Nuove biotenologie per la produzione di piante micorrizate con tartufo

Il lavoro svolto durante questa tesi di dottorato pone le basi per lo sviluppo di nuove biotecnologie della micorrizazione di piante forestali con tartufi pregiati ed in particolare con Tuber magnatum. Durante questa tesi è stato possibile isolare e mantenere in coltura pura il micelio di T. magnatum, ad ottenere e descrivere le sue micorrize e quelle di altri tartufi “bianchi” (T. oligospermum, T. borchii) e a seguire l’evoluzione del micelio nel suolo utilizzando la tecnica della real time PCR. Sono stati disegnati primer specie specifici in grado di identificare T. oligospermum ed è stata verificata la possibiltà di utilizzare questi primers in PCR multiplex con quelli specifici di T. magnatum e di T. borchii già presenti in bibliografia, al fine di “scovare” sia frodi nella commercializzaione degli ascomi sia eventuali contaminazioni nelle piante micorrizate. Per migliorare lo sviluppo miceliare di tartufo abbiamo si è cercato di migliorare il mezzo nutritivo per la crescita del micelio utilizzando: fonti di carbonio diverse, estratti radicali di nocciolo e singole frazioni separate dagli stessi. Infine sono stati sviluppati protocolli di crioconservazione per miceli di tartufo. Gli estratti radicali sono in grado di stimolare le crescita miceliare del tartufo modello T. borchii e dimodificarne la morfologia ifale. Questo risultati sono stati confermati anche dall’aumento dell’espressione di geni CDC42 e Rho-GDI, due geni legati alla crescita apicale polarizzata delle ife dei funghi filamentosi. Inoltre è stato dimostrato che il mantenimento in coltura per numerosi anni dei miceli di tartufo provoca una perdita della capacità d’infettare le radici delle piante e quindi il loro potenziale utilizzo sia a scopo sperimentale sia a scopo colturale. Questo pone in risalto l’importanza della conservazione a lungo termine del materiale biologico a disposizione ed è stato dimostrato che la crioconservazione è applicabile con successo anche alle specie del genere Tuber.

Polymerizing activity and regulation of group B Streptococcus pilus 2a sortase C1

Group B Streptococcus [GBS; Streptococcus agalactiae] is the leading cause of life-threatening diseases in newborn and is also becoming a common cause of invasive diseases in non-pregnant, elderly and immune-compromised adults. Pili, long filamentous fibers protruding from the bacterial surface, have been discovered in GBS, as important virulence factors and vaccine candidates. Gram-positive bacteria build pili on their cell surface via a class C sortase-catalyzed transpeptidation mechanism from pilin protein substrates. Despite the availability of several crystal structures, pilus-related C sortases remain poorly characterized to date and their mechanisms of transpeptidation and regulation need to be further investigated. The available three-dimensional structures of these enzymes reveal a typical sortase fold except for the presence of a unique feature represented by an N-terminal highly flexible loop, known as the “lid”. This region interacts with the residues composing the catalytic triad and covers the active site, thus maintaining the enzyme in an auto-inhibited state and preventing the accessibility to the substrate. It is believed that enzyme activation may occur only after lid displacement from the catalytic domain. In this work we provide the first direct evidence of the regulatory role of the lid, demonstrating that it is possible to obtain in vitro an efficient polymerization of pilin subunits using an active C sortase lid mutant carrying a single residue mutation in the lid region. Moreover, biochemical analyses of this recombinant mutant reveal that the lid confers thermodynamic and proteolytic stability to the enzyme. A further characterization of this sortase active mutant showed promiscuity in the substrate recognition, as it is able to polymerize different LPXTG-proteins in vitro.

