Studio della subunità epsilon della DNA polimerasi III di Escherichia coli: stabilità e interazione con la subunità polimerasica

Faithful replication of DNA from one generation to the next is crucial for long-term species survival. Genomic integrity in prokaryotes, archaea and eukaryotes is dependent on efficient and accurate catalysis by multiple DNA polymerases. Escherichia coli possesses five known DNA polymerases (Pol). DNA polymerase III holoenzyme is the major replicative polymerase of the Escherichia coli chromosome (Kornberg, 1982). This enzyme contains two Pol III cores that are held together by a t dimer (Studwell-Vaughan and O’Donnell, 1991). The core is composed of three different proteins named α-, ε- and θ-subunit. The α-subunit, encoded by dnaE, contains the catalytic site for DNA polymerisation (Maki and Kornberg, 1985), the ε-subunit, encoded by dnaQ, contains the 3′→5′ proofreading exonuclease (Scheuermann, et al., 1983) and the θ-subunit, encoded by hole, that has no catalytic activity (Studwell-Vaughan, and O'Donnell, 1983). The three-subunit α–ε–θ DNA pol III complex is the minimal active polymerase form purified from the DNA pol III holoenzyme complex; these three polypeptides are tightly associated in the core (McHenry and Crow, 1979) Despite a wealth of data concerning the properties of DNA polymerase III in vitro, little information is available on the assembly in vivo of this complex enzyme. In this study it is shown that the C-terminal region of the proofreading subunit is labile and that the ClpP protease and the molecular chaperones GroL and DnaK control the overall concentration in vivo of ε. Two α-helices (comprising the residues E311-M335 and G339-D353, respectively) of the N-terminal region of the polymerase subunit were shown to be essential for the binding to ε. These informations could be utilized to produce a conditional mutator strain in which proofreading activity would be titrated by a a variant that can only bind e and that is polymerase-deficient. In this way the replication of DNA made by DNA Pol-III holoenzyme would accordingly become error-prone.

Studio analitico della cultura materiale fra VII e IX secolo d.C. nella Regione di Samarcanda (Uzbekistan): analisi morfo-tipologica, produzione e commercio della ceramica di Kafir Kala

Kafir Kala is a key-site to understand the historical dynamics of the Samarkand Region in the Early Middle Ages (5th - 8th centuries CE). The site is clearly associated with a Sogdian occupation, as both literature and archaeological research testify. But the chronological phase that follows the Sogdian period, as the Islamic occupation became stable, is still little known. Structures and finds (an hoard of 133 silver coins, in particular) clearly testify a new occupation of some parts of the citadel; and some rooms, dug in the northern side of it, present structures and materials connected with an Islamic activity. The study of material culture from these rooms, and from more ancient contexts, will help to understand the eventual continuity of traditions and the new productions. Besides the citadel, as a matter of fact, also some kilns have been dug, near the main site. Their material culture is very interesting because it represents an example of the typical Sogdian production (ceramics covered with white mica, and stamped). The work on the ceramic material has consisted in cataloguing and classifying all the diagnostics. Three main morphological classes have been individuated: cooking, coarse and table ware), and some other ones (lamps, ossuaries). A catalogue of the finds organized them in a typological system based on their morphology, function, fabric, and eventually decoration style. Crossing the stratigraphical data with information from this typological study, it has been possible to provide a chronological arrangement of the sites investigated by the italo-uzbek archaeological mission from 2001 to 2008.

Funzioni della subunità θ e del dominio PHP della subunità α nel core catalitico della DNA polimerasi III di Escherichia coli

