Molecular discrimination of pouched four-eyed opossums from the Mamirauá Reserve in the Brazilian Amazon

Previous cytochrome B (CytB) mtDNA studies have suggested four species for the opossum genus Philander (four-eyed opossums), three (P. mcilhennyi, P. andersoni and P. opossum) from the Amazon and one (P. frenata) from the Brazilian Atlantic forest. During a faunal survey nine specimens of Philander sp. and four of Didelphis marsupialis were collected in the Mamirauá Sustainable Reserve, Amazonas State, Brazil. Preliminary analyses based on morphology and geographical distributions were not conclusive, suggesting that Philander specimens could belong to either P. andersoni or P. opossum. In order to elucidate the relationship of this taxon to the remaining Amazonian taxa, seven Philander and two Didelphis specimens animals were sequenced for the cytB mtDNA gene and compared to other previously studied taxa. The maximum likelihood (ML), neighbor-Joining (NJ) and maximum parsimony (MP) consensus bootstrap trees depicted six groups: Didelphis., P. frenata, P andersoni, P. mcilhennyi, P.o. opossum and Philander sp. and Philander canus in a common assemblage supported by significant bootstrap values, suggesting that the Philander sp. from Mamiraua in fact belongs to the species Philander canus.

Comparative cytogenetic analysis in the species Uroderma magnirostrum and U. bilobatum (cytotype 2n = 42) (Phyllostomidae, Stenodermatinae) in the Brazilian Amazon

The genus Uroderma includes two species: U. magnirostrum and U. bilobatum. These species are characterized by their high degree of karyotypic evolution, diverging from most other species of the subfamily Stenodermatinae, which have a lower degree of chromosomic evolution. The present study reports the first banding patterns of U. magnirostrum (G-, C-banding and Ag-NOR) and U. bilobatum (C-banding and Ag-NOR). The chromosomic data in conventional staining of U. magnirostrum (2n = 36, NF = 62) and U. bilobatum (cytotype 2n = 42, NF = 50) are equivalent to that described in the literature. When compared, chromosomal homeologies are found in both karyotypes, as well as differences, confirming that karyotypic evolution in the Uroderma genus is intense. Fission, fusion, inversion or translocation events are required to explain the karyotypic evolution of this genus. The comparison of karyotype, described here, to one of the species of the genus Artibeus (2n = 30/31), suggests that some chromosomic forms are apomorphic and shared between the two species of Uroderma. This confirms the monophyly of the enus, and that U. magnirostrum presents a more primitive karyotype when compared to U. bilobatum

Length-weight relationship and reproduction of the guppy Poecilia reticulata (Cyprinodontiformes: Poeciliidae) in urban drainage channels in the Brazilian city of Belém

O presente trabalho tem por objetivo descrever aspectos populacionais relacionados ao estabelecimento da relação peso/comprimento, estimativa de tamanho de primeira maturação (L) e período reprodutivo de Poecilia reticulata encontrados em sistemas de coleta residual no campus da Universidade Federal do Pará, região metropolitana de Belém – PA (Brasil). Foram realizadas coletas mensais no período de junho de 2006 a março de 2007, utilizando um puçá, que resultou na captura de 1.936 exemplares, sendo 942 machos e 994 fêmeas. As fêmeas apresentaram-se maiores e mais pesadas que os machos. A relação peso/comprimento para machos foi estabelecida pela equação Pt = 5 × 10^-5× Ct^2,397 e para fêmeas esta foi dada pela fórmula Pt = 3 × 10^-6 × Ct3,419. Os valores estimados para L foi 17,5 mm para machos 20,4 mm para fêmeas, sugerindo que os machos iniciam atividades reprodutivas em tamanhos menores que as fêmeas. A frequência mensal de fêmeas maduras não variou significativamente. Além disso, também não foram encontradas diferenças na proporção sexual durante os períodos investigados, sendo no geral, a proporção de fêmeas iguais as de machos. Desta forma, verificamos que, apesar das condições presentes nos sistemas de coleta residual da UFPA, a espécie P. reticulata parece ter adaptado seus processos biológicos.

