Analisi molecolare dei linfomi cutanei aggressivi

I linfomi primitivi cutanei riconosciuti nella classificazione della WHO/EORTC si presentano come “entità cliniche distinte” su base clinica, morfologica, immunofenotipica e molecolare. Il fenotipo linfocitario T helper CD4+ caratterizza i CTCL, ma alcune entità a prognosi aggressiva presentano un immunofenotipo citotossico CD8+. Numerosi studi di citogenetica (CGH) e gene-expression profiling (GEP) sono stati condotti negli ultimi anni sui CTCL e sono state riscontrate numerose aberrazioni cromosomiche correlate ai meccanismi di controllo del ciclo cellulare. Scopo del nostro studio è la valutazione delle alterazioni genomiche coinvolte nella tumorigenesi di alcuni CTCL aggressivi: il linfoma extranodale NK/T nasal-type, il linfoma primitivo cutaneo aggressivo epidermotropo (AECTCL) e il gruppo dei PTCL/NOS pleomorfo CD8+. Il materiale bioptico dei pazienti è stato sottoposto alla metodica dell’array-CGH per identificare le anomalie cromosomiche; in alcuni casi di AECTCL è stata applicata la GEP, che evidenzia il profilo di espressione genica delle cellule neoplastiche. I dati ottenuti sono stati valutati in modo statistico, evidenziando le alterazioni cromosomiche comuni significative di ogni entità. In CGH, sono state evidenziate alcune aberrazioni comuni fra le entità studiate, la delezione di 9p21.3, l’amplificazione di 17q, 19p13, 19q13.11-q13.32 , 12q13 e 16p13.3, che determinano la delezione dei geni CDKN2A e CDKN2B e l’attivazione del JAK/STAT signaling pathway. Altre alterazioni definiscono l’amplificazione di c-MYC (8q24) e CCND1/CDK4-6 (11q13). In particolare, sono state evidenziate numerose anomalie genomiche comuni in casi di AECTCL e PTCL/NOS pleomorfo. L’applicazione della GEP in 5 casi di AECTCL ha confermato l’alterata espressione dei geni CDKN2A, JAK3 e STAT6, che potrebbero avere un ruolo diretto nella linfomagenesi. Lo studio di un numero maggiore di casi in GEP e l’introduzione delle nuove indagini molecolari come l’analisi dei miRNA, della whole-exome e whole genome sequences consentiranno di evidenziare alterazioni molecolari correlate con la prognosi, definendo anche nuovi target terapeutici.

New mechanisms for modelling the motion of the human ankle complex

The relevance of human joint models was shown in the literature. In particular, the great importance of models for the joint passive motion simulation (i.e. motion under virtually unloaded conditions) was outlined. They clarify the role played by the principal anatomical structures of the articulation, enhancing the comprehension of surgical treatments, and in particular the design of total ankle replacement and ligament reconstruction. Equivalent rigid link mechanisms proved to be an efficient tool for an accurate simulation of the joint passive motion. This thesis focuses on the ankle complex (i.e. the anatomical structure composed of the tibiotalar and the subtalar joints), which has a considerable role in human locomotion. The lack of interpreting models of this articulation and the poor results of total ankle replacement arthroplasty have strongly suggested devising new mathematical models capable of reproducing the restraining function of each structure of the joint and of replicating the relative motion of the bones which constitute the joint itself. In this contest, novel equivalent mechanisms are proposed for modelling the ankle passive motion. Their geometry is based on the joint’s anatomical structures. In particular, the role of the main ligaments of the articulation is investigated under passive conditions by means of nine 5-5 fully parallel mechanisms. Based on this investigation, a one-DOF spatial mechanism is developed for modelling the passive motion of the lower leg. The model considers many passive structures constituting the articulation, overcoming the limitations of previous models which took into account few anatomical elements of the ankle complex. All the models have been identified from experimental data by means of optimization procedure. Then, the simulated motions have been compared to the experimental one, in order to show the efficiency of the approach and thus to deduce the role of each anatomical structure in the ankle kinematic behavior.

