Evolutionary epigenetics of modern human populations

Epigenetic variability is a new mechanism for the study of human microevolution, because it creates both phenotypic diversity within an individual and within population. This mechanism constitutes an important reservoir for adaptation in response to new stimuli and recent studies have demonstrated that selective pressures shape not only the genetic code but also DNA methylation profiles. The aim of this thesis is the study of the role of DNA methylation changes in human adaptive processes, considering the Italian peninsula and macro-geographical areas. A whole-genome analysis of DNA methylation profile across the Italian penisula identified some genes whose methylation levels differ between individuals of different Italian districts (South, Centre and North of Italy). These genes are involved in nitrogen compound metabolism and genes involved in pathogens response. Considering individuals with different macro-geographical origins (individuals of Asians, European and African ancestry) more significant DMRs (differentially methylated regions) were identified and are located in genes involved in glucoronidation, in immune response as well as in cell comunication processes. A "profile" of each ancestry (African, Asian and European) was described. Moreover a deepen analysis of three candidate genes (KRTCAP3, MAD1L and BRSK2) in a cohort of individuals of different countries (Morocco, Nigeria, China and Philippines) living in Bologna, was performed in order to explore genetic and epigenetic diversity. Moreover this thesis have paved the way for the application of DNA methylation for the study of hystorical remains and in particular for the age-estimation of individuals starting from biological samples (such as teeth or blood). Noteworthy, a mathematical model that considered methylation values of DNA extracted from cementum and pulp of living individuals can estimate chronological age with high accuracy (median absolute difference between age estimated from DNA methylation and chronological age was 1.2 years).

Characterization of mitochondrial genomes in bivalve species with doubly uniparental inheritance of mitochondria

Many bivalve species possess two distinct mtDNA lineages, called F and M, respectively inherited maternally and paternally: this system is called doubly uniparental inheritance (DUI). The main experimental project of my PhD was the quantification of the two mtDNAs during the development of the DUI species Ruditapes philippinarum, from early embryos to sub-adults, using Real-Time qPCR. I identified the time interval in which M mtDNA is lost from female individuals, while it is retained in males (which are heteroplasmic through all of their life cycle). The results also suggested absence of mtDNA replication during early embryogenesis, a process constituting a bottleneck that highly reduces the copy number of mtDNA molecules in cells of developing larvae. In males this bottleneck may produce cells homoplasmic for M mtDNA, and could be considered as a first step of the segregation of M in the male germ line. Another finding was the characterization, in young clams approaching the first reproductive season, of a significant boost in copy number of F mtDNA in females and of M in males. Given the age of animals in which this mtDNA-specific growth was observed, the finding could probably be the outcome of the first round of gonads and gametes production. Other lines of research included the characterization of the unassigned regions in mt genomes of DUI bivalves. These regions can harbor signals involved in the control of replication and/or transcription of the mtDNA molecule, as well as additional open reading frames (ORFs) not related to oxidative phosphorylation. These features in DUI species could be associated to the maintenance of separate inheritance routes for the two mtDNAs. Additional ORFs are also found in other animal mt genomes: I summarized the presence of gene duplications as a co-author in a review focusing on animal mt genomes with unusual gene content.

I "governi del Presidente"

Gli avvenimenti politico-istituzionali degli ultimi anni hanno determinato un vivace dibattito sulla questione dei cc.dd. “governi del Presidente”, con cui si suole far riferimento ad Esecutivi il cui procedimento di formazione e le cui crisi registrano un interventismo del Presidente della Repubblica superiore a quello richiesto e/o consentito dal dettato costituzionale. Obiettivo dell’elaborato è duplice: fornire un tentativo definitorio della categoria “governi del Presidente”, nonché valutare la compatibilità di questa con la forma di governo parlamentare, soprattutto in considerazione dei recenti sviluppi delle dinamiche politico-istituzionali italiane. Sulla base di questo presupposto, nel presente lavoro si procede a una ricostruzione dell’evoluzione della prassi e delle consuetudini costituzionali in merito all’esercizio dei poteri presidenziali nella gestione delle crisi di governo, con particolare riferimento al procedimento di formazione dell’Esecutivo. La tesi si presenta articolata in due parti, corrispondenti a due differenti periodi storici (cc.dd. Prima e Seconda Repubblica), organizzate per capitoli, relativi alle principali fasi di evoluzione del sistema politico attraversate nel corso della storia della Repubblica. Questa scelta si giustifica in ragione del fatto che il modus operandi del Presidente della Repubblica risulta fortemente condizionato dai mutamenti del contesto politico-istituzionale. Nei singoli paragrafi, dedicati ai presidenti, vengono trattati l’elezione del Presidente, le modalità di formazione dei governi nominati, nonché ulteriori temi la cui disamina è stata ritenuta opportuna allo scopo di fornire una contestualizzazione più adeguata dell’analisi svolta (utilizzo del potere di esternazione e di scioglimento delle Camere, gestione delle attività di politica interna e politica estera, principali avvenimenti dei periodi storici considerati, e così via).

