Functional and Genetic characterization of new genomic islands from an E. coli strain associated with neonatal meningitis.

Enterobacteriaceae genomes evolve through mutations, rearrangements and horizontal gene transfer (HGT). The latter evolutionary pathway works through the acquisition DNA (GEI) modules of foreign origin that enhances fitness of the host to a given environment. The genome of E. coli IHE3034, a strain isolated from a case of neonatal meningitis, has recently been sequenced and its subsequent sequence analysis has predicted 18 possible GEIs, of which: 8 have not been previously described, 5 fully meet the pathogenic island definition and at least 10 that seem to be of prophagic origin. In order to study the GEI distribution of our reference strain, we screened for the presence 18 GEIs a panel of 132 strains, representative of E. coli diversity. Also, using an inverse nested PCR approach we identified 9 GEI that can form an extrachromosomal circular intermediate (CI) and their respective attachment sites (att). Further, we set up a qPCR approach that allowed us to determine the excision rates of 5 genomic islands in different growth conditions. Four islands, specific for strains appertaining to the sequence type complex 95 (STC95), have been deleted in order to assess their function in a Dictyostelium discoideum grazing assays. Overall, the distribution data presented here indicate that 16 IHE3034 GEIs are more associated to the STC95 strains. Also the functional and genetic characterization has uncovered that GEI 13, 17 and 19 are involved in the resistance to phagocitation by Dictyostelium d thus suggesting a possible role in the adaptation of the pathogen during certain stages of infection.

Identification and functional characterization of human cytomegalovirus Fc binding proteins

ABSTRACT Human cytomegalovirus (HCMV) employs many different mechanisms to escape and subvert the host immune system surveillance. Among these different mechanisms the role of human IgG Fc receptors (FcγR) in HCMV pathogenesis is still unclear. In mammalians, FcγRs are expressed on the surface of all haematopoietic cells and have a multifaceted role in regulating the activity of antibodies to generate a well-balanced immune response. Viral proteins with Fcγ binding ability are highly diffuse among herpesviruses. They interfere with the host receptors functions in order to counteract immune system recognition. So far, two human HCMV Fcγ binding proteins have been described: UL119 and RL11. This work was aimed to the identification and characterization of HCMV Fcγ binding proteins. The study is divided in two parts: first the characterization of UL119 and RL11; second the identification and characterization of novel HCMV Fcγ binding proteins. Regarding the first part, we demonstrated that both UL119 and RL11 internalize Fcγ fragments from transfected cells surface through a clathrin dependent pathway. In infected cells both proteins were found in the viral assembly complex and on virions surface as envelope associated glycoproteins. Moreover, internalized Fcγ in infected cells do not undergo lysosomal degradation but rather traffic in early endosomes up to the viral assembly complex. Regarding the second part, we were able to identify two novels Fcγ binding protein coded by CMV: RL12 and RL13. The latter was also further characterized as recombinant protein in terms of cellular localization, Fc binding site and IgG internalization ability. Finally binding specificity of both RL12 and RL13 seems to be confined to human IgG1 and IgG2. Taken together, these data show that HCMV codes for up to 4 FcγR and that they could have a double role both on virus and on infected cells.

Il museo Wilhelm Lehmbruck: paradigma della nuova modernità nella Germania del secondo dopoguerra

