28 resultados para second-generation sequencing


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La tesi intitolata "Dalla «postmémoire» alla scrittura dell’oblio nell’opera di Sylvie Germain" si pone l’obbiettivo di analizzare l’opera della scrittrice francese contemporanea Sylvie Germain alla luce di alcune elaborazioni teoriche sulla dialettica memoria/oblio. Basandoci sulle principali teorie-guida relative alla «memoria culturale» teorizzate da Maurice Halbwachs,Pierre Nora,Tzvetan Todorov,Paul Ricoeur e Aleida Assmann,la nostra analisi si è successivamente concentrata sugli studi condotti attorno al concetto di «postmemory» elaborato dalla studiosa americana Marianne Hirsch. Scopo di questa prospettiva critica è quello di leggere l'opera germainiana come espressione di una «affiliative postmemory», risultato della connessione generazionale di coloro che non hanno vissuto direttamente un trauma con la «literal second generation». Attraverso un approccio interdisciplinare che ha coinvolto gli studi sulla memoria culturale in rapporto alla questione del gender, si è inoltre evidenziata la specificità del ruolo rivestito dai personaggi femminili nei romanzi di Germain che assumono un peso determinante nella trasmissione della memoria individuale e collettiva, studio che ci ha permesso di sottolineare la funzione attiva svolta dalle protagoniste delle opere della scrittrice. Nella fase conclusiva sono state esaminate le opere più recenti di Sylvie Germain pubblicate tra il 2008 e il 2011 in cui l’autrice sembra avvertire la necessità di controbilanciare il peso della «troppa memoria» con una giusta dose di oblio. Sono state inoltre affrontate la questione della responsabilità etica e l’idea di debito nei confronti della memoria familiare e collettiva: la scrittura stessa diventa così per Germain lo strumento attraverso il quale l’autrice assume il ruolo di passeuse de mémoire per le generazioni future.

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L’oggetto dell’analisi si situa all’intersezione di diversi ambiti disciplinari: letteratura, scienze dell’educazione, sociologia, psicologia. Nel presente lavoro, viene privilegiata un’analisi tematica della narrativa e la definizione identitaria delle “infanzie migranti” viene declinata seguendo percorsi di lettura che mettano in risalto alcune prospettive ricorrenti nei romanzi. Il corpus letterario selezionato include alcuni romanzi scritti in lingua inglese da sei scrittrici di origine indiana, in particolare Jamila Gavin, Rachna Gilmore, Anjali Banerjee, Rukhsana Khan, Ravinder Randhawa e Meera Syal. Nel primo capitolo si tracciano le premesse teoriche e metodologiche del lavoro, definendo il genere della letteratura per l’infanzia e interrogandoci sulle sue specificità in un contesto postcoloniale qual è quello indiano. Il secondo capitolo è dedicato alla definizione identitaria delle seconde generazioni, in particolar modo di quelle indo-britanniche e indo-canadesi, cui appartengono i protagonisti dei romanzi presi in esame. Nel terzo capitolo viene posta attenzione agli elementi che concorrono alla definizione identitaria dei giovani protagonisti dei romanzi, i quali si interrogano sul loro essere e sull’appartenenza interculturale. I dialoghi intergenerazionali tra i protagonisti e i nonni - o altre figure di guida - permettono alle scrittrici di raccontare la storia dell’India coloniale e della lotta per l’indipendenza dal punto di vista degli esclusi dalla storiografia ufficiale. Nel capitolo conclusivo si argomenta invece come la definizione identitaria si attui per mezzo dello spazio, tramite l’appartenenza ai luoghi, spazi caricati di significato, e per mezzo del viaggio, che può essere reale, immaginario o iniziatico. In tutti i casi, il viaggio porta alla scoperta del Sé, di un’identità ibrida e molteplice da parte dei personaggi.

