Statistical methods for the analysis of DNA sequences: application to dinucleotide distribution in the human genome

Questa tesi si inserisce nell'ambito delle analisi statistiche e dei metodi stocastici applicati all'analisi delle sequenze di DNA. Nello specifico il nostro lavoro è incentrato sullo studio del dinucleotide CG (CpG) all'interno del genoma umano, che si trova raggruppato in zone specifiche denominate CpG islands. Queste sono legate alla metilazione del DNA, un processo che riveste un ruolo fondamentale nella regolazione genica. La prima parte dello studio è dedicata a una caratterizzazione globale del contenuto e della distribuzione dei 16 diversi dinucleotidi all'interno del genoma umano: in particolare viene studiata la distribuzione delle distanze tra occorrenze successive dello stesso dinucleotide lungo la sequenza. I risultati vengono confrontati con diversi modelli nulli: sequenze random generate con catene di Markov di ordine zero (basate sulle frequenze relative dei nucleotidi) e uno (basate sulle probabilità di transizione tra diversi nucleotidi) e la distribuzione geometrica per le distanze. Da questa analisi le proprietà caratteristiche del dinucleotide CpG emergono chiaramente, sia dal confronto con gli altri dinucleotidi che con i modelli random. A seguito di questa prima parte abbiamo scelto di concentrare le successive analisi in zone di interesse biologico, studiando l’abbondanza e la distribuzione di CpG al loro interno (CpG islands, promotori e Lamina Associated Domains). Nei primi due casi si osserva un forte arricchimento nel contenuto di CpG, e la distribuzione delle distanze è spostata verso valori inferiori, indicando che questo dinucleotide è clusterizzato. All’interno delle LADs si trovano mediamente meno CpG e questi presentano distanze maggiori. Infine abbiamo adottato una rappresentazione a random walk del DNA, costruita in base al posizionamento dei dinucleotidi: il walk ottenuto presenta caratteristiche drasticamente diverse all’interno e all’esterno di zone annotate come CpG island. Riteniamo pertanto che metodi basati su questo approccio potrebbero essere sfruttati per migliorare l’individuazione di queste aree di interesse nel genoma umano e di altri organismi.

Tradurre la saggistica: proposta di traduzione di un estratto di "The invisible history of the human race"

The aim of this dissertation is to propose the translation of four chapters from "The invisible history of the human race", an essay by the Australian author and journalist Christine Kenneally. This essay offers a non-systematic overview upon genealogy in connection to the idea of personal identity; above all, the author wants to persuade the reader that genealogy could be the perfect linking point between history and science, family lines and DNA. The translated chapters particularly concentrate on the reasons of the current underestimation of genealogy, which, according to Kenneally, lies in the Nazi’s distorted use of ancestry and in the exploitation of the idea of biological diversity in order to discriminate people. The dissertation is composed of four chapters. The first chapter consists in a concise analysis of the characteristics of the textual genre and in a theoretical introduction and approach to the translation of essays, where the main generic and essay-specific translation strategies are outlined. The second chapter presents a detailed illustration of the topics treated in the essay and particularly in the translated pages. The third chapter contains the translation and the fourth presents a systematic comment to the translation and to the choices made during the translation of the text.