On the traces of XPD: cell cycle matters - untangling the genotype-phenotype relationship of XPD mutations

Abstract Mutations in the human gene coding for XPD lead to segmental progeria - the premature appearance of some of the phenotypes normally associated with aging - which may or may not be accompanied by increased cancer incidence. XPD is required for at least three different critical cellular functions: in addition to participating in the process of nucleotide excision repair (NER), which removes bulky DNA lesions, XPD also regulates transcription as part of the general transcription factor IIH (TFIIH) and controls cell cycle progression through its interaction with CAK, a pivotal activator of cyclin dependent kinases (CDKs). The study of inherited XPD disorders offers the opportunity to gain insights into the coordination of important cellular events and may shed light on the mechanisms that regulate the delicate equilibrium between cell proliferation and functional senescence, which is notably altered during physiological aging and in cancer. The phenotypic manifestations in the different XPD disorders are the sum of disturbances in the vital processes carried out by TFIIH and CAK. In addition, further TFIIH- and CAK-independent cellular activities of XPD may also play a role. This, added to the complex feedback networks that are in place to guarantee the coordination between cell cycle, DNA repair and transcription, complicates the interpretation of clinical observations. While results obtained from patient cell isolates as well as from murine models have been elementary in revealing such complexity, the Drosophila embryo has proven useful to analyze the role of XPD as a cell cycle regulator independently from its other cellular functions. Together with data from the biochemical and structural analysis of XPD and of the TFIIH complex these results combine into a new picture of the XPD activities that provides ground for a better understanding of the patophysiology of XPD diseases and for future development of diagnostic and therapeutic tools.

Maximum flight velocity of blood drops in analysing blood traces

When analysing blood spatters, traces often occur which regarding the collision angle, cannot be allocated to any supposed centre of origin. Drops following highly curved (ballistic) trajectories usually form these types of traces. The reconstruction of such trajectories requires knowledge of the mass, the diameter (of which approximations are known) and the velocity of the blood drops. This article provides an upper range of the velocity in relation to the diameter of the blood drops based on physical laws. This is very helpful in analysing ballistic trajectories.

Test Blueprints - Exposing Side Effects in Execution Traces to Support Writing Unit Tests

Writing unit tests for legacy systems is a key maintenance task. When writing tests for object-oriented programs, objects need to be set up and the expected effects of executing the unit under test need to be verified. If developers lack internal knowledge of a system, the task of writing tests is non-trivial. To address this problem, we propose an approach that exposes side effects detected in example runs of the system and uses these side effects to guide the developer when writing tests. We introduce a visualization called Test Blueprint, through which we identify what the required fixture is and what assertions are needed to verify the correct behavior of a unit under test. The dynamic analysis technique that underlies our approach is based on both tracing method executions and on tracking the flow of objects at runtime. To demonstrate the usefulness of our approach we present results from two case studies.

Executive Stock Ownership and Performance: Tracking Faint Traces

We examine the relation between managers' financial interests and firm performance. Since the relation could go in either direction, we cast the analysis in a simultaneous equations framework. For firms involved in acquisitions, we find that acquisition performance and Tobin's Q ratios affect the size of managers' stockholdings. We find no evidence, however, that larger stockholdings lead to better performance. Perhaps management is effectively disciplined by competition in product and labor markets. Alternatively, it may not be necessary for top executives to own stock to the residual claimants. And finally, higher ownership might multiply the opportunities to appropriate corporate wealth.

Persistence of biological traces in gun Barrels after fatal contact shots

Backspatter from wounds caused by contact shots against a biological target had before been shown to be propelled into firearms' barrels where they can persist and be retrieved from as relevant forensic evidence. Herein, that insight was applied to the investigation of a case of multiple familial homicide with a firearm. Samples of backspatter were collected from the firearm using DNA-free swabs. DNA was extracted from the swabs, and 16 STR systems were PCR-amplified to generate DNA profiles of all victims shot by the firearm. The quality of the resulting DNA profiles was sufficient to exclude the perpetrator as donor and to differentiate the three closely related victims thereby proving that all three victims had been shot by the same firearm from very close or contact distance. A key insight gained from this case was that not only a firearms' barrel inside but other inner surfaces may be charged with profilable DNA.

