Noisy Oncology: applications of bounded noise transitions in modelling tumor growth

I tumori macroscopici e microscopici, dopo la loro prima fase di crescita, sono composti da un numero medio elevato di cellule. Così, in assenza di perturbazioni esterne, la loro crescita e i punti di equilibrio possono essere descritti da equazioni differenziali. Tuttavia, il tumore interagisce fortemente col macroambiente che lo circonda e di conseguenza una descrizione del tutto deterministica risulta a volte inappropriata. In questo caso si può considerare l'interazione con fluttuazioni statistiche, causate da disturbi esterni, utilizzando le equazioni differenziali stocastiche (SDE). Questo è vero in modo particolare quando si cerca di modellizzare tumori altamente immunogenici che interagiscono con il sistema immunitario, in quanto la complessità di questa interazione risulta in fenomeni di multistabilità. Così, il rumore può provocare disturbi e indurre transizioni di stato (Noise-Induced-Transitions). E' importante notare che una NIT può avere implicazioni profonde sulla vita di un paziente, dal momento che una transizione da uno stato di equilibrio piccolo, nelle dimensioni del tumore, ad uno stato di equilibrio macroscopico, nella maggior parte dei casi significa il passaggio dalla vita alla morte. Generalmente l'approccio standard è quello di modellizzare le fluttuazioni stocastiche dei parametri per mezzo di rumore gaussiano bianco o colorato. In alcuni casi però questa procedura è altamente inadeguata, a causa della illimitatezza intrinseca dei rumori gaussiani che può portare a gravi incongruenze biologiche: pertanto devono essere utilizzati dei rumori "limitati", che, tuttavia, sono molto meno studiati di quelli gaussiani. Inoltre, l'insorgenza di NIT dipende dal tipo di rumore scelto, che rivela un nuovo livello di complessità in biologia. Lo scopo di questa tesi è quello di studiare le applicazioni di due tipi diversi di "rumori limitati" nelle transizioni indotte in due casi: interazione tra tumore e sistema immunitario e chemioterapia dei tumori. Nel primo caso, abbiamo anche introdotto un nuovo modello matematico di terapia, che estende, in modo nuovo, il noto modello di Norton-Simon.

Mitigation of Train-Induced waves by resonant filled-trench (RFT)

The increase of railways near the urban areas is a significant cause of discomfort for inhabitants due to train-induced vibration and noise. Vibration characteristics can vary widely according to the train type: for high-speed trains, if train speed becomes comparable to the ground wave speed, the vibration level becomes significant; for freight trains, due to their heavier weight and lower speed, the vibration amplitudes are greater and propagate at a more considerable distance from the track; for urban tramways, although the vibration amplitude is relatively low, they can have a negative structural effect on the closest buildings [51]. Therefore, to dampen the vibration level, it is possible to carry out some interventions both on the track and the transmission path. This thesis aims to propose and numerically investigate a novel method to dampen the train-induced vibrations along the transmission path. The method is called "resonant filled-trench (RFT)" and consists of a combination of expanded polystyrene (EPS) geofoam to stabilize the trench wall against the collapse and drowned cylindrical embedded inclusions inside the geofoam, which act as a resonator, reflector, and attenuator. By means of finite element simulations, we show that up to 50% higher attenuation than the open trench is achievable after overcoming the resonance frequency of the inclusion, i.e., 35Hz, which covers the frequency contents of the train-induced vibration. Moreover, depending on the filling material used for the inclusions, trench depth can be reduced up to 17% compared to the open trench showing the same screening performance as the open trench. Also, an RFT with DS inclusion installed in dense sand soil shows a high hindrance performance (i.e., IL≥6dB) when the trench depth is larger than 0.5λ_R while it is 0.6λ_R for the open trench.

Finite element modeling of flow/compression-induced deformation of alginate scaffolds for bone tissue engineering

Trauma or degenerative diseases such as osteonecrosis may determine bone loss whose recover is promised by a "tissue engineering“ approach. This strategy involves the use of stem cells, grown onboard of adequate biocompatible/bioreabsorbable hosting templates (usually defined as scaffolds) and cultured in specific dynamic environments afforded by differentiation-inducing actuators (usually defined as bioreactors) to produce implantable tissue constructs. The purpose of this thesis is to evaluate, by finite element modeling of flow/compression-induced deformation, alginate scaffolds intended for bone tissue engineering. This work was conducted at the Biomechanics Laboratory of the Institute of Biomedical and Neural Engineering of the Reykjavik University of Iceland. In this respect, Comsol Multiphysics 5.1 simulations were carried out to approximate the loads over alginate 3D matrices under perfusion, compression and perfusion+compression, when varyingalginate pore size and flow/compression regimen. The results of the simulations show that the shear forces in the matrix of the scaffold increase coherently with the increase in flow and load, and decrease with the increase of the pore size. Flow and load rates suggested for proper osteogenic cell differentiation are reported.