Allelic frequencies and statistical data obtained from 12 codis STR loci in an admixed population of the Brazilian Amazon

The allelic frequencies of 12 short tandem repeat loci were obtained from a sample of 307 unrelated individuals living in Macapá, a city in the northern Amazon region, Brazil. These loci are the most commonly used in forensics and paternity testing. Based on the allele frequency obtained for the population of Macapá, we estimated an interethnic admixture for the three parental groups (European, Native American and African) of, respectively, 46%, 35% and 19%. Comparing these allele frequencies with those of other Brazilian populations and of the Iberian Peninsula population, no significant distances were observed. The interpopulation genetic distances (F_ST coefficients) to the present database ranged from F_ST = 0.0016 between Macapá and Belém to F_ST = 0.0036 between Macapá and the Iberian Peninsula.

Genetic variability and efficiency of DNA microsatellite markers for paternity testing in horse breeds from the Brazilian Marajó archipelago

In this study, 15 microsatellite DNA loci used in comparative tests by the International Society for Animal Genetics were applied to the evaluation of genetic diversity and management, and the efficiency of paternity testing in Marajoara horses and Puruca ponies from the Marajó Archipelago. Based on the genotyping of 93 animals, mean allelic diversity was estimated as 9.14 and 7.00 for the Marajoara and Puruca breeds, respectively. While these values are similar to those recorded in most European breeds, mean levels of heterozygosity were much lower (Marajoara 49%, Puruca 40%), probably as a result of high levels of inbreeding in the Marajó populations. The mean informative polymorphic content of this 15-marker system was over 50% in both breeds, and was slightly higher in the Marajoara horses. The discriminative power and exclusion probabilities derived from this system were over 99% for both populations, emphasizing the efficacy of these markers for paternity testing and genetic management in the two breeds.

Análise da atividade enzimática de quitotriosidase como um marcador para a malária vivax: abordagens bioquímicas e moleculares

A quitotriosidase foi a primeira quitinase humana descrita e sua função fisiológica ainda não está totalmente esclarecida. Entretanto, diversos estudos têm demonstrado sua participação como componente na resposta imune humana. Uma duplicação de 24pb no éxon 10 do gene chit1 promove uma mudança na matriz de leitura do RNAm com deleção de 87 nucleotídeos. Esta alteração produzirá uma proteína sem atividade catalítica. Esta condição é chamada de deficiência de quitotriosidase e apresenta uma frequência aproximada de 6% de homozigose para a duplicação em diferentes grupos étnicos. A malária é uma parasitose endêmica da região amazônica causada por protozoários do gênero Plasmodium cujos sintomas incluem febre, dor de cabeça e vômitos, o que induz a uma resposta imunológica característica com o objetivo de combater essa patologia. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o comportamento da enzima quitotriosidase em pacientes acometidos por malária no estado do Pará e determinar a frequência da duplicação de 24pb no gene da quitotriosidase em uma amostra representativa. Foi realizada dosagem de quitotriosidase em 100 indivíduos sadios e 47 pacientes com malária para a análise. A análise molecular da duplicação de 24 pb foi realizada em 100 voluntários através de protocolo que incluiu as técnicas de extração de DNA, PCR e depois visualização em gel de agarose 2,5% para verificação dos fragmentos normais (homozigoto normal: 195pb) e com a duplicação de 24pb (homozigoto mutante: 219pb; heterozigoto: 219pb e 195pb). Este trabalho descreveu pela primeira vez na literatura científica a elevação dos níveis plasmáticos de quitotriosidase em pacientes acometidos por malária vivax em comparação com um grupo de indivíduos sadios. Não houve associação entre a parasitemia e os níveis plasmáticos de quitotriosidase nos pacientes com Malária. A análise molecular apresentou uma frequência de 72% de indivíduos homozigotos normais, 24% de indivíduos heterozigotos e 4% de homozigotos mutantes para duplicação de 24 pb. As frequências alélicas ficaram em torno de 84% para o alelo selvagem e 16% para o alelo mutante. Não foi encontrada correlação entre o genótipo e o fenótipo bioquímico (representado pelos níveis de quitotriosidase) no grupo controle.

Frequencies of CCR5-D32, CCR2-64I and SDF1-3'A mutations in Human Immunodeficiency Virus (HIV) seropositive subjects and seronegative individuals from the state of Pará in Brazilian Amazonia

ABSTRACT: The distribution of genetic polymorphisms of chemokine receptors CCR5-D32, CCR2-64I and chemokine (SDF1-3 A) mutations were studied in 110 Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) seropositive individuals (seropositive group) and 139 seronegative individuals (seronegative group) from the population of the northern Brazilian city of Belém which is the capital of the state of Pará in the Brazilian Amazon. The CCR5-D32 mutation was found in the two groups at similar frequencies, i.e. 2.2% for the seronegative group and 2.7% for the seropositive group. The frequencies of the SDF1-3 A mutation were 21.0% for the seronegative group and 15.4% for the seropositive group, and the CCR2-64I allele was found at frequencies of 12.5% for the seronegative group and 5.4% for the seropositive group. Genotype distributions were consistent with Hardy-Weinberg expectations in both groups, suggesting that none of the three mutations has a detectable selective effect. Difference in the allelic and genotypic frequencies was statistically significant for the CCR2 locus, the frequency in the seronegative group being twice that found in the seropositive group. This finding may indicate a protective effect of the CCR2-64I mutation in relation to HIV transmission. However, considering that the CCR2-64I mutation has been more strongly associated with a decreased risk for progression for AIDS than to the resistance to the HIV infection, this could reflect an aspect of population structure or a Type I error.