Schmiede ─ Heiligtum ─ Wassermühle. Cham-Hagendorn (Kanton Zug) in römischer Zeit. Ausgrabungen 1944/45 und 2003/04

1944/1945 wurde in Cham-Hagendorn eine Wassermühle ausgegraben, die dank ihrer aussergewöhnlich guten Holzerhaltung seit langem einen prominenten Platz in der Forschung einnimmt. 2003 und 2004 konnte die Kantonsarchäologie Zug den Platz erneut archäologisch untersuchen. Dabei wurden nicht nur weitere Reste der Wassermühle, sondern auch Spuren älterer und jüngerer Anlagen geborgen: eine ältere und eine jüngere Schmiedewerkstatt (Horizont 1a/Horizont 3) sowie ein zweiphasiges Heiligtum (Horizonte 1a/1b). All diese Anlagen lassen sich nun in das in den neuen Grabungen erkannte stratigraphische Gerüst einhängen (s. Beil. 2). Dank der Holzerhaltung können die meisten Phasen dendrochronologisch datiert werden (s. Abb. 4.1/1a): Horizont 1a mit Schlagdaten zwischen 162(?)/173 und 200 n. Chr., Horizont 1b um 215/218 n. Chr. und Horizont 2 um 231 n. Chr. Ferner konnten in den neuen Grabungen Proben für mikromorphologische und archäobotanische Untersuchungen entnommen werden (Kap. 2.2; 3.11). In der vorliegenden Publikation werden der Befund und die Baustrukturen vorgelegt, (Kap. 2), desgleichen sämtliche stratifizierten Funde und eine umfassende Auswahl der 1944/1945 geborgenen Funde (Kap. 3). Dank anpassender Fragmente, sog. Passscherben, lassen sich diese zum Teil nachträglich in die Schichtenabfolge einbinden. Die mikromorphologischen und die archäobotanischen Untersuchungen (Kap. 2.2; 3.11) zeigen, dass der Fundplatz in römischer Zeit inmitten einer stark vom Wald und dem Fluss Lorze geprägten Landschaft lag. In unmittelbarer Nähe können weder eine Siedlung noch einzelne Wohnbauten gelegen haben. Die demnach nur gewerblich und sakral genutzten Anlagen standen an einem Bach, der vermutlich mit jenem Bach identisch ist, der noch heute das Groppenmoos entwässert und bei Cham-Hagendorn in die Lorze mündet (s. Abb. 2.4/1). Der antike Bach führte wiederholt Hochwasser ─ insgesamt sind fünf grössere Überschwemmungsphasen auszumachen (Kap. 2.2; 2.4). Wohl anlässlich eines Seehochstandes durch ein Überschwappen der Lorze in den Bach ausgelöst, müssen diese Überschwemmungen eine enorme Gewalt entwickelt haben, der die einzelnen Anlagen zum Opfer fielen. Wie die Untersuchung der Siedlungslandschaft römischer Zeit rund um den Zugersee wahrscheinlich macht (Kap. 6 mit Abb. 6.2/2), dürften die Anlagen von Cham-Hagendorn zu einer in Cham-Heiligkreuz vermuteten Villa gehören, einem von fünf grösseren Landgütern in diesem Gebiet. Hinweise auf Vorgängeranlagen fehlen, mit denen die vereinzelten Funde des 1. Jh. n. Chr. (Kap. 4.5) in Verbindung gebracht werden könnten. Diese dürften eher von einer der Überschwemmungen bachaufwärts weggerissen und nach Cham-Hagendorn eingeschwemmt worden sein. Die Nutzung des Fundplatzes (Horizont 1a; s. Beil. 6) setzte um 170 n. Chr. mit einer Schmiedewerkstatt ein (Kap. 2.5.1). Der Fundanfall, insbesondere die Schmiedeschlacken (Kap. 3.9) belegen, dass hier nur hin und wieder Geräte hergestellt und repariert wurden (Kap. 5.2). Diese Werkstatt war vermutlich schon aufgelassen und dem Verfall preisgegeben, als man 200 n. Chr. (Kap. 4.2.4) auf einer Insel zwischen dem Bach und einem Lorzearm ein Heiligtum errichtete (Kap. 5.3). Beleg für den sakralen Status dieser Insel ist in erster