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Il diritto a un minimo decente di assistenza sanitaria – spesso chiamato, più semplicemente, diritto alla salute – fa parte dei cosiddetti diritti di seconda generazione, cioè quelli che richiedono un impegno attivo da parte dello stato per assicurare ad ogni cittadino la possibilità di una vita dignitosa. Il diritto alla salute si trova enunciato nei più importanti documenti internazionali, a partire dalla Dichiarazione universale dei diritti dell’uomo (1948), e nella maggior parte delle costituzioni nazionali, compresa quella italiana. Tuttavia, nel Sud del mondo, la sua applicazione è ostacolata da un gran numero di fattori (povertà, guerre, corruzione politica, ecc.); cosicché la maggior parte degli esseri umani vive in società prive di un sistema sanitario nazionale, cadendo vittima di malattie facilmente curabili o prevenibili. Per affrontare questo problema, la cooperazione sanitaria internazionale ha sperimentato nel tempo due diverse forme di intervento: una incentrata sulla diffusione dell’assistenza sanitaria di base (come raccomandato dalla Conferenza di Alma-Ata del 1978), l’altra sui cosiddetti “programmi verticali”, i quali agiscono su singole malattie o branche della sanità. Nessuno dei due approcci però ha prodotto i risultati sperati. L’Ong italiana Emergency propone un modello di cooperazione sanitaria per molti aspetti innovativo: esso si fonda su progetti autogestiti e totalmente gratuiti (che vanno dalla pediatria alla chirurgia di guerra alla cardiochirurgia) ed è capace di incidere sul tessuto sociale nel quale si inserisce, fino ad influenzare le scelte politiche delle autorità locali. Solamente intervenendo in un modo simile sui determinanti sociali della salute, sembra possibile migliorare realmente lo stato di salute delle popolazioni più povere e garantire così la prima delle condizioni necessarie perché ogni persona abbia la possibilità di vivere una vita decente.

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Our view of Globular Clusters has deeply changed in the last decade. Modern spectroscopic and photometric data have conclusively established that globulars are neither coeval nor monometallic, reopening the issue of the formation of such systems. Their formation is now schematized as a two-step process, during which the polluted matter from the more massive stars of a first generation gives birth, in the cluster innermost regions, to a second generation of stars with the characteristic signature of fully CNO-processed matter. To date, star-to-star variations in abundances of the light elements (C, N, O, Na) have been observed in stars of all evolutionary phases in all properly studied Galactic globular clusters. Multiple or broad evolutionary sequences have also been observed in nearly all the clusters that have been observed with good signal-to-noise in the appropriate photometric bands. The body of evidence suggests that spreads in light-element abundances can be fairly well traced by photometric indices including near ultraviolet passbands, as CNO abundance variations affect mainly wavelengths shorter than ~400 nm owing to the rise of some NH and CN molecular absorption bands. Here, we exploit this property of near ultraviolet photometry to trace internal chemical variations and combined it with low resolution spectroscopy aimed to derive carbon and nitrogen abundances in order to maximize the information on the multiple populations. This approach has been proven to be very effective in (i) detecting multiple population, (ii) characterizing their global properties (i.e., relative fraction of stars, location in the color-magnitude diagram, spatial distribution, and trends with cluster parameters) and (iii) precisely tagging their chemical properties (i.e., extension of the C-N anticorrelation, bimodalities in the N content).

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My PhD project was focused on Atlantic bluefin tuna, Thunnus thynnus, a fishery resource overexploited in the last decades. For a better management of stocks, it was necessary to improve scientific knowledge of this species and to develop novel tools to avoid collapse of this important commercial resource. To do this, we used new high throughput sequencing technologies, as Next Generation Sequencing (NGS), and markers linked to expressed genes, as SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). In this work we applied a combined approach: transcriptomic resources were used to build cDNA libreries from mRNA isolated by muscle, and genomic resources allowed to create a reference backbone for this species lacking of reference genome. All cDNA reads, obtained from mRNA, were mapped against this genome and, employing several bioinformatics tools and different restricted parameters, we achieved a set of contigs to detect SNPs. Once a final panel of 384 SNPs was developed, following the selection criteria, it was genotyped in 960 individuals of Atlantic bluefin tuna, including all size/age classes, from larvae to adults, collected from the entire range of the species. The analysis of obtained data was aimed to evaluate the genetic diversity and the population structure of Thunnus thynnus. We detect a low but significant signal of genetic differentiation among spawning samples, that can suggest the presence of three genetically separate reproduction areas. The adult samples resulted instead genetically undifferentiated between them and from the spawning populations, indicating a presence of panmictic population of adult bluefin tuna in the Mediterranean Sea, without different meta populations.