Inclusion of South American samples reveals new population structuring of the blacktip shark (Carcharhinus limbatus) in the western Atlantic

ABSTRACT: Carcharhinus limbatus has a cosmopolitan distribution and marked genetic structuring, mainly because of its philopatric behavior. However, analysis of this structuring has not previously included South American populations. In the present study, we analyzed a sample of adult individuals collected on the northern coast of Brazil and compared the sequences of the mitochondrial control region with those of populations already genotyped. Relatively high haplotype diversity (12 haplotypes, genetic diversity of 0.796) was observed, similar to that in other populations but with a much larger number of private alleles. In contrast to populations studied previously, which were represented by neonates, the pronounced allelic variability found in the South American individuals may have resulted from migrations from other populations in the region that have yet to be genotyped. This population was also genetically distinct from the other Atlantic populations (Fst > 0.8), probably because of female philopatry, and apparently separated from the northwestern Atlantic group 1.39 million years ago. These findings indicate that the C. limbatus population from northern Brazil is genetically distinct from all other populations and should be considered as a different management unit for the protection of stocks.

Discriminação alélica do fator V da coagulação por PCR em tempo real: diagnóstico simples e preciso

Dentre as doenças cardiovasculares, a trombose venosa (TV) destaca-se pela associação entre fatores de riscos adquiridos e fatores genéticos. A resistência hereditária à proteína C ativada tem sido identificada como a principal causa dos casos de trombose venosa, sendo frequentemente associada à mutação fator V Leiden (G1694A). Em indivíduos homozigotos, o risco de trombose venosa é 50 a 100 vezes maior que em pacientes homozigotos normais, enquanto em pacientes heterozigotos o risco é de 5 a 10 vezes. Baseado na necessidade de avaliação e acompanhamento de pacientes com casos de trombose venosa e prevenção de seus respectivos familiares, foi desenvolvido um método simples de discriminação alélica do fator V da coagulação utilizando PCR em tempo real. Foram selecionados 67 pacientes com histórico de TV e 51 indivíduos sem histórico de TV. Primeiramente, a discriminação alélica do fator V foi realizada através de PCR convencional seguida de digestão enzimática (Mnl). Posteriormente, o diagnóstico foi realizado por PCR em tempo real. Ambos os métodos foram baseados no polimorfismo G1691A, sendo no segundo utilizado fluoróforos VIC e FAM para marcar os nucleotídeos G e A, respectivamente. A técnica de PCR-RFLP foi utilizada para diagnosticar 95 indivíduos homozigotos normais, 21 heterozigotos e 2 homozigotos FVL. Utilizando PCR em tempo real foram obtidos os mesmos resultados. A máxima similaridade entre os resultados obtidos por PCR em tempo real e PCR-RFLP indicou precisão significativa do novo método de discriminação e visualização alélica do fator V.

Association of killer cell immunoglobulin-like receptor polymorphisms with chronic hepatitis C and responses to therapy in Brazil

ABSTRACT: Soroprevalence for Hepatitis C virus is reported as 2.12% in Northern Brazil, with about 50% of the patients exhibiting a sustained virological response (SVR). Aiming to associate polymorphisms in Killer Cell Immunoglobulin-like Receptors (KIR) with chronic hepatitis C and therapy responses we investigated 125 chronic patients and 345 controls. Additionally, 48 ancestry markers were genotyped to control for population stratification. The frequency of the KIR2DL2 and KIR2DL2+HLA-C^Asp80 gene and ligand was higher in chronic infected patients than in controls (p < 0.0009, OR = 3.4; p = 0.001, OR = 3.45). In fact, KIR2DL3 is a weaker inhibitor of NK activity than KIR2DL2, which could explain the association of KIR2DL2 with chronic infection. Moreover, KIR2DS2 and KIR2DS2+HLA-C^Asp80 (p < 0.0001, OR = 2.51; p = 0.0084, OR = 2.62) and KIR2DS3 (p < 0.0001; OR = 2.57) were associated with chronic infection, independently from KIR2DL2. No differences in ancestry composition were observed between control and patients, even with respect to therapy response groups. The allelic profile KIR2DL2/KIR2DS2/KIR2DS3 was associated with the chronic hepatitis C (p < 0.0001; OR = 3). Furthermore, the patients also showed a higher mean number of activating genes and a lower frequency of the homozygous AA profile, which is likely secondary to the association with non-AA and/or activating genes. In addition, the KIR2DS5 allele was associated with SVR (p = 0.0261; OR = 0.184).The ancestry analysis of samples ruled out any effects of population substructuring and did not evidence interethnic differences in therapy response, as suggested in previous studies.