Linie mindestens ein eigens gepflanzter Pfirsichbaum, nachgewiesen mit Pollen, einem Holz und über 400 Pfirsichsteinen (Kap. 3.11). Die im Bach verlaufende Grenze zwischen dem sakralen Platz und der profanen Umgebung markierte man zusätzlich mit einer Pfahlreihe (Kap. 2.5.3). In diese war ein schmaler Langbau integriert (Kap. 2.5.2), der an die oft an Temenosmauern antiker Heiligtümer angebauten Portiken erinnert und wohl auch die gleiche Funktion wie diese gehabt hatte, nämlich das Aufbewahren von Weihegaben und Kultgerät (Kap. 5.3). Das reiche Fundmaterial, das sich in den Schichten der ersten Überschwemmung fand (s. Abb. 5./5), die um 205/210 n. Chr. dieses Heiligtum zerstört hatte, insbesondere die zahlreiche Keramik (Kap. 3.2.4), und die zum Teil auffallend wertvollen Kleinfunde (Kap. 3.3.3), dürften zum grössten Teil einst in diesem Langbau untergebracht gewesen sein. Ein als Glockenklöppel interpretiertes, stratifiziertes Objekt spricht dafür, dass die fünf grossen, 1944/1945 als Stapel aufgefundenen Eisenglocken vielleicht auch dem Heiligtum zuzuweisen sind (Kap. 3.4). In diesen Kontext passen zudem die überdurchschnittlich häufig kalzinierten Tierknochen (Kap. 3.10). Nach der Überschwemmung befestigte man für 215 n. Chr. (Kap. 4.2.4) das unterspülte Bachufer mit einer Uferverbauung (Kap. 2.6.1). Mit dem Bau eines weiteren, im Bach stehenden Langbaus (Kap. 2.6.2) stellte man 218 n. Chr. das Heiligtum auf der Insel in ähnlicher Form wieder her (Horizont 1b; s. Beil. 7). Von der Pfahlreihe, die wiederum die sakrale Insel von der profanen Umgebung abgrenzte, blieben indes nur wenige Pfähle erhalten. Dennoch ist der sakrale Charakter der Anlage gesichert. Ausser dem immer noch blühenden Pfirsichbaum ist es ein vor dem Langbau aufgestelltes Ensemble von mindestens 23 Terrakottafigurinen (s. Abb. 3.6/1), elf Veneres, zehn Matres, einem Jugendlichen in Kapuzenmantel und einem kindlichen Risus (Kap. 3.6; s. auch Kap. 2.6.3). In den Sedimenten der zweiten Überschwemmung, der diese Anlage um 225/230 n. Chr. zum Opfer gefallen war, fanden sich wiederum zahlreiche Keramikgefässe (Kap. 3.2.4) und zum Teil wertvolle Kleinfunde wie eine Glasperle mit Goldfolie (Kap. 3.8.2) und eine Fibel aus Silber (Kap. 3.3.3), die wohl ursprünglich im Langbau untergebracht waren (Kap. 5.3.2 mit Abb. 5/7). Weitere Funde mit sicherem oder möglichem sakralem Charakter finden sich unter den 1944/1945 geborgenen Funden (s. Abb. 5/8), etwa ein silberner Fingerring mit Merkurinschrift, ein silberner Lunula-Anhänger, eine silberne Kasserolle (Kap. 3.3.3), eine Glasflasche mit Schlangenfadenauflage (Kap. 3.8.2) und einige Bergkristalle (Kap. 3.8.4). Im Bereich der Terrakotten kamen ferner mehrere Münzen (Kap. 3.7) zum Vorschein, die vielleicht dort niedergelegt worden waren. Nach der zweiten Überschwemmung errichtete man um 231 n. Chr. am Bach eine Wassermühle (Horizont 2; Kap. 2.7; Beil. 8; Abb. 2.7/49). Ob das Heiligtum auf der Insel wieder aufgebaut oder aufgelassen wurde, muss mangels Hinweisen offen bleiben. Für den abgehobenen Zuflusskanal der Wassermühle verwendete man mehrere stehen gebliebene Pfähle der vorangegangenen Anlagen der Horizonte 1a und 1b. Obwohl die Wassermühle den 28 jährlichen Überschwemmungshorizonten (Kap. 2.2) und den Funden (Kap. 4.3.2; 4.4.4; 45) zufolge nur bis um 260 n. Chr., während gut einer Generation, bestand, musste