Conservazione e ricostruzione dei tessuti storici dal secondo dopoguerra agli anni settanta. Teoria e prassi del restauro nell'opera del soprintendente Alfredo Barbacci

Il Soprintendente Alfredo Barbacci fu uomo di poliedrica formazione, perito nell’uso di metodiche innovative di restauro ed esperto delle tecniche di ricomposizione delle forme architettoniche dei complessi monumentali, danneggiati dai bombardamenti del secondo conflitto mondiale. Quel che, questo studio ha inteso indagare e comprendere, attraverso un approccio critico, sostanziato dalle carte d’archivio, è fondamentalmente il contributo, da egli ha offerto circa la valenza storica e architettonica del tessuto connettivo di base della città, da cui si originava - negli anni della sua attività - l’idea ancora inedita di un bene culturale e sociale nuovo: il centro storico tutto, con annessi monumenti, complessi architettonici nobili ed edilizia minore, di base. Dando avvio all’analisi sistematica delle teorie e della prassi di Alfredo Barbacci e alla lettura puntuale dei suoi scritti, sono stati razionalizzati il significato, le valenze e le implicazioni del termine edilizia minore all’interno del più ampio contesto del restauro dell’edilizia monumentale e alla luce degli elementi di tendenza, portati all’attenzione dal dibattito delle diverse scuole di pensiero sul restauro, a partire dai primi anni del sec. XX fino agli anni Settanta dello scorso secolo. Concretamente vi si evidenziano interessanti intuizioni e dichiarazioni, afferenti la necessità di un restauro del tipo integrato, da intendersi come strumento privilegiato di intervento sul tessuto nobile e meno nobile della città antica. Al termine della sua carriera, il contributo del Soprintendente Barbacci al dibattito scientifico si documenta da sé, nella compilazione a sua firma di quella parte della Relazione Franceschini, in cui si dava proposta di un corpo normativo alla necessità di guardare alla città storica come a un bene culturale e sociale, insistendo come al suo interno era d’uopo mantenere, nel corso di interventi restaurativi, un razionale equilibrio tra monumento ed edilizia minore già storicizzata e che non escludesse anche l’apparato paesaggistico di contorno.

Effect of hypoxia and hyperglycemia on cell bioenergetics

Mitochondria have a central role in energy supply in cells, ROS production and apoptosis and have been implicated in several human disease and mitochondrial dysfunctions in hypoxia have been related with disorders like Type II Diabetes, Alzheimer Disease, inflammation, cancer and ischemia/reperfusion in heart. When oxygen availability becomes limiting in cells, mitochondrial functions are modulated to allow biologic adaptation. Cells exposed to a reduced oxygen concentration readily respond by adaptive mechanisms to maintain the physiological ATP/ADP ratio, essential for their functions and survival. In the beginning, the AMP-activated protein kinase (AMPK) pathway is activated, but the responsiveness to prolonged hypoxia requires the stimulation of hypoxia-inducible factors (HIFs). In this work we report a study of the mitochondrial bioenergetics of primary cells exposed to a prolonged hypoxic period . To shine light on this issue we examined the bioenergetics of fibroblast mitochondria cultured in hypoxic atmospheres (1% O2) for 72 hours. Here we report on the mitochondrial organization in cells and on their contribution to the cellular energy state. Our results indicate that prolonged hypoxia cause a significant reduction of mitochondrial mass and of the quantity of the oxidative phosphorylation complexes. Hypoxia is also responsible to damage mitochondrial complexes as shown after normalization versus citrate synthase activity. HIF-1α plays a pivotal role in wound healing, and its expression in the multistage process of normal wound healing has been well characterized, it is necessary for cell motility, expression of angiogenic growth factor and recruitment of endothelial progenitor cells. We studied hypoxia in the pathological status of diabetes and complications of diabetes and we evaluated the combined effect of hyperglycemia and hypoxia on human dermal fibroblasts (HDFs) and human dermal micro-vascular endothelial cells (HDMECs) that were grown in high glucose, low glucose concentrations and mannitol as control for the osmotic challenge.

