CAMINOS ANTIGUOS DEL NUEVO MUNDO Bolivia - Sudamérica, Siglos XIV - XVII, através de fuentes arqueológicas y etnohistóricas

La tesis "CAMINOS ANTIGUOS DEL NUEVO MUNDO Bolivia - Sudamerica, Siglos XV - XVII, através de fuentes arqueológicas y etnohistóricas", expone una compleja red vial en el territorio hoy conocido como Bolivia: corazón de Sudamérica (llamado así por su posición central en el subcontinente. Es el primer estudio arqueológico-histórico sobre el transporte en Bolivia, un vasto territorio, conocido por los Inkas (Siglo XIII) como Antisuyu y Collasuyu, una tierra desconocida, inexplorada, montañosa y selvática, poblada por diversas culturas, que habían desarrollado un sistema de tráfico fluvio-terrestre, que les permitiera recorrer tan extenso y contrastado territorio entre Andes y Amazonía. Los españoles le llamaban Alto Perú hacia el 1538, creando en 1559 la Real Audiencia de Charcas principal institución del Alto Perú, que pertenecía al Virreinato del Perú hasta 1776, año en el que se crea el Virreinato del Río de La Plata y el Alto Perú pasa a ser parte de este último. El Alto Perú se independiza de la Corona española en 1826, creándose la República de Bolivia. Sobre la base del primer mapa de Bolivia de 1859, en el que se hace un primer levantamiento de las redes camineras y la complementación con mapas más antiguos del Archivo General de Indias de Sevilla, se desarrolla el presente estudio, complementado con trabajos arqueológicos en la región e investigaciones en los Archivos Históricos de La Paz, Tarija, Santa Cruz y Buenos Aires que contienen manuscritos coloniales inéditos anexados en la presente tesis . El estudio es un aporte importante en el estableciemiento del Qapacñan o Caminos reales y sagrados de los Inkas, por cuanto Bolivia siendo un territorio central en Sudamérica fue un enclave cultural no solo en el periodo inka sino también pre inka. El estudio apunta a conocer la real dimensión del periodo prehistórico inka y pre inka en la región, en cuanto la mayoría de las vías actuales o  modernas, se encuentran sobre un trazado antiguo cuyos restos conservan aún la construcción formal de la ingenieria inka o pre inka. Las fuentes etnohistóricas que complementan la investigación corresponden principalmente a los siglos XV a XVII e información arqueológica concerniente al Periodo Inka (siglos XIV – XV aprox.).

Differential expression analysis for sequence count data via mixtures of negative binomials

The recent advent of Next-generation sequencing technologies has revolutionized the way of analyzing the genome. This innovation allows to get deeper information at a lower cost and in less time, and provides data that are discrete measurements. One of the most important applications with these data is the differential analysis, that is investigating if one gene exhibit a different expression level in correspondence of two (or more) biological conditions (such as disease states, treatments received and so on). As for the statistical analysis, the final aim will be statistical testing and for modeling these data the Negative Binomial distribution is considered the most adequate one especially because it allows for "over dispersion". However, the estimation of the dispersion parameter is a very delicate issue because few information are usually available for estimating it. Many strategies have been proposed, but they often result in procedures based on plug-in estimates, and in this thesis we show that this discrepancy between the estimation and the testing framework can lead to uncontrolled first-type errors. We propose a mixture model that allows each gene to share information with other genes that exhibit similar variability. Afterwards, three consistent statistical tests are developed for differential expression analysis. We show that the proposed method improves the sensitivity of detecting differentially expressed genes with respect to the common procedures, since it is the best one in reaching the nominal value for the first-type error, while keeping elevate power. The method is finally illustrated on prostate cancer RNA-seq data.