Cytogenetic damage related to low levels of methyl mercury contamination in the Brazilian Amazon

The mercury rejected in the water system, from mining operations and lixiviation of soils after deforestation, is considered to be the main contributors to the contamination of the ecosystem in the Amazon Basin. The objectives of the present study were to examine cytogenetic functions in peripheral lymphocytes within a population living on the banks of the Tapajós River with respect to methylmercury (MeHg) contamination, using hair mercury as a biological indicator of exposure. Our investigation shows a clear relation between methylmercury contamination and cytogenetic damage in lymphocytes at levels well below 50 micrograms/gram, the level at which initial clinical signs and symptoms of mercury poisoning occur. The first apparent biological effect with increasing MeHg hair level was the impairment of lymphocyte proliferation measured as mitotic index (MI). The relation between mercury concentration in hair and MI suggests that this parameter, an indicator of changes in lymphocytes and their ability to respond to culture conditions, may be an early marker of cytotoxicity and genotoxicity in humans and should be taken into account in the preliminary evaluation of the risks to populations exposed in vivo. This is the first report showing clear cytotoxic effects of long-term exposure to MeHg. Although the results strongly suggest that, under the conditions examined here, MeHg is both a spindle poison and a clastogen, the biological significance of these observations are as yet unknown. A long-term follow-up of these subjects should be undertaken.

JC polyomavirus infection in candidates for kidney transplantation living in the Brazilian Amazon Region

This study evaluated the relative occurrences of BK virus (BKV) and JC virus (JCV) infections in patients with chronic kidney disease (CKD). Urine samples were analysed from CKD patients and from 99 patients without CKD as a control. A total of 100 urine samples were analysed from the experimental (CKD patients) group and 99 from the control group. Following DNA extraction, polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify a 173 bp region of the gene encoding the T antigen of the BKV and JCV. JCV and BKV infections were differentiated based on the enzymatic digestion of the amplified products using BamHI endonuclease. The results indicated that none of the patients in either group was infected with the BKV, whereas 11.1% (11/99) of the control group subjects and 4% (4/100) of the kidney patients were infected with the JCV. High levels of urea in the excreted urine, low urinary cellularity, reduced bladder washout and a delay in analysing the samples may have contributed to the low prevalence of infection. The results indicate that there is a need to increase the sensitivity of assays used to detect viruses in patients with CDK, especially given that polyomavirus infections, especially BKV, can lead to a loss of kidney function following transplantation.

Lack of evidence for human infection with Xenotropic murine leukemia virus-related virus in the Brazilian Amazon basin

Introduction: This study confirmed the absence of natural infection with Xenotropic murine leukemia virus-related virus (XMRV) or XMRV-related disease in human populations of the Brazilian Amazon basin. We demonstrated that 803 individuals of both sexes, who were residents of Belem in the Brazilian State of Pará, were not infected with XMRV. Methods: Individuals were divided into 4 subgroups: healthy individuals, individuals infected with human immunodeficiency virus, type 1 (HIV-1), individuals infected with human T-lymphotrophic virus, types 1 or 2 (HTLV-1/2), and individuals with prostate cancer. XMRV infection was investigated by nested PCR to detect the viral gag gene and by quantitative PCR to detect pol. Results: There was no amplification of either gag or pol segments from XRMV in any of the samples examined. Conclusions: This study supports the conclusions of the studies that eventually led to the retraction of the original study reporting the association between XMRV and human diseases.

Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon

The Lewis blood group system involves two major antigens, Le^ª and Le^b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for a proportion of the Lewis-negative phenotype of the erythrocytes.