A Design Method for Flexure-Based Compliant Mechanisms on the Basis of Stiffness and Stress Characteristics

Geometric nonlinearities of flexure hinges introduced by large deflections often complicate the analysis of compliant mechanisms containing such members, and therefore, Pseudo-Rigid-Body Models (PRBMs) have been well proposed and developed by Howell [1994] to analyze the characteristics of slender beams under large deflection. These models, however, fail to approximate the characteristics for the deep beams (short beams) or the other flexure hinges. Lobontiu's work [2001] contributed to the diverse flexure hinge analysis building on the assumptions of small deflection, which also limits the application range of these flexure hinges and cannot analyze the stiffness and stress characteristics of these flexure hinges for large deflection. Therefore, the objective of this thesis is to analyze flexure hinges considering both the effects of large-deflection and shear force, which guides the design of flexure-based compliant mechanisms. The main work conducted in the thesis is outlined as follows. 1. Three popular types of flexure hinges: (circular flexure hinges, elliptical flexure hinges and corner-filleted flexure hinges) are chosen for analysis at first. 2. Commercial software (Comsol) based Finite Element Analysis (FEA) method is then used for correcting the errors produced by the equations proposed by Lobontiu when the chosen flexure hinges suffer from large deformation. 3. Three sets of generic design equations for the three types of flexure hinges are further proposed on the basis of stiffness and stress characteristics from the FEA results. 4. A flexure-based four-bar compliant mechanism is finally studied and modeled using the proposed generic design equations. The load-displacement relationships are verified by a numerical example. The results show that a maximum error about the relationship between moment and rotation deformation is less than 3.4% for a flexure hinge, and it is lower than 5% for the four-bar compliant mechanism compared with the FEA results.

Studio delle proprietà oncotiche e non incotiche dell'albumina nel paziente con cirrosi epatica e ascite

L’albumina umana (HA) è usata per le sue proprietà oncotiche per ricostituire il volume circolante in pazienti critici e nella cirrosi epatica avanzata. Tuttavia, l’albumina non è solo semplice espansore plasmatico, ma è provvista anche di proprietà non oncotiche, quali, la capacità di legare e trasportare molecole insolubili in acqua, come metalli e farmaci, il suo potere antiossidante e di detossificazione di sostanze sia endogene che esogene. Il nostro studio, è stato progettato da un lato per dimostrare che il trattamento in cronico con albumina umana nei pazienti cirrotici con ascite è in grado di ridurre l’incidenza di ascite refrattaria, delle complicanze legate all’uso dei diuretici e la ricorrenza delle ospedalizzazioni (studio randomizzato), dall’altro per determinare se le alterazioni delle proprietà non oncotiche dell’albumina, possono rappresentare degli indicatori di un aumentato rischio di complicanze cliniche e di una prognosi sfavorevole di questi pazienti (studio di coorte). METODI Studio multicentrico, prospettico, randomizzato, in 440 pts cirrotici con ascite: due bracci di trattamento: t. medica standard vs t. medica standard + albumina; Studio di coorte con 110 cirrotici vs 50 individui sani, valutati mediante -analisi proteomica per individuare con le modifiche post-trascrizionali; - Cobalt Binding Albumina (ACB) per quantificare la quota di albumina modificata dall’ischemia e IMA-Ratio. RISULTATI Studio randomizzato: non è possibile trarre conclusioni, ma emerge un dato incoraggiante, cioè i pazienti del braccio standard hanno una maggiore tendenza a chiudere lo studio per tre paracentesi / mese; Studio Coorte:-IMA e IMA-R sono aumentati in cirrosi, ma non associate a complicanze della cirrosi, l'infezione batterica è associata ad un aumento IMA e IMA-R in cirrosi. CONCLUSIONE: Lo studio randomizzato è in corso ma i dati preliminari sono incoraggianti. Lo studio coorte, ha dimostrato che la cirrosi è associata da alterazioni post-trascrizionali che coinvolgono il N-terminale ed i siti di legame Cys-34.