Sviluppo di mezzi e sistemi di sorveglianza e monitoraggio dei ditteri culicidi di importanza sanitaria

Nel corso degli ultimi anni le problematiche legate al ruolo vettore delle zanzare stanno emergendo sia per quanto riguarda l’uomo che gli animali allevati e selvatici. Diversi arbovirus come West Nile, Chikungunya, Usutu e Dengue, possono facilmente spostarsi a livello planetario ed essere introdotti anche nei nostri territori dove possono dare avvio a episodi epidemici. Le tecniche di monitoraggio e sorveglianza dei Culicidi possono essere convenientemente utilizzate per il rilevamento precoce dell’attività virale sul territorio e per la stima del rischio di epidemie al fine dell’adozione delle opportune azioni di Sanità Pubblica. Io scopo della ricerca del dottorato è inserito nel contesto dei temi di sviluppo del Piano regionale sorveglianza delle malattie trasmesse da vettori in Emilia Romagna. La ricerca condotta è inquadrata prevalentemente sotto l’aspetto entomologico applicativo di utilizzo di dispositivi (trappole) che possano catturare efficacemente possibili insetti vettori. In particolare questa ricerca è stata mirata allo studio comparativo in campo di diversi tipi di trappole per la cattura di adulti di zanzara, cercando di interpretare i dati per capire un potenziale valore di efficacia/efficienza nel rilevamento della circolazione virale e come supporto alla pianificazione della rete di sorveglianza dal punto di vista operativo mediante dispositivi adeguati alle finalità d’indagine. Si è cercato di trovare un dispositivo idoneo, approfondendone gli aspetti operativi/funzionali, ai fini di cattura del vettore principale del West Nile Virus, cioè la zanzara comune, da affiancare all’unica tipologia di trappola usata in precedenza. Le prove saranno svolte sia in campo che presso il laboratorio di Entomologia Medica Veterinaria del Centro Agricoltura Ambiente “G. Nicoli” di Crevalcore, in collaborazione con il Dipartimento di Scienze e Tecnologie Agroambientali della Facoltà di Agraria dell’Università di Bologna.

Demersal communities in the Mediterranean Sea: a case study of Triglidae (Osteichthyes, Scorpaeniformes) on the conservation and sustainable use of marine resources

An appropriate management of fisheries resources can only be achieved with the continuous supply of information on the structure and biology of populations, in order to predict the temporal fluctuations. This study supports the importance of investigating the bio-ecology of increasingly exploited and poorly known species, such as gurnards (Osteichthyes, Triglidae) from Adriatic Sea (Mediterranean), to quantify their ecological role into marine community. It also focuses on investigate inter and intra-specific structuring factor of Adriatic population. These objectives were achieved by: 1) investigating aspects of the population dynamics; 2) studying the feeding biology through the examination of stomach contents; 3) using sagittal otoliths as potential marker of species life cycle; 4) getting preliminary data on mDNA phylogeny. Gurnards showed a specie-specific “critical size” coinciding with the start of sexual maturity, the tendency to migrate to greater depths, a change of diet from crustaceans to fish and an increase of variety of food items eaten. Distribution of prey items, predator size range and depth distribution were the main dimensions that influence the breadth of trophic niche and the relative difference amongst Adriatic gurnards. Several feeding preferences were individuated and a possible impact among bigger-size gurnards and other commercial fishes (anchovy, gadoids) and Crustacea (such as mantis prawn and shrimps) were to be necessary considered. Otolith studies showed that gurnard species have a very fast growth despite other results in other areas; intra-specific differences and the increase in the variability of otolith shape, sulcus acusticus shape, S:O ratios, sulcus acusticus external crystals arrangement were shown between juveniles and adults and were linked to growth (individual genetic factors) and to environmental conditions (e.g. depth and trophic niche distribution). In order to facilitate correct biological interpretation of data, molecular data were obtained for comparing morphological distance to genetic ones.