Oggetto della ricerca è il museo Wilhelm Lehmbruck di Duisburg, un'opera dell'architetto Manfred Lehmbruck, progettata e realizzata tra il 1957 e il 1964. Questa architettura, che ospita la produzione artistica del noto scultore Wilhelm Lehmbruck, padre di Manfred, è tra i primi musei edificati ex novo nella Repubblica Federale Tedesca dopo la seconda guerra mondiale. Il mito di Wilhelm Lehmbruck, costruito negli anni per donare una identità culturale alla città industriale di Duisburg, si rinvigorì nel secondo dopoguerra in seno ad una più generale tendenza sorta nella Repubblica di Bonn verso la rivalutazione dell'arte moderna, dichiarata “degenerata” dal nazionalsocialismo. Ricollegarsi all'arte e all'architettura moderna degli anni venti era in quel momento funzionale al ridisegno di un volto nuovo e democratico del giovane stato tedesco, che cercava legittimazione proclamandosi erede della mitica e gloriosa Repubblica di Weimar. Dopo anni di dibattiti sulla ricostruzione, l'architettura del neues Bauen sembrava l'unico modo in cui la Repubblica Federale potesse presentarsi al mondo, anche se la realtà del paese era assai più complessa e svelava il “doppio volto” che connotò questo stato a partire dal 1945. Le numerose dicotomie che popolarono presto la tabula rasa nata dalle ceneri del conflitto (memoria/oblio, tradizione/modernità, continuità/discontinuità con il recente e infausto passato) trovano espressione nella storia e nella particolare architettura del museo di Duisburg, che può essere quindi interpretato come un'opera paradigmatica per comprendere la nuova identità della Repubblica Federale, un'identità che la rese capace di risorgere dopo l' “anno zero”, ricercando nel miracolo economico uno strumento di redenzione da un passato vergognoso, che doveva essere taciuto, dimenticato, lasciato alle spalle.

HIF1α regulates Mitochondrial biogenesis and Cellular senescence induced by Gamma Radiation

Cellular response to γ-rays is mediated by ATM-p53 axis. When p53 is phosphorylated, it can transactivate several genes to induce permanent cell cycle arrest (senescence) or apoptosis. Epithelial and mesenchymal cells are more resistant to radiation-induced apoptosis and respond mainly by activating senescence. Hence, tumor cells in a senescent state might remain as “dormant” malignant in fact through disruption of p53 function, cells may overcome growth arrest. Oncocytic features were acquired in the recurring neoplasia after radiation therapy in patient with colonrectal cancer. Oncocytic tumors are characterized by aberrant biogenesis and are mainly non-aggressive neoplasms. Their low proliferation degree can be explained by chronic destabilization of HIF1α, which presides to adaptation to hypoxia and also plays a pivotal role in hypoxia-related radio-resistance. The aim of the present thesis was to verify whether mitochondrial biogenesis can be induced following radiation treatment, in relation of HIF1α status and whether is predictive of a senescence response. In this study was demonstrate that mitochondrial biogenesis parameters like mitochondrial DNA copy number could be used for the prediction of hypoxic status of tissue after radiation treatment. γ-rays induce an increase of mitochondrial mass and function, in response to a genotoxic stress that pushes cells into senescence. Mitochondrial biogenesis is only indirectly regulated by p53, whose activation triggers a MDM2-mediated HIF1α degradation, leading to the release of PGC-1β inhibition by HIF1α. On the other hand, this protein blunts the mitochondrial response to γ-rays as well as the induction of p21-mediated cell senescence, indicating prevalence of the hypoxic over the genotoxic response. Finally in vivo, post-radiotherapy mtDNA copy number increase well correlates with lack of HIF1α increase in the tissue, concluding this may be a useful molecular tool to infer the trigger of a hypoxic response during radiotherapy, which may lead to failure of activation of senescence.

Caratterizzazione del soppressore tumorale miR-101 nel colon carcinoma

I microRNA sono una classe di piccole molecole di RNA non codificante che controllano la stabilità di numerosi RNA messaggeri, perciò sono considerati come “master regulator” dell’espressione genica. Ogni tumore è caratterizzato da un profilo di espressione alterato dei microRNA. Il miR-101 è un oncosoppressore represso nei tessuti tumorali ed è candidato come biomarcatore del cancro colon-rettale. È regolato da numerosi eventi fisiologici e patologici, come angiogenesi e carcinogenesi. Gli eventi molecolari coinvolti nella regolazione dell’espressione del miR-101 sono scarsamente conosciuti, poiché è trascritto da due loci genici non caratterizzati. L’obiettivo di questo lavoro è di caratterizzare i geni del miR-101 ed individuarne i regolatori molecolari coinvolti nella cancerogenesi colon-rettale.

