Bioinformatische Identifizierung und Charakterisierung von Zyklin-abhängigen Kinasen und Zyklinen des Parasiten Eimeria tenella und deren Nutzung im rationalen Wirkstoffdesign

Parasiten der Apicomplexa umfassen sowohl humanpathogene, als auch tierpathogene Protozoen. Beispiele für wichtige Vertreter human- und tierpathogener Parasiten sind Plasmodium falciparum und Eimeria tenella. E. tenella verursacht die Kokzidiose des Hühnchens, eine Darmerkrankung die weltweit für Verluste in einer geschätzten Höhe von bis zu 3 Milliarden US$ verantwortlich zeichnet. Eine prophylaktische Vakzinierung gegen diese Krankheit ist ökonomisch meist ineffizient, und eine Behandlung mit Kokzidiostatika wird durch häufige Resistenzbildung gegen bekannte Wirkstoffe erschwert. Diese Situation erfordert die Entwicklung neuer kostengünstiger Alternativen. Geeignete Zielproteine für die Entwicklung neuartiger Arzneistoffe zur Behandlung der Kokzidiose sind die Zyklin-abhängigen Kinasen (CDKs), zu denen auch die CDK-related Kinase 2 (EtCRK2) aus E. tenella gehört. Diese Proteine sind maßgeblich an der Regulation des Zellzyklus beteiligt. Durch chemische Validierung mit dem CDK Inhibitor Flavopiridol konnte nachgewiesen werden, dass ein Funktionsverlust von CDKs in E. tenella die Vermehrung des Parasiten in Zellkultur inhibiert. E. tenella CDKs sind daher als Zielproteine für die Entwicklung einer Chemotherapie der Kokzidiose geeignet. Mittels bioinformatischer Tiefenanalysen sollten CDK Proteine im Parasiten E. tenella identifiziert werden. Das Genom von E. tenella liegt in Rohfassung vor [ftp://ftp.sanger.ac.uk]. Jedoch waren zum Zeitpunkt dieser Arbeiten viele Sequenzen des Genoms noch nicht annotiert. Homologe CDK Proteine von E. tenella konnten durch den Vergleich von Sequenzinformationen mit anderen Organismen der Apicomplexa identifiziert und analysiert werden. Durch diese Analysen konnten neben der bereits bekannten EtCRK2, drei weitere, bislang nicht annotierte CDKs in E. tenella identifiziert werden (EtCRK1, EtCRK3 sowie EtMRK). Darüber hinaus wurde eine Analyse der entsprechenden Zykline – der Aktivatoren der CDKs – bezüglich Funktion und Struktur, sowie eine Datenbanksuche nach bisher nicht beschriebenen Zyklinen in E. tenella durchgeführt. Diese Suchen ergaben vier neue potentielle Zykline für E. tenella, wovon EtCYC3a als Aktivator der EtCRK2 von María L. Suárez Fernández (Intervet Innovation GmbH, Schwabenheim) bestätigt werden konnte. Sequenzvergleiche lassen vermuten, dass auch EtCYC1 und EtCYC3b in der Lage sind, EtCRK2 zu aktivieren. Außerdem ist anzunehmen, dass EtCYC4 als Aktivator der EtCRK1 fungiert. Ein weiterer Schwerpunkt der vorliegenden Arbeit war die Suche und Optimierung nach neuen Inhibitoren von CDKs aus E. tenella. In vorangegangenen Arbeiten konnten bereits Inhibitoren der EtCRK2 gefunden werden [BEYER, 2007]. Mittels Substruktur- und Ähnlichkeitssuchen konnten im Rahmen dieser Arbeit weitere Inhibitoren der EtCRK2 identifiziert werden. Vier dieser Strukturklassen erfüllen die Kriterien einer Leitstruktur. Eine dieser Leitstrukturen gehört zur Strukturklasse der Benzimidazol-Carbonitrile und ist bislang nicht als Inhibitor anderer Kinasen beschrieben. Diese neu identifizierte Leitstruktur konnte in silico weiter optimiert werden. Im Rahmen dieser Arbeit wurden Bindungsenergien von Vertretern dieser Strukturklasse berechnet, um einen wahrscheinlichen Bindemodus vorherzusagen. Für die weiterführende in silico Optimierung wurde eine virtuelle kombinatorische Substanzbibliothek dieser Klasse erstellt. Die Auswahl geeigneter Verbindungen für eine chemische Synthese erfolgte durch molekulares Docking unter Nutzung von Homologiemodellen der EtCRK2. Darüber hinaus wurde ein in silico Screening nach potentiellen Inhibitoren der PfMRK und EtMRK durchgeführt. Dabei konnten weitere interessante virtuelle Hit-Strukturen aus einer Substanzdatenbank kommerziell erhältlicher Verbindungen gefunden werden. Durch dieses virtuelle Screening konnten jeweils sieben Verbindungen als virtuelle Hits der PfMRK sowie der EtMRK identifiziert werden. Die Häufung von Strukturklassen mit bekannter CDK Aktivität deutet darauf hin, dass während des virtuellen Screenings eine Anreicherung von CDK Inhibitoren stattgefunden hat. Diese Ergebnisse lassen auf eine Weiterentwicklung neuer Wirkstoffe gegen Kokzidiose und Malaria hoffen.

