CopywriteR: DNA copy number detection from off-target sequence data.

Current methods for detection of copy number variants (CNV) and aberrations (CNA) from targeted sequencing data are based on the depth of coverage of captured exons. Accurate CNA determination is complicated by uneven genomic distribution and non-uniform capture efficiency of targeted exons. Here we present CopywriteR, which eludes these problems by exploiting 'off-target' sequence reads. CopywriteR allows for extracting uniformly distributed copy number information, can be used without reference, and can be applied to sequencing data obtained from various techniques including chromatin immunoprecipitation and target enrichment on small gene panels. CopywriteR outperforms existing methods and constitutes a widely applicable alternative to available tools.

Parcours scolaires, accès aux études supérieures et mobilité sociale: comparaison entre la France, la Suisse et le Canada

Le présent article examine dans quelle mesure l’organisation des trajectoires scolaires et les parcours conduisant à l’enseignement supérieur favorisent la mobilité sociale ou au contraire la reproduction des inégalités. Nous avons comparé trois pays : la France, la Suisse et le Canada. Les résultats obtenus à partir des données tirées des panels d’enquêtes menées dans ces trois pays permettent d’observer deux situations opposées. Plus l’enseignement supérieur est valorisé au détriment de la formation professionnelle, plus les inégalités d’accès à l’enseignement supérieur ont tendance à s’exacerber. La compétition y est telle que ce sont les jeunes de milieu favorisé qui tirent davantage profit de son expansion. Par contre, lorsque la formation professionnelle est valorisée, les inégalités auraient plutôt tendance à être modérées.

Geschlechtsspezifische Berufswünsche und Ausbildungsentscheidungen

Dass es geschlechtstypische Berufe gibt, und dass die Berufsaspirationen und die Wahl der Berufsausbildung nach der Pflichtschulzeit zwischen den Geschlechtern deutlich differieren, ist eine vielfach empirisch belegte Tatsache. Diese geschlechtstypische Segregation bei der Berufswahl und der zum ausgewählten Beruf führenden schulischen und beruflichen Ausbildung wird bei der Erklärung oftmals (pauschal) auf die geschlechtsspezifische Sozialisation und darin vermittelte Geschlechterstereotype zurückgeführt. Im vorliegenden Beitrag werden aus strukturell-individualistischer Sicht Mechanismen der geschlechtstypischen Berufsaspiration und Berufsbildungsentscheidung beschrieben, die theoriegeleitet empirisch aufgedeckt werden sollen. Für die Analysen werden Daten der drei Wellen des DAB-Panels verwendet, die für die Deutschschweiz Informationen von 203 Schulklassen mit rund 3.300 Schülerinnen und Schüler zur Verfügung stellen. Mittels dieser Paneldaten wird für Jugendliche der Deutschschweiz gezeigt, dass der sozioökonomische Status des Elternhauses, das damit einhergehende Motiv des intergenerationalen Statuserhalts sowie der Lebenslaufplanungen wichtige Beiträge zur Erklärung der Segregation der Berufswahl nach Geschlecht liefern. Diese mit dem Sozialstatus des Elternhauses verbundenen Mechanismen sind weitaus einflussreicher als die geschlechtsspezifische Sozialisation.

Taxonomy, phylogeny and molecular epidemiology of Echinococcus multilocularis: From fundamental knowledge to health ecology.

Alveolar echinococcosis, caused by the tapeworm Echinococcus multilocularis, is one of the most severe parasitic diseases in humans and represents one of the 17 neglected diseases prioritised by the World Health Organisation (WHO) in 2012. Considering the major medical and veterinary importance of this parasite, the phylogeny of the genus Echinococcus is of considerable importance; yet, despite numerous efforts with both mitochondrial and nuclear data, it has remained unresolved. The genus is clearly complex, and this is one of the reasons for the incomplete understanding of its taxonomy. Although taxonomic studies have recognised E. multilocularis as a separate entity from the Echinococcus granulosus complex and other members of the genus, it would be premature to draw firm conclusions about the taxonomy of the genus before the phylogeny of the whole genus is fully resolved. The recent sequencing of E. multilocularis and E. granulosus genomes opens new possibilities for performing in-depth phylogenetic analyses. In addition, whole genome data provide the possibility of inferring phylogenies based on a large number of functional genes, i.e. genes that trace the evolutionary history of adaptation in E. multilocularis and other members of the genus. Moreover, genomic data open new avenues for studying the molecular epidemiology of E. multilocularis: genotyping studies with larger panels of genetic markers allow the genetic diversity and spatial dynamics of parasites to be evaluated with greater precision. There is an urgent need for international coordination of genotyping of E. multilocularis isolates from animals and human patients. This could be fundamental for a better understanding of the transmission of alveolar echinococcosis and for designing efficient healthcare strategies.