A Staphylococcus xylosus isolate with a new mecC allotype

Recently, a novel variant of mecA known as mecC (mecA(LGA251)) was identified in Staphylococcus aureus isolates from both humans and animals. In this study, we identified a Staphylococcus xylosus isolate that harbors a new allotype of the mecC gene, mecC1. Whole-genome sequencing revealed that mecC1 forms part of a class E mec complex (mecI-mecR1-mecC1-blaZ) located at the orfX locus as part of a likely staphylococcal cassette chromosome mec element (SCCmec) remnant, which also contains a number of other genes present on the type XI SCCmec.

A Foraging Cost of Migration for a Partially Migratory Cyprinid Fish

Migration has evolved as a strategy to maximise individual fitness in response to seasonally changing ecological and environmental conditions. However, migration can also incur costs, and quantifying these costs can provide important clues to the ultimate ecological forces that underpin migratory behaviour. A key emerging model to explain migration in many systems posits that migration is driven by seasonal changes to a predation/growth potential (p/g) trade-off that a wide range of animals face. In this study we assess a key assumption of this model for a common cyprinid partial migrant, the roach Rutilus rutilus, which migrates from shallow lakes to streams during winter. By sampling fish from stream and lake habitats in the autumn and spring and measuring their stomach fullness and diet composition, we tested if migrating roach pay a cost of reduced foraging when migrating. Resident fish had fuller stomachs containing more high quality prey items than migrant fish. Hence, we document a feeding cost to migration in roach, which adds additional support for the validity of the p/g model of migration in freshwater systems.

Hyaluronic Acid Levels Predict Risk of Hepatic Encephalopathy and Liver-Related Death in HIV/Viral Hepatitis Coinfected Patients

Background Whereas it is well established that various soluble biomarkers can predict level of liver fibrosis, their ability to predict liver-related clinical outcomes is less clearly established, in particular among HIV/viral hepatitis co-infected persons. We investigated plasma hyaluronic acid’s (HA) ability to predict risk of liver-related events (LRE; hepatic coma or liver-related death) in the EuroSIDA study. Methods Patients included were positive for anti-HCV and/or HBsAg with at least one available plasma sample. The earliest collected plasma sample was tested for HA (normal range 0–75 ng/mL) and levels were associated with risk of LRE. Change in HA per year of follow-up was estimated after measuring HA levels in latest sample before the LRE for those experiencing this outcome (cases) and in a random selection of one sixth of the remaining patients (controls). Results During a median of 8.2 years of follow-up, 84/1252 (6.7%) patients developed a LRE. Baseline median (IQR) HA in those without and with a LRE was 31.8 (17.2–62.6) and 221.6 ng/mL (74.9–611.3), respectively (p<0.0001). After adjustment, HA levels predicted risk of contracting a LRE; incidence rate ratios for HA levels 75–250 or ≥250 vs. <75 ng/mL were 5.22 (95% CI 2.86–9.26, p<0.0007) and 28.22 (95% CI 14.95–46.00, p<0.0001), respectively. Median HA levels increased substantially prior to developing a LRE (107.6 ng/mL, IQR 0.8 to 251.1), but remained stable for controls (1.0 ng/mL, IQR –5.1 to 8.2), (p<0.0001 comparing cases and controls), and greater increases predicted risk of a LRE in adjusted models (p<0.001). Conclusions An elevated level of plasma HA, particularly if the level further increases over time, substantially increases the risk of contracting LRE over the next five years. HA is an inexpensive, standardized and non-invasive supplement to other methods aimed at identifying HIV/viral hepatitis co-infected patients at risk of hepatic complications.

Post-Mortem Cardiac 3T Magnetic Resonance Imaging. Visualization of Sudden Cardiac Death?