Characterization of the Staphylococcus aureus bone sialoprotein-binding protein SdrE and the serine protease EpiP

In an attempt to develop a Staphylococcus aureus vaccine, we have applied reverse vaccinology approach, mainly based on in silico screening and proteomics. By using this approach SdrE, a protein belonging to serine-aspartate repeat protein family was identified as potential vaccine antigen against S. aureus. We have investigated the biochemical properties as well as the vaccine potential of SdrE and its highly conserved CnaBE3 domain. We found the protein SdrE to be resistant to trypsin. Further analysis of the resistant fragment revealed that it comprises a CnaBE3 domain, which also showed partial trypsin resistant behavior. Furthermore, intact mass spectrometry of rCnaBE3 suggested the possible presence of isopeptide bond or some other post-translational modification in the protein.However, this observation needs further investigation. Differential Scanning Fluorimetry study reveals that calcium play role in protein folding and provides stability to SdrE. At the end we have demonstrated that SdrE is immunogenic against clinical strain of S. aureus in murine abscess model. In the second part, I characterized a protein, annotated as epidermin leader peptide processing serine protease (EpiP), as a novel S. aureus vaccine candidate. The crystal structure of the rEpiP was solved at 2.05 Å resolution by x-ray crystallography . The structure showed that rEpiP was cleaved somewhere between residues 95 and 100 and cleavage occurs through an autocatalytic intra-molecular mechanism. In addition, the protein expressed by S. aureus cells also appeared to undergo a similar processing event. To determine if the protein acts as a serine protease, we mutated the catalytic serine 393 residue to alanine, generating rEpiP-S393A and solved its crystal structure at a resolution of 1.95 Å. rEpiP-S393A was impaired in its protease activity, as expected. Protective efficacy of rEpiP and the non-cleaving mutant protein was comparable, implying that the two forms are interchangeable for vaccination purposes.

Transcriptional responses of the Helicobacter pylori cag pathogenicity island

The severity of Helicobacter pylori infections largely depends on the genetic diversity of the infecting strain, and particularly on the presence of the cag pathogenicity island (cag-PAI). This virulence locus encodes a type-IV secretion system able to translocate in the host cell at least the cag-encoded toxin CagA and peptidoglycan fragments, that together are responsible for the pathogenic phenotype in the host. Little is known about the bacterial regulators that underlie the coordinated expression of cag gene products, needed to assemble a functional secretion system apparatus. To fill this gap, a comprehensive analysis of the transcriptional regulation of the cag-PAI operons was undertaken. To pursue this goal, a robust tool for the analysis of gene expression in H. pylori was first implemented. A bioluminescent reporter system based on the P. luminescens luxCDABE operon was constructed and validated by comparisons with transcriptional analyses, then it was systematically used for the comprehensive study and mapping of the cag promoters. The identification of bona fide cag promoters had permitted to pinpoint the set of cag transcriptional units of the PAI. The responses of these cag transcriptional units to metabolic stress signals were analyzed in detail, and integrated with transcription studies in deletion mutants of important H. pylori virulence regulators and protein-DNA interaction analyses to map the binding sites of the regulators. Finally, a small regulatory RNA cncR1 encoded by the cag-PAI was identified, and the 5’- and 3’-ends of the molecule were mapped by primer extension analyses, northern blot and studies with lux reporter constructs. To identify regulatory effects exerted by cncR1 on the H. pylori gene expression, the cncR1 knock out strain was derived and compared to the parental wild type strain by a macroarray approach. Results suggest a negative effect exerted by cncR1 on the regulome of the alternative sigma54 factor.