Do domestic interests matter? – Der Einfluss nationaler Interessengruppen auf die Position von Staaten zur Umweltpolitik auf EU-Ebene

Wie kann man Ergebnisse internationaler Umweltpolitik erklären? Wie hilfreich ist dabei die liberale Theorie der Internationalen Beziehungen (IB) von Andrew Moravcsik? Die vorliegende Arbeit versucht diese Fragen anhand eines Fallbeispiels internationaler Umweltpolitik – der Position der Bundesrepublik Deutschland bezüglich der einzelnen Streitfragen der EU-Verordnung 443/2009 über den CO2-Ausstoß von Automobilen – zu beantworten. Es wird eine theoriegeleitete Außenpolitikanalyse durchgeführt, deren Hauptaugenmerk auf der spezifischen nationalen Präferenzbildung in einem bestimmten Fall liegt. Hier weist Moravcsiks Theorie eine „Lücke“ auf. Wessen Interessen sich aus welchen Gründen in einer bestimmten Situation wie durchsetzen und damit Politik beeinflussen bleibt unklar. Deshalb erweitert die Arbeit Moravcsiks liberale Theorie der IB mithilfe von Annahmen und Erkenntnissen aus der Verbändeforschung nach innen. Auf diese Weise werden die situationsspezifischen Interessen und die situationsspezifische Durchsetzungsfähigkeit der betroffenen Akteure – nationale Interessengruppen – erhoben und untersucht, inwiefern man mit ihrer Hilfe die deutsche Position zur EU-Verordnung 443/2009 erklären kann. Empirisch erweist sich dabei, dass die Position der BRD zu acht von neun Streitfragen der EU-Verordnung 443/2009 den Interessen einer Koalition aus Industriegewerkschaft (IG) Metall und Verband der Automobilindustrie (VDA) entsprach, weil diese im vorliegenden Fall mit Abstand die größte Durchsetzungsfähigkeit aufwiesen. Lediglich bezüglich einer Streitfrage wich die Position der BRD von den Interessen von IG Metall und VDA ab. Damit lässt sich festhalten: Die Position der BRD zur EU-Verordnung 443/2009 kann weitgehend mithilfe der nach innen erweiterten liberalen Theorie nach Andrew Moravcsik erklärt werden. Trotz möglicher Schwierigkeiten bei der Übertragung erscheint daher eine Anwendung des nach innen erweiterten Liberalismus auf weitere erklärungsbedürftige Phänomene der internationalen Umweltpolitik und damit eine Überprüfung der Theorie insgesamt eine interessante und sinnvolle Aufgabe zu sein.