Tackling Software Navigation Issues of the Smalltalk IDE

The IDE used in most Smalltalk dialects such as Pharo, Squeak or Cincom Smalltalk did not evolve significantly over the last years, if not to say decades. For other languages, for instance Java, the available IDEs made tremendous progress as Eclipse or NetBeans illustrate. While the Smalltalk IDE served as an exemplar for many years, other IDEs caught up or even overtook the erstwhile leader in terms of feature-richness, usability, or code navigation facilities. In this paper we first analyze the difficulty of software navigation in the Smalltalk IDE and second illustrate with concrete examples the features we added to the Smalltalk IDE to fill the gap to modern IDEs and to provide novel, improved means to navigate source space. We show that thanks to the agility and dynamics of Smalltalk, we are able to extend and enhance with reasonable effort the Smalltalk IDE to better support software navigation, program comprehension, and software maintenance in general. One such support is the integration of dynamic information into the static source views we are familiar with. Other means include easing the access to static information (for instance by better arranging important packages) or helping developers re-locating artifacts of interest (for example with a categorization system such as smart groups).

A survey of paediatric HIV programmatic and clinical management practices in Asia and sub-Saharan Africa--the International epidemiologic Databases to Evaluate AIDS (IeDEA)

INTRODUCTION There are limited data on paediatric HIV care and treatment programmes in low-resource settings. METHODS A standardized survey was completed by International epidemiologic Databases to Evaluate AIDS paediatric cohort sites in the regions of Asia-Pacific (AP), Central Africa (CA), East Africa (EA), Southern Africa (SA) and West Africa (WA) to understand operational resource availability and paediatric management practices. Data were collected through January 2010 using a secure, web-based software program (REDCap). RESULTS A total of 64,552 children were under care at 63 clinics (AP, N=10; CA, N=4; EA, N=29; SA, N=10; WA, N=10). Most were in urban settings (N=41, 65%) and received funding from governments (N=51, 81%), PEPFAR (N=34, 54%), and/or the Global Fund (N=15, 24%). The majority were combined adult-paediatric clinics (N=36, 57%). Prevention of mother-to-child transmission was integrated at 35 (56%) sites; 89% (N=56) had access to DNA PCR for infant diagnosis. African (N=40/53) but not Asian sites recommended exclusive breastfeeding up until 4-6 months. Regular laboratory monitoring included CD4 (N=60, 95%), and viral load (N=24, 38%). Although 42 (67%) sites had the ability to conduct acid-fast bacilli (AFB) smears, 23 (37%) sites could conduct AFB cultures and 18 (29%) sites could conduct tuberculosis drug susceptibility testing. Loss to follow-up was defined as >3 months of lost contact for 25 (40%) sites, >6 months for 27 sites (43%) and >12 months for 6 sites (10%). Telephone calls (N=52, 83%) and outreach worker home visits to trace children lost to follow-up (N=45, 71%) were common. CONCLUSIONS In general, there was a high level of patient and laboratory monitoring within this multiregional paediatric cohort consortium that will facilitate detailed observational research studies. Practices will continue to be monitored as the WHO/UNAIDS Treatment 2.0 framework is implemented.

Non-AIDS defining cancers in the D:A:D Study - time trends and predictors of survival: a cohort study

