Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração

O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.

Desenvolvimento de uma ferramenta de autoria de conteúdo para aprendizado via web

A web tem sido bastante utilizada ultimamente por empresas e instituições de ensino como forma de oferecer aprendizado. A criação de conteúdos para o aprendizado via web é uma atividade que tem demandado recursos humanos especializados em tecnologias e conceitos, de forma que os conteúdos criados não sejam restritos a ferramentas, plataformas e formatos de apresentação. Este trabalho apresenta o desenvolvimento de um protótipo de uma ferramenta de autoria de conteúdo para aprendizado via web, através da qual os conteúdos criados são independentes da ferramenta de autoria, da plataforma operacional e dos formatos de apresentação que sejam utilizados. Por ser um trabalho de desenvolvimento, um processo é definido e suas fases e atividades são utilizadas para organizar trabalho e documentar todas as decisões tomadas.

Abordagem probabilística para caracterização do sistema de marcação de sequenciamento multiplex na plataforma ABI SOLID

Os sequenciadores de nova geração como as plataformas Illumina e SOLiD geram uma grande quantidade de dados, comumente, acima de 10 Gigabytes de arquivos-texto. Particularmente, a plataforma SOLiD permite o sequenciamento de múltiplas amostras em uma única corrida (denominada de corrida multiplex) por meio de um sistema de marcação chamado Barcode. Esta funcionalidade requer um processo computacional para separação dos dados por amostra, pois, o sequenciador fornece a mistura de todas amostras em uma única saída. Este processo deve ser seguro a fim de evitar eventuais embaralhamentos que possam prejudicar as análises posteriores. Neste contexto, o presente trabalho propõe desenvolvimento de um modelo probabilístico capaz de caracterizar sistema de marcação utilizado em sequenciamentos multiplex. Os resultados obtidos corroboraram a suficiência do modelo obtido, o qual permite, dentre outras coisas, identificar faltas em algum passo do processo de sequenciamento; adaptar e desenvolver de novos protocolos para preparação de amostras, além de atribuir um Grau de Confiança aos dados gerados e guiar um processo de filtragem que respeite as características de cada sequenciamento, não descartando sequências úteis de forma arbitrária.

Ecologia de culicídeos vetores de febre amarela silvestre em relação ao microclima na Floresta Nacional de Caxiuanã-Melgaço-PA

Os vetores de febre amarela encontram-se distribuídos, nas Américas, nos gêneros, Haemagogus e Sabethes. Os culicídeos hematófagos têm seu ritmo de atividade hematofágica influenciado por fatores endógenos e fatores exógenos, tais como a resposta aos elementos micro-climáticos. O micro-clima e a estratificação dos hospedeiros são os principais determinantes para a ocupação do nicho ecológico de muitas espécies de culicídeos nas florestas tropicais. O estudo foi desenvolvido na torre de medição micrometeorológica na Floresta Nacional de Caxiuanã, Melgaço, Pará, objetivando analisar a distribuição vertical dos vetores de febre amarela silvestre em relação ao microclima da Floresta densa de terra firme, de julho de 2005 a abril de 2006, no solo em plataformas da torre a 8m, 16m e 30m durante 12 horas diurnas e 12 horas noturnas, utilizando atrativo humano. Em cada uma das alturas encontrava-se disponível termo-higrômetro para a medição da temperatura e umidade relativa do ar e no topo da mesma estava um pluviômetro para a medição da precipitação pluviométrica. Obteve-se 25.498 culicídeos, sendo 1028 pertencentes à Haemagogus e 502 à Sabethes, nas coletas diurnas. As espécies do gênero Sabethes e Haemagogus janthinomys mostraram-se acrodendrófilas, com preferência à realização do repasto a 16m e 30m, enquanto que H. leucocelaenus foi coletado em maior quantidade ao nível do solo. Os meses mais chuvosos apresentaram maior quantidade de vetores de febre amarela silvestre, porém essa influência não foi estatisticamente significativa. Por outro lado houve relação significativa entre temperatura, umidade relativa do ar e número de vetores de febre amarela silvestre.