Innovative processes for syngas production

The research of new advanced processes for syngas production is a part of a European project for the production of a new Gas to Liquid Process (NextGTL). The crucial points in the production of GTL process are the energy required for the air separation used in autothermal reforming or the heat required for steam reforming and the efficiency in carbon utilization. Therefore a new multistep oxy-reforming process scheme was developed at lower temperature with intermediate H2 membrane separation to improve the crucial parameter. The process is characterized by a S/C of 0.7 and O2/C of 0.21 having a smoothed temperature profile in which kinetic regime is easily obtained. Active catalysts for low temperature oxy-reforming process have been studied working at low pressure to discriminate among the catalyst and at high pressure to prove it on industrial condition. It allows the selection of the Rh as active phase among single and bimetallic VIII group metal. The study of the matrix composition and thermal treatment has been carried out on Rh-Mg/Al hydrotalcite selected as reference catalyst. The research to optimize the catalyst lead to enhanced performances through the identification of a limitation of the Rh reduction from the oxides matrix as key point to increase the Rh performances. The Rh loading have been studied to allow the catalyst scale up for pilot process in Chieti in a shape of Rh-HT on honeycomb ceramic material. The developed catalyst has enhanced methane conversion in a inch diameter monolith reactor if compared with the semi-industrial catalyst chosen in the project as the best reference.

Reverse Engineering tools: development and experimentation of innovative methods for physical and geometrical data integration and post-processing

In recent years, the use of Reverse Engineering systems has got a considerable interest for a wide number of applications. Therefore, many research activities are focused on accuracy and precision of the acquired data and post processing phase improvements. In this context, this PhD Thesis deals with the definition of two novel methods for data post processing and data fusion between physical and geometrical information. In particular a technique has been defined for error definition in 3D points’ coordinates acquired by an optical triangulation laser scanner, with the aim to identify adequate correction arrays to apply under different acquisition parameters and operative conditions. Systematic error in data acquired is thus compensated, in order to increase accuracy value. Moreover, the definition of a 3D thermogram is examined. Object geometrical information and its thermal properties, coming from a thermographic inspection, are combined in order to have a temperature value for each recognizable point. Data acquired by an optical triangulation laser scanner are also used to normalize temperature values and make thermal data independent from thermal-camera point of view.

Molecular and functional characterization of the chemotactic genes in the PCBs-degrader Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707

Although bacteria represent the simplest form of life on Earth, they have a great impact on all living beings. For example the degrader bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707 is used in bioremediation procedures for the recovery of polluted sites. Indeed, KF707 strain is know for its ability to degrade biphenyl and polychlorinated biphenyls - to which is chemotactically attracted - and to tolerate the oxydative stress due to toxic metal oxyanions such as tellurite and selenite. Moreover, in bioremediation processes, target compounds can be easily accessible to KF707 through biofilm formation. All these considerations suggest that KF707 is such a unique microorganism and this Thesis work has been focused on determining the molecular nature of some of the peculiar physiological traits of this strain. The genome project provided a large set of informations: putative genes involved in the degradation of aromatic and toxic compounds and associated to stress response were identified. Notably, multiple chemotactic operons and cheA genes were also found. Deleted mutants in the cheA genes were constructed and their role in motility, chemotaxis and biofilm formation were assessed and compared to those previously attributed to a cheA1 gene in a KF707 mutant constructed by a mini-Tn5 transposon insertion and which was impaired in motility and biofilm development. The results of this present Thesis work, taken together, were interpreted to suggest that in Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707 strain, multiple factors are involved in these networks and they might play different roles depending on the environmental conditions. The ability of KF707 strain to produce signal molecules possibly involved in cell-to-cell communication, was also investigated: lack of a lux-like QS system - which is conversely widely present in Gram negative bacteria – keeps open the question about the actual molecular nature of KF707 quorum sensing mechanism.

Fatigue Crack Propagation in Pressurized metallic Fuselages

On the basis of well-known literature, an analytical tool named LEAF (Linear Elastic Analysis of Fracture) was developed to predict the Damage Tolerance (DT) proprieties of aeronautical stiffened panels. The tool is based on the linear elastic fracture mechanics and the displacement compatibility method. By means of LEAF, an extensive parametric analysis of stiffened panels, representative of typical aeronautical constructions, was performed to provide meaningful design guidelines. The effects of riveted, integral and adhesively bonded stringers on the fatigue crack propagation performances of stiffened panels were investigated, as well as the crack retarder contribution using metallic straps (named doublers) bonded in the middle of the stringers bays. The effect of both perfectly bonded and partially debonded doublers was investigated as well. Adhesively bonded stiffeners showed the best DT properties in comparison with riveted and integral ones. A great reduction of the skin crack growth propagation rate can be achieved with the adoption of additional doublers bonded between the stringers.