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L’applicazione della citogenetica convenzionale e molecolare può identificare: Ph-negatività, traslocazioni t(9;22) varianti e alterazioni citogenetiche addizionali (ACA) al cromsoma Ph in pazienti con LMC alla diagnosi. Prima dell’introduzione della terapia con Imatinib, esse mostravano un impatto prognostico negativo o non chiaro. Nel nostro studio, 6 casi di LMC Ph- erano trattati con Imatinib. La FISH identificava 4 casi con riarrangiamento BCR/ABL sul der(9q), 1 sul der(22q) e 1 su entrambi i derivativi. Quattro pazienti (66,7%) raggiungevano la RCgC, 2 fallivano il trattamento e 1 sottoposto a TMO. A causa dello scarso numero di casi, non era possibile nessuna correlazione con la prognosi. Nell’ambito di studi prospettici multicentrici del GIMEMA-WP, abbiamo valutato: traslocazioni varianti e ACA. Dei 559 pazienti arruolati, 30(5%) mostravano traslocazioni varianti, 24 valutabili in FISH: 18(75%) mostravano meccanismo 1-step, 4(16,7%) meccanismo 2-step e 2(8,3%) meccanismo complesso. Abbiamo confermato che le varianti non influenzano la risposta e la sopravvivenza dei pazienti trattati con Imatinib. Dei 378 pazienti valutabili alla diagnosi con citogenetica convenzionale, 21(5,6%) mostravano ACA: 9(43%) avevano la perdita del cromosoma Y, 3(14%) trisomia 8, 2(10%) trisomia 19, 6(28%) altre singole anomalie e 1 cariotipo complesso. La presenza di ACA influenzava la risposta: le RCgC e RMolM erano significativamente più basse rispetto al gruppo senza ACA e le curve di sopravvivenza EFS e FFS non erano significativamente diverse. Le curve di PFS e OS erano sovrapponibili nei due gruppi, per il basso numero di eventi avversi oppure perché alcuni raggiungevano la risposta con TKI di seconda generazione. Le anomalie “major route” mostravano decorso clinico peggiore, ma non è stato possibile determinare l’impatto prognostico in relazione al tipo di alterazione. Pertanto, le ACAs alla diagnosi rivestono un ruolo negativo nella prognosi dei pazienti trattati con Imatinib, che quindi rappresentano una categoria più a rischio per la risposta.

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‘Who can be Greek?’ This was the question posed to the Greek society for the first time before the implementation of the Act 3838 in March 2010 which gave the right to access the Greek citizenship -under specific preconditions- to all children of legal migrants born or schooled in Greece. This change of the Nationality Code in order to include all those children was coincided by the economic crisis resulting into the rise of xenophobia, racism and extreme-right rhetoric. The outcome was the cancellation of the Act 3838 by the State Council in February 2013. Under this particular framework, the notions of identity and belonging formed among the youth of African background in Athens are explored. The ways those youngsters perceive not only themselves but also their peers, their countries of origin and the country they live in, are crucial elements of their self-identification. Researches have shown that the integration of the second generation is highly connected to their legal and social status. However, integration is a rather complex process, influenced and shaped by many variables and multiple factors. It is not linear; therefore, its outcomes are difficult to be predicted. Yet, I argue that citizenship acquisition facilitates the process as it transforms those children from ‘aliens’ to ‘citizens’. How these youngsters are perceived by the majority society and the State is one of the core questions of the research, focusing on the imposed dual ‘otherness’ they are subject to. On the one hand, they have to deal with the ‘otherness’ originating from the migrant status inherited to them by their parents, and on the other with the ‘otherness’ deriving from their different phenotypic characteristics. Race matters and becomes a means of discrimination against youth of African background who are perceived as inassimilable and ‘forever others’.

