Differenzielle Genexpression im klarzelligen Nierenzellkarzinom

Das klarzellige Nierenzellkarzinom (NZK) ist ein maligner epithelialer Tumor des Nierenparenchyms. Er macht 2 % aller Krebsarten und 85 % der bösartigen Nierentumoren aus. Die Identifizierung differenziell exprimierter Gene mit Hilfe zweier moderner molekularbiologischer Methoden war das Ziel dieser Arbeit. Die Untersuchung der differenziellen Expression der Gene dieses Tumors schafft die Grundlage für ein besseres Verständnis der biochemischen und stoffwechselphysiologischen Zusammenhänge in der Tumorzelle. Differenziell exprimierte Gene können als Tumormarker zu Diagnosezwecken oder als Angriffspunkte neuer Therapien dienen.Verglichen wurde die Methode der cDNA-Subtraktion (suppression subtractive hybridization, SSH) mit der Methode der komplexen Hybridisierung auf hochdichte cDNA-Arrays. Die Methode der SSH erwies sich als sehr sensitiv. Schwach und differenziell exprimierte Gene wurden isoliert. Die Hybridisierung auf cDNA-Arrays wurde zur parallelen Expressionsanalyse von 31500 cDNAs eingesetzt und resultierte in Expressionsprofilen von Genen des Tumor- und Normalgewebes des klarzelligen NZK. Für die Analyse mit cDNA-Arrays sprach die Möglichkeit, im hohen Durchsatz parallel die Expression vieler Gene zu überprüfen, und die gute Automatisierbarkeit dieses Ansatzes. Somit ergänzen sich beide Methoden und führen zu einem umfassenden Bild der differenziell exprimierten Gene der untersuchten Gewebe. Als ein Ergebnis dieser Experimente wurde ein nierenspezifischer Spezialfilter hergestellt, auf dem nierenspezifische und tumorrelevante cDNAs aufgetragen sind. Sie eignen sich zur schnellen Analyse von Patientenmaterial und wurden zur komplexen Hybridisierung eingesetzt.Die differenzielle Expression im Tumorgewebe wurde für einige Gene exemplarisch mit sensitiven konventionellen molekularbiologischen Methoden wie RT-PCR und Northern Blot Analysen bestätigt. Zu diesen Genen zählten b2-Microglobulin, Annexin II und a-NAC als stärker exprimiert im Tumorgewebe, Kininogen und BRAK als Beispiele für schwächer exprimierte Gene im Tumor- verglichen mit dem Normalgewebe. Zusätzlich wurden drei neue Gene identifiziert, deren Expression im Tumor stärker ist als im Normalgewebe. Zwei dieser Gene haben Homologien zu bekannten Genen, zu einer humanen b-hydroxysteroid Dehydrogenase und zu einer humanen Ornithin-Aminotransferase. Von einem Gen konnte noch kein offener Leserahmen bestimmt werden, da es sich um ein unvollständiges Transkript handelt. Diese bekannten und unbekannten Gene sind potenzielle neue Tumormaker und könnten nach weiteren Untersuchungen in Zukunft zur Diagnose und Therapie eingesetzt werden. Durch die Kombination von SSH und komplexer Hybridisierung wurde die antagonistische Regulation einzelner Stoffwechselwege im klarzelligen NZK, wie z.B. der Glykolyse und der Glukoneogenese, nachgewiesen. Die Enzyme der Glykolyse sind im klarzelligen NZK hochreguliert, während die Enzyme der Glukoneogenese herunterreguliert sind. Dies könnte mit dem verstärkten Energieverbrauch des proliferierenden Gewebes erklärt werden. Als Beispiel für einen nierenspezifischen Regulationsmechanismus wurde die differenzielle Genexpression der Enzyme des blutdruckregulierenden Renin-Angiotensin-Aldosteron Systems (RAAS) im klarzelligen NZK nachgewiesen. Die Gene, die zu einer Blutdruckerhöhung führen, werden stärker exprimiert als ihre Antagonisten. Zu den Antagonisten gehört das Gen Kininogen, dessen Expression im normalen Nierengewebe nicht nachzuweisen war und am Beginn des zum RAAS entgegengesetzten Stoffwechselweges steht. In der vorliegenden Arbeit wurde gezeigt, dass sich sowohl die Methode der SSH als auch die der komplexen Hybridisierung auf cDNA-Arrays eignen, differenziell exprimierte Gene zu identifizieren. Diese differenziell exprimierten Gene im Tumor- und Normalgewebe des klarzelligen NZK sind mögliche neue Markergene und geben Einblick in Veränderungen von Stoffwechselwegen während der Tumorentstehung und -progression.

Untersuchungen zur Genexpression in Wurzeln der reblausresistenten Unterlagsrebsorte ’Börner’