Modellazione Tridimensionale del Processo di Combustione di un Razzo a Propellente Solido

La regolazione dei sistemi di propulsione a razzo a propellente solido (Solid Rocket Motors) ha da sempre rappresentato una delle principali problematiche legate a questa tipologia di motori. L’assenza di un qualsiasi genere di controllo diretto del processo di combustione del grano solido, fa si che la previsione della balistica interna rappresenti da sempre il principale strumento utilizzato sia per definire in fase di progetto la configurazione ottimale del motore, sia per analizzare le eventuali anomalie riscontrate in ambito sperimentale. Variazioni locali nella struttura del propellente, difettosità interne o eterogeneità nelle condizioni di camera posso dare origine ad alterazioni del rateo locale di combustione del propellente e conseguentemente a profili di pressione e di spinta sperimentali differenti da quelli previsti per via teorica. Molti dei codici attualmente in uso offrono un approccio piuttosto semplificato al problema, facendo per lo più ricorso a fattori correttivi (fattori HUMP) semi-empirici, senza tuttavia andare a ricostruire in maniera più realistica le eterogeneità di prestazione del propellente. Questo lavoro di tesi vuole dunque proporre un nuovo approccio alla previsione numerica delle prestazioni dei sistemi a propellente solido, attraverso la realizzazione di un nuovo codice di simulazione, denominato ROBOOST (ROcket BOOst Simulation Tool). Richiamando concetti e techiche proprie della Computer Grafica, questo nuovo codice è in grado di ricostruire in processo di regressione superficiale del grano in maniera puntuale, attraverso l’utilizzo di una mesh triangolare mobile. Variazioni locali del rateo di combustione posso quindi essere facilmente riprodotte ed il calcolo della balistica interna avviene mediante l’accoppiamento di un modello 0D non-stazionario e di uno 1D quasi-stazionario. L’attività è stata svolta in collaborazione con l’azienda Avio Space Division e il nuovo codice è stato implementato con successo sul motore Zefiro 9.

Il Montalbano nel Medioevo: Strumenti informatici per l’analisi archeologica del territorio e delle strutture architettoniche

La ricerca ha preso in esame l’analisi archeologica di un territorio medievale e la sperimentazione di strumenti informatici per la gestione e l’analisi dei dati prodotti dalla ricerca stessa. Il Montalbano, oggetto della ricerca, è una microregione caratterizzata da elementi che la rendono molto interessante. Si tratta di una catena submontana che divide la piana di Firenze-Prato-Pistoia dal Valdarno inferiore. Questa posizione di frontiera ne ha fatto l’oggetto di mire espansionistiche da parte delle principali famiglie signorili prima, dei comuni poi. In una prima fase sono stati censiti i siti attestati dalle fonti documentarie e materiali per capire le dinamiche insediative del popolamento medievale e le strategie di controllo di un territorio caratterizzato dall’assenza di un’egemonia da parte di un solo potere (almeno fino a metà ‘300). L’analisi stratigrafica si è poi concentrata sulle strutture architettoniche religiose, in quanto offrono la maggior quantità di dati dal punto di vista documentario e archeologico. È stato così possibile ottenere un quadro delle tecniche costruttive medievali e delle influenze culturali che lo hanno prodotto. I dati archeologici sono stati gestiti attraverso una piattaforma gis sviluppata all’interno del Laboratorio di Archeologia Medievale dell’Università di Firenze in collaborazione con il laboratorio LSIS del CNRS di Marsiglia. Questa è stata appositamente strutturata secondo le procedure di raccolta e organizzazione dati utilizzate durante l’analisi archeologica. Le singole strutture indagate sono inoltre state oggetto di un rilievo 3d fotogrammetrico che in alcuni casi studio è stato anche utilizzato come base di accesso ai dati derivanti dall’analisi stratigrafica, all’interno di un’applicazione gis 3d (Arpenteur). Questo ha permesso di connettere all’interno di un’unica piattaforma i dati geometrici ed archeometrici con quelli archeologici, utilizzando i primi come interfaccia di accesso ai secondi.

