3CAPS – a structural AP-site analogue as a tool to investigate DNA base excision repair

Abasic sites (AP-sites) are frequent DNA lesions, arising by spontaneous base hydrolysis or as intermediates of base excision repair (BER). The hemiacetal at the anomeric centre renders them chemically reactive, which presents a challenge to biochemical and structural investigation. Chemically more stable AP-site analogues have been used to avoid spontaneous decay, but these do not fully recapitulate the features of natural AP-sites. With its 3′-phosphate replaced by methylene, the abasic site analogue 3CAPS was suggested to circumvent some of these limitations. Here, we evaluated the properties of 3CAPS in biochemical BER assays with mammalian proteins. 3CAPS-containing DNA substrates were processed by APE1, albeit with comparably poor efficiency. APE1-cleaved 3CAPS can be extended by DNA polymerase β but repaired only by strand displacement as the 5′-deoxyribophosphate (dRP) cannot be removed. DNA glycosylases physically and functionally interact with 3CAPS substrates, underlining its structural integrity and biochemical reactivity. The AP lyase activity of bifunctional DNA glycosylases (NTH1, NEIL1, FPG), however, was fully inhibited. Notably, 3CAPS-containing DNA also effectively inhibited the activity of bifunctional glycosylases on authentic substrates. Hence, the chemically stable 3CAPS with its preserved hemiacetal functionality is a potent tool for BER research and a potential inhibitor of bifunctional DNA glycosylases.

More Than Charged Base Loss — Revisiting the Fragmentation of Highly Charged Oligonucleotides

Tandem mass spectrometry is a well-established analytical tool for rapid and reliable characterization of oligonucleotides (ONs) and their gas-phase dissociation channels. The fragmentation mechanisms of native and modified nucleic acids upon different mass spectrometric activation techniques have been studied extensively, resulting in a comprehensive catalogue of backbone fragments. In this study, the fragmentation behavior of highly charged oligodeoxynucleotides (ODNs) comprising up to 15 nucleobases was investigated. It was found that ODNs exhibiting a charge level (ratio of the actual to the total possible charge) of 100% follow significantly altered dissociation pathways compared with low or medium charge levels if a terminal pyrimidine base (3' or 5') is present. The corresponding product ion spectra gave evidence for the extensive loss of a cyanate anion (NCO–), which frequently coincided with the abstraction of water from the 3'- and 5'-end in the presence of a 3'- and 5'-terminal pyrimidine nucleobase, respectively. Subsequent fragmentation of the MNCO– ion by MS3 revealed a so far unreported consecutive excision of a metaphosphate (PO3–)-ion for the investigated sequences. Introduction of a phosphorothioate group allowed pinpointing of PO3– loss to the ultimate phosphate group. Several dissociation mechanisms for the release of NCO– and a metaphosphate ion were proposed and the validity of each mechanism was evaluated by the analysis of backbone- or sugar modified ONs.

La réparation (« Wiedergutmachung ») comme raison d’être : les études sur l’exil (« Exilforschung ») dans l’aire germanophone

La réparation (« Wiedergutmachung ») comme raison d’être : les études sur l’exil (« Exilforschung ») dans l’aire germanophone La contribution se concentrera sur trois aspects des études sur l’exil (« Exilforschung ») germanophone, en donnant priorité à l’évolution en RFA. Les développements en Autriche et en Suisse pourront être abordés pendant la discussion, de même que, d’une manière moins exhaustive, ceux en RDA. 1. Genèse et professionnalisation du champ des études sur l’exil Elles naissent au lendemain de la Seconde Guerre Mondiale suite à l’initiative d’écrivains exilés, qui commencent à réunir des textes littéraires écrits en exil que l’on a appelés à l’époque « Emigrantenliteratur ». Mais ce n’est que dans les années 1960 que les études sur l’exil (« Exilforschung ») se constituent comme un champ d’étude en soi. La Gesellschaft für Exilforschung est créée en 1984 sur le modèle de la North American Society for Exile Studies. Sur fond du lourd héritage des violences perpétrées par le régime nazi et de l’Holocauste, les études allemandes sur l’exil se consacrent, en premier lieu, à la commémoration des victimes du nazisme dans un désir de réparation (« Wiedergutmachung »). Cette volonté de réparation constituera pendant deux décennies un obstacle à une ouverture vers des champs voisins, tels que les études migratoires (migration studies), les études juives (Judaistik) ou encore les études sur le refuge (refugee studies). Une telle ouverture, qui prévoit aussi une expansion temporelle du concept de l’exil (réservé jusqu’ici implicitement aux temps du Nazisme), est le but de plusieurs chaires et initiatives de recherche créées dernièrement. 2. Approches et acquis Il s’agira de caractériser les approches et les acquis des études sur l’exil dans l’aire germanophone. Nous montrerons notamment comment la mission initiale de saisir l’exil des années 1933-45 dans sa totalité a fait place à des questions plus complexes, entre autre autour des concepts d’assimilation et d’acculturation. 3. Perspectives Quelles sont les perspectives des études sur l’exil dans l’aire germanophone ? Nous suggèrerons que l’Exilforschung a, par le biais de son expérience interdisciplinaire et de son approche transnationale, le statut d’un laboratoire permettant d’appréhender questionnements et approches aptes à saisir des phénomènes exiliques au sens large.