Estudo por PCR em tempo real de três polimorfismos em genes envolvidos na resposta imune em pacientes infectados por Plasmodium vivax da população de Belém-PA

A malária é uma doença infecciosa que atinge aproximadamente 40% da população mundial em mais de 100 países e consiste em um grave problema de saúde pública. As citocinas são moléculas importantes na resposta imune contra a malária e atuam através do estímulo ou inibição da ativação, proliferação e/ ou diferenciação de células, além de regularem a secreção de anticorpos e de outras citocinas. Nesse trabalho investigamos três polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) que podem influenciar em uma maior ou menor síntese das citocinas TNF-a e IFN-g. Em relação à malária, os polimorfismos já foram associados com a malária grave, malária cerebral e anemia grave e também com outras doenças infecciosas, auto-imunes e com o câncer. Foram incluídos no estudo oitenta e um (81) pacientes com malária por Plasmodium vivax (primeira infecção) e cento e trinta (130) indivíduos sadios, ambos da população de Belém – PA. As freqüências genotípicas e alélicas foram pesquisadas através da técnica de discriminação alélica por PCR em tempo real e os resultados foram comparados entre os dois grupos. Parâmetros clínicos foram utilizados para tentar associar uma maior gravidade das manifestações da malária e a presença dos polimorfismos entre os pacientes. As freqüências foram semelhantes entre os dois grupos estudados. O alelo TNF-238*A não mostrou relação com nenhum dos parâmetros clínicos enquanto o alelo TNF-376*A estava relacionado com menores níveis plasmáticos de TNF-a e com uma menor intensidade dos sintomas. Os pacientes portadores do alelo IFN+874*A apresentaram menor intensidade da parasitemia. Assim os resultados obtidos não indicam associação dos polimorfismos com a ocorrência da malária na população estudada, mas com alguns dos parâmetros clínicos investigados, e podem auxiliar futuros estudos para tentar esclarecer como as mutações nos genes de citocinas podem influenciar na ocorrência e na evolução clínica da malária e de outras doenças infecciosas e parasitárias.

Investigação do polimorfismo do exon - 1 do gene MBL (Mannose-Binding Lectin) em pacientes portadores de tuberculose

A lectina ligante de manose (MBL) é uma proteína considerada de fase aguda com importante papel na primeira linha de defesa do sistema imune inato, cujos níveis séricos são determinados geneticamente. A MBL ativa a via da lectina do complemento, além de mediar a opsonização e fagocitose de microrganismos. Vários estudos associam os níveis séricos de MBL à suscetibilidade ou resistência a agentes infecciosos entre eles o Mycobacterium tuberculosis, agente causador da tuberculose humana. Neste estudo, com o objetivo de avaliar a ocorrência de uma possível associação entre os polimorfismos e a tuberculose, avaliamos as freqüências das mutações no éxon 1 do gene MBL em um grupo de 167 pacientes com tuberculose, subdivididos em 3 grupos: pacientes com tuberculose pulmonar, pacientes com tuberculose extrapulmonar, pacientes com tuberculose multirresistente a drogas, e grupo controle com 159 profissionais da saúde, negativos para tuberculose. A identificação dos alelos MBL *A, *B, *C e *D foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase, utilizando seqüências de iniciadores específicos e posterior digestão enzimática. As análises das freqüências alélicas e genotípicas do éxon 1 não mostraram qualquer diferença significativa entre pacientes com tuberculose e grupo controle (p>0,05). Não foram observadas associações significativas entre os grupos de tuberculose pulmonar, extrapulmonar e tuberculose multirresistente a drogas, quando relacionados entre si e ao grupo controle. Os dados obtidos em nosso estudo não demonstraram evidencias de qualquer influência das variações do éxon 1 do gene MBL na tuberculose ativa, sugerindo que os polimorfismos nessa região do gene não tem nenhuma influencia na susceptibilidade à tuberculose.

Haplotype diversity of 17 Y-str loci in an admixed population from the Brazilian Amazon

The allelic and haplotype frequencies of 17 Y-STR loci most commonly used in forensic testing were estimated in a sample of 138 unrelated healthy males from Macapá, in the northern Amazon region of Brazil. The average gene diversity was 0.6554 ± 0.3315. 134 haplotypes of the 17 loci were observed, 130 of them unique and four present in two individuals each. The haplotype diversity index was 0.9996 + 0.0009, with the most frequent haplogroups being R1b (52.2%), E1b1b (11.6%), J2 (10.1%) and Q (7.2%). Most haplogroups of this population belonged to European male lineages (89.2%), followed by Amerindian (7.2%) and African (3.6%) lineages.