Background Non-AIDS defining cancers (NADC) are an important cause of morbidity and mortality in HIV-positive individuals. Using data from a large international cohort of HIV-positive individuals, we described the incidence of NADC from 2004–2010, and described subsequent mortality and predictors of these. Methods Individuals were followed from 1st January 2004/enrolment in study, until the earliest of a new NADC, 1st February 2010, death or six months after the patient’s last visit. Incidence rates were estimated for each year of follow-up, overall and stratified by gender, age and mode of HIV acquisition. Cumulative risk of mortality following NADC diagnosis was summarised using Kaplan-Meier methods, with follow-up for these analyses from the date of NADC diagnosis until the patient’s death, 1st February 2010 or 6 months after the patient’s last visit. Factors associated with mortality following NADC diagnosis were identified using multivariable Cox proportional hazards regression. Results Over 176,775 person-years (PY), 880 (2.1%) patients developed a new NADC (incidence: 4.98/1000PY [95% confidence interval 4.65, 5.31]). Over a third of these patients (327, 37.2%) had died by 1st February 2010. Time trends for lung cancer, anal cancer and Hodgkin’s lymphoma were broadly consistent. Kaplan-Meier cumulative mortality estimates at 1, 3 and 5 years after NADC diagnosis were 28.2% [95% CI 25.1-31.2], 42.0% [38.2-45.8] and 47.3% [42.4-52.2], respectively. Significant predictors of poorer survival after diagnosis of NADC were lung cancer (compared to other cancer types), male gender, non-white ethnicity, and smoking status. Later year of diagnosis and higher CD4 count at NADC diagnosis were associated with improved survival. The incidence of NADC remained stable over the period 2004–2010 in this large observational cohort. Conclusions The prognosis after diagnosis of NADC, in particular lung cancer and disseminated cancer, is poor but has improved somewhat over time. Modifiable risk factors, such as smoking and low CD4 counts, were associated with mortality following a diagnosis of NADC.

The Incidence of AIDS-Defining Illnesses at a Current CD4 Count >=200 Cells/ L in the Post-Combination Antiretroviral Therapy Era

Background. Few studies consider the incidence of individual AIDS-defining illnesses (ADIs) at higher CD4 counts, relevant on a population level for monitoring and resource allocation. Methods. Individuals from the Collaboration of Observational HIV Epidemiological Research Europe (COHERE) aged ≥14 years with ≥1 CD4 count of ≥200 µL between 1998 and 2010 were included. Incidence rates (per 1000 person-years of follow-up [PYFU]) were calculated for each ADI within different CD4 strata; Poisson regression, using generalized estimating equations and robust standard errors, was used to model rates of ADIs with current CD4 ≥500/µL. Results. A total of 12 135 ADIs occurred at a CD4 count of ≥200 cells/µL among 207 539 persons with 1 154 803 PYFU. Incidence rates declined from 20.5 per 1000 PYFU (95% confidence interval [CI], 20.0–21.1 per 1000 PYFU) with current CD4 200–349 cells/µL to 4.1 per 1000 PYFU (95% CI, 3.6–4.6 per 1000 PYFU) with current CD4 ≥ 1000 cells/µL. Persons with a current CD4 of 500–749 cells/µL had a significantly higher rate of ADIs (adjusted incidence rate ratio [aIRR], 1.20; 95% CI, 1.10–1.32), whereas those with a current CD4 of ≥1000 cells/µL had a similar rate (aIRR, 0.92; 95% CI, .79–1.07), compared to a current CD4 of 750–999 cells/µL. Results were consistent in persons with high or low viral load. Findings were stronger for malignant ADIs (aIRR, 1.52; 95% CI, 1.25–1.86) than for nonmalignant ADIs (aIRR, 1.12; 95% CI, 1.01–1.25), comparing persons with a current CD4 of 500–749 cells/µL to 750–999 cells/µL. Discussion. The incidence of ADIs was higher in individuals with a current CD4 count of 500–749 cells/µL compared to those with a CD4 count of 750–999 cells/µL, but did not decrease further at higher CD4 counts. Results were similar in patients virologically suppressed on combination antiretroviral therapy, suggesting that immune reconstitution is not complete until the CD4 increases to >750 cells/µL.