OBJECTIVES: This study aimed to investigate post-mortem magnetic resonance imaging (pmMRI) for the assessment of myocardial infarction and hypointensities on post-mortem T2-weighted images as a possible method for visualizing the myocardial origin of arrhythmic sudden cardiac death. BACKGROUND: Sudden cardiac death has challenged clinical and forensic pathologists for decades because verification on post-mortem autopsy is not possible. pmMRI as an autopsy-supporting examination technique has been shown to visualize different stages of myocardial infarction. METHODS: In 136 human forensic corpses, a post-mortem cardiac MR examination was carried out prior to forensic autopsy. Short-axis and horizontal long-axis Images were acquired in situ on a 3-T system. RESULTS: In 76 cases, myocardial findings could be documented and correlated to the autopsy findings. Within these 76 study cases, a total of 124 myocardial lesions were detected on pmMRI (chronic: 25; subacute: 16; acute: 30; and peracute: 53). Chronic, subacute, and acute infarction cases correlated excellently to the myocardial findings on autopsy. Peracute infarctions (age range: minutes to approximately 1 h) were not visible on macroscopic autopsy or histological examination. Peracute infarction areas detected on pmMRI could be verified in targeted histological investigations in 62.3% of cases and could be related to a matching coronary finding in 84.9%. A total of 15.1% of peracute lesions on pmMRI lacked a matching coronary finding but presented with severe myocardial hypertrophy or cocaine intoxication facilitating a cardiac death without verifiable coronary stenosis. CONCLUSIONS: 3-T pmMRI visualizes chronic, subacute, and acute myocardial infarction in situ. In peracute infarction as a possible cause of sudden cardiac death, it demonstrates affected myocardial areas not visible on autopsy. pmMRI should be considered as a feasible post-mortem investigation technique for the deceased patient if no consent for a clinical autopsy is obtained.

