Methods and strategies to identify the mode of action of phytoactive compounds

Small molecules affecting biological processes in plants are widely used in agricultural practice as herbicides or plant growth regulators and in basic plant sciences as probes to study the physiology of plants. Most of the compounds were identified in large screens by the agrochemical industry, as phytoactive natural products and more recently, novel phytoactive compounds originated from academic research by chemical screens performed to induce specific phenotypes of interest. The aim of the present PhD thesis is to evaluate different approaches used for the identification of the primary mode of action (MoA) of a phytoactive compound. Based on the methodologies used for MoA identification, three approaches are discerned: a phenotyping approach, an approach based on a genetic screen and a biochemical screening approach.rnFour scientific publications resulting from my work are presented as examples of how a phenotyping approach can successfully be applied to describe the plant MoA of different compounds in detail.rnI. A subgroup of cyanoacrylates has been discovered as plant growth inhibitors. A set of bioassays indicated a specific effect on cell division. Cytological investigations of the cell division process in plant cell cultures, studies of microtubule assembly with green fluorescent protein marker lines in vivo and cross resistant studies with Eleusine indica plants harbouring a mutation in alpha-tubulin, led to the description of alpha-tubulin as a target site of cyanoacrylates (Tresch et al., 2005).rnII. The MoA of the herbicide flamprop-m-methyl was not known so far. The studies described in Tresch et al. (2008) indicate a primary effect on cell division. Detailed studies unravelled a specific effect on mitotic microtubule figures, causing a block in cell division. In contrast to other inhibitors of microtubule rearrangement such as dinitroanilines, flamprop-m-methyl did not influence microtubule assembly in vitro. An influence of flamprop-m-methyl on a target within the cytoskeleton signalling network could be proposed (Tresch et al., 2008).rnIII. The herbicide endothall is a protein phosphatase inhibitor structurally related to the natural product cantharidin. Bioassay studies indicated a dominant effect on dark-growing cells that was unrelated to effects observed in the light. Cytological characterisation of the microtubule cytoskeleton in corn tissue and heterotrophic tobacco cells showed a specific effect of endothall on mitotic spindle formation and ultrastructure of the nucleus in combination with a decrease of the proliferation index. The observed effects are similar to those of other protein phosphatase inhibitors such as cantharidin and the structurally different okadaic acid. Additionally, the observed effects show similarities to knock-out lines of the TON1 pathway, a protein phosphatase-regulated signalling pathway. The data presented in Tresch et al. (2011) associate endothall’s known in vitro inhibition of protein phosphatases with in vivo-effects and suggest an interaction between endothall and the TON1 pathway.rnIV. Mefluidide as a plant growth regulator induces growth retardation and a specific phenotype indicating an inhibition of fatty acid biosynthesis. A test of the cuticle functionality suggested a defect in the biosynthesis of very-long-chain fatty acids (VLCFA) or waxes. Metabolic profiling studies showed similarities with different groups of VLCFA synthesis inhibitors. Detailed analyses of VLCFA composition in tissues of duckweed (Lemna paucicostata) indicated a specific inhibition of the known herbicide target 3 ketoacyl-CoA synthase (KCS). Inhibitor studies using a yeast expression system established for plant KCS proteins verified the potency of mefluidide as an inhibitor of plant KCS enzymes. It could be shown that the strength of inhibition varied for different KCS homologues. The Arabidopsis Cer6 protein, which induces a plant growth phenotype similar to mefluidide when knocked out, was one of the most sensitive KCS enzymes (Tresch et al., 2012).rnThe findings of my own work were combined with other publications reporting a successful identification of the MoA and primary target proteins of different compounds or compound classes.rnA revised three-tier approach for the MoA identification of phytoactive compounds is proposed. The approach consists of a 1st level aiming to address compound stability, uniformity of effects in different species, general cytotoxicity and the effect on common processes like transcription and translation. Based on these findings advanced studies can be defined to start the 2nd level of MoA characterisation, either with further phenotypic characterisation, starting a genetic screen or establishing a biochemical screen. At the 3rd level, enzyme assays or protein affinity studies should show the activity of the compound on the hypothesized target and should associate the in vitro effects with the in vivo profile of the compound.

