A possible correlation between the host genetic background in the epidemiology of Hepatitis B virus in the Amazon region of Brazil

ABSTRACT: The Amazon region of Brazil is an area of great interest because of the large distribution of hepatitis B virus in specific Western areas. Seven urban communities and 24 Indian groups were visited in a total of 4,244 persons. Each individual was interviewed in order to obtain demographic and familial information. Whole blood was collected for serology and genetic determinations. Eleven genetic markers and three HBV markers were tested. Among the most relevant results it was possible to show that (i) there was a large variation of previous exposure to HBV in both urban and non-urban groups ranging from 0 to 59.2%; (ii) there was a different pattern of epidemiological distribution of HBV that was present even among a same linguistic Indian group, with mixed patterns of correlation between HBsAg and anti-HBs and (iii) the prevalence of HBV markers (HBsAg and anti-HBs) were significantly higher (P=0.0001) among the Indian population (18.8%) than the urban groups (12.5%). Its possible that the host genetic background could influence and modulate the replication of the virus in order to generate HB carrier state.

Diversity and three-dimensional structures of the alpha Mcr of the methanogenic Archaea from the anoxic region of Tucuruí Lake, in Eastern Brazilian Amazonia

ABSTRACT: Methanogenic archaeans are organisms of considerable ecological and biotechnological interest that produce methane through a restricted metabolic pathway, which culminates in the reaction catalyzed by the Methyl-coenzyme M reductase (Mcr) enzyme, and results in the release of methane. Using a metagenomic approach, the gene of the a subunit of mcr (mcrα) was isolated from sediment sample from an anoxic zone, rich in decomposing organic material, obtained from the Tucuruí hydroelectric dam reservoir in eastern Brazilian Amazonia. The partial nucleotide sequences obtained were 83 to 95% similar to those available in databases, indicating a low diversity of archaeans in the reservoir. Two orders were identified -the Methanomicrobiales, and a unique Operational Taxonomic Unit (OTU) forming a clade with the Methanosarcinales according to low bootstrap values. Homology modeling was used to determine the three-dimensional (3D) structures, for this the partial nucleotide sequence of the mcrα were isolated and translated on their partial amino acid sequences. The 3D structures of the archaean mcrα observed in the present study varied little, and presented approximately 70% identity in comparison with the mcrα of Methanopyrus klanderi. The results demonstrated that the community of methanogenic archaeans of the anoxic C1 region of the Tucurui reservoir is relatively homogeneous.

Quinine levels in patients with uncomplicated falciparum malaria in the Amazon region of Brazil

We examined the plasmatic concentrations of quinine in patients with uncomplicated falciparum malaria in an endemic area of the Amazon region in Brazil in a prospective clinical trial, in which a standard three-day course of oral quinine plus doxycycline was used. We measured the quinine in the plasma samples on days 0 and 3by high performance liquid chromatography. The mean concentration of quinine was 6.04 ±2.21 µg/mL in male patients and 5.98 ±1.95 µg/mL in female patients. No significant differences in quinine concentration were observed between these two groups. All samples collected before starting treatment were negative for quinine. This information could help in the development of strategies for the rational use of antimalarial drugs in Brazil.

HTLV-I associated myelopathy in the northern region of Brazil (Belém-Pará): serological and clinical features of three cases

Três pacientes (masculinos, negros, idades 37, 40 e 57) foram atendidos em uma clínica universitária com uma paraparesia progressiva de origem obscura. Um paciente que referiu a duração da doença por mais de 16 anos, mostrou hiporreflexia, sinal de Babinski bilateral, uma sensibilidade vibratória diminuída, disfunção urinária e dor lombar. Os outros dois pacientes (com um e seis anos de duração da doença) queixavam-se de fraqueza em uma das pernas, hiperreflexia e lombalgia. Sinal de Babinski e distúrbio urinário estavam também presentes no paciente com seis anos de doença. Amostras de sangue testadas por ELISA e Western blot foram positivos para HTLV-I. A análise familiar de um dos pacientes, mostrou um possível padrão de transmissão sexual e vertical do vírus. Ao nosso conhecimento, estes são os primeiros casos comprovados de uma provável associação entre o HTLV-I e PET/MAH em Belém, Pará, e enfatiza a necessidade de uma busca ativa de casos de doenças neurológicas associadas ao vírus na região.