Islam als Problem der Gesellschaft

Die Blicke, die die Wissenschaft auf Islam und Muslime in der Schweiz wirft, sind in den meisten Fällen entweder auf Subjekte gerichtet, oder sie behandeln die soziale und kommunikative Konstruktion jener Phänomene nur mit Blick auf einzelne Teilsysteme der Gesellschaft wie Politik und Massenmedien (respektive öffentliche Diskurse) ohne gesellschaftstheoretische und funktionalistische Rückbindung. Die vorliegende Arbeit positioniert sich in dieser Beobachtungslücke und nimmt die vielfältigen Beobachter der Gesellschaft von Islam und Muslimen in der Schweiz in den Blick. Fragt man danach, welche Strukturen sich wie irritieren lassen, treten die Phänomene Islam und Muslime in den Hintergrund, und auf dem analytischen Schirm erscheint die Gesellschaft selbst. In der Folge werden die umfangreichen Kommunikationsleistungen sichtbar, die eine Irritation in verschiedenen Teilsystemen – nicht nur in der Politik oder den Massenmedien, sondern genauso im Recht, der Religion, der Kunst oder der Wirtschaft – auslöst. Sei es, dass Eltern ihre Kinder aus religiösen Gründen nicht am gemischtgeschlechtlich erteilten Schwimmunterricht an öffentlichen Primarschulen in Basel teilnehmen lassen wollen, oder dass ein muslimischer Verein im Zuge des Um- und Ausbaus ihres Vereinslokals in Langenthal ein Minarett auf dem Dach desselben errichten will: diese und andere Gesuche, (teil-)öffentlich soziale Vielfalt in der Form religiöser Differenz auszudrücken, regen eine Fülle von Beobachtungs- und Kommunikationsleistungen an. Den Hauptteil der vorliegenden Studie bildet denn auch die Analyse der vielfältigen Reaktionen in zwei Konfliktfällen zur Nichtteilnahme am gemischtgeschlechtlich erteilten Schwimmunterricht in Primarschulen Basel-Stadts und dem Baugesuch für ein Minarett und eine Kuppel als Teil des Ausbaus eines Vereinslokals in Langenthal. Die beiden Fälle wurden deshalb ausgewählt, weil ihre anfängliche Irritation quer durch die gesellschaftlichen Teilsysteme hindurch und über mehrere Jahre hinweg Antwortversuche auslöste und die empirische Analyse deshalb über mehr und aussagekräftigeres Material verfügen konnte, als es in anderen, ansonsten für eine Analyse prinzipiell auch denkbaren, Konfliktfällen, beispielsweise zur Einrichtung eines muslimischen Grabfeldes auf einem Friedhof oder dem Tragen eines Kopftuchs an der Schule, bei der Arbeit oder beim Sport, möglich gewesen wäre. Die Beobachtung des Umgangs mit diesen beiden Instanzen sozialer Vielfalt (aber auch in inhaltlich anders gelagerten Fällen der Differenzbearbeitung) macht sichtbar, dass und wie Erwartungen verunsichert und Lösungen für die Aufhebung dieser Unsicherheiten gefunden und ausprobiert werden. Die zentrale Einsicht der Studie lautet, dass selbstreproduzierende und selbstorganisierende Systeme, wie es Recht, Politik, Massenmedien, Kunst und Religion unter den Bedingungen einer funktional differenzierten, modernen Gesellschaft sind, aufgrund ihrer spezifischen Funktionsweise in der Gesellschaft ihre eigenen Zugänge zu religiöser Vielfalt entwickeln, die sich nur schwer miteinander vereinbaren lassen. In anderen Worten interessiert sich das Rechtssystem für die rechtlichen Folgen des Auftauchens islamischer Normativitäten, die Politik für daraus resultierende Machtansprüche, oder die Massenmedien für das aus der Vielfalt resultierende Konfliktpotenzial. Um gleichzeitig diese Einsicht in kürzeste Form zu bringen und die Wahl des Titels der vorliegenden Studie zu erläutern, sind Islam und Muslime kommunikativ konstruierte Artefakte. Sie werden jeweils dazu, was die Gesellschaft – respektive die sozialen Systeme, aus denen diese besteht – aus ihnen vermittels ihrer eigenen Beobachtungsleistungen macht. Dies schliesst natürlich die im vorliegenden Text kommunizierten Beschreibungen mit ein, da auch sie nichts anderes als einen Vollzug von Gesellschaft darstellen. Die Analyse von Konfliktfällen zu muslimisch-religiöser Diversität in den folgenden Kapiteln will dementsprechend keine Aussagen über Islam, Muslime und ihre Hintergründe und Motivlagen, die zu Konflikten führen könnten, treffen. Jenseits dieser subjektorientierten Beschreibungen genügt es dem Anspruch der vorliegenden Arbeit jedoch auch nicht, nur das Kursieren von Differenzsemantiken oder Diskursen über Islam und Muslime festzustellen – obwohl dies einen Teil der Analyse bildet. Diese gesellschaftlichen Problematisierungen von und die mannigfaltigen „Umgangsformen“ gegenüber Islam und Muslimen, oder allgemeiner: gegenüber Fremdheit, Differenz, Vielfalt – sollen zudem auf ihre funktionalen und gesellschaftsstrukturellen Ermöglichungsbedingungen und Grenzen hin untersucht werden. Wenn die vorliegende Studie Konfliktfälle analysiert, die als muslimisch bezeichnete Personen in die Kommunikation miteinbeziehen, liegt ihr Forschungsinteresse also auf einer Beobachtungsebene zweiter Ordnung und in den Formen des kommunikativen Umgangs