Vibrational spectroscopy on thermally and optically switchable spin crossover compounds

Oktaedrisch koordinierte Übergangsmetalle mit der Elektronenkonfiguration [Ar]3d4 - 3d7 können in zwei unterschiedlichen elektronischen Zuständen existieren: im High-Spin (HS) oder im Low-Spin (LS) Zustand. Zum Beispiel kann Fe(II) in 1A1g (LS) oder 5T2g (HS) Konfiguration auftreten.Besonderes Interesse besteht in der Aufklärung des Mechanismus der kooperativen Wechselwirkung, die den Spinübergang im Festkörper bestimmt. Hierzu müssen zunächst die internen Freiheitsgrade der molekularen Einheiten bekannt sein. Besonders der Beitrag der molekularen Schwingungen zur Entropiedifferenz, die die Triebkraft des Spinübergangs darstellt, ist von entscheidender Bedeutung. Bisher existieren nur wenige detaillierte Untersuchungen zu den Schwingungseigenschaften der Spincrossovermoleküle.In Rahmen der vorliegenden Arbeit wurden die Schwingungseigenschaften einiger Komplexverbindungen, die Spincrossover zeigen, im Detail untersucht. Dazu wurden temperaturabhängige Raman-, Fern- und Mittel-Infrarot-Spektroskopie, Isotopensubstitution und Normalkoordinatenanalysen (NKA) in Verbindung mit Dichtefunktional-Rechnungen (DFT) verwendet.Die gewonnenen Werte der zugeordneten Schwingungsfrequenzen und die bestimmten Kraftkonstantenänderungen können nun zur Verfeinerung von theoretischen Modellen zur Beschreibung des Spinübergangs verwendet werden.

Synthese funktionalisierter Phenolpolymere durch HRP-katalysierte Polyrekombination

ZUSAMMENFASSUNG: Die durch das Enzym Horseradish Peroxidase katalysierte oxidative Polymerisation substituierter Phenole gewährt einen bequemen Zugang zu funktionalisierten Phenolpolymeren, deren Anwendung als Ersatz für konventionelle Phenol-Formaldehyd-Harze zur Zeit intensiv erforscht wird. Zur Zeit werden Polymerisation dieser Art in Mischungen aus organischen Lösungsmitteln (z.B. 1,4-Dioxan) und Puffer durchgeführt. Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine HRP-katalysierte Phenolpolymerisation von wasserunlöslichen Methacryloyl- und Maleinimid-substituierten Phenolen in 100% Pufferlösung durch die Verwendung von 2,6-methylierten Cyclodextrinen als carrier erreicht. Die so hergestellten Oligomere wurden mit Styrol und MMA copolymerisiert. Weitere Untersuchungen hatten die Synthese photoreaktiver Phenolpolymere mit Zimtsäure- oder Nitrongruppen in der Seitenkette, die Synthese thermisch vernetzbarer Phenolcopolymere aus Furan-2-carboxylsäure-(4-hydroxy-phenyl)-amid und N-methacryloyl-11-aminoundecanoyl-4-hydroxyanilid sowie die Synthese eines Redoxpolymeren ausgehend von 4-Aminophenol zum Ziel. Daneben wurden Strategien zur enzymatisch katalysierten Synthese von Poly[para-phenylenen], hyperverzweigten Phenolpolymeren und biologisch aktiven Phenolpolymeren entwickelt, und detaillierte Untersuchungen zum Polymerisationsmechanismus und zur Struktur der entstehenden Phenolpolymere vorgestellt. Die vorgestellten Phenolpolymere bestehen hoechstwahrscheinlich aus polyaromatischen Helices, da diese p-substituierten Phenole während des Rekombinationsprozesses bevorzugt an den ortho-Positionen rekombinieren.

