Fisiología de las algas marinas a través de técnicas moleculares

[ES]Desde 1985, el Grupo de Investigación de Fisiología y Biotecnología Vegetal Marina de la ULPGC ha estudiado el papel de las fuentes de carbono y reguladores de crecimiento, centrándose en los últimos 20 años, en las poliaminas y los compuestos volátiles en el ámbito reproductivo de las macroalgas rojas. En este devenir, han acompañado Licenciados y Doctores en Ciencias del Mar, y entre todos han conocido el papel que desempeñan las fuentes de carbono y la luz, así como, las modificaciones a nivel estructural y ultraestructural durante el crecimiento y el desarrollo de las macroalgas. Emocionante ha sido descubrir el efecto de las poliaminas, o más recientemente el etileno, en la inducción de la carpoesporogénesis, y comprobar como las actividades enzimáticas de síntesis y degradación de estas sustancias estaban íntimamente ligadas a este evento reproductivo. Un reto apasionante ha sido la implementación de técnicas moleculares para el seguimiento de la expresión del gen más importante en la síntesis de las poliaminas: desde cuánto se expresa, con técnicas de PCR cuantitativa, hasta dónde se expresa con la hibridación in situ de RNA mensajeros. En la actualidad están expectantes con el primer transcriptoma obtenido con los sistemas de secuenciación masiva de nueva generación.

Automatización de los procesos de alineamiento y búsqueda de variantes en secuencias de ADN

[ES]Gracias a la secuenciación de ADN de nueva generación (NGS) es posible obtener grandes cantidades de datos genéticos acerca de un indivíduo. Las variantes genéticas individuales pueden determinar la presencia de enfermedades genéticas de etiología desconocida. También es posible predecir la suceptibilidad de responder de forma adecuada a un medicamento determinado.El diagnóstico genético supone una mejora en la calidad de los servicios sanitarios del país y las herramientas que existen hoy en día para su análisis están dispersas y son, en muchos casos, hostíles. Con el desarrollo de este Proyecto de Fin de Carrera en la unidad de investigación del complejo hospitalario universitario insular Materno-Infantil (UICHUIMi) se ha creado una aplicación de escritorio, DNANALYTICS, que encapsula los distintos procesos para el análisis de los datos genéticos, aumentando el rendimiento de esta etapa y permitiendo al personal de la unidad conocer de manera más rápida las variantes candidatas de una enfermedad.

Identificación de regiones del ADN con baja frecuencia de lectura

[ES] El ADN es un polímero que contiene la mayor parte de la información necesaria para el desarrollo y funcionamiento de todos los organismos vivos conocidos. La información está fraccionada en diferentes segmentos, los genes, que contienen variables que son individuales y que determinan las características de cada persona. Hay dos que son de especial importancia para la atención sanitaria: la susceptibilidad genética de padecer una enfermedad y la capacidad de responder de forma diferencial a un medicamento, denominado farmacogenética. Poder identificar dichas variantes puede ayudar a comprender la enfermedad e individualizar el tratamiento del paciente respectivamente. Para conocer estas variantes debemos conocer la secuencia de ADN de los genes implicados en las patologías o en las características farmacogenéticas para un individuo determinado, un proceso denominado secuenciación. Sin embargo, existen técnicas para seleccionar y secuenciar el exoma, que es la parte del genoma que contienen los exones, fracciones de los genes que contienen la información necesaria para la fabricación de las proteínas. La secuenciación de exoma cubre la mayor parte de los exones del genoma, pero no detecta algunas regiones, lo que imposibilita la detección de variantes en ellas. Este hecho crea una incertidumbre diagnóstica, lo que limita el poder de esta herramienta para la detección de mutaciones patogénicas. Así, el objetivo principal del Trabajo Fin de Grado es la creación de una herramienta informática que permita al personal clínico, la detección de regiones del exoma con poca cobertura de secuenciación, es decir, regiones del ADN con una frecuencia de lectura baja comparándolo con respecto al genoma de referencia.

Abundance and diversity of marine microbial eukaryotes

[EN]Microeukaryotes are important ecological players in any kind of ecosystem, most notably in the ocean, and it is therefore essential to collect information about their abundance and diversity. To achieve this general goal this thesis was structured in two parts. The first part represents an effort to define our “diversity unit” from studies based on the well-known cloning and Sanger sequencing approach. Basically, we wanted to establish a solid baseline for the second part of the thesis. We started with data from one cruise (Chapter 1) and then continued with the analysis of the complete dataset of 18S DNA sequences available at that time (Chapter 2).