The role of mitochondria in the regulation of gamma rays induced mTOR-dependent senescence

The first aims of this study were to demonstrate if mitochondrial biogenesis and senescence can be induced simultaneously in cell lines upon exposure to a genotoxic stress, and if the presence of mtDNA mutations which impair the functionality of respiratory complexes can influence the ability of a cell to activate senescence. The data obtained on the oncocytic model XTC.UC1 demonstrated that the presence of mitochondrial dysfunction is involved in the maintenance of a senescent phenotype induced by γ-rays treatment. The involvement of mTORC1 in the regulation of senescence has been shown in this cell line. On the other hand, in cells which do not present mitochondrial dysfunction it has been verified that genotoxic stress determines the activation of both mitochondrial biogenesis and senescence. Further studies are necessary in order to verify if mitochondrial biogenesis sustains the activation of senescence. The second aim of this thesis was to determine the involvement of mTORC1 in the regulation of PGC-1α expression, in order to verify what is the cause of the development of oncocytoma in patients affected by two hereditary cancer syndromes; Cowden and Birt-hogg-Dubé . The study of oncocytic tumors developed by patients affected by these syndromes suggested that the double heterozigosity of the two causative genes, PTEN and FLCN respectively, induce the activation of mTORC1 and therefore the activation of PGC-1α expression. On XTC.UC1 cell line, the most suitable in vitro model, experiments of complementation of PTEN and FLCN were conducted. To date, these results demonstrated that mTORC1 is not involved in the regulation of PGC-1α expression, and PTEN and FLCN seem to have opposite effect on PGC-1α expression.

Essays in Household and Demographic Economics

This dissertation consists of three empirical studies that are believed to provide new contributions to the literature exploring the determinants of children/adolescents achievement test scores (Chapter 2), adolescent health risk behaviors (Chapter 3), and children time use patterns (Chapter 4). The second and third studies look at the separate roles of fathers and of mothers in influencing outcomes, wherein parental time is the resource input of interest quantitatively measured and directly derived from time diaries. The last chapter looks at the time allocation of children and how it varies according to child and household characteristics.

Lo sviluppo dell'allevamento in Emilia-Romagna Aspetti economici e implicazioni sociali nella gestione della risorsa animale durante l’età del Bronzo

Il dibattito sullo sviluppo delle culture dell’età del Bronzo nel territorio dell’Emilia-Romagna sta portando una rinnovata attenzione sull’area romagnola. Le indagini si sono concentrate sull’area compresa tra il fiume Panaro e il Mare Adriatico, riconoscibile nell’odierna Romagna ed in parte della bassa pianura emiliana. Si trattava un territorio strategico, un vero e proprio crocevia socio-economico fra la cultura terramaricola e quelle centro italiche di Grotta Nuova. La presente ricerca di dottorato ha portato alla ricostruzione dei sistemi di gestione e di sfruttamento delle risorse animali in Emilia-Romagna durante l’Età del Bronzo, con particolare attenzione alla definizione della capacità portante ambientale dei diversi territori indagati e delle loro modalità di sfruttamento in relazione alla razionalizzazione della pratiche di allevamento. Sono state studiate in dettaglio le filiere di trasformazione dei prodotti animali primari e secondari definendo, quindi, i caratteri delle paleoeconomie locali nel processo di evoluzione della Romagna durante l’età del Bronzo. La ricerca si è basata sullo studio archeozoologico completo su 13 siti recentemente indagati, distribuiti nelle provincie di: Bologna, Ferrara, Ravenna, Forlì/Cesena e Rimini, e su una revisione completa delle evidenze archeozoologiche prodotte da studi pregressi. Le analisi non si sono limitate al riconoscimento delle specie, ma hanno teso all’individuazione ed alla valutazione di parametri complessi per ricostruire le strategie di abbattimento e le tecniche di sfruttamento e macellazione dei diversi gruppi animali. E’ stato possibile, quindi, valutare il peso ecologico di mandrie e greggi sul territorio e l’impatto economico ed ecologico di un allevamento sempre più sistematico e razionale, sia dal punto di vista dell’organizzazione territoriale degli insediamenti, sia per quanto riguarda le ripercussioni sulla gestione delle risorse agricole ed ambientali in generale.