Entwicklung einer online Kopplungsmethode von GC mit ECD- und ICPMS-Detektion zur Bestimmung biogener leichtflüchtiger bromierter und iodierter Kohlenwasserstoffe in Meerwasser und der Atmosphäre

In dieser Arbeit wurde ein zweidimensionales Kopplungssystem zur Bestimmung von leichtflüchtigen bromierten und iodierten Kohlenwasserstoffen (LHKW) in Wasser- und Luftproben entwickelt. Hierzu wurde ein Gaschromatograph mit einem Elektroneneinfangdetektor (ECD) on-line an ein elementselektives induktiv gekoppeltes Plasma-Massenspektrometer (ICPMS) gekoppelt. Dieses extrem nachweisstarke Analysensystem ermöglicht eine simultane Identifizierung unbekannter und koeluierender Peaks sowie eine vereinfachte Quantifizierung mittels ICPMS. Beim Vergleich des GC-ECD-ICPMS-Kopplungssystem mit den herkömmlichen Detektionsmethoden wie dem Massenspektrometer mit Elektronenstoss-Ionisation und dem Atomemissionsdetektor mit mikrowelleninduziertem Plasma schnitt das neu entwickelte Kopplungssystem ausgezeichnet ab. Für die Isolierung der LHKW aus Meerwasserproben wurde die Purge und Trap Technik verwendet, Luftproben wurden durch Besaugung auf Adsorptionsmaterial angereichert. Im Rahmen des BMBF-Teilprojektes ReHaTrop/AFOHAL wurden im August 2001 und im April/Mai 2002 an der Deutschen Nordseeküste Probenahmen durchgeführt. Die Konzentrationen der Wasserproben lagen im Bereich von 0,1-158 ng L-1, die der Luftproben im Bereich von 0,01-470 pptv. Die Messungen bestätigen die wichtige Rolle von Makroalgen im Zusammenhang mit der Produktion von halogenierten Kohlenwasserstoffen. Die Konzentration der iodierten und bromierten Kohlenwasserstoffe war immer höher in Proben, die direkten Kontakt mit Makroalgen hatten. Inkubationsexperimente zeigen für verschiedene braune und grüne Makroalgen individuelle „Fingerprints“ der biogenen LHKW-Produktion. Bei den Messungen an der Nordseeküste wurden Abhängigkeiten zwischen den LHKW und meteorologischen Parametern gefunden.

Characterisation and field deployment of a novel quantitative Time-of-Flight Aerosol Mass Spectrometer (ToF-AMS)

Das Time-of-Flight Aerosol Mass Spectrometer (ToF-AMS) der Firma Aerodyne ist eine Weiterentwicklung des Aerodyne Aerosolmassenspektrometers (Q-AMS). Dieses ist gut charakterisiert und kommt weltweit zum Einsatz. Beide Instrumente nutzen eine aerodynamische Linse, aerodynamische Partikelgrößenbestimmung, thermische Verdampfung und Elektronenstoß-Ionisation. Im Gegensatz zum Q-AMS, wo ein Quadrupolmassenspektrometer zur Analyse der Ionen verwendet wird, kommt beim ToF-AMS ein Flugzeit-Massenspektrometer zum Einsatz. In der vorliegenden Arbeit wird anhand von Laborexperimenten und Feldmesskampagnen gezeigt, dass das ToF-AMS zur quantitativen Messung der chemischen Zusammensetzung von Aerosolpartikeln mit hoher Zeit- und Größenauflösung geeignet ist. Zusätzlich wird ein vollständiges Schema zur ToF-AMS Datenanalyse vorgestellt, dass entwickelt wurde, um quantitative und sinnvolle Ergebnisse aus den aufgenommenen Rohdaten, sowohl von Messkampagnen als auch von Laborexperimenten, zu erhalten. Dieses Schema basiert auf den Charakterisierungsexperimenten, die im Rahmen dieser Arbeit durchgeführt wurden. Es beinhaltet Korrekturen, die angebracht werden müssen, und Kalibrationen, die durchgeführt werden müssen, um zuverlässige Ergebnisse aus den Rohdaten zu extrahieren. Beträchtliche Arbeit wurde außerdem in die Entwicklung eines zuverlässigen und benutzerfreundlichen Datenanalyseprogramms investiert. Dieses Programm kann zur automatischen und systematischen ToF-AMS Datenanalyse und –korrektur genutzt werden.