La storia del cinema muto a Bologna attraverso la documentazione d'epoca. Protagonisti, imprese, spettacoli e luoghi per la gestione dell'immaginario della società urbana (1896-1925).

Studio storiografico condotto su fonti archivistiche, filmiche e sulla stampa locale e specializzata che ricostruisce dettagliatamente l'ambiente cittadino d'inizio Novecento nel quale si sono diffusi i primi spettacoli cinematografici, determinandone le caratteristiche e tracciandone l'evoluzione fra 1896 e 1925. L'avvento della cinematografia è strettamente connesso a un processo di modernizzazione del volto urbano, degli stili di vita, delle idee e il cinema si salda a queste istanze di rinnovamento, con una precisa ricaduta sull'immagine della città e sull'esperienza dei suoi cittadini appartenenti alle diverse classi sociali.

Reti transeuropee e servizi nei settori dell'energia, delle telecomunicazioni e dei trasporti

Le reti transeuropee sono uno dei vettori della competitività, dell’integrazione e dello sviluppo sostenibile dell’Unione. La tesi mette in luce la progressiva affermazione di una coerente politica infrastrutturale europea a carattere strumentale, esaminando tale evoluzione sotto tre profili: normativo, istituzionale e finanziario. In primo luogo, sotto il profilo normativo, la tesi evidenzia, da un lato, la progressiva emancipazione delle istituzioni dell’Unione dall’influenza degli Stati membri nell’esercizio delle proprie competenze in materia di reti transeuropee e, dall’altro, lo sviluppo di relazioni di complementarietà e specialità tra la politica di reti e altre politiche dell’Unione. L’elaborato sottolinea, in secondo luogo, sotto il profilo istituzionale, il ruolo del processo di «integrazione organica» dei regolatori nazionali e del processo di «agenzificazione» nel perseguimento degli obiettivi di interconnessione e accesso alle reti nazionali. La tesi osserva, infine, sotto il profilo finanziario, l’accresciuta importanza del sostegno finanziario dell’UE alla costituzione delle reti, che si è accompagnata al parziale superamento dei limiti derivanti dal diritto dell’UE alla politiche di spesa pubblica infrastrutturale degli Stati membri. Da un lato rispetto al diritto della concorrenza e, in particolare, al divieto di aiuti di stato, grazie al rapporto funzionale tra reti e prestazione di servizi di interesse economico generale, e dall’altro lato riguardo ai vincoli di bilancio, attraverso un’interpretazione evolutiva della cd. investment clause del Patto di stabilità e crescita. La tesi, in conclusione, rileva gli sviluppi decisivi della politica di reti europea, ma sottolinea il ruolo che gli Stati membri sono destinati a continuare ad esercitare nel suo sviluppo. Da questi ultimi, infatti, dipende la concreta attuazione di tale politica, ma anche il definitivo superamento, in occasione di una prossima revisione dei Trattati, dei retaggi intergovernativi che continuano a caratterizzare il diritto primario in materia.

Poetiche della traduzione: le esperienze di Ungaretti-Jaccottet e Char-Sereni

La traduzione poetica viene affrontata sul piano empirico dell'analisi testuale. Una breve introduzione presenta le riflessioni più importanti sulla traduzione del testo poetico, da Benjamin e Steiner fino alle teorie più recenti di Meschonnic, Apel, Berman e Mattioli. Alla luce di queste teorie vengono analizzate le opere di due coppie di poeti e poeti-traduttori. Nel primo esempio troviamo il poeta svizzero (francofono) Philippe Jaccottet alle prese con l'intera opera di Ungaretti; nel secondo il rapporto travagliato di Vittorio Sereni con la poesia di René Char. Oltre a indagare la natura problematica della traduzione poetica come pratica e come esperienza, questa tesi di Letteratura Comparata vuole presentare la traduzione come strumento ermeneutico e come meccanismo rienunciativo: il suo ruolo nella dialettica delle influenze e dell'evoluzione letteraria è da considerarsi infatti essenziale. La vocazione originariamente etica della traduzione è sfondo costante della trattazione.