Toxoplasma gondii Infection in Kyrgyzstan: Seroprevalence, Risk Factor Analysis, and Estimate of Congenital and AIDS-Related Toxoplasmosis

Background HIV-prevalence, as well as incidence of zoonotic parasitic diseases like cystic echinococcosis, has increased in the Kyrgyz Republic due to fundamental socio-economic changes after the breakdown of the Soviet Union. The possible impact on morbidity and mortality caused by Toxoplasma gondii infection in congenital toxoplasmosis or as an opportunistic infection in the emerging AIDS pandemic has not been reported from Kyrgyzstan. Methodology/Principal Findings We screened 1,061 rural and 899 urban people to determine the seroprevalence of T. gondii infection in 2 representative but epidemiologically distinct populations in Kyrgyzstan. The rural population was from a typical agricultural district where sheep husbandry is a major occupation. The urban population was selected in collaboration with several diagnostic laboratories in Bishkek, the largest city in Kyrgyzstan. We designed a questionnaire that was used on all rural subjects so a risk-factor analysis could be undertaken. The samples from the urban population were anonymous and only data with regard to age and gender was available. Estimates of putative cases of congenital and AIDS-related toxoplasmosis in the whole country were made from the results of the serology. Specific antibodies (IgG) against Triton X-100 extracted antigens of T. gondii tachyzoites from in vitro cultures were determined by ELISA. Overall seroprevalence of infection with T. gondii in people living in rural vs. urban areas was 6.2% (95%CI: 4.8–7.8) (adjusted seroprevalence based on census figures 5.1%, 95% CI 3.9–6.5), and 19.0% (95%CI: 16.5–21.7) (adjusted 16.4%, 95% CI 14.1–19.3), respectively, without significant gender-specific differences. The seroprevalence increased with age. Independently low social status increased the risk of Toxoplasma seropositivity while increasing numbers of sheep owned decreased the risk of seropositivity. Water supply, consumption of unpasteurized milk products or undercooked meat, as well as cat ownership, had no significant influence on the risk for seropositivity. Conclusions We present a first seroprevalence analysis for human T. gondii infection in the Kyrgyz Republic. Based on these data we estimate that 173 (95% CI 136–216) Kyrgyz children will be born annually to mothers who seroconverted to toxoplasmosis during pregnancy. In addition, between 350 and 1,000 HIV-infected persons are currently estimated to be seropositive for toxoplasmosis. Taken together, this suggests a substantial impact of congenital and AIDS-related symptomatic toxoplasmosis on morbidity and mortality in Kyrgyzstan.

Higher frequency of genetic variants conferring increased risk for ADRs for commonly used drugs treating cancer, AIDS and tuberculosis in persons of African descent

There is established clinical evidence for differences in drug response, cure rates and survival outcomes between different ethnic populations, but the causes are poorly understood. Differences in frequencies of functional genetic variants in key drug response and metabolism genes may significantly influence drug response differences in different populations. To assess this, we genotyped 1330 individuals of African (n=372) and European (n=958) descent for 4535 single-nucleotide polymorphisms in 350 key drug absorption, distribution, metabolism, elimination and toxicity genes. Important and remarkable differences in the distribution of genetic variants were observed between Africans and Europeans and among the African populations. These could translate into significant differences in drug efficacy and safety profiles, and also in the required dose to achieve the desired therapeutic effect in different populations. Our data points to the need for population-specific genetic variation in personalizing medicine and care.

Aids in Literatur, Theater und Film. Zur kulturellen Dramaturgie eines Störfalls

Aids steht für die letzte grosse Krise der westlichen Welt im ausgehenden 20. Jahrhundert. Heute hat sich die Situa­tion normalisiert: Aus der verheerenden Seuche ist eine zwar ernste, doch einschätzbare Krankheit geworden. Im Rückblick zeigen sich die dreissig Jahre des gesellschaftlichen Umgangs mit Aids als dicht gedrängte Zeit, in der der Umgang mit der neuen, höchst bedrohlich erscheinenden Krankheit ausgehandelt wurde. Der Band zeichnet die Entwicklung des Aids-Diskurses im deutschsprachigen Raum von den Anfängen in den 1980er Jahren bis zur Gegenwart nach. In der Rückschau werden die dominanten Strömungen und Gegenströmungen charakterisiert und die entscheidenden Drehpunkte des Diskurses akzentuiert. Besonderes Augenmerk gilt dem Beitrag von Literatur, Theater und Film zur gesellschaftlichen Verarbeitung von Aids. Die systematische Analyse macht die komplexen Wechselverhältnisse zwischen den Massen­medien, den fiktionalen Gattungen sowie der medizinischen Kommunikation sichtbar. Die regelmässige Wiederkehr von epidemischen Szenarien – BSE, SARS, Vogel- und Schweinegrippe und jüngst EHEC – zeigt, dass ein prüfender Blick auf die sich wiederholenden dramaturgischen Muster der Auseinandersetzung mit ansteckenden Krankheiten nottut. In diesem Zusammenhang trägt das gleichermassen auf wissenschaftliche Genauigkeit wie auf Anschaulichkeit und Allgemeinverständlichkeit angelegte Buch zur kritischen Reflexion der jüngsten Zeitgeschichte bei.

