Analisi della resa di purificazione di componenti della dna polimerasi III di escherichia coli

Nella seguente tesi sono stati affrontati differenti protocolli di purificazione di componenti della DNA polimerasi III di Escherichia coli, previamente sovraespressi nel microrganismo. A distanza di oltre 20 anni dall’identificazione della DNA polimerasi III quale enzima responsabile della replicazione del genoma di E. coli, sono stati fatti progressi riguardo la sua conoscenza. Tuttavia molti sono gli aspetti rimasti incogniti riguardo al meccanismo d’azione dell’enzima, così come il ruolo svolto dalle sue subunità e parte della loro struttura. Al fine di migliorare la comprensione di questo enzima, è necessario insistere sulla diffrattometria di raggi X, per la quale è indispensabile l’isolamento di cristalli delle proteine. Si intuisce la necessità di sviluppare metodi appropriati che consentano di ottenere una resa il più possibile elevata dei suoi componenti. Una metodica generale per la sovraespressione del core catalitico e della singola subunità α, deputata all’attività polimerasica a carico di entrambi i filamenti di DNA, era già stata perfezionata presso il laboratorio ospitante. Con il presente lavoro sono stati sperimentati alcuni procedimenti, volti ad aumentare la resa di purificazione, adottando differenti soluzioni. In primo luogo, si è cercato di recuperare le proteine contenute nel flow through eluito da una colonna cromatografica Q-Sepharose, alla quale non erano riuscite a legarsi durante il primo stadio di purificazione. Inoltre, sono stati sperimentati metodi alternativi di lisi cellulare di estrazione delle proteine. In sintesi, il contenuto della tesi potrebbe agevolare la valutazione di diverse strategie per incrementare la resa di purificazione della subunità α e del core polimerasico della DNA Polimerasi III di E. coli.

TCP a ritrasmissione asimmetrica anticipata su WiFi

Nell'ambito dell'architettura RWMA per l'aumento della qualità del servizio in ambiente wireless, si colloca la ritrasmissione asimmetrica anticipata su wifi. Lo scopo è migliorare ed ottimizzare la comunicazione nel livello datalink tra Access Point e Nodo Mobile per quanto riguarda le connessioni TCP. Il progetto è sviluppato nell'ambiente simulativo OMNET++/INET.

TCP a ritrasmissione asimmetrica anticipata su Access Point WiFi

La perdita di pacchetti durante una trasmissione su una rete Wireless influisce in maniera fondamentale sulla qualità del collegamento tra due End-System. Lo scopo del progetto è quello di implementare una tecnica di ritrasmissione asimmetrica anticipata dei pacchetti perduti, in modo da minimizzare i tempi di recupero dati e migliorare la qualità della comunicazione. Partendo da uno studio su determinati tipi di ritrasmissione, in particolare quelli implementati dal progetto ABPS, Always Best Packet Switching, si è maturata l'idea che un tipo di ritrasmissione particolarmente utile potrebbe avvenire a livello Access Point: nel caso in cui la perdita di pacchetti avvenga tra l'AP e il nodo mobile che vi è collegato via IEEE802.11, invece che attendere la ritrasmissione TCP e Effettuata dall'End-System sorgente è lo stesso Access Point che e effettua una ritrasmissione verso il nodo mobile per permettere un veloce recupero dei dati perduti. Tale funzionalità stata quindi concettualmente divisa in due parti, la prima si riferisce all'applicazione che si occupa della bufferizzazione di pacchetti che attraversano l'AP e della loro copia in memoria per poi ritrasmetterli in caso di segnalazione di mancata acquisizione, la seconda riguardante la modifica al kernel che permette la segnalazione anticipata dell'errore. E' già stata sviluppata un'applicazione che prevede una ritrasmissione anticipata da parte dell'Access Point Wifi, cioè una ritrasmissione prima che la notifica di avvenuta perdita raggiunga l'end-point sorgente e appoggiata su un meccanismo di simulazione di Error Detection. Inoltre è stata anche realizzata la ritrasmissione asincrona e anticipata del TCP. Questo documento tratta della realizzazione di una nuova applicazione che fornisca una più effciente versione del buffer di pacchetti e utilizzi il meccanismo di una ritrasmissione asimmetrica e anticipata del TCP, cioè attivare la ritrasmissione su richiesta del TCP tramite notifiche di validità del campo Acknowledgement.

