Tocantins river as an effective barrier to gene flow in Saguinus niger populations

The Saguinus represent the basal genus of the Callitrichinae subfamily. Traditionally this genus is divided into three groups: Hairy, Mottled and Bare-face, however, molecular data failed to validate these groups as monophyletic units, as well as raised some subspecies to the species status. This is the case of the former subspecies Saguinus midas midas and S. midas niger, which are now considered as different species. In the present study, we sequenced a portion of the D-loop mtDNA region in populations from the East bank of the Xingu and from both banks of the Tocantins river, in order to test the effectiveness of large rivers as barriers to the gene flow in Saguinus. According to our results, the populations from the East and West banks of the Tocantins river are more divergent than true species like S. mystax and S. imperator. The Tocantins river may be acting as a barrier to gene flow, and consequently these very divergent populations may represent distinct taxonomic entities (species?).

Avaliação do perfil de metilação e expressão do gene CDH1 em Cebus apella como modelo experimental para câncer gástrico

O câncer gástrico continua sendo uma importante causa de morte dentre os tipos de câncer no Brasil e no mundo. A origem do câncer de estomago provém, assim como nos demais, de acúmulo de alterações genéticas. Portanto, se faz necessário saber quais alterações genéticas são importantes para desencadear a patogênese do câncer gástrico. O MNU, conhecido carcinógeno, quando ingerido de forma oral em doses determinadas desencadeia o desenvolvimento de adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal, com aparecimento de estágios pré definidos característico deste tipo tumoral. Com base nestes conhecimentos, realizamos um experimento com 6 macacos da espécie Cebus apella induzidos à desenvolver câncer gástrico do tipo intestinal. Os animais ingeriam 16mg/kg de peso diariamente da droga, com desenvolvimento de lesões pré-neoplásicas em todos. Infelizmente, devido à toxicidade da droga, somente um animal sobreviveu ao tratamento e desenvolveu desenvolveu uma massa tumoral propriamente dita. Foram feitas avaliações periódicas dos animais, em dias pré-determinados (ao início, no 120º, 150º, 300º, 940º) com coletas de fragmentos da mucosa gástrica. Foram coletadas 20 amostras de tecido, distribuídas entre mucosa normal, gastrite, displasia, metaplasia e tumoral. Destas amostras extraímos DNA para as análises do gene CDH1. Não há na literatura sequencia deste gene para a espécie utilizada no estudo. Com este objetivo, utilizamos iniciadores construídos a partir de sequencias de CDH1 de Callithrix jacchus (espécie filogeneticamente) e seqüenciamos cerca de 342pb da região promotora de CDH1 de C. apella. As análises mostraram uma similaridade de 98% desta região com a dos humanos, com presença de vários sítios de ligação de fatores de transcrição (sp1, Ap2, NF-x, AREB6, Puf e CTF) além da presença do CAAT Box. Esta região ainda possui 30 sitios CpGs, o que indica que ela pode estar sofrendo regulação epigenética. Para se verificar como se encontrava o padrão de metilação desta região realizamos uma análise de MSP com iniciadores específicos e constatamos que houve predominância de alelos não metilados de CDH1 para todas as amostras pré neoplásicas e a amostra de adenocarcinoma encontra-se metilada. O que pode ser constatado com um ensaio de Imunohistoquímica, onde somente a amostra tumoral não expressava a proteína caderina. Desta maneira nossas análises sugerem que a metilação do gene CDH1 desempenha papel importante na tumorigênese gástrica em C. apella, e é um evento tardio, uma vez que não é observado nos outro tipos teciduais não tumorais E, partindo-se da similaridade entre as seqüências, podemos sugerir que o mesmo evento pode está ocorrendo em humanos. Esta metilação do promotor do CDH1 leva a um silenciamento deste gene o que desencadeia o estabelecimento de adenocarcinomas gástricos, fato apoiado pela literatura onde vários trabalhos apontaram que a hipermetilação do promotor da caderina está associada ao desenvolvimento do câncer gástrico.

Association of killer cell immunoglobulin-like receptor polymorphisms with chronic hepatitis C and responses to therapy in Brazil

ABSTRACT: Soroprevalence for Hepatitis C virus is reported as 2.12% in Northern Brazil, with about 50% of the patients exhibiting a sustained virological response (SVR). Aiming to associate polymorphisms in Killer Cell Immunoglobulin-like Receptors (KIR) with chronic hepatitis C and therapy responses we investigated 125 chronic patients and 345 controls. Additionally, 48 ancestry markers were genotyped to control for population stratification. The frequency of the KIR2DL2 and KIR2DL2+HLA-C^Asp80 gene and ligand was higher in chronic infected patients than in controls (p < 0.0009, OR = 3.4; p = 0.001, OR = 3.45). In fact, KIR2DL3 is a weaker inhibitor of NK activity than KIR2DL2, which could explain the association of KIR2DL2 with chronic infection. Moreover, KIR2DS2 and KIR2DS2+HLA-C^Asp80 (p < 0.0001, OR = 2.51; p = 0.0084, OR = 2.62) and KIR2DS3 (p < 0.0001; OR = 2.57) were associated with chronic infection, independently from KIR2DL2. No differences in ancestry composition were observed between control and patients, even with respect to therapy response groups. The allelic profile KIR2DL2/KIR2DS2/KIR2DS3 was associated with the chronic hepatitis C (p < 0.0001; OR = 3). Furthermore, the patients also showed a higher mean number of activating genes and a lower frequency of the homozygous AA profile, which is likely secondary to the association with non-AA and/or activating genes. In addition, the KIR2DS5 allele was associated with SVR (p = 0.0261; OR = 0.184).The ancestry analysis of samples ruled out any effects of population substructuring and did not evidence interethnic differences in therapy response, as suggested in previous studies.