Roteamento multicamada baseado em eficiência energética e qualidade de enlace para redes de sensores sem fio

A pesquisa apresentada nesta dissertação descreve a elaboração de um protocolo de roteamento para aplicações de Redes de Sensores Sem Fio (RSSF) em cidade inteligentes com forte restrição de energia e alta densidade de nodos. Através do estudo dos principais objetivos da comunicação de dados e do levantamento do estado-da-arte sobre os protocolos de roteamento e tecnologias para RSSF, a proposta contempla requisitos como: vazão de dados, confiabilidade de entrega e eficiência energética. A pesquisa apresenta em detalhes o protocolo AODV (Ad hoc On Demand Distance Vector), bem como sua relevância no contexto de RSSF devido a sua popularidade entre as plataformas de dispositivos comercializados. Além disso, são apresentados protocolos derivados do AODV, e a ausência de uma proposta robusta capaz de contemplar os requisitos levantados. O protocolo REL (Routing by Energy and Link Quality) é o resultado da pesquisa levantada e a proposta de solução para roteamento plano sob demanda baseado em eficiência energética e qualidade de enlace para prover um roteamento escalável, capaz de realizar balanceamento de carga e prolongar o tempo de vida da rede. O protocolo REL foi avaliado através de simulação e tesbed, a fim de garantir validação da proposta em ambiente real de escala reduzida e simulado de alta densidade. Os resultados mostraram que o protocolo REL apresenta considerável melhoria de entrega de dados através da escolha de enlaces confiáveis de transmissão e menos suscetíveis a erro, além de moderado consumo de energia capaz de prolongar o tempo de vida da rede, evitando a saturação prematura de nodos.

Risco tecnológico: uma análise do porto de Vila do Conde como área potencial de ameaça ao vazamento de óleo para comunidades em situação de vulnerabilidade

O presente trabalho foi realizado em Vila do Conde, município de Barcarena que faz parte da mesorregião de Belém do Pará, com objetivo de estudar o risco de natureza tecnológica relacionado ao vazamento de óleo, apontando as reais situações de ameaça e a vulnerabilidade da população local. A metodologia baseou-se em três etapas: levantamento bibliográfico sobre o conceito de risco tecnológico; trabalho de campo para a identificação e caracterização das áreas de ameaça na zona portuária e da área de Vulnerabilidade na Vila do Conde através de visitas técnicas, entrevistas, aplicação de questionários, para o levantamento socioeconômico, observações e registros fotográficos; e por fim levantamento cartográfico e utilização de imagens de satélite IKONOS para delimitação das áreas de ameaça no porto, setorização da Vila do Conde e para a confecção de mapas temáticos. Na zona portuária de Vila do Conde identificamos como principais áreas de ameaça ao vazamento: Área de atracação, onde a prática de acostagem, carga, descarga e abastecimento de navios e balsas com óleo combustível é constante, apresentando nível de ameaça que vai de muito a extremamente provável de ocorrer; Área de acesso, delimitada pela ponte por onde percorre os dutos, apresentando nível de ameaça como provável de ocorrer vazamento e a Área de estocagem, onde concentra os tanques de armazenamento e plataformas de abastecimento apresentando nível de ameaça que vai do provável a muito provável de ocorrer vazamento. Na Vila do Conde a vulnerabilidade social apontou que a população do setor rio, na maioria pescadores, apresenta maior grau de vulnerabilidade, seguido pelos moradores do setor praia, como donos de barracas, que apresentam médio grau de vulnerabilidade, e com baixo grau de vulnerabilidade estão os moradores do setor terra firme. Portanto, um sinistro com óleo acarretará uma reação que ira se difundir em toda a Vila, interrompendo os principais fluxos de troca entre os grupos e suas respectivas atividades.

