Diversity of Chromobacterium violaceum isolates from aquatic environments of state of Pará, Brazilian Amazon

ABSTRACT: The present study intended to characterize the phenotypic and genetic diversity of Brazilian isolates of Chromobacterium violaceum from aquatic environments within the Amazon region. Nineteen isolates showed morphological properties of C. violaceum and the majority grew at 44°C. Low temperatures, in contrast, showed to be inhibitory to their growth, as eleven isolates did not grow at 10ºC and nine did not produce pigmentation, clearly indicating an inhibition of their metabolism. The largest variation among isolates was observed in the citrate test (Simmons), in which 12 isolates were positive, and in the oxidation/fermentation of sucrose, with six positives isolates. Chloramphenicol, gentamicin and sulfonamides efficiently inhibited bacterial growth. Amplified products of the recA gene were digested with HindII or PstI, which produced three or four restriction fragments patterns, respectively. The combined analysis arranged the isolates into six genospecies. The higher diversity observed in Belém (genotypes C, D, E and F) may be a consequence of intense human occupation, pollution of the aquatic environment or due to the higher diversity of the environments sampled in that region. In conclusion, a high level of genetic and phenotypic diversity was observed, and four new genospecies were described.

Haplotype diversity of 17 Y-str loci in an admixed population from the Brazilian Amazon

The allelic and haplotype frequencies of 17 Y-STR loci most commonly used in forensic testing were estimated in a sample of 138 unrelated healthy males from Macapá, in the northern Amazon region of Brazil. The average gene diversity was 0.6554 ± 0.3315. 134 haplotypes of the 17 loci were observed, 130 of them unique and four present in two individuals each. The haplotype diversity index was 0.9996 + 0.0009, with the most frequent haplogroups being R1b (52.2%), E1b1b (11.6%), J2 (10.1%) and Q (7.2%). Most haplogroups of this population belonged to European male lineages (89.2%), followed by Amerindian (7.2%) and African (3.6%) lineages.

Caracterização genética de micobactérias não tuberculosas isoladas de espécimes clínicos pulmonares no estado do Pará

Nos últimos anos tem sido observado um aumento de relatos de infecções causadas por micobactérias não tuberculosas (MNT). No entanto, dados sobre frequência e espécies envolvidas em infecções pulmonares no Brasil são limitados, principalmente em estados da Região Norte do Brasil. O conhecimento das espécies de MNT associadas às infecções pulmonares tem importância clínica e epidemiológica, sendo as técnicas moleculares ferramentas capazes de oferecer um diagnóstico espécie-específico, o qual é necessário para a instituição de terapia adequada. O presente trabalho descreve a diversidade de MNT isoladas de espécimes pulmonares encaminhados ao Instituto Evandro Chagas entre 1999 e 2011 para pesquisa de micobactérias. As MNT foram inicialmente caracterizadas por PCR-restriction analysis (PRA-hsp65) e reidentificadas por sequenciamento dos genes RNAr 16S, hsp65, rpoB e região ITS1. De acordo com os achados, o método de PRA-hsp65 mostrou-se uma ferramenta prática para identificação MNT, permitindo a distinção de uma grande variedade de espécies de forma rápida, simples e barata, em comparação com o sequenciamento. Além disso, como sugerido no presente estudo, de acordo com a diversidade de espécies local, este método pode ser passível de modificações para proporcionar maior poder discriminatório. Para isolados do complexo Mycobacterium avium (MAC), a aplicação da análise de sequência do gene rpoB não se mostrou como alternativa adequada para discriminação de isolados do Estado do Pará, gerando resultados discrepantes com baixa resolução taxonômica. Um espectro particular de MNT foi associado aos casos de infecção pulmonar na região, representado principalmente por espécies dos complexos M. chelonae-M. abscessus (M. abscessus, M. massiliense e M. bolletii), M. avium (M. avium, M. intracellulare e M. colombiense) e M. simiae (M. simiae e taxa não nomeados). Dentre esse último, duas potenciais espécies foram detectadas, M. paraensis sp. nov. e M. amazoniensis sp. nov., sendo propostas como novos membros do complexo M. simiae. Entre os indivíduos afetados, as principais características encontradas foram sexo feminino, a idade superior a 50 anos, etnia parda e história de infecção prévia por tuberculose. Embora este estudo não demonstre a real magnitude de infecções pulmonares por MNT no Estado do Pará, ele descreve a diversidade de espécies e claramente retrata a importância desse grupo na região, chegando a representar 13,5% dos isolamentos micobacterianos em um laboratório de referência. Conjuntamente a esse achado, a identificação de casos de MNT em indivíduos presuntivamente diagnosticados com TB, indica a necessidade de confirmação bacteriológica, especialmente nos casos de resistência primária ao esquema básico da tuberculose.