Fondazioni a pozzo per pile da ponte. Confronti fra diversi modelli di interazione con il terreno

Descrizione dei vantaggi della tecnologia delle fondazioni da pozzo per le pile da ponte. Analisi dei carichi di un viadotto esistente a struttura mista e studio agli stati limite delle più svantaggiose condizioni di carico. Analisi sismica della pila. Progetto e verifica della pila, del plinto e del pozzo nelle diverse fasi di realizzazione e per le combinazioni di carico considerate. Verifiche del terreno, con riferimento ai criteri di dimensionamento del Prof. Jamiolkowski. Analisi tenso-deformativa del terreno con software Plaxis2D e Midas-GTS (3D). Confronti fra il metodo analitico adottato nelle verifiche ed i risultati numerici. Norme di riferimento: NTC2008, Istruzione N°I/SC/PS-OM/2298, Ordinanza 3274 come modificato dall'OPCM 3431

Valutazione del rischio ambientale associato alla presenza di metalli pesanti (Cd, Cu, Ni, Pb, Zn) nei sedimenti della Pialassa dei Piomboni.

I metalli pesanti presenti nei sedimenti marini possono essere rilasciati alla colonna d’acqua, in seguito a variazioni delle condizioni ambientali, ed entrare nelle catene trofiche degli organismi marini. A partire da una serie di campioni di sedimenti superficiali provenienti dalla Pialassa dei Piomboni (sito SIC-ZPS, a nord della Provincia di Ravenna), prelevati tra novembre e dicembre del 2012, è stato valutato il rischio potenziale associato alla presenza di metalli pesanti (Cd, Cu, Ni, Pb e Zn) per il biota residente nei sedimenti. È stato valutato il comportamento del rapporto SEM/AVS (contenuto di metalli simultaneamente estratti (SEM) e solfuri acidi volatili (AVS)) per ciascuno dei metalli oggetto dello studio. La metodica analitica ha previsto il trattamento dei campioni con HCl 6M, sotto flusso di azoto, e successivamente la lettura del contenuto di solfuro (raccolto in soluzioni di NaOH) e dei metalli pesanti allo spettrometro. Dal valore dei parametri chimico-fisici ottenuti nel momento del campionamento, è evidente che la zona interna della laguna risulta meno influenzata dalle maree rispetto a quella lungo il canale di navigazione. Le concentrazioni di metalli potenzialmente biodisponibili hanno evidenziato una distribuzione eterogenea. Del set di campioni analizzati, soltanto tre presentano un contenuto totale di metalli potenzialmente biodisponibili superiore al contenuto di solfuri labili (∑SEM/AVS>1), per cui la presenza di metalli bivalenti potrebbe rappresentare un rischio per il biota. Come suggerito da diversi autori, si è proceduto con l’ulteriore normalizzazione del rapporto (∑SEM/AVS) con il contenuto di carbonio organico relativo ad ogni campione di sedimento, escludendo possibili rischi associati alla presenza di metalli pesanti.

Ripensare il finale: Un centro culturale per la ricomposizione dell'area del castello

L'oggetto della tesi riguarda la riqualificazione dell'area attorno al Castello delle Rocche di Finale Emilia, attraverso l'introduzione di due nuovi edifici adibiti a biblioteca e centro civico. Il tentativo è stato quello di ricomporre questo importante nodo urbano trasformandolo in una grande piazza della cultura che fa perno attorno al castello, ridandogli il giusto ruolo all'interno della scacchiera urbana, soprattutto a seguito degli eventi sismici del 2012 che hanno portato ad un suo parziale crollo. I nuovi edifici cercano una relazione ed una definizione con la città e la sua storia, nel tentativo di inserirsi nella storia urbana di Finale in maniera più naturale possibile.

