Wide-scale population genomics of Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus) inferred by novel high-throughput technology

My PhD project was focused on Atlantic bluefin tuna, Thunnus thynnus, a fishery resource overexploited in the last decades. For a better management of stocks, it was necessary to improve scientific knowledge of this species and to develop novel tools to avoid collapse of this important commercial resource. To do this, we used new high throughput sequencing technologies, as Next Generation Sequencing (NGS), and markers linked to expressed genes, as SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). In this work we applied a combined approach: transcriptomic resources were used to build cDNA libreries from mRNA isolated by muscle, and genomic resources allowed to create a reference backbone for this species lacking of reference genome. All cDNA reads, obtained from mRNA, were mapped against this genome and, employing several bioinformatics tools and different restricted parameters, we achieved a set of contigs to detect SNPs. Once a final panel of 384 SNPs was developed, following the selection criteria, it was genotyped in 960 individuals of Atlantic bluefin tuna, including all size/age classes, from larvae to adults, collected from the entire range of the species. The analysis of obtained data was aimed to evaluate the genetic diversity and the population structure of Thunnus thynnus. We detect a low but significant signal of genetic differentiation among spawning samples, that can suggest the presence of three genetically separate reproduction areas. The adult samples resulted instead genetically undifferentiated between them and from the spawning populations, indicating a presence of panmictic population of adult bluefin tuna in the Mediterranean Sea, without different meta populations.

Aspetti di sostenibilità in agricoltura a diverse scale spaziali e temporali. Valutazioni ambientali, economiche ed energetiche.

La Tesi analizza le relazioni tra i processi di sviluppo agricolo e l’uso delle risorse naturali, in particolare di quelle energetiche, a livello internazionale (paesi in via di sviluppo e sviluppati), nazionale (Italia), regionale (Emilia Romagna) e aziendale, con lo scopo di valutare l’eco-efficienza dei processi di sviluppo agricolo, la sua evoluzione nel tempo e le principali dinamiche in relazione anche ai problemi di dipendenza dalle risorse fossili, della sicurezza alimentare, della sostituzione tra superfici agricole dedicate all’alimentazione umana ed animale. Per i due casi studio a livello macroeconomico è stata adottata la metodologia denominata “SUMMA” SUstainability Multi-method, multi-scale Assessment (Ulgiati et al., 2006), che integra una serie di categorie d’impatto dell’analisi del ciclo di vita, LCA, valutazioni costi-benefici e la prospettiva di analisi globale della contabilità emergetica. L’analisi su larga scala è stata ulteriormente arricchita da un caso studio sulla scala locale, di una fattoria produttrice di latte e di energia elettrica rinnovabile (fotovoltaico e biogas). Lo studio condotto mediante LCA e valutazione contingente ha valutato gli effetti ambientali, economici e sociali di scenari di riduzione della dipendenza dalle fonti fossili. I casi studio a livello macroeconomico dimostrano che, nonostante le politiche di supporto all’aumento di efficienza e a forme di produzione “verdi”, l’agricoltura a livello globale continua ad evolvere con un aumento della sua dipendenza dalle fonti energetiche fossili. I primi effetti delle politiche agricole comunitarie verso una maggiore sostenibilità sembrano tuttavia intravedersi per i Paesi Europei. Nel complesso la energy footprint si mantiene alta poiché la meccanizzazione continua dei processi agricoli deve necessariamente attingere da fonti energetiche sostitutive al lavoro umano. Le terre agricole diminuiscono nei paesi europei analizzati e in Italia aumentando i rischi d’insicurezza alimentare giacché la popolazione nazionale sta invece aumentando.