„Es war, als hätte das Virus mich geschwängert.“ Vertextungsformen in Aids-Autobiographien

Die vorliegende Untersuchung der Vertextung von Aids in Autobiografien fokussiert die Frage, welcher Darstellungsstrategien diese sich bedienen und welche Funktionen sie in den westlichen Kulturen übernehmen. Vier Autobiografien werden exemplarisch mit Hilfe der Systemtheorie und der Diskursanalyse analysiert und auf folgende Leitfragen hin untersucht: Sind die AutorInnen an Aids erkrankt oder nicht? Welche Lebenszeit steht ihnen zur Verfügung? Sind sie professionelle Schriftsteller oder Laien? Welche Rolle spielt ihr Geschlecht? Welche Werte werden wie vermittelt? Wird Akzeptabilität geschaffen? Wie wird mit den Grenzen des Akzeptablen umgegangen? Wie wird die Konstruktion und Destruktion des schreibenden Subjektes angesichts der Krankheitserfahrung verhandelt? Das untersuchte Material umfasst ein Spektrum, das • das schnelle Sterben an Aids, das lange Leben mit Aids sowie das Leben als HIV-Negativer in Gegenwart von Aids zeigt. • von gesellschaftlich orientierter Bewältigung der Krankheitserfahrung über individuelle Bewältigung bis hin zur Verweigerung der gesellschaftlichen Integration reicht. • den unterschiedlichen Einsatz von Metaphern bei der Sinngebung und der Vertextung von Körpererfahrung aufzeigt: Sterben als Geburt (Normalisierungsrhetorik), Sterben als Holocaust (Eskalationsrhetorik), Krankheitserfahrung als Generator immer neuer, überbordender Sprachbilder.

Aids-Bilder – Zur Bedeutung des Kaposi Sarkoms im Aids-Diskurs

Bei der Untersuchung der Frage, wie die polymorphe Krankheit Aids in der Literatur und im Film dargestellt wird, zeigt sich, dass die Hautläsionen des Kaposi Sarkoms ein stets wiederkehrendes Bild sind. Der Krankheitskomplex Aids wird unter dem Bild des Kaposi Sarkoms subsumiert. Ausgangspunkt der Analyse ist die Frage, wie die bildlichen Strategien der Darstellung von Aids bzw. des Kaposi Sarkoms in kulturelle Kontexte eingebettet werden. In meinem Beitrag stelle ich insbesondere drei Thesen vor: 1. Bilder vermitteln Wissen: In den frühen Aids-Darstellungen werden die Läsionen mit Referenz auf den medizinischen Diskurs ausführlich erklärt. Später erscheinen sie nur noch als kurzes Bild oder knapper Hinweis. Das Kaposi Sarkom wird zum bildhaften Wissenskürzel. Diese ‚Verkürzelung‘ wird allerdings in neueren Darstellungen wieder infrage gestellt. 2. Bilder erzeugen Sinn: Das Bild des Kaposi Sarkoms erscheint zugleich im Kontext unterschiedlicher Sinngebungsverfahren. Diese schliessen an Diskurse ausserhalb der Medizin an und geben den Läsionen weitere, über die Medizin hinausgehende Bedeutungen. So markieren sie z.B. als ‚Kainsmale‘ sittliche Verfehlung oder machen als ‚Wundmale Christi‘ das Leiden zugänglich. 3. Bilder schaffen Akzeptanz: Die Darstellungen verfolgen nicht selten das Ziel, die Kranken oder die Krankheit akzeptabel zu machen. Je nach Zielpublikum bedienen sie sich dafür unterschiedlicher Strategien. Da das Kaposi Sarkom in einigen Todesszenen verschwindet, geht es zugleich um die Frage, welche Bilder in welchen Kontexten zumutbar sind und wo die Grenzen des Akzeptablen liegen. Die Untersuchung greift auf Luhmanns Theorie der Ausdifferenzierung sozialer Systeme und Foucaults Diskurstheorie zurück: Text- bzw. bild-text-generierende Systeme (z.B. Literatur und Film) eignen sich Material aus anderen Systemen (z.B. Medizin) an und transformieren dieses gattungsspezifisch. Detailliert können diese Transformationen in den Einzeldarstellungen mit einem diskursanalytischem Ansatz untersucht werden. Texte und Bilder reagieren zudem auf Erwartungshorizonte und verändern diese, was sich mit Hilfe der Rezeptionstheorie beschreiben lässt.