Computer aided design and finite element modeling to predict bulk mechanical properties of bone scaffolds using triply periodic minimal surfaces (progettazione assistita al calcolatore ed analisi con il metodo degli elementi finiti per predire il comportamento meccanico di scaffolds ossei creati con l'uso di superfici minime periodiche in tre direzioni)

The aim of Tissue Engineering is to develop biological substitutes that will restore lost morphological and functional features of diseased or damaged portions of organs. Recently computer-aided technology has received considerable attention in the area of tissue engineering and the advance of additive manufacture (AM) techniques has significantly improved control over the pore network architecture of tissue engineering scaffolds. To regenerate tissues more efficiently, an ideal scaffold should have appropriate porosity and pore structure. More sophisticated porous configurations with higher architectures of the pore network and scaffolding structures that mimic the intricate architecture and complexity of native organs and tissues are then required. This study adopts a macro-structural shape design approach to the production of open porous materials (Titanium foams), which utilizes spatial periodicity as a simple way to generate the models. From among various pore architectures which have been studied, this work simulated pore structure by triply-periodic minimal surfaces (TPMS) for the construction of tissue engineering scaffolds. TPMS are shown to be a versatile source of biomorphic scaffold design. A set of tissue scaffolds using the TPMS-based unit cell libraries was designed. TPMS-based Titanium foams were meant to be printed three dimensional with the relative predicted geometry, microstructure and consequently mechanical properties. Trough a finite element analysis (FEA) the mechanical properties of the designed scaffolds were determined in compression and analyzed in terms of their porosity and assemblies of unit cells. The purpose of this work was to investigate the mechanical performance of TPMS models trying to understand the best compromise between mechanical and geometrical requirements of the scaffolds. The intention was to predict the structural modulus in open porous materials via structural design of interconnected three-dimensional lattices, hence optimising geometrical properties. With the aid of FEA results, it is expected that the effective mechanical properties for the TPMS-based scaffold units can be used to design optimized scaffolds for tissue engineering applications. Regardless of the influence of fabrication method, it is desirable to calculate scaffold properties so that the effect of these properties on tissue regeneration may be better understood.

Biomechanics of the distal radio-ulnar joint: A finite element study (biomeccanica dell'articolazione radio-ulnare distale: Studio agli elementi finiti)

Il metodo agli elementi finiti è stato utilizzato per valutare la distribuzione dei carichi e delle deformazioni in numerose componenti del corpo umano. L'applicazione di questo metodo ha avuto particolare successo nelle articolazioni con geometria semplice e condizioni di carico ben definite, mentre ha avuto un impatto minore sulla conoscenza della biomeccanica delle articolazioni multi-osso come il polso. Lo scopo di questo lavoro è quello di valutare gli aspetti clinici e biomeccanici dell’articolazione distale radio-ulnare, attraverso l’utilizzo di metodi di modellazione e di analisi agli elementi finiti. Sono stati progettati due modelli 3D a partire da immagini CT, in formato DICOM. Le immagini appartenevano ad un paziente con articolazione sana e ad un paziente con articolazione patologica, in particolare si trattava di una dislocazione ulnare traumatica. Le componenti principali dei modelli presi in considerazione sono stati: radio, ulna, cartilagine, legamento interosso, palmare e distale. Per la realizzazione del radio e dell’ulna sono stati utilizzati i metodi di segmentazione “Thresholding” e “RegionGrowing” sulle immagini e grazie ad operatori morfologici, è stato possibile distinguere l’osso corticale dall’osso spongioso. Successivamente è stata creata la cartilagine presente tra le due ossa, attraverso operazioni di tipo booleano. Invece, i legamenti sono stati realizzati prendendo i punti-nodo del radio e dell’ulna e formando le superfici tra di essi. Per ciascuna di queste componenti, sono state assegnate le corrispondenti proprietà dei materiali. Per migliorare la qualità dei modelli, sono state necessarie operazioni di “Smoothing” e “Autoremesh”. In seguito, è stata eseguita un’analisi agli elementi finiti attraverso l’uso di vincoli e forze, così da simulare il comportamento delle articolazioni. In particolare, sono stati simulati lo stress e la deformazione. Infine, grazie ai risultati ottenuti dalle simulazioni, è stato possibile verificare l’eventuale rischio di frattura in differenti punti anatomici del radio e dell’ulna nell’articolazione sana e patologica.

Modelli matematici di potenziale d'azione atriale umano e analisi degli effetti di malattie genetiche aritmogene.