sie mindestens zweimal erneuert werden – nachgewiesen sind drei Wasserräder, drei Mühlsteinpaare und vermutlich drei Podeste, auf denen jeweils das Mahlwerk ruhte. Grund für diese Umbauten war wohl der weiche, instabile Untergrund, der zu Verschiebungen geführt hatte, so dass das Zusammenspiel von Wellbaum bzw. Sternnabe und Übersetzungsrad nicht mehr funktionierte und das ganze System zerbrach. Die Analyse von Pollen aus dem Gehhorizont hat als Mahlgut Getreide vom Weizentyp nachgewiesen (Kap. 3.11.4). Das Abzeichen eines Benefiziariers (Kap. 3.3.2 mit Abb. 3.3/23,B71) könnte dafür sprechen, dass das verarbeitete Getreide zumindest zum Teil für das römische Militär bestimmt war (s. auch Kap. 6.2.3). Ein im Horizont 2 gefundener Schreibgriffel und weitere stili sowie eine Waage für das Wägen bis zu 35-40 kg schweren Waren aus dem Fundbestand von 1944/1945 könnten davon zeugen, dass das Getreide zu wägen und zu registrieren war (Kap. 3.4.2). Kurz nach 260 n. Chr. fiel die Wassermühle einem weiteren Hochwasser zum Opfer. Für den folgenden Horizont 3 (Beil. 9) brachte man einen Kiesboden ein und errichtete ein kleines Gebäude (Kap. 2.8). Hier war wohl wiederum eine Schmiede untergebracht, wie die zahlreichen Kalottenschlacken belegen (Kap. 3.9), die im Umfeld der kleinen Baus zum Vorschein kamen. Aufgrund der Funde (Kap. 4.4.4; 4.5) kann diese Werkstatt nur kurze Zeit bestanden haben, höchstens bis um 270 n. Chr., bevor sie einem weiteren Hochwasser zum Opfer fiel. Von der jüngsten Anlage, die wohl noch in römische Zeit datiert (Horizont 4; Beil. 10), war lediglich eine Konstruktion aus grossen Steinplatten zu fassen (Kap. 2.9.1). Wozu sie diente, muss offen bleiben. Auch der geringe Fundanfall spricht dafür, dass die Nutzung des Platzes, zumindest für die römische Zeit, allmählich ein Ende fand (Kap. 4.5). Zu den jüngsten Strukturen gehören mehrere Gruben (Kap. 2.9.2), die vielleicht der Lehmentnahme dienten. Mangels Funden bleibt ihre Datierung indes ungewiss. Insbesondere wissen wir nicht, ob sie noch in römische Zeit datieren oder jünger sind. Spätestens mit der fünften Überschwemmung, die zur endgültigen Verlandung führte und wohl schon in die frühe Neuzeit zu setzen ist, wurde der Platz aufgelassen und erst mit dem Bau der bestehenden Fensterfabrik Baumgartner wieder besetzt.

Persistence of biological traces at inside parts of a firearm from a case of multiple familial homicide

Backspatter from wounds caused by contact shots against a biological target had before been shown to be propelled into firearms' barrels where they can persist and be retrieved from as relevant forensic evidence. Herein, that insight was applied to the investigation of a case of multiple familial homicide with a firearm. Samples of backspatter were collected from the firearm using DNA-free swabs. DNA was extracted from the swabs, and 16 STR systems were PCR-amplified to generate DNA profiles of all victims shot by the firearm. The quality of the resulting DNA profiles was sufficient to exclude the perpetrator as donor and to differentiate the three closely related victims thereby proving that all three victims had been shot by the same firearm from very close or contact distance. A key insight gained from this case was that not only a firearms' barrel inside but other inner surfaces may be charged with profilable DNA.