Molecular evidence of mother-to-child transmission of HTLV-IIc in the Kararao Village (Kayapo) in the Amazon Region of Brazil

Amostras de sangue de índios nativos na aldeia Kararao (Kayapó) foram analisadas, usando-se métodos sorológico e molecular, para caracterizar a infecção e analisar a transmissão do HTLV-II. Observou-se reatividade específica em 3/26 indivíduos, dos quais duas amostras eram de uma mãe e de seu filho. A análise pela RFLP de regiões pX e env confirmou a infecção pelo HTLV-II. A seqüência de nucleotídios do segmento 5'LTR e a análise filogenética mostraram alta similaridade (98%) entre as três amostras e o protótipo HTLV-IIa (mot) e confirmaram a ocorrência do subtipo HTLV-IIc. Houve uma alta similaridade genética (99,9%) entre as amostras da mãe e do filho e a única diferença foi uma deleção de dois nucleotídios (TC) na seqüência materna. Estudos epidemiológicos anteriores entre índios nativos do Brasil forneceram prova da transmissão intrafamilial e vertical do HTLV-IIc. O presente estudo fornece evidência molecular da transmissão do HTLV-IIc de mãe para filho, um mecanismo que em grande parte é responsável pela endemicidade do HTLV nessas populações epidemiologicamente fechadas. Embora a verdadeira via de transmissão seja desconhecida, a amamentação materna poderia ser a mais provável.

Detection of HTLV-IIa in blood donors in an urban area of the Amazon Region of Brazil (Belém, PA)

Os vírus linfotrópicos de células T humanas tipo I (HTLV-I) e tipo II (HTLV-II) são membros de um grupo de retrovírus de mamíferos com propriedades biológicas similares que apresentam como uma das principais rotas de transmissão a transfusão sangüínea. O HTLV-I é endêmico em diferentes áreas geográficas e está associado a vários distúrbios clínicos. O HTLV-II é endêmico em vários grupos indígenas das Américas e em usuários de drogas intravenosas na América do Norte e do Sul, Europa e Sudeste da Ásia. Durante o ano de 1995, todos os doadores de sangue positivos para HTLV-I/II no Banco de Sangue do Estado (HEMOPA), foram direcionados a um médico e ao Laboratório de Virologia na Universidade Federal do Pará, para consulta, aconselhamento e confirmação do diagnóstico laboratorial. Trinta e cinco soros foram testados por um ensaio imunoenzimático e confirmados por um Western blot que discrimina as infecções por HTLV-I e HTLV-II. Amostras soropositivas para HTLV-II foram submetidas à reação em cadeia da polimerase (PCR) para as regiões genômicas env e pX e confirmaram ser do subtipo IIa. Esta é a primeira detecção, em Belém, da presença da infecção pelo HTLV-IIa em doadores de sangue. Estes resultados enfatizam que o HTLV-II está presente em áreas urbanas da região Amazônica e a necessidade de incluir testes de triagem capazes de detectar anticorpos para ambos os tipos de HTLV.

Polymorphism in the promoter region of the mannose-binding lectin gene among human T-cell lymphotropic virus infected subjects

ABSTRACT: The present study investigated the frequency of the mutations at positions -550 and -221 of the mannose-binding lectin (MBL) gene in a sample of 75 human T-cell lymphotropic virus (HTLV) infected patients and 96 HTLV seronegative controls, in order to evaluate the occurrence of a possible association between the polymorphism and HTLV infection. A sequence specific primer-polymerase chain reaction was used for discrimination of the polymorphism. The analysis of allele frequencies at position -550 did not show any significant differences between HTLV infected group and controls, but there was a significant difference at position -221. The comparative analysis of haplotypes frequencies were not significant, but the genotype frequencies between the two groups, revealed a higher prevalence of genotype LYLX (25.3%), associated with medium and low MBL serum levels among HTLV infected subjects. The odds ratio estimation demonstrated that the presence of genotype LYLX was associated with an increased risk of HTLV infection (p = 0.0096; 1.38 < IC95% < 7.7605). There was no association between proviral load and the promoter polymorphism, but when promoter and exon 1 mutations were matched, it was possible to identify a significant higher proviral load among HTLV infected individuals carrying haplotypes correlated to low serum levels of MBL. The present study shows that the polymorphism in the promoter region of the MBL gene may be a genetic marker associated with HTLV infection, and emphasizes the need for further studies to determinate if the present polymorphism have any impact on diseases linked to HTLV infection.