Il primo obiettivo di questo lavoro di tesi è quello di sviluppare il primo modello matematico di potenziale d'azione pacemaker umano: è vero che gli studi elettrofisiologici pubblicati sull'uomo non hanno ancora raggiunto la mole di risultati ottenuti, invece, sugli altri mammiferi da laboratorio, ma i tempi possono ritenersi "maturi", in quanto i dati disponibili in letteratura sono sufficienti e adeguati allo scopo. Il secondo obiettivo di questo lavoro di tesi nasce direttamente dall'esigenza clinica di definire le relazioni causa-effetto tra la mutazione T78M della proteina caveolina-3 e le varie forme di aritmie cardiache riscontrate, ad essa associate. Lo scopo è quello di stabilire quale sia il link tra genotipo della mutazione e fenotipo risultante, ovvero colmare il gap esistente tra i dati sperimentali in vitro in possesso ed i meccanismi di alterazione delle correnti ioniche affette, per arrivare a osservare l'effetto che ne deriva sull'attività elettrica delle cellule. Proprio in relazione a quest'ultimo punto, i due obiettivi del lavoro convergono: l'analisi degli effetti indotti dalla mutazione T78M è, infatti, effettuata sul modello di potenziale d'azione di nodo senoatriale umano sviluppato (oltre che su altri modelli atriali).

Metodi per l'analisi della vulnerabilità da maremoti applicati ad Augusta in Sicilia orientale

Obiettivo del lavoro di tesi è l’analisi della vulnerabilità delle strutture della città di Augusta, che è una delle aree campione scelte dal progetto europeo ASTARTE, riguardante fra l’altro la stima e la mitigazione del rischio da tsunami nei mari europei. Per prima cosa sono state ricercate le strutture tettoniche che possono dare origine a terremoti di grande magnitudo, e che possono causare in seguito devastanti tsunami, nella zona della Sicilia orientale. La Scarpata Maltese è risultata essere la caratteristica morfologica dominante in questa zona del Mediterraneo. Per l’analisi di vulnerabilità sono state utilizzate due diverse metodologie: il modello SCHEMA (SCenarios for Hazard-induced Emergencies MAnagement) e il modello PTVA-3 (Papathoma Tsunami Vulnerability Assessment). Il metodo SCHEMA, di tipo quantitativo, è un metodo più semplice in quanto si avvale della fotointerpretazione per assegnare ad una costruzione la classe di appartenenza in base alla sua tipologia. Poi, attraverso le matrici del danno, si assegna un livello di danno (da D0, nessun danno, a D5, collasso) in base all’altezza della colonna d’acqua. Il metodo PTVA-3, di tipo qualitativo, risulta invece essere più complicato. Infatti, per arrivare all’assegnazione dell’indice di vulnerabilità relativa (RVI), che fornisce una stima del danno subito da una data struttura, si ha bisogno di assegnare un certo numero di attributi. L’indice RVI è dato dalla somma pesata tra la vulnerabilità strutturale e la vulnerabilità dovuta all’intrusione d’acqua (percentuale di piani inondati). In conclusione si è fatto un confronto tra i due metodi, ottenendo una sovrastima del metodo PTVA-3 rispetto al metodo SCHEMA nella quantificazione del livello di danneggiamento degli edifici.

Valutazione dell'interazione tra delfinidi e squalo bianco (Carcharodon carcharias) in Sud Africa