Dramaturgie der Seuche. Zur Verarbeitung von Aids in Literatur, Theater und Film

Gegenstand / Untersuchungskorpus Die massenmediale Aufbereitung von Aids ist bereits seit den Anfängen der geisteswissenschaftlichen Beschäftigung mit diesem Thema ein zentraler Gegenstand kritischer Betrachtung. Demgegenüber stellt sich die systematische Erforschung des Beitrages von eher fiktionalen Gattungen zur gesellschaftlichen Verarbeitung von Aids ein Forschungsdesiderat dar. Die Dissertation „Dramaturgie der Seuche“ schliesst mit der Fokussierung auf Literatur, Theater und Film diese Lücke. Die dezidiert interdisziplinäre Auswahl des Untersuchungskorpus’ liefert eine Zusammenschau der Funktionen, die diese Gattungen im Laufe der Zeit innerhalb des Aids-Diskurses übernommen haben. Die Arbeit zeigt die komplexen Wechselverhältnisse zwischen den Massenmedien, den fiktionalen Gattungen sowie der medizinischen Kommunikation auf. Fragedesign auf der Höhe der aktuellen Forschung Gegenwärtig ist erneut ein Interesse kultur- und sozialwissenschaftlicher Disziplinen am Thema Aids zu beobachten. Eine junge Forschergeneration nimmt sich des Themas an und beleuchtet die Auseinandersetzung mit Aids an Hand neuer Fragestellungen und mit neuen Methoden. Im Mittelpunkt dieser wissenschaftlichen Auseinandersetzung stehen die reflektierte Historisierung und Kontextualisierung des Aids-Diskurses seit den 1980er-Jahren. Die Dissertation „Dramaturgie der Seuche“ positioniert sich mit ihrer Frage nach der Struktur und der Entwicklung der gesellschaftlichen Auseinandersetzung mit Aids seit den Anfängen bis zur Gegenwart innerhalb dieses aktuellen Forschungsfeldes. Die Herangehensweise unterscheidet sich damit deutlich von den Forschungen der 1990er-Jahre, die eher von Betroffenheit und/oder unmittelbarer Kritik am Aids-Diskurs in den Massenmedien geprägt war. Zugleich verschafft die kritische Re-Lektüre der zentralen Publikationen zum Thema Aids, etwa von Susan Sontag oder Sander L. Gilman, diesen eine kritische Aktualisierung. Innovatives Methodendesign Um dem interdiszplinären Korpus und der kulturwissenschaftlich inspirierten Fragestellung gerecht zu werden, entwirft die Dissertation ein innovatives Methodendesign, das diskursanalytische und systemtheoretische Ansätze mit theater-, literatur- und filmwissenschaftlichen Analyseinstrumenten synthetisiert. Dieses leistet in der Anwendung sowohl eine präzise und adäquate Tiefenanalyse der untersuchten Texte, Bilder und Filme als auch eine Auswertung dieser Ergebnisse auf einer abstrakteren Ebene, die die komplexe Struktur der Entwicklung des Aids-Diskurses seit den 1980er-Jahren bis heute überzeugend und anschaulich darlegt. Das entworfene Methodendesign lässt sich auf andere Gegenstände anwenden und verspricht ebenso präzise wie innovative Ergebnisse. Ergebnisse: Nutzen für die Öffentlichkeit Die analytische Auseinandersetzung mit der letzten grossen Seuche innerhalb der westlichen Welt birgt nicht nur in der Rückschau auf die letzten Dekaden einen Mehrwert für die Öffentlichkeit. Die regelmässige Wiederkehr von epidemischen Szenarien – BSE, SARS, Vogel- und Schweinegrippe und jüngst EHEC – zeigt, dass ein kritischer Blick auf die sich wiederholenden dramaturgischen Muster des Redens über ansteckende Krankheiten nottut. Die Dissertation „Dramaturgie der Seuche“ trägt dazu bei, die Muster des Seuchendiskurses zu erkennen und reflektiert und kritisch mit der Berichterstattung in den Medien wie auch mit den kursierenden Urban Legends umzugehen. Der Aufbau der Argumentation und der sprachliche Stil verbinden wissenschaftliche Genauigkeit mit Allgemeinverständlichkeit. Dadurch wird die Arbeit breit rezipierbar.