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The quench characteristics of second generation (2 G) YBCO Coated Conductor (CC) tapes are of fundamental importance for the design and safe operation of superconducting cables and magnets based on this material. Their ability to transport high current densities at high temperature, up to 77 K, and at very high fields, over 20 T, together with the increasing knowledge in their manufacturing, which is reducing their cost, are pushing the use of this innovative material in numerous system applications, from high field magnets for research to motors and generators as well as for cables. The aim of this Ph. D. thesis is the experimental analysis and numerical simulations of quench in superconducting HTS tapes and coils. A measurements facility for the characterization of superconducting tapes and coils was designed, assembled and tested. The facility consist of a cryostat, a cryocooler, a vacuum system, resistive and superconducting current leads and signal feedthrough. Moreover, the data acquisition system and the software for critical current and quench measurements were developed. A 2D model was developed using the finite element code COMSOL Multiphysics R . The problem of modeling the high aspect ratio of the tape is tackled by multiplying the tape thickness by a constant factor, compensating the heat and electrical balance equations by introducing a material anisotropy. The model was then validated both with the results of a 1D quench model based on a non-linear electric circuit coupled to a thermal model of the tape, to literature measurements and to critical current and quench measurements made in the cryogenic facility. Finally the model was extended to the study of coils and windings with the definition of the tape and stack homogenized properties. The procedure allows the definition of a multi-scale hierarchical model, able to simulate the windings with different degrees of detail.

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Co-evolving with the human host, gut microbiota establishes configurations, which vary under the pressure of inflammation, disease, ageing, diet and lifestyle. In order to describe the multi-stability of the microbiome-host relationship, we studied specific tracts of the bacterial trajectory during the human lifespan and we characterized peculiar deviations from the hypothetical development, caused by disease, using molecular techniques, such as phylogenetic microarray and next-generation sequencing. Firstly, we characterized the enterocyte-associated microbiota in breast-fed infants and adults, describing remarkable differences between the two groups of subjects. Successively, we investigated the impact of atopy on the development of the microbiome in Italian childrens, highlithing conspicuous deviations from the child-type microbiota of the Italian controls. To explore variation in the gut microbiota depending on geographical origins, which reflect different lifestyles, we compared the phylogenetic diversity of the intestinal microbiota of the Hadza hunter-gatherers of Tanzania and Italian adults. Additionally, we characterized the aged-type microbiome, describing the changes occurred in the metabolic potential of the gut microbiota of centenarians with respect to younger individuals, as a part of the pathophysiolology of the ageing process. Finally, we evaluated the impact of a probiotics intervention on the intestinal microbiota of elderly people, showing the repair of some age-related dysbioses. These studies contribute to elucidate several aspects of the intestinal microbiome development during the human lifespan, depicting the microbiota as an extremely plastic entity, capable of being reconfigured in response to different environmental factors and/or stressors of endogenous origin.

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Il progresso tecnologico nel campo della biologia molecolare, pone la comunità scientifica di fronte all’esigenza di dare un’interpretazione all’enormità di sequenze biologiche che a mano a mano vanno a costituire le banche dati, siano esse proteine o acidi nucleici. In questo contesto la bioinformatica gioca un ruolo di primaria importanza. Un nuovo livello di possibilità conoscitive è stato introdotto con le tecnologie di Next Generation Sequencing (NGS), per mezzo delle quali è possibile ottenere interi genomi o trascrittomi in poco tempo e con bassi costi. Tra le applicazioni del NGS più rilevanti ci sono senza dubbio quelle oncologiche che prevedono la caratterizzazione genomica di tessuti tumorali e lo sviluppo di nuovi approcci diagnostici e terapeutici per il trattamento del cancro. Con l’analisi NGS è possibile individuare il set completo di variazioni che esistono nel genoma tumorale come varianti a singolo nucleotide, riarrangiamenti cromosomici, inserzioni e delezioni. Va però sottolineato che le variazioni trovate nei geni vanno in ultima battuta osservate dal punto di vista degli effetti a livello delle proteine in quanto esse sono le responsabili più dirette dei fenotipi alterati riscontrabili nella cellula tumorale. L’expertise bioinformatica va quindi collocata sia a livello dell’analisi del dato prodotto per mezzo di NGS ma anche nelle fasi successive ove è necessario effettuare l’annotazione dei geni contenuti nel genoma sequenziato e delle relative strutture proteiche che da esso sono espresse, o, come nel caso dello studio mutazionale, la valutazione dell’effetto della variazione genomica. È in questo contesto che si colloca il lavoro presentato: da un lato lo sviluppo di metodologie computazionali per l’annotazione di sequenze proteiche e dall’altro la messa a punto di una pipeline di analisi di dati prodotti con tecnologie NGS in applicazioni oncologiche avente come scopo finale quello della individuazione e caratterizzazione delle mutazioni genetiche tumorali a livello proteico.