Analisi del popolamento e delle dinamiche culturali del Neolitico nella Puglia Centrale : un approccio territoriale per la Bassa Murgia

L’obiettivo della ricerca condotta dal candidato è stato sin dal principio la proposta di un’analisi del popolamento e delle dinamiche culturali dell’età neolitica nella Puglia Centrale. Tale aspirazione derivava dal fatto che il territorio oggetto di tale ricerca è stato, negli ultimi decenni, assai meno investigato rispetto alle limitrofe aree, come la piana del Tavoliere ed il Salento in particolare. Questa mancanza di informazioni rendeva necessaria una rivisitazione delle ricerche e degli studi, attraverso la costruzione di un atlante del popolamento, al fine di colmare questo vuoto. Infatti, una valutazione del popolamento dell’età neolitica nell’Italia sud-orientale non può essere considerata per aree culturali distinte e geograficamente limitate. Nonostante vi siano importanti differenziazioni di facies archeologiche, è solo attraverso una visione complessiva e con un controllo articolato delle informazioni che è possibile descrivere i processi e le dinamiche che hanno portato ad un popolamento così imponente, dalla sua espansione al repentino collasso, causando la trasformazione del paesaggio pugliese. La scelta di guardare alla complessità neolitica di questo versante della Puglia si lega culturalmente, oltre che geograficamente, alla ricerca già effettuata sulla grande diffusione del neolitico nella piana del Tavoliere di Puglia, unico esempio europeo in quanto a colonizzazione capillare del territorio..Ciò ha permesso di disegnare un quadro globale, che al momento esclude solo la penisola salentina, del popolamento neolitico della Puglia settentrionale e centrale. Le caratteristiche che differenziano i due complessi, sono strettamente legate sia all’habitat insediativo, inteso come scelte insediamentali, che nella regione indagata appare organizzato su diversi livelli (area costiera adriatica, area prospiciente antichi alvei torrentizi, propaggini dell’altopiano delle Murge), che alle forme culturali, intese come produzione artigianale e soprattutto aspetti rituali connessi alla frequentazione delle grotte naturali.

Essays in Environmental Economics

This dissertation comprises four essays on the topic of environmental economics and industrial organization. In the first essay, we develop a two-country world differential game model with a polluting firm in each country to investigate the equilibrium of the game between firms when they decide to trade or not and to see under which conditions social welfare coincides with the market equilibrium. In the second essay, we built a model where firms strategically choose whether to participate in an auction/lottery to attain pollution permits, or instead invest in green R&D, to show that, somewhat counterintuitively, a desirable side effect of the auction is in fact that of fostering environmental R&D in an admissible range of the model parameters. The third essay investigates a second-best trade agreement between two countries when pollution spillovers are asymmetric to examine the strategic behavior of governments in using pollution taxes and tariffs under trade liberalization. The fouth essay studies the profitability of exogenous output constraint in a differential game model with price dynamics under the feedback strategies.

Essays in Industrial Organization

This dissertation comprises four essays on the topic of industrial organization and environmental economics. The first essay investigates the profitability of horizontal mergers of firms with price adjustments. We take a differential game approach and both the open-loop as well as the closed-loop equlibria are considered. In the second essay, using the same approach as the first one, we study the profitability of horizontal merger of firms where the demand function is nonlinear. We take into consideration the open-loop equilibrium. The third essay studies the profitability of exogenous output constraint in a differential game model with price dynamics under the feedback strategies. The fourth essay investigates a second-best trade agreement between two countries when pollution spillovers are asymmetric to examine the strategic behavior of governments in using pollution taxes and tariffs under trade liberalization.

