Genetic characterisation of populations of the critically endangered Goliath grouper (Epinephelus itajara, Serranidae) from the Northern Brazilian coast through analyses of mtDNA

The Goliath grouper (Epinephelus itajara) is one of the most endangered species of fish of the subfamily Epinephelinae. Slow to develop and mature, and dependent on mangrove habitats for breeding, the species also suffers intense harvesting, which has reduced drastically in numbers in many areas. To contribute to the understanding of the characteristics of E. itajara populations, we conducted a molecular genetics study of the species, focusing on populations from the Northern Brazilian coast. The mtDNA control region (D-loop) of 116 individuals from five localities (Bragança, Ajuruteua, Parnaíba, Fortaleza and Natal) was analysed, and a sequence of 499 base pairs identified. Analyses of the sequences indicated that genetic variability was generally lower in E. itajara than in other endangered species of the genus. AMOVA found no significant grouping structure among the populations. Nested Clade Analysis revealed a significant association between genetic variability and geographic distribution among only three populations (Ajuruteua, Parnaíba and Natal). Genetic diversity was higher in populations from the Amazon region, which may be related to the better conservation of mangrove habitats in this area. Therefore, the present study could be used for the implementation of conservation and management measures in order to protect and consolidate these populations.

Carcinoma hepatocelular e as infecções pelos vírus das hepatites B e C na Amazônia Oriental: estudo clínico-sorológico e de biologia molecular

Com o objetivo de contribuir para um melhor conhecimento do eventual envolvimento das infecções pelos vírus das hepatites B e C, na etiopatogenia do carcinoma hapatocelular (CHC) na Amazônia Oriental, estudaram-se 36 pacientes internados em três hospitais públicos em Belém (PA), de janeiro de 1992 a março de 1999. Os critérios de inclusão adotados foram: o clínico, associado à imagenologia compatível, níveis séricos de alfafetoproteína (AFP) acima de 400ng/ml e/ou histopatologia compatível. Foram avaliados os aspectos clínicos, exames bioquímicos e hematológicos, imagenologia, histopatologia, níveis séricos de AFP e exames sorológicos das hepatites B e C. A presença dos ácidos nucléicos virais, o HBV-DNA e o HCV-RNA, foi avaliada a partir da detecção no soro pela reação em cadeia da polimerase. Observou-se um predomínio do sexo masculino (p<0.01), com reação M/F de 6,2: 1. Média e medianas gerais de idade foram, respectivamente, 50,8 e 53,0 anos, com amplitude de 6-81 anos. A maioria dos pacientes (52,7%) era procedente da zona rural, sendo a profissão de lavrador a mais freqüente (p<0,01). Etilismo foi encontrado em 33,3% dos casos. Dor abdominal e hepatomegalia, presentes em 94,4% dos casos, foram os sintomas e sinais mais freqüentes. Observou-se a presença de cirrose em 83,3% dos casos, sendo 80% enquadrados nas classes B e C (child-pugh). Cinqüenta por cento apresentaram complicações durante o diagnóstico, sendo as mais freqüentes a encefalopatia hepática e a hemorragia digestiva alta, relacionadas à doença hepática crônica de base. Marcadores sorológicos de infecção pelo HBV e pelo HCV foram encontrados em, respectivamente, 88,9% e 8,3% da casuística. Em 11,1% não se encontrou marcador sorológico. O HbsAg foi encontrado em 58, 3%. Anti-HBc foi encontrado em 86%, estando associado ao anti- HBs em 25%. Entre os HbsAg positivos: o anti- Hbe foi encontrado em 85%; o antiHBc IgM em 57,1%; e o anti-HD não foi detectado. O HBV- DNA foi encontrado em 37,7% do total de casos e em 65% dos HbsAG positivos. O HCV-RNA foi encontrado em 8,5% da amostra estudada e em 100% dos casos anti-HCV positivos. Não foi observada positividade para o HBV-DNA e para o HCV-RNA em soros de pacientes HbsAG ou anti- HCV negativos. A AFP esteve acima da normalidade em 88,9% dos casos, estando acima de 400 ng/ml em 75% e em 27,8% a titulações foi superior a 70.000 ng/ml. A ultrassonografia abdominal mostrou tumores com múltiplos nódulos em 63,9% e, nódulo único em 36,1% dos casos. O tipo histológico predominante foi carcinoma bem diferenciado do tipo trabecular (p<0,05). Os casos HbsAg positivos apresentaram menor média de idade e níveis de AFP mais elevados (p<0,01). A maioria dos pacientes se encontravam em fase avançada de doenças com uma taxa de óbito durante o diagnóstico de 38,9%. Conclui-se que, na Amazônia Oriental, a infecção pelo HBV parece exercer importância na etiologia do CHC, ressaltando-se a necessidade de incrementação de medidas preventivas, como vacinação e programa de detecção precoce do tumor em populações de risco. São necessários estudos adicionais controlados ou direcionados, para os possíveis co-fatores de importância na região, o que pode contribuir para um melhor entendimento dos mecanismos envolvidos na hepatocarcinogênese.