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The recent advent of Next-generation sequencing technologies has revolutionized the way of analyzing the genome. This innovation allows to get deeper information at a lower cost and in less time, and provides data that are discrete measurements. One of the most important applications with these data is the differential analysis, that is investigating if one gene exhibit a different expression level in correspondence of two (or more) biological conditions (such as disease states, treatments received and so on). As for the statistical analysis, the final aim will be statistical testing and for modeling these data the Negative Binomial distribution is considered the most adequate one especially because it allows for "over dispersion". However, the estimation of the dispersion parameter is a very delicate issue because few information are usually available for estimating it. Many strategies have been proposed, but they often result in procedures based on plug-in estimates, and in this thesis we show that this discrepancy between the estimation and the testing framework can lead to uncontrolled first-type errors. We propose a mixture model that allows each gene to share information with other genes that exhibit similar variability. Afterwards, three consistent statistical tests are developed for differential expression analysis. We show that the proposed method improves the sensitivity of detecting differentially expressed genes with respect to the common procedures, since it is the best one in reaching the nominal value for the first-type error, while keeping elevate power. The method is finally illustrated on prostate cancer RNA-seq data.

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Gut microbial acquisition during the early stage of life is an extremely important event since it affects the health status of the host. In this contest the healthy properties of the genus Bifidobacterium have a central function in newborns. The aim of this thesis was to explore the dynamics of the gut microbial colonization in newborns and to suggest possible strategies to maintain or restore a correct balance of gut bacterial population in infants. The first step of this work was to review the most recent studies on the use of probiotics and prebiotics in infants. Secondly, in order to prevent or treat intestinal disorders that may affect newborns, the capability of selected Bifidobacterium strains to reduce the amount of Enterobacteriaceae and against the infant pathogen Streptococcus agalactiae was evaluated in vitro. Furthermore, the ability of several commercial fibers to stimulate selectively the growth of bifidobacterial strains was checked. Finally, the gut microbial composition in the early stage of life in response to the intrapartum antibiotic prophylaxis (IAP) against group B Streptococcus was studied using q-PCR, DGGE and next generation sequencing. The results globally showed that Bifidobacterium breve B632 strain is the best candidate for the use in a synbiotic product coupled to a mixture of two selected prebiotic fibers (galactooligosaccharides and fructooligosaccharides) for gastrointestinal disorders in infants. Moreover, the early gut microbial composition was affected by IAP treatment with infants showing lower counts of Bifidobacterium spp. and Bacteroides spp. coupled to a decrement of biodiversity of bacteria, compared to control infants. These studies have shown that IAP could affect the early intestinal balance in infants and they have paved the way to the definition of new strategies alternative to antibiotic treatment to control GBS infection in pregnant women.

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The aim of this work was to identify markers associated with production traits in the pig genome using different approaches. We focused the attention on Italian Large White pig breed using Genome Wide Association Studies (GWAS) and applying a selective genotyping approach to increase the power of the analyses. Furthermore, we searched the pig genome using Next Generation Sequencing (NSG) Ion Torrent Technology to combine selective genotyping approach and deep sequencing for SNP discovery. Other two studies were carried on with a different approach. Allele frequency changes for SNPs affecting candidate genes and at Genome Wide level were analysed to identify selection signatures driven by selection program during the last 20 years. This approach confirmed that a great number of markers may affect production traits and that they are captured by the classical selection programs. GWAS revealed 123 significant or suggestively significant SNP associated with Back Fat Thickenss and 229 associated with Average Daily Gain. 16 Copy Number Variant Regions resulted more frequent in lean or fat pigs and showed that different copies of those region could have a limited impact on fat. These often appear to be involved in food intake and behavior, beside affecting genes involved in metabolic pathways and their expression. By combining NGS sequencing with selective genotyping approach, new variants where discovered and at least 54 are worth to be analysed in association studies. The study of groups of pigs undergone to stringent selection showed that allele frequency of some loci can drastically change if they are close to traits that are interesting for selection schemes. These approaches could be, in future, integrated in genomic selection plans.