Patent Strategies and R&D in Complex Product Industries

The study aims at providing a framework conceptualizing patenting activities under the condition of intellectual property rights fragmentation. Such a framework has to deal with the interrelated problems of technological complexity in the modern patent landscape. In that respect, ex-post licensing agreements have been incorporated into the analysis. More precisely, by consolidating the right to use patents required for commercialization of a product, private market solutions, such as cross-licensing agreements and patent pools help firms to overcome problems triggered by the intellectual property rights fragmentation. Thereby, private bargaining between parties as such cannot be isolated from the legal framework. A result of this analysis is that policies ignoring market solutions and only focusing on static gains can mitigate the dynamic efficiency gains as induced by the patent system. The evidence found in this thesis supports the opinion that legal reforms that aim to decrease the degree of patent protection or to lift it all together can hamper the functioning of the current system.

Methods for Clearance Influence Analysis in Planar and Spatial Mechanisms

This doctoral dissertation presents a new method to asses the influence of clearancein the kinematic pairs on the configuration of planar and spatial mechanisms. The subject has been widely investigated in both past and present scientific literature, and is approached in different ways: a static/kinetostatic way, which looks for the clearance take-up due to the external loads on the mechanism; a probabilistic way, which expresses clearance-due displacements using probability density functions; a dynamic way, which evaluates dynamic effects like the actual forces in the pairs caused by impacts, or the consequent vibrations. This dissertation presents a new method to approach the problem of clearance. The problem is studied from a purely kinematic perspective. With reference to a given mechanism configuration, the pose (position and orientation) error of the mechanism link of interest is expressed as a vector function of the degrees of freedom introduced in each pair by clearance: the presence of clearance in a kinematic pair, in facts, causes the actual pair to have more degrees of freedom than the theoretical clearance-free one. The clearance-due degrees of freedom are bounded by the pair geometry. A proper modelling of clearance-affected pairs allows expressing such bounding through analytical functions. It is then possible to study the problem as a maximization problem, where a continuous function (the pose error of the link of interest) subject to some constraints (the analytical functions bounding clearance- due degrees of freedom) has to be maximize. Revolute, prismatic, cylindrical, and spherical clearance-affected pairs have been analytically modelled; with reference to mechanisms involving such pairs, the solution to the maximization problem has been obtained in a closed form.

Statistical Physics and Modeling of Human Mobility

In this thesis, we extend some ideas of statistical physics to describe the properties of human mobility. By using a database containing GPS measures of individual paths (position, velocity and covered space at a spatial scale of 2 Km or a time scale of 30 sec), which includes the 2% of the private vehicles in Italy, we succeed in determining some statistical empirical laws pointing out "universal" characteristics of human mobility. Developing simple stochastic models suggesting possible explanations of the empirical observations, we are able to indicate what are the key quantities and cognitive features that are ruling individuals' mobility. To understand the features of individual dynamics, we have studied different aspects of urban mobility from a physical point of view. We discuss the implications of the Benford's law emerging from the distribution of times elapsed between successive trips. We observe how the daily travel-time budget is related with many aspects of the urban environment, and describe how the daily mobility budget is then spent. We link the scaling properties of individual mobility networks to the inhomogeneous average durations of the activities that are performed, and those of the networks describing people's common use of space with the fractional dimension of the urban territory. We study entropy measures of individual mobility patterns, showing that they carry almost the same information of the related mobility networks, but are also influenced by a hierarchy among the activities performed. We discover that Wardrop's principles are violated as drivers have only incomplete information on traffic state and therefore rely on knowledge on the average travel-times. We propose an assimilation model to solve the intrinsic scattering of GPS data on the street network, permitting the real-time reconstruction of traffic state at a urban scale.