Die reblausresistente Unterlagsrebsorte ’Börner’ reagiert auf einen Reblausbefall mit einer Hypersensitivitätsreaktion (HR), die sich in Form von Nekrosen an Blättern und Wurzeln zeigt. Im Rahmen dieser Dissertation wurde der Resistenzmechanismus mittels differenzieller Genexpressionsanalysen untersucht. Unter Anwendung der suppressiven subtraktiven Hybridisierung, der DNA-Microarraytechnik sowie der GeneFishingTM-Methode erfolgte ein Vergleich zwischen der Genexpression in hypersensitivem Wurzelgewebe und Normalgewebe der Unterlagsrebe ’Börner’. Neben der Reblaus induzierten HR wurde insbesondere auf die experimentelle Induktion durch das Pflanzenhormon Indol-3-Essigsäure (IES) zurückgegriffen. Damit sollten Kenntnisse über die Rolle der IES als auslösender Faktor der Resistenzreaktion gewonnen werden. Die Ergebnisse bestätigen die Annahme, dass die IES Pathogenabwehrreaktionen in ’Börner’ induziert. So konnten Hinweise auf die transkriptionelle Aktivierung Resistenz und HR assoziierter Proteine gefunden werden, wie z.B. Phytoalexine und pathogen-related (PR)-Proteine sowie Vertreter aus der hypersensitive-induced response-Familie. Es konnten weiterhin wertvolle Informationen im Hinblick auf die Transduktion des IES-Signals im Zusammenhang mit der Aktivierung von Resistenzreaktionen gewonnen werden. So wurden Hinweise auf die Beteiligung der Signalsubstanzen Ethylen, Salicylsäure, Jasmonsäure, Calcium sowie reaktiver Sauerstoffspezies gefunden. Es konnten zudem Anhaltspunkte für die Aktivierung des Auxin induzierten Ubiquitin/26S-Proteolyseweges und weiterer Signalkomponenten, wie z.B. Kinasen und Transkriptionsfaktoren, ermittelt werden. Auch auf die Beteiligung von Auxinrezeptoren konnte aufgrund der Resultate geschlossen werden. Damit war es im Rahmen der Dissertation möglich, potenzielle Signaltransduktionswege zu erarbeiten, die für weiterführende Untersuchungen des Reblausresistenzmechanismus von entscheidender Bedeutung sind.

Top-quark pair production at hadron colliders

In this thesis we investigate several phenomenologically important properties of top-quark pair production at hadron colliders. We calculate double differential cross sections in two different kinematical setups, pair invariant-mass (PIM) and single-particle inclusive (1PI) kinematics. In pair invariant-mass kinematics we are able to present results for the double differential cross section with respect to the invariant mass of the top-quark pair and the top-quark scattering angle. Working in the threshold region, where the pair invariant mass M is close to the partonic center-of-mass energy sqrt{hat{s}}, we are able to factorize the partonic cross section into different energy regions. We use renormalization-group (RG) methods to resum large threshold logarithms to next-to-next-to-leading-logarithmic (NNLL) accuracy. On a technical level this is done using effective field theories, such as heavy-quark effective theory (HQET) and soft-collinear effective theory (SCET). The same techniques are applied when working in 1PI kinematics, leading to a calculation of the double differential cross section with respect to transverse-momentum pT and the rapidity of the top quark. We restrict the phase-space such that only soft emission of gluons is possible, and perform a NNLL resummation of threshold logarithms. The obtained analytical expressions enable us to precisely predict several observables, and a substantial part of this thesis is devoted to their detailed phenomenological analysis. Matching our results in the threshold regions to the exact ones at next-to-leading order (NLO) in fixed-order perturbation theory, allows us to make predictions at NLO+NNLL order in RG-improved, and at approximate next-to-next-to-leading order (NNLO) in fixed order perturbation theory. We give numerical results for the invariant mass distribution of the top-quark pair, and for the top-quark transverse-momentum and rapidity spectrum. We predict the total cross section, separately for both kinematics. Using these results, we analyze subleading contributions to the total cross section in 1PI and PIM originating from power corrections to the leading terms in the threshold expansions, and compare them to previous approaches. We later combine our PIM and 1PI results for the total cross section, this way eliminating uncertainties due to these corrections. The combined predictions for the total cross section are presented as a function of the top-quark mass in the pole, the minimal-subtraction (MS), and the 1S mass scheme. In addition, we calculate the forward-backward (FB) asymmetry at the Tevatron in the laboratory, and in the ttbar rest frames as a function of the rapidity and the invariant mass of the top-quark pair at NLO+NNLL. We also give binned results for the asymmetry as a function of the invariant mass and the rapidity difference of the ttbar pair, and compare those to recent measurements. As a last application we calculate the charge asymmetry at the LHC as a function of a lower rapidity cut-off for the top and anti-top quarks.

Numerical precision calculations for LHC physics

In dieser Arbeit stelle ich Aspekte zu QCD Berechnungen vor, welche eng verknüpft sind mit der numerischen Auswertung von NLO QCD Amplituden, speziell der entsprechenden Einschleifenbeiträge, und der effizienten Berechnung von damit verbundenen Beschleunigerobservablen. Zwei Themen haben sich in der vorliegenden Arbeit dabei herauskristallisiert, welche den Hauptteil der Arbeit konstituieren. Ein großer Teil konzentriert sich dabei auf das gruppentheoretische Verhalten von Einschleifenamplituden in QCD, um einen Weg zu finden die assoziierten Farbfreiheitsgrade korrekt und effizient zu behandeln. Zu diesem Zweck wird eine neue Herangehensweise eingeführt welche benutzt werden kann, um farbgeordnete Einschleifenpartialamplituden mit mehreren Quark-Antiquark Paaren durch Shufflesummation über zyklisch geordnete primitive Einschleifenamplituden auszudrücken. Ein zweiter großer Teil konzentriert sich auf die lokale Subtraktion von zu Divergenzen führenden Poltermen in primitiven Einschleifenamplituden. Hierbei wurde im Speziellen eine Methode entwickelt, um die primitiven Einchleifenamplituden lokal zu renormieren, welche lokale UV Counterterme und effiziente rekursive Routinen benutzt. Zusammen mit geeigneten lokalen soften und kollinearen Subtraktionstermen wird die Subtraktionsmethode dadurch auf den virtuellen Teil in der Berechnung von NLO Observablen erweitert, was die voll numerische Auswertung der Einschleifenintegrale in den virtuellen Beiträgen der NLO Observablen ermöglicht. Die Methode wurde schließlich erfolgreich auf die Berechnung von NLO Jetraten in Elektron-Positron Annihilation im farbführenden Limes angewandt.