mit Kontingenz und Vielfalt in der Form von „Islam“ und „Muslimen“ – und dafür, wo die Grenzen dieses Umgangs liegen. Dementsprechend sind die beiden fallanalytischen Kapitel (4 und 5) nach systemspezifischen Problemlösungen des Rechts, der Politik, der Massenmedien, der Kunst und der Religion strukturiert. Der Einsatz eines systemtheoretischen Analyserahmens, wie in Kapitel 2 dargestellt, in Kombination mit einer adaptierten Methode (in Kapitel 3 diskutiert) ermöglicht es dabei,spezifische, system- oder beobachterspezifische Unterscheidungsleistungen zu erkennen, die den jeweiligen Problemlösungsstrategien zu Grunde liegen. Die Bezeichnung „systemtheoretisch“ deutet dabei bereits an, dass sich der Analysefokus von individuellen Akteuren mit Motiven und Handlungen weg und in Richtung überindividueller, also sozialer, Kommunikationsstrukturen verschiebt. Die erkenntnistheoretischen Grundlagen der alltäglichen und wissenschaftlichen Beschäftigung mit dem, was gemeinhin „Realität“ genannt wird, werden gleich in Kapitel 2 diskutiert, um die Basis für die darauffolgenden konstruktivistischen, kommunikations-, system- und differenztheoretischen sowie funktionalistischen Überlegungen der hier verwendeten Methodologie zu schaffen (Kapitel 3). Der empirischen Erforschung der kommunikativen Mechanismen des Umgangs mit (sozialer Vielfalt, hier: Islamität zugeschriebener) Kontingenz widmet sich die vorliegende Arbeit daraufhin anhand der beiden obengenannten Fallstudien des Schwimmunterrichts in Basel-Stadt (Kapitel 4) und des Minarettbaugesuchs in Langenthal (Kapitel 5). Eine Analyse der kommunikativen Unterscheidungsleistungen, die Objekte durch sprachlichen Ein- und Ausschluss (und blinde Flecken) konstruiert, fördert die Schlüsselstellung von System- und Gesellschaftsstrukturen, tradierten Gesellschaftsbildern, Integrationsvorstellungen und dem ungebrochenen Vertrauen in die Möglichkeit gesellschaftlicher Steuerung für die Grenzen des Umgangs mit sozialer Vielfalt zu Tage. In der Fallstudie zum Schwimmunterricht in Basel (Kapitel 4) treten einander die Beobachtungsperspektiven des Rechts, der Politik, der Erziehung und der Massenmedien gegenüber, und ihre verschiedenen Funktionslogiken werden sichtbar. Angesichts dieses Befunds gesellschaftlicher Ausdifferenzierung zeichnet sich die Schwierigkeit ab, noch vom Nichtbesuch des Schwimmunterrichts aus religiösen Gründen als einem Problem zu sprechen. Im Gegenteil: in der funktional differenzierten, modernen Gesellschaft stellt der Widerspruch, das „Nein“ der Absage an den Besuch des gemischtgeschlechtlich erteilten Schwimmunterrichts, ein Mehrfachproblem dar. Er wird von mehreren Systemen gleichzeitig, aber aufgrund ihrer Funktion und Strukturen unterschiedlich beobachtet. Darüber hinaus lassen sich auch innerhalb politischer Kommunikation von Seiten der Integrations-, Erziehungs- und Ausländerpolitik drei unterschiedliche „Lösungsansätze“ feststellen. Das Kapitel beschreibt diese funktionale Differenzierung für das Rechtssystem, die Politik und die Massenmedien anhand empirischer Daten wie Gerichtsurteilen, Verwaltungsakten und -publikationen, politischen Vorstössen, massenmedialen Produkten und Interviews. Der Aufbau des Kapitels orientiert sich an jenen systemischen Zugängen. Der Befund der funktionalen Differenzierung wird in einem zweiten Schritt den Selbstbeschreibungen der Systeme gegenüber gestellt, um in den jeweiligen Erwartungsstrukturen die semantischen Grenzen des Umgangs mit Fremdheit respektive Vielfalt aufzudecken und den Weg für Alternativen zu ebnen. Die Fallanalyse zum Minarettbaugesuch in Langenthal (Kapitel 5) ermöglicht eine Überprüfung der Ergebnisse aus der Analyse zum Schwimmunterricht. Im Fall Langenthal bestätigt sich der Befund der systemisch differenzierten Zugänge zum Konfliktfall, wobei zusätzlich zum Recht, der Politik und den Massenmedien in diesem Fall auch die Systeme Religion und Kunst kommunikativ beteiligt sind. Auch dieses Kapitel ist analog zur Fallanalyse dees Schwimmunterrichts entlang der systemischen Zugänge aufgebaut. Durch die Vergleichsmöglichkeiten mit dem Fall Basel können im Fall Langenthal empirische Befunde zu den Formen und Grenzen gesellschaftlicher Selbstbeschreibungen und dem Umgang mit sozialer Vielfalt noch vertieft werden, und um die religiöse und künstlerische Dimension erweitert werden. Das Schlusskapitel (Kapitel 6) rollt die Befunde zur zentralen Bedeutung von Gesellschaftsstruktur und -bildern, Integrations- und Steuerungskonzepten für den Umgang mit islamischer und anderen Formen sozialer Vielfalt – und seine Beschränkungen – noch einmal auf. In der Folge setzt es sich auf der Grundlage der bisher erarbeiteten Erkenntnisse mit einem alternativen Ansatz des Umgangs mit Differenz, der Selbstreflektion, auseinander. Und schliesslich werden die Implikationen dieser Art von Analysen für die Islamwissenschaft sowie wissenschaftliche Anschlussmöglichkeiten diskutiert.

