RelAndXML

Diese Dissertation stellt das neu entwickelte SystemRelAndXML vor, das für das Management und dieSpeicherung von hypertextzentrierten XML-Dokumenten und dendazugehörenden XSL-Stylesheets spezialisiert ist. DerAnwendungsbereich sind die Vorlesungsmaterialien anUniversitäten. RelAndXML speichert die XML-formatiertenÜbungsblätter in Textbausteinen und weiterenTeilen in einer speziellen Datenbank.Die Speicherung von XML-Dokumenten in Datenbanken ist seiteinigen Jahren ein wichtiges Thema der Datenbankforschung.Ansätze dafür gliedern sich in solche fürdatenzentrierte und andere für dokumentenzentrierteDokumente. Die Dissertation präsentiert einen Ansatzzur Speicherung von hypertextzentrierten XML-Dokumenten, derAspekte von datenzentrierten und dokumentenzentriertenAnsätzen kombiniert. Der Ansatz erlaubt dieWiederverwendung von Textbausteinen und speichert dieReihenfolge dort, wo sie wichtig ist. Mit RelAndXML könnennicht nur Elemente gespeichert werden, wie mit einigenanderen Ansätzen, sondern auch Attribute, Kommentareund Processing Instructions. Algorithmen für dieFragmentierung und Rekonstruktion von Dokumenten werdenbereit gestellt.RelAndXML wurde mit Java und unter Verwendung einerobjektrelationalen Datenbank implementiert. Das System hateine graphische Benutzungsoberfläche, die das Erstellenund Verändern der XML- und XSL-Dokumente, dasEinfügen von neuen oder schon gespeichertenTextbausteinen sowie das Erzeugen von HTML-Dokumenten zurVeröffentlichung ermöglicht.

Medicalgenomics.org : an open source database and retrieval system for biomedical analysis

Die Molekularbiologie von Menschen ist ein hochkomplexes und vielfältiges Themengebiet, in dem in vielen Bereichen geforscht wird. Der Fokus liegt hier insbesondere auf den Bereichen der Genomik, Proteomik, Transkriptomik und Metabolomik, und Jahre der Forschung haben große Mengen an wertvollen Daten zusammengetragen. Diese Ansammlung wächst stetig und auch für die Zukunft ist keine Stagnation absehbar. Mittlerweile aber hat diese permanente Informationsflut wertvolles Wissen in unüberschaubaren, digitalen Datenbergen begraben und das Sammeln von forschungsspezifischen und zuverlässigen Informationen zu einer großen Herausforderung werden lassen. Die in dieser Dissertation präsentierte Arbeit hat ein umfassendes Kompendium von humanen Geweben für biomedizinische Analysen generiert. Es trägt den Namen medicalgenomics.org und hat diverse biomedizinische Probleme auf der Suche nach spezifischem Wissen in zahlreichen Datenbanken gelöst. Das Kompendium ist das erste seiner Art und sein gewonnenes Wissen wird Wissenschaftlern helfen, einen besseren systematischen Überblick über spezifische Gene oder funktionaler Profile, mit Sicht auf Regulation sowie pathologische und physiologische Bedingungen, zu bekommen. Darüber hinaus ermöglichen verschiedene Abfragemethoden eine effiziente Analyse von signalgebenden Ereignissen, metabolischen Stoffwechselwegen sowie das Studieren der Gene auf der Expressionsebene. Die gesamte Vielfalt dieser Abfrageoptionen ermöglicht den Wissenschaftlern hoch spezialisierte, genetische Straßenkarten zu erstellen, mit deren Hilfe zukünftige Experimente genauer geplant werden können. Infolgedessen können wertvolle Ressourcen und Zeit eingespart werden, bei steigenden Erfolgsaussichten. Des Weiteren kann das umfassende Wissen des Kompendiums genutzt werden, um biomedizinische Hypothesen zu generieren und zu überprüfen.