Boron determination in biological samples - Intercomparison of three analytical methods to assist development of a treatment protocol for neoplastic diseases of the liver with Boron Neutron Capture Therapy

Die Bor-Neuroneneinfang-Therapie (engl.: Boron Neutron Capture Therapy, BNCT) ist eine indirekte Strahlentherapie, welche durch die gezielte Freisetzung von dicht ionisierender Strahlung Tumorzellen zerstört. Die freigesetzten Ionen sind Spaltfragmente einer Kernreaktion, bei welcher das Isotop 10B ein niederenergetisches (thermisches) Neutron einfängt. Das 10B wird durch ein spezielles Borpräparat in den Tumorzellen angereichert, welches selbst nicht radioaktiv ist. rnAn der Johannes Gutenberg-Universität Mainz wurde die Forschung für die Anwendung eines klinischen Behandlungsprotokolls durch zwei Heilversuche bei Patienten mit kolorektalen Lebermetastasen an der Universität Pavia, Italien, angeregt, bei denen die Leber außerhalb des Körpers in einem Forschungsreaktor bestrahlt wurde. Als erster Schritt wurde in Kooperation verschiedener universitärer Institute eine klinische Studie zur Bestimmung klinisch relevanter Parameter wie der Borverteilung in verschiedenen Geweben und dem pharmakokinetischen Aufnahmeverhalten des Borpräparates initiiert.rnDie Borkonzentration in den Gewebeproben wurde hinsichtlich ihrer räumlichen Verteilung in verschiedenen Zellarealen bestimmt, um mehr über das Aufnahmeverhalten der Zellen für das BPA im Hinblick auf ihre biologischen Charakteristika zu erfahren. Die Borbestimung wurde per Quantitative Neutron Capture Radiography, Prompt Gamma Activation Analysis und Inductively Coupled Plasma Mass Spectroscopy parallel zur histologischen Analyse des Gewebes durchgeführt. Es war möglich zu zeigen, dass in Proben aus Tumorgewebe und aus tumorfreiem Gewebe mit unterschiedlichen morphologischen Eigenschaften eine sehr heterogene Borverteilung vorliegt. Die Ergebnisse der Blutproben werden für die Erstellung eines pharmakokinetischen Modells verwendet und sind in Übereinstimmung mit existierenden pharmakokinetische Modellen. Zusätzlich wurden die Methoden zur Borbestimmung über speziell hergestellte Referenzstandards untereinander verglichen. Dabei wurde eine gute Übereinstimmung der Ergebnisse festgestellt, ferner wurde für alle biologischen Proben Standardanalyseprotokolle erstellt.rnDie bisher erhaltenen Ergebnisse der klinischen Studie sind vielversprechend, lassen aber noch keine endgültigen Schlussfolgerungen hinsichtlich der Wirksamkeit von BNCT für maligne Lebererkrankungen zu. rn