Molecular characterization of human T-cell lymphotropic virus coinfecting human immunodeficiency virus 1 infected patients in the Amazon region of Brazil

ABSTRACT: The present work evaluated the epidemiology of human immunodeficiency virus 1/human T-cell lymphotropic virus (HIV-1/HTLV) coinfection in patients living in Belém (state of Pará) and Macapá (state of Amapá), two cities located in the Amazon region of Brazil. A total of 169 blood samples were collected. The sera were tested by enzyme-linked immunosorbent assay to determine the presence of antibodies anti-HTLV-1/2. Confirmation of infection and discrimination of HTLV types and subtypes was performed using a nested polymerase chain reaction targeting the pX and 5' LTR regions, followed by restriction fragment length polymorphism and sequencing analysis. The presence of anti-HTLV1/2 was detected in six patients from Belém. The amplification of the pX region followed by RFLP analysis, demonstrated the presence of HTLV-1 and HTLV-2 infections among two and four patients, respectively. Sequencing HTLV-1 5' LTR indicated that the virus is a member of the Cosmopolitan Group, Transcontinental subgroup. HTLV-2 strains isolated revealed a molecular profile of subtype HTLV-2c. These results are a reflex of the epidemiological features of HIV-1/HTLV-1/2 coinfection in the North region of Brazil, which is distinct from other Brazilian regions, as reported by previous studies.

Epidemiological aspects of retrovirus (HTLV) infection among Indian populations in the Amazon Region of Brazil

O HTLV foi descrito inicialmente associado a uma leucemia no Japão e a uma doença neurológica presente no Caribe. Logo foi evidenciado que o HTLV-II era endêmico entre Ameríndios e, particularmente, entre Índios brasileiros. A Amazônia brasileira é a maior área endêmica para o vírus e dessa forma, permitiu que fossem realizados vários estudos relacionados com a sua biologia, a busca de doença, informações epidemiológicas que incluíram uma bem definida distribuição geográfica, a definição dos modos de transmissão e manutenção do vírus em comunidades pequenas, epidemiologicamente fechadas, assim como contribuições para o diagnóstico laboratorial da infecção. Um novo subtipo molecular, denominado HTLV-IIc, foi adicionalmente descrito baseando-se no sequenciamento genético do vírus e na análise filogenética. Esse subtipo está presente em outras áreas do país, indicando que o HTLV também funciona como um marcador precioso das migrações humanas nas Américas no passado e um provável marcador dos costumes das populações atuais. O outro retrovírus humano, o HIV, ainda não é prevalente nas comunidades indígenas, apesar de que elas podem ser facilmente alcançadas em virtude das inúmeras facilidades de transmissão para o vírus.

Frequency of antibodies to Babesia bigemina, B. bovis, Anaplasma marginale, Trypanosoma vivax and Borrelia burdgorferi in cattle from the northeastern region of the state of Pará, Brazil