Caracterização molecular de cepas do Vírus dengue 1 isoladas no Brasil entre os anos de 1994 a 2008

A febre do dengue é uma das mais importantes arboviroses distribuída por todas as áreas tropicais do mundo. O vírus dengue (VDEN) é transmitido principalmente pela picada do mosquito Aedes aegypti infectado. A dispersão do vetor e o aumento do fluxo migratório entre países possibilitaram a ocorrência de grandes epidemias e manifestações clínicas severas, como febre hemorrágica do dengue (FHD) e Síndrome do choque do dengue (SCD). O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular de isolados do VDEN sorotipo 1 (VDEN-1) no Brasil ao nível dos genes estruturais C/prM/M/E de 29 cepas isoladas durante epidemias ocorridas no Brasil no período de 1994 a 2008. A identidade nucleotídica entre as cepas de VDEN-1 do estudo em relação às outras isoladas no Brasil variou de 96,1% a 100%, enquanto o percentual de identidade de aminoácidos foi determinado entre 98,4% a 100%. As diferenças de aminoácidos entre as cepas do estudo, quando comparadas com a cepa FGA/89 (Guiana Francesa), mostraram a presença de importantes substituições não-sinônimas com mudança de caráter bioquímico, tais como os resíduos E297 (Met Tre) e E338 (Ser Leu), sendo necessário estudos para verificar se essas alterações podem ou não estar relacionadas à virulência. A análise filogenética para a proteína E, realizada por meio do método de máxima verossimilhança para as cepas do estudo e outras cepas selecionadas do banco de dados do Genbank, mostraram que as cepas de VDEN-1 isoladas no Brasil desde 1982 pertencem ao genótipo V, corroborando com os resultados publicados anteriormente. O tempo de divergência do VDEN-1, estimado através da hipótese de relógio molecular, mostrou que este vírus teve sua origem a partir de uma linhagem ancestral, há aproximadamente, 113 anos e observou-se ainda que as cepas de VDEN-1 circulantes no Brasil e as provenientes da África possuem um ancestral comum, sendo necessário estudos de filogeografia que mostrem as possíveis rotas de entrada do VDEN-1 no Brasil.

Caracterização molecular de Vibrio cholerae O1 sacarose negativa de isolados clínicos e ambiente na Amazônia brasileira

O V.cholerae é um microorganismo autóctone do ambiente aquático e os sorogrupos O1 e O 139 estão ligados a pandemia e epidemia de cólera. Os V.cholerae não O1 e não O139 ou vibrios não aglutinantes (NAGs) estão envolvidos em casos isolados e surtos de diarréia semelhantes à cólera. No decorrer da sétima pandemia houve o surgimento de diversos isolados “El Tor atípicos”. Entre estes se encontra a variante bioquímica do V.cholerae O1 que não fermenta a sacarose no TCBS em 18 a 24 horas que é o tempo de incubação convencional. Neste trabalho foram estudados 138 isolados de V.cholerae O1 e não O1 não fermentador da sacarose no TCBS de procedência clínica e ambiental, obtidos entre 1994 e 1995 na Amazônia Brasileira (Estados do Pará, Amapá e Amazonas). Avaliou-se a fermentação da sacarose no TCBS e em caldo; o perfil de suscetibilidade a oito diferentes antimicrobianos em ágar difusão; a relação clonal entre os V.cholerae O1 e NAG clínicos e ambientais pelo PFGE e a presença de genes de virulência ctxAB e tcpA pela reação em cadeia da polimerase. Observou-se que as amostras de V.cholerae não fermentaram a sacarose em 24 de incubação no ágar TCBS e em caldo, 43% utilizaram a sacarose em 24 horas e 57% a fermentavam tardiamente (tempo superior a 24 horas). Os isolados apresentaram baixo percentual de resistência a antimicrobianos (8,7%) e nenhum caso de multiresistência. Em relação aos genes de virulência, de um modo geral, os isolados de V.cholerae O1 apresentavam o tcpA e o ctxAB. Nos não O1 estes estavam ausentes, com exceção de um isolado clínico não O1 (gene tcpA+). A análise do PFGE revelou pulsotipos distintos entre os O1 e NAGs, embora dois destes últimos tenham apresentado relação clonal com os O1 clínicos. Todos os O1 clínicos apresentaram relação clonal com isolados de referência da sétima pandemia.