Lo studio dell’utilizzo dell’habitat, sebbene ci dia principalmente informazioni di come gli organismi interagiscono con esso o indirettamente tra di loro, è un aspetto molto importante dell’ecologia sia terrestre che marina in quanto può essere utilizzato per scopi conservativi ma anche per uno sviluppo di quello che può essere un turismo legato alla presenza di tali organismi. Scopo del presente lavoro è verificare come la presenza di un predatore come lo squalo bianco possa modificare la distribuzione dei delfinidi nell’area di Mossel Bay, Sudafrica. A tal fine si sono analizzati i dati relativi alle presenze di squalo bianco e di delfinidi per un periodo di circa un anno e si sono analizzate le distribuzioni delle specie considerate e le eventuali sovrapposizioni, per valutare come le due specie interagiscono e si influenzano a vicenda. Da quanto osservato nella presente ricerca si può concludere che le specie di cetacei considerate adottino una strategia di avoidance dagli squali basata principalmente sull’utilizzo di acque a profondità diversa rispetto a quelle utilizzate dagli elasmobranchi. L’aver considerato la batimetria come parametro di discriminazione tra le specie ha evitato di valutare in maniera non corretta le distribuzioni delle stesse, in quanto ha fornito una sorta di terza dimensione che ha permesso di dettagliare meglio la stratificazione nella colonna d’acqua delle specie considerate. L’analisi effettuata ha interessato i dati relativi ad un solo anno di monitoraggio, e quindi non possono essere presi come riferimento assoluto per valutare la reale distribuzione delle specie considerate. Può però essere ritenuta un primo step per meglio comprendere quali siano le strategie difensive messe in atto dai cetacei nei confronti degli attacchi da squalo e, con ulteriori analisi e monitoraggi, quali invece possono essere le strategie attuate dagli elasmobranchi.

Progettazione, caratterizzazione e calibrazione di un sensore di tensione contactless per smart metering

Progettazione di un sistema di misura contactless per la tensione, da integrare in un nodo sensore di una Wireless Sensor Network per Smart Metering Distribuito

Sviluppo e test di una rete di sensori indossabili per il monitoraggio e la riabilitazione di pazienti affetti da morbo di parkinson

Il recente sviluppo commerciale di smartphone, tablet e simili dispositivi, ha portato alla ricerca di soluzioni hardware e software dotate di un alto livello di integrazione, in grado di supportare una potenza di calcolo e una versatilità di utilizzo sempre più crescenti, pur mantenendo bassi i consumi e le dimensioni dei dispositivi. Questo sviluppo ha consentito parallelamente a simili tecnologie di trovare applicazione in tanti altri settori, tra i quali quello biomedicale. Il lavoro esposto in questa tesi si inserisce nel contesto appena descritto e, in particolare, consiste nello sviluppo di un sistema WBAN ideato per garantire maggiore flessibilità, controllo e personalizzazione nella terapia riabilitativa dei pazienti affetti da Morbo di Parkinson. In questo campo è stata dimostrata l'efficacia, in termini di miglioramento delle condizioni di vita dell'individuo, dell'esercizio fisico e in particolare di una serie di fisioterapie riabilitative specifiche. Tuttavia manca ancora uno strumento in grado di garantire più indipendenza, continuità e controllo,per le persone affette da MP, durante l'esecuzione di questi esercizi; senza che sia strettamente necessario l'intervento di personale specializzato per ogni seduta fisioterapeutica. Inoltre manca un sistema che possa essere comodamente trasportato dal paziente nelle attività di tutti i giorni e che consenta di registrare e trasmettere eventi particolari legati alla patologia, come blocchi motori e cadute accidentali. Il presente lavoro di tesi tratta della realizzazione di un Firmware per la gestione di un Nodo Centrale che funge da master in una rete WBAN a tre nodi. L'obbiettivo è quello di integrare in tale firmware le funzioni di acquisizione dati dai sensori on-board, comunicazione tra i nodi della rete e gestione delle periferiche hardware secondarie; in particolare per lo sviluppo è stato usato un Sistema Operativo Real-Time (RTOS) del quale sono esposti vantaggi e svantaggi dell’utilizzo.

Integrating wireless sensor networks and internet of things: A coap-based approach