Das deutsche Kriegsgefangenenwesen 1939 - 1945

Zusammenfassung: Die vorliegende Untersuchung zum deutschen Kriegsgefangenenwesen (KGW) im Zweiten Weltkrieg schließt eine wichtige Lücke innerhalb der geschichtswissenschaftlichen Forschungen zum Themenkreis der Kriegsgefangenschaft in deutschem Gewahrsam. Bisherige Studien (bis einschließlich 1997) behandeln vor allem sozial- und kulturgeschichtliche Aspekte der Kriegsgefangenen (Kgf.), der Lagergesellschaft und dem Alltag von Soldaten in Kriegsgefangenschaft. Der Verfasser indes legt mit seiner Magisterarbeit erstmals eine Organisations- und Strukturgeschichte des deutschen Kriegsgefangenenwesens von 1939 bis 1945 vor, welche fundamentale Grundlagen der deutschen militärischen Lagerorganisation und Verwaltung dokumentiert. So wird die Entwicklung von den Vorkriegsplanungen bis zum Kriegsende anhand der zentralen Dienststellen herausgearbeitet und im Kontext des Genfer Kriegsgefangenenabkommens von 1929 und völkerrechtlicher Implikationen gewichtet. Hiermit untrennbar verbundene Einflußnahmen nichtmilitärischer Stellen in die Entscheidungsgewalt der Streitkräfte im Heimatkriegsgebiet und in den Wehrmachtbefehlshaberbereichen werden nicht zuletzt auch anhand mehrerer Organigramme veranschaulicht. Zudem dokumentiert und analysiert die Untersuchung die im Kriegsverlauf stetig verschärften Maßnahmen zur Fluchtprävention und der konzertierten Fahndung nach geflohenen Kriegsgefangenen: Die Machterosion des Oberkommandos der Wehrmacht (OKW) zugunsten des Reichsführers-SS, des Reichssicherheitshauptamts und nicht zuletzt der Parteikanzlei der NSDAP wird so augenfällig. Trotz eminenter Schriftgutverluste kann der Verfasser vor allem anhand einer nahezu vollständig erhaltenen Schlüsselquelle die Stellenbesetzung und Organisationsstruktur der mit Kriegsgefangenenfragen befassten Stellen im OKW rekonstruieren. Die Auswertung dieser Sammelmitteilungen / Befehlssammlung für das Kriegsgefangenenwesen sowie an anderer Stelle überlieferter Organisationsbefehle ermöglicht wichtige Änderungen am derzeitigen Forschungsstand. Darüber hinaus beschäftigt sich die vorliegende Untersuchung mit dem Arbeitseinsatz Kriegsgefangener in der deutschen Wirtschaft als in der zweiten Kriegshälfte zentralem Element der Kriegsgefangenschaft. Außerdem wird beleuchtet, welche politischen, (rassen)ideologischen oder reziprok konnotierten Faktoren den Stellenwert gefangener Soldaten unterschiedlicher Nationalität innerhalb der Gefangenenhierarchie im deutschen Kriegsgefangenenwesen bestimmten. Inhalt: 1. Einführung; 2. Die Entwicklung des Kriegsvölkerrechts und das Genfer Kriegsgefangenenabkommen von 1929; 3. Einleitende Bemerkungen zum deutschen Kriegsgefangenenwesen: Quellenlage, Grundlagen; 4. Organisationsstruktur und Aufgaben des KGW: Zuständigkeiten für Kgf. in OKW und OKH, Abt. Wehrmachtverluste und Kriegsgefangene, der General z.b.V. für das KGW 1939 bis Ende 1941, Allgemeine und Organisationsabteilung seit Januar 1942, Generalinspekteur und Inspekteur des KGW von Juli 1943 bis Oktober 1944, das Kriegsgefangenenwesen unter Himmler seit Oktober 1944; 5. Die Kriegsgefangenenlager: Lagertypen, Anzahl und Verwendung, die Gesamtzahl Kgf. und Belegstärken ausgewählter Lager; 6. Richtlinien für KGL: Die Sammelmitteilungen / Befehlssammlung für das KGW, Lagerorganisation und Behandlung Kriegsgefangener; 7. Die Post der Kriegsgefangenen: Tätigkeit von Auslandsbriefprüfstelle, Abwehr III Referat Kgf. und Abwehrstellen der Wehrkreise, Vorgaben für Postüberwachung und Stimmungsberichte der Asten, Befehle zur Kgf-Post und Kooperation mit Hilfsorganisationen und Schutzmächten; 8. Fluchtprävention: Bestimmungen und Maßnahmen zur Fluchtvereitelung, der Fluchterlass vom 22.09.1942, der Sonderfahndungsplan der Sicherheitspolizei und des SD vom 28.09.1942, Erlass zur Kriegsfahndung vom 5.12.1942, der Fluchterlaß vom 02.07.1943, der Erlaß zur Mitarbeit NSDAP bei Groß- und Kriegsfahndungen vom 10.07.1943, Schulung zur Fluchtprävention auf Wehrkreisebene 1944, Preisausschreiben "Wie verhindere ich Fluchten?" vom 09.04.1945, Anwerbung von V-Leuten durch die Abwehr; 9. Arbeitseinsatz Kriegsgefangener in der deutschen Wirtschaft und beteiligte Stellen; 10. Der Status Kriegsgefangener unterschiedlicher Nationalitäten im Vergleich; 11. Schluss