Transport of volatile chlorinated hydrocarbons in unsaturated aggregated media

Transport of volatile hydrocarbons in soils is largely controlled by interactions of vapours with the liquid and solid phase. Sorption on solids of gaseous or dissolved comPounds may be important. Since the contact time between a chemical and a specific sorption site can be rather short, kinetic or mass-transfer resistance effects may be relevant. An existing mathematical model describing advection and diffusion in the gas phase and diffusional transport from the gaseous phase into an intra-aggregate water phase is modified to include linear kinetic sorption on ps-solid and water-solid interfaces. The model accounts for kinetic mass transfer between all three phases in a soil. The solution of the Laplace-transformed equations is inverted numerically. We performed transient column experiments with 1,1,2-Trichloroethane, Trichloroethylene, and Tetrachloroethylene using air-dry solid and water-saturated porous glass beads. The breakthrough curves were calculated based on independently estimated parameters. The model calculations agree well with experimental data. The different transport behaviour of the three compounds in our system primarily depends on Henry's constants.

On the counter-radiation of the atmosphere

This paper is the edited translation of the paper by ANDERS ANGSTRÖM ‘‘Über die Gegenstrahlung der Atmosphäre’’ (On the counter-radiation of the atmosphere) that was published 1916 in the Meteorologische Zeitschrift 33, 529–538.

Fixed and Flexible: Coexistence of Obligate and Facultative Migratory Strategies in a Freshwater Fish

Migration is an important event in many animal life histories, but the degree to which individual animals participate in seasonal migrations often varies within populations. The powerful ecological and evolutionary consequences of such partial migration are now well documented, but the underlying mechanisms are still heavily debated. One potential mechanism of partial migration is between-individual variation in body condition, where animals in poor condition cannot pay the costs of migration and hence adopt a resident strategy. However, underlying intrinsic traits may overrule such environmental influence, dictating individual consistency in migratory patterns. Unfortunately, field tests of individual consistency compared to the importance of individual condition on migratory propensity are rare. Here we analyse 6 years of field data on roach migration, gathered by tagging almost 3000 individual fish and monitoring their seasonal migrations over extended periods of time. Our aims were to provide a field test of the role of condition in wild fish for migratory decisions, and also to assess individual consistency in migratory tendency. Our analyses reveal that (1) migratory strategy, in terms of migration/residency, is highly consistent within individuals over time and (2) there is a positive relationship between condition and the probability of migration, but only in individuals that adopt a migratory strategy at some point during their lives. However, life-long residents do not differ in condition to migrants, hence body condition is only a good predictor of migratory tendency in fish with migratory phenotypes and not a more general determinant of migratory tendency for the population. As resident individuals can achieve very high body condition and still remain resident, we suggest that our data provides some of the first field evidence to show that both facultative and obligate strategies can co-exist within populations of migratory animals.

There and back again: migration in freshwater fishes

Animal migration is an amazing phenomenon that has fascinated humans for long. Many freshwater fishes also show remarkable migrations, whereof the spectacular mass migrations of salmonids from the spawning streams are the most well known and well studied. However, recent studies have shown that migration occurs in a range of freshwater fish taxa from many different habitats. In this review we focus on the causes and consequences of migration in freshwater fishes. We start with an introduction of concepts and categories of migration, and then address the evolutionary causes that drive individuals to make these migratory journeys. The basis for the decision of an individual fish to migrate or stay resident is an evaluation of the costs and benefits of different strategies to maximize its lifetime reproductive effort. We provide examples by discussing our own work on the causes behind seasonal migration in a cyprinid fish, roach (Rutilus rutilus (L., 1758)), within this framework. We then highlight different adaptations that allow fish to migrate over sometimes vast journeys across space, including capacity for orientation, osmoregulation, and efficient energy expenditure. Following this we consider the consequences of migration in freshwater fish from ecological, evolutionary, and conservation perspectives, and finally, we detail some of the recent developments in the methodologies used to collect data on fish migration and how these could be used in future research.

