Comparison of multiplex ligation-dependent probe amplification and real-time PCR accuracy for gene copy number quantification using the beta-defensin locus

The reliable quantification of gene copy number variations is a precondition for future investigations regarding their functional relevance. To date, there is no generally accepted gold standard method for copy number quantification, and methods in current use have given inconsistent results in selected cohorts. In this study, we compare two methods for copy number quantification. beta-defensin gene copy numbers were determined in parallel in 80 genomic DNA samples by real-time PCR and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). The pyrosequencing-based paralog ratio test (PPRT) was used as a standard of comparison in 79 out of 80 samples. Realtime PCR and MPLA results confirmed concordant DEFB4, DEFB103A, and DEFB104A copy numbers within samples. These two methods showed identical results in 32 out of 80 samples; 29 of these 32 samples comprised four or fewer copies. The coefficient of variation of MLPA is lower compared with PCR. In addition, the consistency between MLPA and PPRT is higher than either PCR/MLPA or PCR/PPRT consistency. In summary, these results suggest that MLPA is superior to real-time PCR in beta-defensin copy number quantification.

Conflicting Cantonalisms: Disputed Sub-national Territorial Identities in Switzerland

The importance of constituent units for democratic federations, in general, and of the Swiss cantons for the Swiss Confederation, in particular, is beyond doubt. What is less clear, however, is how to solve conflicting views on the number and type of such units. The Swiss case offers two highly topical examples in this regard: the merger of the two ‘half-cantons’ Basel-City and Basel-Country, on the one hand, and the creation of a new canton encompassing canton Jura and the French-speaking area of canton Berne, on the other. In comparing different sub-national political identities at play in these two cases, the strength of ‘cantonalism’—understood as attachment to and identification with a canton—in Switzerland in the 21st century is shown. Second, different manifestations of cantonalism are compared: centre-periphery in Basel, linguistic vs. religious in Jura. Finally, the similar direct-democratic pathways chosen to solve both conflicting understandings of cantonalism testify to the Swiss commitment to peaceful, negotiated and popularly sanctioned settlements.

Gentrification alpine : Lorsque le village de montagne devient un arrondissement métropolitain. Les nouveaux résidents partagés entre amour du paysage et capital symbolique

Cet article aborde la transformation de régions de montagne en lieux de résidence remplaçant des secteurs économiques plus anciens (agriculture, industrie manufacturière, tourisme) dans les montagnes européennes. Il se place dans la perspective du développement régional et de son impact sur les ressources régionales fixes, le « capital territorial ». Cette nouvelle tendance affecte les montagnes européennes de deux manières, et participe à la formation de régions métropolitaines qui combinent centres métropolitains et environnements de loisirs fondés sur les attraits du paysage pour constituer de nouvelles entités intégrées. Au cours du processus, le paysage devient un bien de consommation nouveau et rare, qui joue un rôle dans l’accumulation du capital investi. L’article établit que les concepts d’esthétique du paysage et d’agréments ne suffisent pas à expliquer cette nouvelle dynamique, car ils méconnaissent les processus spatio-économiques ainsi que le rôle de la marchandisation du paysage pour les nouveaux résidents. Ces nouveaux résidents ont un profil plus « multilocal » que migrant. La multilocalité et l’usage sélectif des produits du paysage freinent le processus d’intégration, crucial pour entretenir et développer le capital territorial. On peut poser que la présence non permanente des nouveaux résidents risque d’affaiblir et non de renforcer les structures locales existantes. Il semble donc nécessaire de déployer des efforts particuliers auprès de chaque groupe de nouveaux résidents pour que de simples résidents à temps partiel deviennent des acteurs régionaux (au moins à temps partiel). De plus, le concept du développement régional centré sur les acteurs innovants doit être remis en question dans la mesure où l’aspect « consommation » domine le rapport du paysage.