Il risparmio delle risorse alla scala abitativa e di insediamento. Tecnologie non convenzionali e valutazione ambientale attraverso metodologia LCA.

Nel corso del mio lavoro di ricerca mi sono occupata di identificare strategie che permettano il risparmio delle risorse a livello edilizio e di approfondire un metodo per la valutazione ambientale di tali strategie. La convinzione di fondo è che bisogna uscire da una visione antropocentrica in cui tutto ciò che ci circonda è merce e materiale a disposizione dell’uomo, per entrare in una nuova era di equilibrio tra le risorse della terra e le attività che l’uomo esercita sul pianeta. Ho quindi affrontato il tema dell’edilizia responsabile approfondendo l’ambito delle costruzioni in balle di paglia e terra. Sono convinta che l’edilizia industriale abbia un futuro molto breve davanti a sé e lascerà inevitabilmente spazio a tecniche non convenzionali che coinvolgono materiali di semplice reperimento e posa in opera. Sono altresì convinta che il solo utilizzo di materiali naturali non sia garanzia di danni ridotti sull’ecosistema. Allo stesso tempo ritengo che una mera certificazione energetica non sia sinonimo di sostenibilità. Per questo motivo ho valutato le tecnologie non convenzionali con approccio LCA (Life Cycle Assessment), approfondendo gli impatti legati alla produzione, ai trasporti degli stessi, alla tipologia di messa in opera, e ai loro possibili scenari di fine vita. Inoltre ho approfondito il metodo di calcolo dei danni IMPACT, identificando una carenza nel sistema, che non prevede una categoria di danno legata alle modifiche delle condizioni idrogeologiche del terreno. La ricerca si è svolta attraverso attività pratiche e sperimentali in cantieri di edilizia non convenzionale e attività di ricerca e studio sull’LCA presso l’Enea di Bologna (Ing. Paolo Neri).

I manufatti egizi ed egittizzanti in Sicilia

Il progetto di ricerca si è posto l'obiettivo di analizzare una serie di manufatti egizî e di tradizione egizia della Sicilia preromana e di evidenziare le eventuali sopravvivenze della cultura egittizzante sull’isola fino all'età tardoantica. La realizzazione di un corpus, aggiornato sulla scorta di nuovi rinvenimenti, di recenti riletture e di studi su materiali inediti custoditi nei musei siciliani, ha contribuito a tracciare una mappa distributiva delle aree di rinvenimento e di attestazione, con particolare riferimento alle diverse etnie che recepiscono tali prodotti e alla possibilità di ricostruire l’ambientazione storica della domanda diretta o indiretta. Si è scelto di privilegiare lo studio tipologico, iconografico e iconologico di alcune “categorie” di materiali maggiormente documentati sull’isola, quali amuleti, scarabei e scaraboidi, cretule, ushabti, gioielli, bronzi figurati, gemme, con l’individuazione di riscontri in ambito mediterraneo. La documentazione delle testimonianze antiquarie contenenti notizie su reperti oggi non più reperibili ha permesso, infine, non solo l’acquisizione d’informazioni spesso ritenute perse, ma anche una comprensione storicizzata delle dinamiche del collezionismo siciliano e del suo ruolo nel più vasto ambito europeo dal XVII al XIX secolo. È stato importante, infatti, chiarire anche alcuni aspetti della cultura egittologica del periodo, legata in genere alla circolazione di stereotipi e alla mancanza di una conoscenza diretta della realtà faraonica.