Diversidade, distribuição e estrutura da comunidade de peixes na Estação Científica Ferreira Pena: Amazônia Oriental

A conservação da biodiversidade nos ecossistemas aquáticos é um dos desafios mais importantes e difíceis que se enfrenta o mundo atual. De acordo com as informações disponíveis, a biodiversidade dos ecossistemas aquáticos é pobremente conhecida, quando se compara com ecossistemas terrestres tropicais. A carência nesta área inclui o conhecimento sistemático e taxonômico das espécies, suas relações filogenéticas, biogeográficas e ecológicas. A primeira questão aqui abordada é a caracterização do ambiente, onde observou-se a ocorrência de uma variação espacial quanto às características ambientais ao longo dos rios, principalmente pelas variáveis morfológicas (largura e profundidade), destacando-se os trechos inferiores, caracterizados por uma zona de transição entre rio e lago. A questão seguinte é a estimativa de riqueza de peixes na Estação Científica Ferreira Penna (ECFPn). Para isto utilizou-se de protocolos com várias técnicas de captura, e obteve-se 130 espécies, sendo que 39 foram apenas separadas como morfoespécie, indicando que aproximadamente 30% da fauna pode ser nova para a ciência ou não possui uma literatura adequada para a identificação. Mesmo assim, acredita-se que o conjunto de espécies coletadas no inventário representou razoavelmente a ictiofauna da área. A terceira e última questão é caracterizar as comunidades ictias e explicitar o padrão de distribuição das espécies em relação aos hábitats investigados. Pode-se observar que a composição de espécies nas comunidades seguiu o padrão de substituição e adição. A maior diversidade de espécie foi observada em geral para os trechos finais dos rios. O aumento no volume d'água e na área de alguns hábitats nos rios, possibilita que os mesmos sejam explorados por um número maior de indivíduos e por novas espécies.

Taxocenoses de serpentes em grupos fitofisionômicos de cerrado no Parque Nacional de Sete Cidades, Piracuruca, Piauí, Brasil

Este trabalho teve como objetivo principal inventariar a fauna de serpentes do Parque Nacional de Sete Cidades, Piraracuruca, Piauí, Brasil, enfocando os seguintes aspectos: composição, riqueza e abundância de espécies nos seus diversos habitats, padrões de atividade diária, dieta, reprodução e comparação de composição com outras áreas estudadas por outros autores. Foram realizadas seis expedições ao Parque, entre setembro de 2005 e agosto de 2006, que totalizaram 120 dias de trabalho de campo. Para a amostragem de campo, foram utilizados três métodos: procura limitada por tempo, armadilhas de interceptação e queda e encontros ocasionais. Foram registradas 87 serpentes, distribuídas em quatro famílias (Boidae, Colubridae, Elapidae, Viperidae), 18 gêneros e 24 espécies. A espécie dominante foi Thamnodynastes sp. A (13,1%), seguida de Oxyrhopus trigeminus e Micrurus ibiboboca (10, 3%). Houve um predomínio de espécies terrestres e com períodos de atividade diurna. Como em outras taxocenoses de áreas abertas os colubrídeos mostraram-se dominantes. A fitofisionomia Cerrado Típico apresentou maior diversidade de espécies, sendo as menores diversidades registradas no Campo Limpo e Cerrado Rupestre. O método que apresentou melhor desempenho foi procura limitada por tempo, contudo, a utilização dos métodos de coleta isolados não se mostrou eficiente para inventariar a fauna de serpentes, sendo necessário o uso conjunto destes métodos para uma melhor amostragem da área. Através da análise de ACOP e da análise de agrupamento, foi possível observar que apesar de haver uma semelhança florística e fisionomicamente com Cerrado, a composição de espécies mostrou maior similaridade faunística com taxocenoses de áreas transição Cerrado/Caatinga e Caatinga.

História natural e ecologia das serpentes da Floresta Nacional de Caxiuanã e áreas adjacentes, Pará, Brasil