Structural and functional characterization of Group B Streptococcus pilus 2b

Group B Streptococcus (GBS) is a Gram-positive human pathogen representing one of the most common causes of life-threatening bacterial infections such as sepsis and meningitis in neonates. Covalently polymerized pilus-like structures have been discovered in GBS as important virulence factors as well as vaccine candidates. Pili are protein polymers forming long and thin filamentous structures protruding from bacterial cells, mediating adhesion and colonization to host cells. Gram-positive bacteria, including GBS, build pili on their cell surface via a class C sortase-catalyzed transpeptidation mechanism from pilin protein substrates that are the backbone protein forming the pilus shaft and two ancillary proteins. Also the cell-wall anchoring of the pilus polymers made of covalently linked pilin subunits is mediated by a sortase enzyme. GBS expresses three structurally distinct pilus types (type 1, 2a and 2b). Although the mechanisms of assembly and cell wall anchoring of GBS types 1 and 2a pili have been investigated, those of pilus 2b are not understood until now. Pilus 2b is frequently found in ST-17 strains that are mostly associated with meningitis and high mortality rate especially in infants. In this work the assembly mechanism of GBS pilus type 2b has been elucidated by dissecting through genetic, biochemical and structural studies the role of the two pilus-associated sortases. The most significant findings show that pilus 2b assembly appears “non-canonical”, differing significantly from current pilus assembly models in Gram-positive pathogens. Only sortase-C1 is involved in pilin polymerization, while the sortase-C2 does not act as a pilin polymerase, but it is involved in cell-wall pilus anchoring. Our findings provide new insights into pili biogenesis in Gram-positive bacteria. Moreover, the role of this pilus type during host infection has been investigated. By using a mouse model of meningitis we demonstrated that type 2b pilus contributes to pathogenesis of meningitis in vivo.

Caratterizzazione genomica di virus influenzali suini in Italia mediante next generation sequencing

I sottotipi H1N1, H1N2 e H3N2 di influenza A virus sono largamente diffusi nella popolazione suina di tutto il mondo. Nel presente lavoro è stato sviluppato un protocollo di sequenziamento di c.d. nuova generazione, su piattaforma Ion Torrent PGM, idoneo per l’analisi di tutti i virus influenzali suini (SIV). Per valutare l’evoluzione molecolare dei SIV italiani, sono stati sequenziati ed analizzati mediante analisi genomica e filogenetica un totale di sessantadue ceppi di SIV appartenenti ai sottotipi H1N1, H1N2 e H3N2, isolati in Italia dal 1998 al 2014. Sono stati evidenziati in sei campioni due fenomeni di riassortimento: tutti i SIV H1N2 esaminati presentavano una neuraminidasi di derivazione umana, diversa da quella dei SIV H1N2 circolanti in Europa, inoltre l’emoagglutinina (HA) di due isolati H1N2 era originata dal riassortimento con un SIV H1N1 avian-like. L’analisi molecolare dell’HA ha permesso di rivelare un’inserzione di due amminoacidi in quattro SIV H1N1 pandemici e una delezione di due aminoacidi in quattro SIV H1N2, entrambe a livello del sito di legame con il recettore cellulare. E’ stata inoltre evidenziata un’elevata omologia di un SIV H1N1 con ceppi europei isolati negli anni ’80, suggerendo la possibile origine vaccinale di questo virus. E’ stato possibile, in aggiunta, applicare il nuovo protocollo sviluppato per sequenziare un virus influenzale aviare altamente patogeno trasmesso all’uomo, direttamente da campione biologico. La diversità genetica nei SIV esaminati in questo studio conferma l’importanza di un continuo monitoraggio della costellazione genomica dei virus influenzali nella popolazione suina.

Studies of sustainable strategies to control phytopathogen agents

Choosing natural enemies to suppress pest population has been for a long the key of biological control. Overtime the term biological control has also been applied to the use of suppressive soils, bio-disinfection and biopesticides. Biological control agents (BCA) and natural compounds, extracted or fermented from various sources, are the resources for containing phytopathogens. BCA can act through direct antagonism mechanisms or inducing hypovirulence of the pathogen. The first part of the thesis focused on mycoviruses infecting phytopathogenic fungi belonging to the genus Fusarium. The development of new approaches capable of faster dissecting the virome of filamentous fungi samples was performed. The semiconductor-based sequencer Ion Torrent™ and the nanopore-based sequencer MinION have been exploited to analyze DNA and RNA referable to viral genomes. Comparison with GeneBank accessions and sequence analysis allowed to identify more than 40 putative viral species, some of these mycovirus genera have been studied as inducers of hypovirulence in several phytopathogenic fungi, therefore future works will focus on the comparison of the morphology and physiology of the fungal strain infected and cured by the viruses identified and their possible use as a biocontrol agent. In a second part of the thesis the potential of botanical pesticides has been evaluated for the biocontrol of phloem limited phytopathogens such as phytoplasmas. The only active compounds able to control phytoplasmas are the antibiotic oxytetracyclines and in vitro direct and fast screening of new antimicrobials compounds on media is almost impossible due to the difficulty to culture phytoplasmas. For this reason, a simple and reliable screening method was developed to evaluate the effects of antimicrobials directly on phytoplasmas by an “ex-vivo” approach. Using scanning electron microscopy (SEM) in parallel with molecular tools (ddRT-PCR), the direct activity of tetracyclines on phytoplasma cells was verified, identifying also a promising compound showing similar activity.