Il diritto alla mobilita' fra dimensione europea, costituzioni statali e autonomie territoriali

La tesi si prefigge l'obbiettivo di offrire una ricostruzione logico sistematica della disciplina giuridica che regola i trasporti pubblici locali in ambito regionale, statale e comunitario, affrontando le principali questioni interpretative e di coordinamento che esse pongono. Nella primo capitolo, viene analizzato l'evoluzione storica della normativa nazionale che regola il trasporto pubblico locale, soffermandosi soprattutto sulla riforma del trasporto pubblico locale introdotte dal d.lgs. 422/1997. Particolare attenzione è stata posta agli aspetti di programmazione e finanziamento nonché alle modalità di gestione del trasporto pubblico locale, in quanto il quadro normativo applicabile è caratterizzato da un’estrema complessità dovuta ai numerosi interventi legislativi. Nel secondo capitolo viene esaminato l'evoluzione dell'intervento comunitario in materi di trasporto pubblico locale, partendo dal (CE) n. 1191/69 che si limitava a disciplinare gli aiuti di Stato, fino alla normativa quadro per il settore (Regolamento (CE) n. 1370/2007). L'obbiettivo è quello di verificare se le scelte del legislatore italiano, per quanto concerne le modalità di gestione del trasporto pubblico locale possano dirsi coerenti con le scelte a livello comunitario previste dal Regolamento (CE) n. 1370/2007. Viene inoltre affronta la questione dell'articolazione della potestà normativa e amministrativa del settore dei trasporti pubblici locali nelle disposizioni del Titolo V della Costituzione. Lo studio si sofferma soprattutto sulla giurisprudenza della Corte costituzionale per tracciare una chiara individuazione del riparto delle competenze tra Stato e Regioni in materia. Infine nell'ultima parte, esamina le diverse problematiche interpretative e applicative della normativa che disciplina il settore del TPL, dovute all'azzeramento della normativa generale dei servizi pubblici locali di rilevanza economica in seguito al referendum abrogativo del 12 e 13 giugno 2011, nonché della illegittimità costituzionale della normativa contenuta nell'art 4 del d.l. n. 138/2011, ad opera della sentenza della Corte costituzionale n. 199/2012.

Il principio di precauzione quale strumento di tutela della salute umana: limite o incentivo al commercio dei farmaci?

La tesi dottorale si incentra sull'analisi del principio di precauzione e sulla sua portata applicativa in quella che possiamo definire “la vita del medicinale”. La disamina prende le sue mosse dalla teoria generale relativa al principio di precauzione e ne indaga, in primis, le sue origini e la sua evoluzione e successivamente ne considera la trasposizione giuridica nel settore ambientale e della salute umana. Si può sintetizzare, in via generale, come il ricorso al principio di precauzione avvenga quando il rischio connesso ad un evento non è un rischio determinato, ma è un rischio potenziale, cioè non supportato da dati scientifici che dimostrino in modo chiaro la connessione esistente tra avvenimento e danni (causa – effetto). In particolare, i dati scientifici che tentano di analizzare detto rischio non sono sufficienti o non sono giunti ad un risultato concludente e quindi la valutazione che viene fatta non consente di determinare il rischio con sufficiente certezza. La tesi dottorale focalizza la sua attenzione sull’applicazione del principio di precauzione ad un particolare bene, il medicinale; la necessità di minimizzare i rischi derivanti dall’assunzione del farmaco richiede un presidio dei pubblici poteri e di conseguenza questo comporta la necessità di “amministrare” il medicinale anche attraverso una serie di autorizzazioni amministrative quali l’autorizzazione alla produzione, l’autorizzazione all’immissione in commercio, l’autorizzazione alla distribuzione ed alla commercializzazione.

