Each one teaches one: characterizing active forms of proteins by single molecule force spectroscopy

This Ph.D. candidate thesis collects the research work I conducted under the supervision of Prof.Bruno Samor´ı in 2005,2006 and 2007. Some parts of this work included in the Part III have been begun by myself during my undergraduate thesis in the same laboratory and then completed during the initial part of my Ph.D. thesis: the whole results have been included for the sake of understanding and completeness. During my graduate studies I worked on two very different protein systems. The theorical trait d’union between these studies, at the biological level, is the acknowledgement that protein biophysical and structural studies must, in many cases, take into account the dynamical states of protein conformational equilibria and of local physico-chemical conditions where the system studied actually performs its function. This is introducted in the introductory part in Chapter 2. Two different examples of this are presented: the structural significance deriving from the action of mechanical forces in vivo (Chapter 3) and the complexity of conformational equilibria in intrinsically unstructured proteins and amyloid formation (Chapter 4). My experimental work investigated both these examples by using in both cases the single molecule force spectroscopy technique (described in Chapter 5 and Chapter 6). The work conducted on angiostatin focused on the characterization of the relationships between the mechanochemical properties and the mechanism of action of the angiostatin protein, and most importantly their intertwining with the further layer of complexity due to disulfide redox equilibria (Part III). These studies were accompanied concurrently by the elaboration of a theorical model for a novel signalling pathway that may be relevant in the extracellular space, detailed in Chapter 7.2. The work conducted on -synuclein (Part IV) instead brought a whole new twist to the single molecule force spectroscopy methodology, applying it as a structural technique to elucidate the conformational equilibria present in intrinsically unstructured proteins. These equilibria are of utmost interest from a biophysical point of view, but most importantly because of their direct relationship with amyloid aggregation and, consequently, the aetiology of relevant pathologies like Parkinson’s disease. The work characterized, for the first time, conformational equilibria in an intrinsically unstructured protein at the single molecule level and, again for the first time, identified a monomeric folded conformation that is correlated with conditions leading to -synuclein and, ultimately, Parkinson’s disease. Also, during the research work, I found myself in the need of a generalpurpose data analysis application for single molecule force spectroscopy data analysis that could solve some common logistic and data analysis problems that are common in this technique. I developed an application that addresses some of these problems, herein presented (Part V), and that aims to be publicly released soon.

Insegnare l'italiano L2 per fini di studio: una proposta di letture graduate per gli studenti cinesi

Dati i problemi di comprensione linguistica riscontrati dagli studenti cinesi nel contesto accademico e la crescente necessità della didattica dell’italiano L2 per fini di studio, il presente lavoro ha come obiettivo finale la creazione di letture graduate, proposte come materiali didattici comprensibili e mirati agli studenti cinesi di italiano L2, in modo da agevolare il loro approccio ai testi impegnativi richiesti per gli studi artistico-professionali. In particolare, nei primi due capitoli si discute il ruolo significativo della distanza linguistica tra italiano e cinese nell’acquisizione della L2 da parte degli studenti cinesi e nello sviluppo della loro abilità di lettura in L2. In seguito, per capire come debba essere un input ideale per l’acquisizione linguistica a fini di studio, vengono esaminati vari approcci glottodidattici basati sull’input, e si osservano i tratti delle varietà di italiano presenti nel contesto accademico. Il lavoro procede poi con un’analisi delle specifiche caratteristiche linguistiche riscontrate in manuali universitari di storia dell’arte, utilizzando sia un approccio quantitativo che qualitativo, con l’obiettivo di avere un “panorama” delle complessità linguistiche che uno studente L2 deve affrontare nello studio. Successivamente, verrà presentata una sperimentazione di riscrittura con due gruppi, i quali sono stati sottoposti rispettivamente al testo originale e a quello riscritto secondo i criteri formulati dallo studio teorico sul confronto tipologico. I risultati ottenuti confermano sia le interferenze del cinese nella lettura in italiano, sia l’efficacia degli approcci linguistici individuati nel facilitare la comprensibilità del testo per gli studenti cinesi di livello A2-B1. Di conseguenze, viene proposto un percorso di letture graduate per gli studenti cinesi di belle arti; oltre a essere comprensibili, le letture mirano anche all’acquisizione delle varietà di italiano necessarie per lo studio accademico-professionale. L’ultima parte del lavoro è dedicata alle riflessioni teoriche e didattiche sviluppate nel corso della ricerca.