Método de inversão matricial rápido GSGR para vectoring em sistemas xDSL, com implementação em chip DSP

Este trabalho apresenta um método rápido de inversão de matrizes densas, e uma possível aplicação com métodos de Vectoring, em pré-codificação e cancelamento de crosstalk de sistemas xDSL. A família de tecnologias xDSL utiliza os pares trançados de fios de cobre telefônicos como meio físico para transmitir dados digitais. O crosstalk é a principal causa de degradação de sinais na mais nova geração de sistemas xDSL, o G.fast, e para combatê-lo são utilizadas técnicas de pré-codificação e cancelamento, chamadas de Vectoring. O método proposto, chamado de GSGR, consiste em uma abordagem diferente para o método clássico de Squared Givens Rotations (SGR), adequado a implementações em plataformas embarcadas de processamento digital de sinais. Foram realizados testes comparativos do método GSGR com métodos diretos clássicos de inversão, utilizando uma plataforma digital multicore baseada no chip TI DSP TMS320C6670 e a plataforma de software Matlab. Os resultados dos testes de inversão de matrizes usando dados reais e dados simulados mostraram que o GSGR foi superior em velocidade de execução sem apresentar perdas significativas de acurácia para a aplicação em sistemas xDSL.

Invasion of the Indo-Pacific blenny Omobranchus punctatus (Perciformes: Blenniidae) on the Atlantic Coast of Central and South America

Nós examinamos 308 espécimes do blenídeo Omobranchus punctatus, de origem Indo-Pacífica, depositados em coleções de quatro museus. Os dados de distribuição foram analisados com o objetivo de avaliar a invasão das águas costeiras do Oceano Atlântico nas Américas do Sul e Central. Em sua área de distribuição original, O. punctatus ocorre em ambientes marinhos e estuarinos. Amostragens datadas de 1930 e de 2004 produziram 20 registros da espécie no Atlântico Oeste tropical, incluindo amostras do Panamá, Colômbia, Venezuela, Trinidade e Brasil. Neste trabalho nós apresentamos 17 novos registros em áreas da Venezuela e nordeste do Brasil. O padrão temporal dos dados (1930-2009) e a proximidade da maioria das áreas de amostragem a regiões portuárias indicam que a espécie foi inicialmente introduzida no Atlântico pela água de lastro de navios navegando na rota India-Trinidade. No Brasil, a introdução parece estar associada ao movimento de navios em torno das plataformas de petróleo. No Maranhão e no Pará, a introdução está associada ao movimento de navios entre os portos próximos à foz do rio Amazonas. Alternativamente, a expansão de área desta espécie ao longo da costa da América pode ter acontecido através de dispersão larval, acompanhando as correntes em direção ao norte. Nós recomendamos o monitoramento desta espécie, bem como o desenvolvimento de estudos sobre sua ecologia em ambientes do Atlântico ocidental agora ocupados por ela.

A seção-tipo da Formação Serra do Quilombo, Grupo Araras, Neoproterozoico da Faixa Paraguai Norte, Mato Grosso

Após a última glaciação criogeniana (ca. 635 Ma), extensas plataformas carbonáticas desenvolveram-se sobre diversas regiões cratônicas da Terra e, apesar da intensa dolomitização desses depósitos, muitas informações paleoambientais e paleoceanográficas estão preservadas. Um dos exemplos mais importantes deste período no Brasil são os dolomitos da Formação Serra do Quilombo, pertencente à porção superior do Grupo Araras, no segmento norte da Faixa Paraguai, sul do Cráton Amazônico. A reavaliação estratigráfica da seção-tipo da formação e de uma seção de referência na região de Nobres, com base na análise de fácies e estratigráfica, permitiu ampliar as interpretações paleoambientais e elaborar um modelo deposicional. A sucessão estudada, de 140 m de espessura, inclui a Formação Serra do Quilombo em contato basal brusco com os calcários da Formação Guia e a passagem gradual para os dolomitos arenosos da Formação Nobres, no topo. A Formação Serra do Quilombo representa um megaciclo de raseamento ascendente, constituído por duas associações de fácies: 1) plataforma carbonática profunda à moderadamente rasa, composta por um dolomito fino laminado rico em matéria orgânica e outro maciço a laminado; e 2) face litorânea influenciada por tempestades, constituída por dolomito arenoso com estratificação cruzada hummocky/swaley associada com estratificação plano-paralela, dolomito arenoso/oolítico com laminações produzidas por ondas e brecha dolomítica com matriz. A Formação Serra do Quilombo representa o registro progradante de um trato do sistema de mar alto, em um contexto de rampa carbonática homoclinal instalada no sul do Cráton Amazônico durante o Ediacarano.