L'obiettivo su cui è stata basata questa Tesi di Laurea è stato quello di integrare la tecnologia delle Wireless Sensor Networks (WSN) al contesto dell'Internet delle cose (IoT). Per poter raggiungere questo obiettivo, il primo passo è stato quello di approfondire il concetto dell'Internet delle cose, in modo tale da comprendere se effettivamente fosse stato possibile applicarlo anche alle WSNs. Quindi è stata analizzata l'architettura delle WSNs e successivamente è stata fatta una ricerca per capire quali fossero stati i vari tipi di sistemi operativi e protocolli di comunicazione supportati da queste reti. Infine sono state studiate alcune IoT software platforms. Il secondo passo è stato quindi di implementare uno stack software che abilitasse la comunicazione tra WSNs e una IoT platform. Come protocollo applicativo da utilizzare per la comunicazione con le WSNs è stato usato CoAP. Lo sviluppo di questo stack ha consentito di estendere la piattaforma SensibleThings e il linguaggio di programmazione utilizzato è stato Java. Come terzo passo è stata effettuata una ricerca per comprendere a quale scenario di applicazione reale, lo stack software progettato potesse essere applicato. Successivamente, al fine di testare il corretto funzionamento dello stack CoAP, è stata sviluppata una proof of concept application che simulasse un sistema per la rilevazione di incendi. Questo scenario era caratterizzato da due WSNs che inviavano la temperatura rilevata da sensori termici ad un terzo nodo che fungeva da control center, il cui compito era quello di capire se i valori ricevuti erano al di sopra di una certa soglia e quindi attivare un allarme. Infine, l'ultimo passo di questo lavoro di tesi è stato quello di valutare le performance del sistema sviluppato. I parametri usati per effettuare queste valutazioni sono stati: tempi di durata delle richieste CoAP, overhead introdotto dallo stack CoAP alla piattaforma Sensible Things e la scalabilità di un particolare componente dello stack. I risultati di questi test hanno mostrato che la soluzione sviluppata in questa tesi ha introdotto un overheadmolto limitato alla piattaforma preesistente e inoltre che non tutte le richieste hanno la stessa durata, in quanto essa dipende dal tipo della richiesta inviata verso una WSN. Tuttavia, le performance del sistema potrebbero essere ulteriormente migliorate, ad esempio sviluppando un algoritmo che consenta la gestione concorrente di richieste CoAP multiple inviate da uno stesso nodo. Inoltre, poichè in questo lavoro di tesi non è stato considerato il problema della sicurezza, una possibile estensione al lavoro svolto potrebbe essere quello di implementare delle politiche per una comunicazione sicura tra Sensible Things e le WSNs.

Valutazione delle interferenze idrogeologiche della stazione sotterranea AV di Firenze tramite modellazione fisica e numerica

Questa tesi è volta a fornire un contributo conoscitivo alla quantificazione delle interferenze idrogeologiche causate dalla nuova stazione sotterranea del nodo di penetrazione ferroviaria urbana AV di Firenze, situata nei pressi dell’attuale stazione di superficie di Santa Maria Novella, e della verifica del dimensionamento delle opere di mitigazione in progetto. La tesi è effettuata in collaborazione e con il supporto tecnico di ARPAT (Agenzia Regionale per la Protezione Ambientale della Toscana), Sede di Firenze, Direzione Tecnica – Settore VIA/VAS (Valutazione d’Impatto Ambientale/Valutazione Ambientale Strategica). ARPAT è l’organo di supporto tecnico dell’Osservatorio Ambientale costituito per l’opera. La tesi sfrutta, come dati di base, tutti quelli raccolti dai progettisti nelle varie fasi, compresa la determinazione dei parametri idraulici dell’acquifero, ed i dati del monitoraggio ambientale. Il proponente dell’opera è RFI (Rete Ferroviaria Italiana) ed è realizzata e progettata dal consorzio Nodavia (General Contractor). Per l’analisi dell’interferenza idrogeologica causata dal camerone della stazione dell’alta velocità di Firenze è stato utilizzato un duplice approccio: un modello fisico ricostruito in laboratorio; un modello numerico alla differenze finite tramite codice Modflow.. Il modello fisico di laboratorio ha cercato di ricostruire, semplificandolo, il modello concettuale del problema idrogeologico di studio: l’inserimento di una diga totalmente impermeabile, trasversalmente al flusso in un mezzo poroso, attraversata da dreni orizzontali di collegamento monte-valle idrologico. Tale configurazione, anche se non strettamente in scala, ha permesso di definire preliminarmente le condizioni al contorno del sistema ed ha guidato la successiva implementazione del modello numerico. Il modello numerico fa riferimento a condizioni stazionarie. Prima è stato implementato per simulare l’andamento della falda nelle condizioni stazionarie ante-operam (I fase); successivamente è stato utilizzato per simulare l’effetto diga del camerone (II fase) e, come terza fase, per simulare l’effetto delle opere di mitigazione dell’effetto diga rappresentate da dreni sub-orizzontali.