A busca por padrões de estrutura e composição das comunidades é essencial para prover informações que permitam o manejo sustentado de populações e monitoramento de atividades antrópicas. Na região neotropical, onde ocorre grande riqueza de espécies e complexas relações ecológicas entre elas, estudos envolvendo ofidiofauna ainda são escassos, o que faz com que o entendimento dos processos responsáveis pela estruturação de suas comunidades ainda seja incipiente. No Brasil, vários trabalhos foram desenvolvidos na tentativa de explicitar os fenômenos responsáveis pelos padrões de ocorrência e interações das espécies de serpentes. Objetivando esclarecer quais os fatores que determinam os padrões observados e que afinidades (ecológicas e/ou históricas) as espécies compartilham, foi realizado estudo da taxocenose de serpentes da FLONA de Caxiuanã e áreas adjacentes, durante os anos de 2005 e 2006. Utilizou-se conjuntamente quatro métodos de amostragem (Procura Limitada por Tempo-PLT, Encontros Ocasionais-EO, Armadilhas de Interceptação e Queda-AIQ e Coletas por Terceiros-CT), em cinco áreas (IBAMA e Caquajó, no interior da FLONA de Caxiuanã; Enseada e dois pontos com influência antrópica: Marinaú e Mojuá, estando esses três últimos localizados em áreas adjacentes à FLONA. Foram registrados 378 espécimes distribuídos em cinco famílias, 35 gêneros e 50 espécies. Com os novos registros obtidos nesse estudo, o número de espécies de serpentes para a FLONA de Caxiuanã e áreas adjacentes passa de 63 para 69. Os métodos que apresentaram melhor desempenho em número de indivíduos foram PLT (199/378) e CT (159/378). EO (11/378) e AIQ (9/378) foram os métodos menos eficazes. A riqueza estimada (Jackknife 1), a partir de dados obtidos através de PLT, foi de 56 (+ ou – 4) espécies. O número de espécies estimado para as áreas preservadas foi maior que para áreas antropizadas. A composição das espécies de serpentes da área estudada apresentou maior similaridade com outras taxocenoses de áreas amazônicas. As espécies mais abundantes, acessadas através de PLT, foram Imantodes cenchoa, Corallus hortulanus e Leptodeira annulata. Quando todos os métodos foram considerados, Bothrops atrox, Imantodes cenchoa e Corallus hortulanus foram as espécies mais representadas. As áreas mais antropizadas, localizadas fora da FLONA (Marinaú e Mojuá), apresentaram menores abundância e riqueza de espécies em comparação com áreas protegidas, localizadas no interior da FLONA. Nove espécies foram consideradas potencialmente especialistas: Lachesis muta (pequenos mamíferos), Atractus schach (minhocas), Dipsas catesbyi (moluscos - lesmas), Helicops trivitatus e Hydrops triangularis (peixes), Siphlophis compressus (lagartos), Xenopholis scalaris, Taeniophallus brevirostris (anfíbios anuros) e Tantilla melanocephala (centopéias). Os itens mais acessados foram “lagartos”, “anfíbios anuros” e “pequenos mamíferos”. Serpentes com hábitos primária ou exclusivamente diurnas prevaleceram na comunidade analisada. A ausência de sazonalidade reprodutiva foi característica da maioria das espécies e isso se deve, muito provavelmente, à pouca diferença na temperatura ao longo do ano. A taxocenose de serpentes da FLONA de Caxiuanã e áreas adjacentes está, basicamente, formada por grupos contendo espécies onde, em geral, hábitos diários e de dieta estão sobrepostos. Além dos diversos fatores ecológicos, também fatores históricos, como adaptações morfológicas das espécies, têm grande influência na composição da taxocenose analisada. A grande dificuldade na realização de estudos de comunidades de serpentes está na escassez de dados das espécies, portanto torna-se imperioso que estudos de Ecologia e História Natural continuem sendo exaustivamente conduzidos em uma mesma localidade, objetivando a elucidação dos padrões de respostas aos diversos fatores relacionados à existência das espécies nos diferentes biomas.

Diversidade e distribuição do gênero Alvania (Mollusca, Gastropoda: Rissoidae) no litoral brasileiro

Os Rissoidae Gray, 1847 são compostos por conchas pequenas ou micro-conchas, abundantes nos mares de todo mundo. Uma grande diversidade das espécies desse grupo é encontrada nas zonas de maré baixa e ao longo do litoral, onde há a maior ocorrência de algas, rochas, corais e outros locais que fornecem abrigo, todavia muitos ocorrem também em zonas de mar profundo. Em Rissoidae, Alvania é um dos mais diversos quanto ao número de espécies, sendo frequentes as descrições ou re-descrições dentro desse gênero. O objetivo desse trabalho foi determinar a diversidade e a distribuição de Alvania, para assim descrever e ampliar o conhecimento sobre a fauna no litoral brasileiro, através das análises conquiológicas, além da distribuição geográfica e batimétrica das espécies desse gênero. Todo o material é proveniente de coleções de museus, campanhas oceanográficas e também de material coletado no segundo semestre de 2010 e em 2011. Anteriormente, foram listadas 7 espécies para a costa oeste do Atlântico, sendo que no presente trabalho três dessas espécies não foram encontradas. Foram analisados 3599 indivíduos pertencentes a dez espécies: Alvania auberiana (Orbigny, 1842); Alvania cancapae Bouchet & Warén, 1993; Alvania colombiana Rommer & Moore, 1988; Alvania faberi De Jong & Coomans, 1988; Alvania tarsodes (Watson, 1886), Alvania valeriae Absalão, 1993, além de quatro possíveis novas espécies: Alvania sp. nov. 1, Alvania sp. nov. 2, Alvania sp. nov. 3, Alvania sp. nov.4.