Interplay between temperature, fish partial migration and trophic dynamics

Whereas many studies have addressed the mechanisms driving partial migration, few have focused on the consequences of partial migration on trophic dynamics, and integrated studies combining the two approaches are virtually nonexistent. Here we show that temperature affects seasonal partial migration of cyprinid fish from lakes to predation refuges in streams during winter and that this migration in combination with temperature affects the characteristics and phenology of lower trophic levels in the lake ecosystem. Specifically, our six-year study showed that the proportion of fish migrating was positively related to lake temperature during the pre-migration growth period, i.e. during summer. Migration from the lake occurred later when autumn water temperatures were high, and timing of return migration to the lake occurred earlier at higher spring water temperatures. Moreover, the winter mean size of zooplankton in the lake increased with the proportion of fish being away from the lake, likely as a consequence of decreased predation pressure. Peak biomass of phytoplankton in spring occurred earlier at higher spring water temperatures and with less fish being away from the lake. Accordingly, peak zooplankton biomass occurred earlier at higher spring water temperature, but relatively later if less fish were away from the lake. Hence, the time between phyto- and zooplankton peaks depended only on the amount of fish being away from the lake, and not on temperature. The intensity of fish migration thereby had a major effect on plankton spring dynamics. These results significantly contribute to our understanding of the interplay between partial migration and trophic dynamics, and suggest that ongoing climate change may significantly affect such dynamics.

Temperature and Resource Availability May Interactively Affect Over-Wintering Success of Juvenile Fish in a Changing Climate

The predicted global warming may affect freshwater systems at several organizational levels, from organism to ecosystem. Specifically, in temperate regions, the projected increase of winter temperatures may have important effects on the over-winter biology of a range of organisms and especially for fish and other ectothermic animals. However, temperature effects on organisms may be directed strongly by resource availability. Here, we investigated whether over-winter loss of biomass and lipid content of juvenile roach (Rutilus rutilus) was affected by the physiologically relatively small (2-5°C) changes of winter temperatures predicted by the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC), under both natural and experimental conditions. This was investigated in combination with the effects of food availability. Finally, we explored the potential for a correlation between lake temperature and resource levels for planktivorous fish, i.e., zooplankton biomass, during five consecutive winters in a south Swedish lake. We show that small increases in temperature (+2°C) affected fish biomass loss in both presence and absence of food, but negatively and positively respectively. Temperature alone explained only a minor part of the variation when food availability was not taken into account. In contrast to other studies, lipid analyses of experimental fish suggest that critical somatic condition rather than critical lipid content determined starvation induced mortality. Our results illustrate the importance of considering not only changes in temperature when predicting organism response to climate change but also food-web interactions, such as resource availability and predation. However, as exemplified by our finding that zooplankton over-winter biomass in the lake was not related to over-winter temperature, this may not be a straightforward task.

To boldly go: individual differences in boldness influence migratory tendency

Partial migration, whereby only a fraction of the population migrates, is thought to be the most common type of migration in the animal kingdom, and can have important ecological and evolutionary consequences. Despite this, the factors that influence which individuals migrate and which remain resident are poorly understood. Recent work has shown that consistent individual differences in personality traits in animals can be ecologically important, but field studies integrating personality traits with migratory behaviour are extremely rare. In this study, we investigate the influence of individual boldness, an important personality trait, upon the migratory propensity of roach, a freshwater fish, over two consecutive migration seasons. We assay and individually tag 460 roach and show that boldness influences migratory propensity, with bold individuals being more likely to migrate than shy fish. Our data suggest that an extremely widespread personality trait in animals can have significant ecological consequences via influencing individual-level migratory behaviour.

Sizing up your enemy: individual predation vulnerability predicts migratory probability

Partial migration, in which a fraction of a population migrate and the rest remain resident, occurs in an extensive range of species and can have powerful ecological consequences. The question of what drives differences in individual migratory tendency is a contentious one. It has been shown that the timing of partial migration is based upon a trade-off between seasonal fluctuations in predation risk and growth potential. Phenotypic variation in either individual predation risk or growth potential should thus mediate the strength of the trade-off and ultimately predict patterns of partial migration at the individual level (i.e. which individuals migrate and which remain resident). We provide cross-population empirical support for the importance of one component of this model—individual predation risk—in predicting partial migration in wild populations of bream Abramis brama, a freshwater fish. Smaller, high-risk individuals migrate with a higher probability than larger, low-risk individuals, and we suggest that predation risk maintains size-dependent partial migration in this system.