptides corresponding to the in silico motifs with regard to potential IgE binding and cross-reactions with allergens. Two motifs were selected as examples to conduct in vitro studies. From the first motif, derived from allergenic MnSOD sequences, the motif stretch of the allergen Asp f 6 was selected and synthesized as a peptide (MnSOD Mot). The corresponding full-length MnSOD was also expressed in Escherichia coli and both were compared for IgE reactivity with sera of patients reacting to the MnSOD of Aspergillus fumigatus or Malassezia sympodialis. For the second motif, the invertebrate tropomyosin sequences were aligned and a motif consensus sequence was expressed as a recombinant protein (Trop Mot). The IgE reactivity of Trop Mot was analyzed in ELISA and compared to that of recombinant tropomyosin from the shrimp Penaeus aztecus (rPen a 1) in ImmunoCAP. MnSOD Mot was weakly recognized by some of the tested sera, suggesting that the IgE binding epitopes of a multimeric globular protein such as MnSOD cannot be fully represented by a motif peptide. In contrast, the motif Trop Mot showed the same IgE reactivity as shrimp full-length tropomyosin, indicating that the major allergenic reactivity of a repetitive structure such as tropomyosin can be covered by a motif peptide. Our results suggest that the motif-generating algorithm may be used for identifying major IgE binding structures of coiled-coil proteins.

Impact de la fabrication de charbon de bois sur la production et la disponibilité fourragère de pâturage en zone subaride, cas de la commune de Soalara-Sud, Toliara ll: Rapport final

Ce projet a pour objectif de (1) décrire la filière charbon dans un terroir de la commune de Soalara, (2) d’identifier les effets des activités de fabrication de charbon de bois sur la végétation des pâturages qui est un fourré épineux et (3) d’estimer la quantité maximale de charbon pouvant être produite sans causer sa dégradation irréversible. Pour ce faire, des enquêtes auprès de la population locale et des relevés écologiques ont été entrepris. La majorité des ménages enquêtés (>80% ; N=56) pratiquent la fabrication de charbon de bois. Environ 41 000 sacs de charbons ont été produits dans le terroir en 2009. L’impact socio-économique de la filière charbon est positif puisqu’elle génère des revenus importants pour ses agents (producteur, transporteur et collecteur). Par contre, l’impact écologique est plutôt négatif puisque les activités charbonnières contribuent à réduire la densité d’arbres et d’arbustes de la végétation des fourrés épineux et sa richesse spécifique même si elles n’affectent pas trop sa disponibilité fourragère. De plus, la quantité de charbon produite (environ 820 t en 2009) dépasse la productivité de la végétation, estimée à 218 t.an-1. Par conséquent, une dégradation du site de production actuel, se traduisant par la disparition des espèces charbonnières, arriverait dans 17 ans au plus tard, si le rythme de production actuel continue. Des mesures de réduction des pressions sur la végétation (professionnalisation des éleveurs, amélioration des rendements de carbonisation et réglementation et contrôle plus strict de la filière charbon) et d’augmentation de sa production et productivité (restauration) doivent être prises pour éviter cette dégradation irréversible qui à terme pourrait être dommageable à l’élevage de petits ruminants même si ce n’est pas encore le cas actuellement.