A babesiose, a anaplasmose e a tripanossomose são enfermidades relevantes, potencialmente causadoras de morbidade em bovinos, levando a perdas econômicas. A borreliose assume importância como zoonose potencial. O objetivo desse estudo foi determinar, por meio do ensaio de imunoadsorção enzimática (ELISA), a freqüência de anticorpos para Babesia bigemina, B. bovis, Anaplasma marginale, Trypanosoma vivax e Borrelia burgdorferi em bovinos da região nordeste do Estado do Pará, Brasil. Amostras de soro de 246 vacas dos municípios de Castanhal e São Miguel do Guamá foram usadas. ELISAs com antígeno bruto foram utilizados para detector anticorpos contra todos os agentes, exceto para A. marginale, para o qual um ELISA indireto com proteína principal de superfície 1a (MSP1a) foi usado. As freqüências de bovinos soropositivos foram: B. bigemina - 99,2%; B. bovis - 98,8%; A. marginale - 68,3%; T. vivax - 93,1% and B. burgdorferi -54,9% As freqüências de bovinos soropositivos para B. bovis e B. bigemina sugerem uma alta taxa de transmissão desses organismos por carrapatos, na região estudada, a qual pode ser classificada com sendo de estabilidade enzoótica para os hemoparasitos. A baixa freqüência de bovinos soropositivos para A. marginale pode ser atribuída a uma menor sensibilidade do ELISA com antígeno recombinante, ou uma menor taxa de inoculação da riquétsia pelos carrapatos, quando comparada àquelas observadas para Babesia sp. A alta freqüência de bovinos soropositivos para T. vivax indica que esse hemoprotozoário é prevalente em rebanhos do nordeste do Estado do Pará. O percentual de animais com anticorpos homólogos para B. burgdorferi indica a presenças deste espiroquetídeo transmitido por carrapatos na população de bovinos da região estudada.

Changes in the relationship between society and nature in the Mezzo-region of Southeastern Pará, Amazon, Brazil

Neste texto, busca-se demonstrar algumas das alterações ocorridas nos padrões de relações existentes entre sociedade e natureza ocorridas no século XX, nos vales dos rios Parauapebas, Itacaiúnas e em parte do vale rio Tocantins, no sudeste do estado do Pará, o que é feito realizando um resgate das descrições decorrentes do olhar de Coudreau (1889) e transcritas em "Voyage a Itaboca et a L'Itacayuna", publicado em 1897, no qual se descreve uma área quase que integralmente coberta pela floresta. Em seguida, realiza-se uma contraposição, recorrendo a outro olhar, o que é viabilizado pelos sensores do satélite Landsat 5, que imagiaram a área destes vales em 2001, explicitando conseqüências das transformações da sociedade e da pressão sobre recursos naturais mas, sobretudo, a drástica redução da floresta a 52% dos 63 mil km² analisados.

Prevalence of human T cell leukemia virus-I (HTLV-I) antibody among populations living in the Amazon region of Brazil (preliminary report)

Prevalence of human T cell leukemia virus-I (HTLV-I) antibody among populations living in the Amazon region of Brazil (preliminary report)NakauchiC. M.LinharesA. C.MaruyamaK.KanzakiL. I.MacedoJ. E.AzevedoV. N.CassebJ. S. R. Fundação Serviços de Saúde Pública, Seção de Vírus, Instituto Evandro Chagas Belém Brasil Chiba Cancer Research Institute, Department of Pathology Chiba Japan Universidade Federal do Pará Belém Brasil Instituto Offir Loyola Belém Brasil Faculdade Estadual de Medicina Belém Brasil 0319908512933Forty-tree (31.4%) out of 137 serum samples obtained from two Indian communities living in the Amazon region were found to be positive for HTLV-I antibody, as tested by enzyme-linked immunosorbent assay (Elisa). Eighty-two sera were collected from Mekranoiti Indians, yielding 39% of positivity, whereas 11 (20.0%) or the 55 Tiriyo serum samples had antibody to HTLV-I. In addition, positive results occurred in 10 (23.2%) out of 43 sera obtained from patients living in the Belem area, who were suffering from cancer affecting different organs. Five (16.7%) out of 30 Elisa positive specimens were also shown to be positive by either Western blot analysis (WB) or indirect immunogold electron microscopy (IIG-EM).

Prevalence of HTLV-I antibody among two distinct ethnic groups inhabiting the Amazon region of Brazil

Soroprevalências para HTLV-I de 3,63% (02/55), 12,9% (10/82) e 13,88% (10/72) foram demonstradas entre os Tiryió, Mekranoiti e Xicrin, respectivamente - indígenas habitantes da Amazônia -, utilizando-se a técnica de "Western Blot" (WBEI). Por outro lado, a imunomicroscopia eletrônica indireta (IIME) revelou como positivos 2 Tiryió, 9 Mekranoiti e 6 Xicrins. Das 44 amostras de soro oriundas de migrantes japoneses, nenhuma resultou positiva pelas duas técnicas antes mencionadas. Foram reativos por ambos os métodos, 1, 8 e 6 amostras dos índios Tiryió, Mekranoiti e Xicrin, respectivamente. Nossos resultados representam uma forte evidência de que o HTV-I e/ou variante(s) antigenicamente similar(es) circula(m) entre populações que habitam a região amazônica do Brasil.