Computational Modelling of Cardiac Electrophysiology: from Cell to Bedside

Heart diseases are the leading cause of death worldwide, both for men and women. However, the ionic mechanisms underlying many cardiac arrhythmias and genetic disorders are not completely understood, thus leading to a limited efficacy of the current available therapies and leaving many open questions for cardiac electrophysiologists. On the other hand, experimental data availability is still a great issue in this field: most of the experiments are performed in vitro and/or using animal models (e.g. rabbit, dog and mouse), even when the final aim is to better understand the electrical behaviour of in vivo human heart either in physiological or pathological conditions. Computational modelling constitutes a primary tool in cardiac electrophysiology: in silico simulations, based on the available experimental data, may help to understand the electrical properties of the heart and the ionic mechanisms underlying a specific phenomenon. Once validated, mathematical models can be used for making predictions and testing hypotheses, thus suggesting potential therapeutic targets. This PhD thesis aims to apply computational cardiac modelling of human single cell action potential (AP) to three clinical scenarios, in order to gain new insights into the ionic mechanisms involved in the electrophysiological changes observed in vitro and/or in vivo. The first context is blood electrolyte variations, which may occur in patients due to different pathologies and/or therapies. In particular, we focused on extracellular Ca2+ and its effect on the AP duration (APD). The second context is haemodialysis (HD) therapy: in addition to blood electrolyte variations, patients undergo a lot of other different changes during HD, e.g. heart rate, cell volume, pH, and sympatho-vagal balance. The third context is human hypertrophic cardiomyopathy (HCM), a genetic disorder characterised by an increased arrhythmic risk, and still lacking a specific pharmacological treatment.

Legislazione della crisi e rinvio al contratto collettivo

La tesi analizza il mutamento in atto nelle fonti del diritto del lavoro, attraverso uno studio dei casi di rinvio dalla legge al contratto collettivo. Nella Parte I della tesi è affrontato il tema dei rapporti tra legge e contratto collettivo. In una prospettiva statica, i rapporti tra legge e contratto collettivo sono caratterizzati dall’operare dei principii di gerarchia e del favor: la legge prevede il trattamento minimo di tutela e il contratto collettivo può modificare tale trattamento in senso più favorevole al lavoratore. In una prospettiva dinamica, i rapporti tra legge e contratto collettivo sono più complessi: nell’ordinamento italiano, infatti, la disciplina del rapporto e del mercato del lavoro è caratterizzata da una valorizzazione degli apporti dell’autonomia collettiva. In particolare, il contratto collettivo è destinatario di una serie di rinvii, che lo autorizzano a completare la disciplina legale e a modificarla anche in senso meno favorevole al lavoratore, al fine di creare un mercato del lavoro maggiormente dinamico. Nella Parte II della tesi l’analisi si concentra sull’art. 8 della l. n. 148/2011. Tale disposizione è stata introdotta durante la crisi economico-finanziaria che ha colpito l’Italia tra il 2011 e il 2012, a seguito di trattative tra il Governo italiano e le istituzioni dell’UE, al fine di attribuire alle imprese uno strumento per incrementare la loro competitività e produttività. L’art. 8 autorizza il contratto collettivo a derogare in peius alla legge con riferimento a un arco tematico di materie e istituti che comprende l’intero profilo della disciplina del rapporto di lavoro, con alcune eccezioni. L’art. 8 rappresenta il punto di arrivo di una lunga evoluzione legislativa e consente di mettere in discussione la ricostruzione tradizionale dei rapporti tra legge e contratto collettivo basata sui principii di gerarchia e di favore.

La prova penale nelle indagini difensive. Analisi comparata degli strumenti processuali concessi alla difesa nei sistemi italiano e statunitense.

L’elaborato si occupa di fare il punto in materia di indagini difensive a tre lustri dall’entrata in vigore della legge n. 397/2000, epilogo di un lungo processo evolutivo che ha visto da un lato, una gestazione faticosa e travagliata, dall’altro, un prodotto normativo accolto dagli operatori in un contesto di scetticismo generale. In un panorama normativo e giurisprudenziale in continua evoluzione, i paradigmi dettati dagli artt. 24 e 111 della Costituzione, in tema di diritto alla difesa e di formazione della prova penale secondo il principio del contraddittorio tra le parti, in condizioni di parità, richiedono che il sistema giustizia offra sia all’indagato che all’imputato sufficienti strumenti difensivi. Tenuto conto delle diversità che caratterizzano naturalmente i ruoli dell’accusa e della difesa che impongono asimmetrie genetiche inevitabili, l’obiettivo della ricerca consiste nella disamina degli strumenti idonei a garantire il diritto alla prova della difesa in ogni stato e grado del procedimento, nel tentativo di realizzare compiutamente il principio di parità accusa - difesa nel processo penale. La ricerca si dipana attraverso tre direttrici: l’analisi dello statuto sulle investigazioni difensive nella sua evoluzione storica sino ai giorni nostri, lo studio della prova penale nel sistema americano e, infine, in alcune considerazioni finali espresse in chiave comparatistica. Le suggestioni proposte sono caratterizzate da un denominatore comune, ovvero dal presupposto che per contraddire è necessario conoscere e che solo per tale via sia possibile, finalmente, riconoscere il diritto di difendersi indagando.