Il core catalitico della DNA polimerasi III, composto dalle tre subunità α, ε e θ, è il complesso minimo responsabile della replicazione del DNA cromosomiale in Escherichia coli. Nell'oloenzima, α ed ε possiedono rispettivamente un'attività 5'-3' polimerasica ed un'attività 3'-5' esonucleasica, mentre θ non ha funzioni enzimatiche. Il presente studio si è concentrato sulle regioni del core che interagiscono direttamente con ε, ovvero θ (interagente all'estremità N-terminale di ε) e il dominio PHP di α (interagente all'estremità C-terminale di ε), delle quali non è stato sinora identificato il ruolo. Al fine di assegnare loro una funzione sono state seguite tre linee di ricerca parallele. Innanzitutto il ruolo di θ è stato studiato utilizzando approcci ex-vivo ed in vivo. I risultati presentati in questo studio mostrano che θ incrementa significativamente la stabilità della subunità ε, intrinsecamente labile. Durante gli esperimenti condotti è stata anche identificata una nuova forma dimerica di ε. Per quanto la funzione del dimero non sia definita, si è dimostrato che esso è attivamente dissociato da θ, che potrebbe quindi fungere da suo regolatore. Inoltre, è stato ritrovato e caratterizzato il primo fenotipo di θ associato alla crescita. Per quanto concerne il dominio PHP, si è dimostrato che esso possiede un'attività pirofosfatasica utilizzando un nuovo saggio, progettato per seguire le cinetiche di reazione catalizzate da enzimi rilascianti fosfato o pirofosfato. L'idrolisi del pirofosfato catalizzata dal PHP è stata dimostrata in grado di sostenere l'attività polimerasica di α in vitro, il che suggerisce il suo possibile ruolo in vivo durante la replicazione del DNA. Infine, è stata messa a punto una nuova procedura per la coespressione e purificazione del complesso α-ε-θ

Le campagne di Piacenza tra VII e IX secolo: insediamenti e comunità

Al centro della seguente ricerca c'è il Piacentino, ossia il territorio che faceva capo alla città di Placentia in età altomedievale, più precisamente tra VII e IX secolo. L'aspetto su cui è concentrata l’analisi è quello dell’insediamento, rapportando le forme insediative alle comunità rurali e alle strutture del potere. Il Piacentino costituisce un contesto particolare, sia per la vicinanza alla capitale Pavia, sia per la presenza di enti patrimoniali molto importanti, quale il monastero di Bobbio, sia per l'estensione di vallate appenniniche che ne hanno protetto l'isolamento e impedito, fino al secolo IX inoltrato, l'insediamento di una forte aristocrazia. Ciò che sembra dedursi dall’analisi della documentazione (informatizzata) di VIII, ma soprattutto di IX secolo, è che la civitas di Piacenza, sede del conte e centro della diocesi, non costituiva di fatto il punto di riferimento per gli abitanti dell’intero territorio rurale. Dal punto di vista del possesso fondiario molti insediamenti erano autonomi. Ciò vale soprattutto per i siti di alcune zone collinari e per quelli dell’Appennino, mentre il discorso è da porsi in modo più sfumato per la pianura e per la zona dei prata vel campanea Placentina, ubicati immediatamente al di fuori della civitas. Lo studio della media e grande proprietà fondiaria ha permesso di registrare la frammentarietà dei possedimenti, ossia la loro dispersione nel sistema insediativo del comitato, la loro ubicazione e l’articolato intreccio proprietario, che in alcune zone sembra avere permesso l’esistenza di comunità locali piuttosto forti. L’attento esame della documentazione e il sicuro rimando alla bibliografia di riferimento hanno portato a risultati originali e significativi.

I tre libri di salmi vespertini a otto voci (opp. I, VII e XI) di Giovanni Paolo Colonna

Le tre raccolte di salmi da vespro a otto voci nello stile pieno di Giovanni Paolo Colonna (Bologna 1637-1695), pubblicate rispettivamente nel 1681, nel 1686 e nel 1694 (opp.I, VII e XI), costituiscono un oggetto di studio privilegiato nell’ambito della ricca produzione a stampa dell’autore: in primo luogo, esse ebbero ampia e favorevole recezione, come testimoniano la diffusione degli esemplari, le ristampe, le copie manoscritte ricavate dalle edizioni; in secondo luogo, la fortuna postuma del compositore fu legata in buona parte alla sua musica sacra a doppio coro e, in particolare, al favore riscosso dai suoi libri di salmi; infine, l’analisi delle tre raccolte consente di confrontare le risorse tecniche e stilistiche messe in opera da Colonna in composizioni afferenti a uno stesso genere ma risalenti a periodi diversi. La dissertazione è articolata in tre parti: nella prima sono presi in esame gli ordinamenti liturgici secenteschi relativi alla celebrazione dei vespri, onde illustrare la cornice rituale alla quale i salmi di Colonna erano destinati, e si passano in rassegna alcune definizioni di stile pieno e di contrappunto a otto voci desunte dalla trattatistica coeva. La seconda parte è dedicata alla lettura storico-critica delle opp. I, VII e XI nel contesto generale della produzione dell’autore. La terza parte contiene l’edizione integrale dell’opera VII e XI, nonché una scelta di brani tratti dall’op. I.