Identification of duplicates of cassava accessions sampled on the North Region of Brazil using microsatellite markers

Duplicatas costumam ocorrer em bancos de germoplasma e a sua identificação é necessária para facilitar o manejo dos bancos ativos de germoplasma (BAGs) e diminuir custos de manutenção. O objetivo deste trabalho foi identificar duplicatas de mandioca determinadas previamente pela caracterização morfo-agronômica, em um BAG da Amazônia Oriental. Foram selecionados 36 acessos que se agrupavam em 13 grupos de similaridade morfo-agronômica para serem genotipados com 15 locos microssatélites. Todos os locos foram polimórficos, sendo obtidos 75 alelos, com média de cinco alelos por loco e H_E = 0,66. Foram encontrados 34 pares de genótipos que apresentaram perfis multilocos idênticos e a probabilidade de identidade genética foi de 1,1x10^-12 com probabilidade de exclusão de 99,9999%. Entre essas duplicatas, estão materiais coletados em épocas e locais diferentes, e com diferentes denominações e acessos com o mesmo nome coletados em diferentes locais e anos. O estudo identificou genótipos que vem sendo cultivados em diferentes locais e que vêm sendo mantidos pelos agricultores ao longo dos anos.

Field and petrographic data of 1.90 to 1.88 Ga I- and A-type granitoids from the central region of the Amazonian Craton, NE Amazonas State, Brazil

O SW do município de Presidente Figueiredo, localizado no Estado do Amazonas, Nordeste do Cráton Amazônico Central, Brasil, hospeda granitoides do tipo I de idade entre 1890 a 1898 Ma (Terra Preta Granito, Suíte Água Branca), hornblenda-sienogranitos do tipo A (Sienogranito Canoas da Suíte Mapuera), rochas vulcânicas ácidas à intermediárias (Grupo Iricoumé) e granitos rapakivi de idades entre 1883 a 1889 Ma (Granito São Gabriel da Suíte Mapuera), e rochas afins (quartzo-gabro-anortosito e diorito), além de quartzo-monzonito Castanhal, milonitos e hornfels. A fácies quartzo-diorito do granito Terra Preta foi formada por processos de mistura entre um dique quartzo-gabro sinplutônico e um granodiorito hornblenda. Glóbulos parcialmente assimilados de sienogranitos hornblenda Canoas e seus contatos com o granodiorito hornblenda Terra Preta sugerem que o sienogranito Canoas é um pouco mais jovem do que o Granito Terra Preta. Xenólitos do sienogranito Canoas no interior do Granito São Gabriel mostram que o granito é mais jovem do que o sienogranito Canoas. Novas evidências geológicas e petrográficas avançam na compreensão petrológica destas rochas e sugerem que, além de cristalização fracionada, assimilação e mistura de magma, desempenharam um papel importante, pelo menos em escala local, na evolução e variação composicionais dos plutons. Tal evidência é encontrada no Granito Terra Preta misturado com materiais quartzo-diorito, félsico associado ao sienogranito Canoas e nos enclaves microgranulares intermediários, que apresentam biotita e hornblenda primárias, além de dissolução plagioclásio, corrosão de feldspatos, mantos feldspatos alcalinos, segunda geração de apatita, e elevados teores xenocristais em enclaves intermediários formados a partir da fragmentação de intrusões máficas. Análises petrográficas mostram que um evento deformacional registrado na parte Ocidental da área de estudo (com deformação progressiva de E para W) é estimado entre o magmatismo pós-colisional de 1,90 Ga e as invasões do Granito São Gabriel e rochas afins máficas/intermediárias (intraplaca). No entanto, torna-se extremamente necessário obter idades absolutas para este evento metamórfico.