Assessment of the population structure and temporal changes in spatial dynamics and genetic characteristics of the Atlantic bluefin tuna under a fishery independent framework.

As a large and long-lived species with high economic value, restricted spawning areas and short spawning periods, the Atlantic bluefin tuna (BFT; Thunnus thynnus) is particularly susceptible to over-exploitation. Although BFT have been targeted by fisheries in the Mediterranean Sea for thousands of years, it has only been in these last decades that the exploitation rate has reached far beyond sustainable levels. An understanding of the population structure, spatial dynamics, exploitation rates and the environmental variables that affect BFT is crucial for the conservation of the species. The aims of this PhD project were 1) to assess the accuracy of larval identification methods, 2) determine the genetic structure of modern BFT populations, 3) assess the self-recruitment rate in the Gulf of Mexico and Mediterranean spawning areas, 4) estimate the immigration rate of BFT to feeding aggregations from the various spawning areas, and 5) develop tools capable of investigating the temporal stability of population structuring in the Mediterranean Sea. Several weaknesses in modern morphology-based taxonomy including demographic decline of expert taxonomists, flawed identification keys, reluctance of the taxonomic community to embrace advances in digital communications and a general scarcity of modern user-friendly materials are reviewed. Barcoding of scombrid larvae revealed important differences in the accuracy of the taxonomic identifications carried out by different ichthyoplanktologists following morphology-based methods. Using a Genotyping-by-Sequencing a panel of 95 SNPs was developed and used to characterize the population structuring of BFT and composition of adult feeding aggregations. Using novel molecular techniques, DNA was extracted from bluefin tuna vertebrae excavated from late iron age, ancient roman settlements Byzantine-era Constantinople and a 20th century collection. A second panel of 96 SNPs was developed to genotype historical and modern samples in order to elucidate changes in population structuring and allele frequencies of loci associated with selective traits.

Analysis of cumulative effects of multiple stressors on saltmarshes and consideration of management options

Natural systems face pressures exerted by natural physical-chemical forcings and a myriad of co-occurring human stressors that may interact to cause larger than expected effects, thereby presenting a challenge to ecosystem management. This thesis aimed to develop new information that can contribute to reduce the existing knowledge gaps hampering the holistic management of multiple stressors. I undertook a review of the state-of-the-art methods to detect, quantify and predict stressor interactions, identifying techniques that could be applied in this thesis research. Then, I conducted a systematic review of saltmarsh multiple stressor studies in conjunction with a multiple stressor mapping exercise for the study system in order to infer potential important synergistic stressor interactions. This analysis identified key stressors that are affecting the study system, but also pointed to data gaps in terms of driver and pressure data and raised issues for potentially overlooked stressors. Using field mesocosms, I explored how a local stressor (nutrient availability) affects the responses of saltmarsh vegetation to a global stressor (increased inundation) in different soil types. Results indicate that saltmarsh vegetation would be more drastically affected by increased inundation in low than in medium organic matter soils, and especially in estuaries already under high nutrient availability. In another field experiment, I examined the challenges of managing co-occurring and potentially interacting local stressors on saltmarsh vegetation: recreational trampling and smothering by deposition of excess macroalgal wrack due to high nutrient loads. Trampling and wrack prevention had interacting effects, causing non-linear responses of the vegetation to simulated management of these stressors, such that vegetation recovered only in those treatments simulating the combined prevention of both stressors. During this research I detected, using molecular genetic methods, a widespread presence of S. anglica (and to a lesser extent S. townsendii), two previously unrecorded non-native Spartinas in the study areas.