PCR identification of HIV-1 DNA sequences in brain tissue of patients with AIDS encephalopathy.

We analyzed brain tissue from 39 patients for the presence of proviral HIV-1 sequences, using the polymerase chain reaction (PCR) for the amplification of segments of the viral LTR and gag genes. A novel primer extension procedure allowed the detection of a single HIV-1 copy in 1 micrograms DNA. We detected proviral HIV-1 DNA in 16 of 25 brain samples from AIDS patients. Semiquantitative evaluation of the amplified DNAs indicated considerable variation in viral load. Highest levels of proviral DNA were present in brain samples from six patients with clinical evidence of HIV-associated cognitive/motor complex and the histopathologic correlate of HIV leukoencephalopathy or HIV encephalitis. An additional 11 brain samples contained smaller amounts of proviral DNA. In these patients, clinical data were inconclusive regarding the diagnosis of HIV-1 encephalopathy and histopathologically there was no evidence of HIV-1-induced tissue lesions. In nine of 25 seropositive patients with AIDS (36%), brain samples scored negative or did not contain an unequivocal signal indicating the presence of proviral DNA. HIV-1 sequences were not detected in any of 14 control brain samples from HIV-1 seronegative patients. Our data indicate that HIV-1 is present in the central nervous system of the majority (two thirds) of AIDS patients and that the highest levels of proviral DNA in brain tissue are associated with HIV encephalopathy.

[Drug-induced Stevens-Johnson syndrome in a patient with AIDS]

The Stevens-Johnson syndrome is a severe potentially life-threatening form of the erythema multiforme, affecting both skin and mucous membranes. We present a case of a 49-year-old male patient with AIDS who developed a Stevens-Johnson syndrome while being treated with pyrimethamine, sulfadiazine and phenytoin for cerebral toxoplasmosis. Further diagnostic evaluation of this dangerous cutaneous affection may prove difficult for several reasons. In particular, in patients with AIDS who are more susceptible for adverse drug reactions and who are simultaneously receiving a variety of drugs with a considerable potential of cutaneous side effects, therapy cannot be withhold for lack of therapeutic alternatives. Moreover, the low lymphocyte count in this case may have made reliable testing with lymphocyte transformation studies impossible. The evaluation and the differential diagnosis of the drug-induced Stevens-Johnson syndrome are discussed. Especially long- and moderately long-acting sulfonamides belong to the most important agents that can cause a drug-induced Stevens-Johnson syndrome. The pathogenesis and the risk factors for cutaneous hypersensitivity reactions in HIV-infected patients are only poorly understood. These kind of reactions, however, seem to occur more often in patients with a more advanced immunodeficiency.