Genetic variation in native and farmed populations of Tambaqui (Colossoma macropomum) in the Brazilian Amazon: regional discrepancies in farming systems

O tambaqui, Colossoma macropomum, é a espécie de peixes mais popularmente usada para a aquicultura no Brasil, mas não há nenhum estudo comparando a variação genética entre as populações nativas e de cultivo desta espécie. No presente estudo foram analisadas sequências de DNA mitocondrial para avaliar a diversidade genética entre duas populações selvagens, um plantel de produção de alevinos, e uma amostra de estoques de piscicultura, todos da região de Santarém, no oeste do estado do Pará. Níveis similares de diversidade genética foram encontrados em todas as amostras e, surpreendentemente, o plantel mostrou expressiva representação da diversidade genética registrada em populações selvagens. Estes resultados contrastam consideravelmente com os do estudo anterior de estoques cultivados nos estados do Amapá, Pará, Piauí, Rondônia, que registrou apenas dois haplótipos, indicando uma longa história de endogamia nas matrizes utilizadas para a produção de alevinos. Os resultados dos dois estudos mostram dois cenários distintos de aquicultura do tambaqui na Amazônia, que devem ser melhor avaliados, a fim de garantir o sucesso da expansão da atividade na região, e no resto do Brasil, já que o tambaqui e seus híbridos agora são cultivados em todo o país.

Growth curve of female collared peccaries (Pecari tajacu) raised in captivity in the Brazilian Amazon Region

Com o objetivo de ajustar modelos não-lineares, foram utilizados registros mensais do peso de 10 fêmeas de cateto (Pecari tajacu) coletados durante dois anos, no criatório do campo experimental Álvaro Adolfo da Embrapa Amazônia Oriental, Belém, PA. Utilizaram-se os modelos de Von Bertalanffy, Brody, Gompertz e Logístico. Os parâmetros foram estimados usando o procedimento NLIN do aplicativo SAS. Os critérios utilizados para verificar o ajuste dos modelos foram: desvio padrão assintótico (ASD); coeficiente de determinação (R²); desvio médio absoluto dos resíduos (ARD) e o índice assintótico (AR). Os modelos Brody e Logístico estimaram, respectivamente, o maior (19,44kg) e o menor (19,18kg) peso assintótico (A), caracterizando a menor (0,0064kg/dia) e a maior (0,0113kg/dia) taxa de maturação (K), haja vista a natureza antagônica entre estes parâmetros, comprovada pela correlação fenotípica variando entre -0,75 à -0,47. O modelo Brody estimou o menor valor para o ARD, fator limitante para caracterizar o menor valor para o AR por este modelo. Considerando o AR, o modelo Brody apresentou o melhor ajuste, contudo, pelos valores encontrados, os demais modelos também apresentaram ajuste adequando aos dados ponderais da referida espécie/sexo. Com base no AR adotado neste trabalho, recomenda-se o modelo Brody para ajustar a curva de crescimento de fêmeas de cateto (Pecari tajacu). Em razão dos valores estimados, sobretudo, para a K, essa característica pode ser incluída em um índice de seleção. Contudo, estudos com grupos mais representativos e criados em outras condições se faz oportuno.

A gap analysis of ornithological research in the brazilian state of Roraima

Neste artigo, o esforço de investigação ornitológica no estado de Roraima será investigado utilizando abordagens de análises de lacunas. Basicamente, apresentaremos uma síntese sobre todo o esforço ornitológico feito até o momento em Roraima, visando responder as seguintes questões: (a) quais os locais bem amostrados para aves? (b) quais são as lacunas geográficas de investigação? (c) em que estágio de descobertas está o inventário das espécies de aves em Roraima? (d) quais são os macro-hábitats prioritários para investigação? (e) quais os tipos de vegetação bem investigados e quais os que podem ser classificados como prioritários para investigação? Como resultados, detectamos Oitenta e duas localidades com algum tipo de informação ornitológica. Dentre essas, a Estação Ecológica de Maracá (442 sp), seguido pelo Parque Nacional do Viruá (420 sp), Colônia do Apiaú (320 sp), Mucajaí (267 sp), e Pacaráima (212 sp), são as cinco localidades com maior grau de conhecimento ornitológico dentro do estado. Nos últimos 20 anos apenas duas localidades ornitológicas em Roraima podem ser acrescidas à lista de sítios bem estudados de acordo com o critério de pelo menos 100 espécies registradas (peles, gravações de voz e observações visuais): Parque Nacional do Viruá e a Fazenda Paraense. Cinco áreas são aqui apontadas como lacunas de amostragem da avifauna de Roraima e devem receber prioridade para novos inventários e estudos sobre a avifauna dessa região, são elas: Noroeste do estado, nas áreas junto à fronteira com a Venezuela e divisa com o Estado do Amazonas; Baixo Rio Branco, desde a cidade de Caracaraí à sua foz; Florestas de terra firme no sudeste do Estado; As savanas do nordeste junto à fronteira com a Guiana e as regiões de floresta montana e os tepuis.

Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon

The Lewis blood group system involves two major antigens, Le^a and Le^b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for a proportion of the Lewis-negative phenotype of the erythrocytes.

Identification of human T-cell lymphotropic virus infection in a semi-isolated Afro-Brazilian quilombo located in the Marajó Island (Pará, Brazil)

ABSTRACT: Antibodies to human T-cell lymphotropic virus-1 and 2 (HTLV-1 and 2) were tested in 259 inhabitants (98 males and 161 females) of four villages of the Marajó Island (Pará, Brazil) using enzyme immunoassays (ELISA and Western blot). Types and subtypes of HTLV were determined by nested polymerase chain reaction (PCR) targeting the pX, env and 5´LTR regions. HTLV-1 infection was detected in Santana do Arari (2.06%) and Ponta de Pedras (1%). HTLV-2 was detected only in Santana do Arari (1.06%). Sequencing of the 5´LTR region of HTLV-1 and the phylogenetic analysis identified the virus as a member of the Cosmopolitan Group, subgroup Transcontinental. Santana do Arari is an Afro-Brazilian community and the current results represent the first report of HTLV-1 infection in a mocambo located in the Brazilian Amazon region.

Distribution of hepatitis C virus genotypes among different exposure categories in the State of Pará, Brazilian Amazon

INTRODUÇÃO: Estudos epidemiológicos sobre a distribuição genotípica do HCV na Amazônia Brasileira são escassos. Baseado nisto, determinamos o padrão de distribuição genotípica do HCV em diferentes categorias de exposição no Estado do Pará, Amazônia Brasileira. MÉTODOS: Estudo transversal foi realizado com 312 indivíduos infectados pelo HCV, pertencentes a diferentes categorias de exposição atendidas pelo HEMOPA, CENPREN e uma clínica privada de hemodiálise em Belém. Eles foram testados quanto à presença de anticorpos anti-HCV por teste imunoenzimático, RNA-HCV utilizando PCR em tempo real e genotipados através de análise filogenética da 5' UTR. Os grupos de populações foram caracterizados epidemiologicamente de acordo com dados coletados em breve entrevista ou consulta de prontuários médicos. RESULTADOS: Em todas as diferentes categorias de exposição ao HCV, foram encontrados predomínio do genótipo 1. A distribuição genotípica do HCV em doadores de sangue (BD) foi constituída pelos genótipos 1 (94%) e 3 (6%). Todos os pacientes com doenças hematológicas crônicas (PCHD) possuíam genótipo 1. A distribuição genotípica em usuários de drogas ilícitas (DU) foi constituída pelos genótipos 1 (59,6%) e 3 (40,4%). Em pacientes em hemodiálise (PUH) foram detectados os genótipos 1 (90,1%), 2 (3,3%) e 3 (6,6%). Finalmente, a frequência entre os genótipos 1 e 3 foi significativamente diferente entre os grupos: BD e DU, PUH e DU, PUH e PCHD, e PCHD e DU. CONCLUSÕES: A frequência genotípica e distribuição de HCV em diferentes categorias de exposição no Estado do Pará mostraram predominância do genótipo 1, independentemente do possível risco de infecção.

Biodiversity of decapod crustaceans in the estuarine floodplain around the city of Belém (Pará) in Brazilian Amazonia

ABSTRACT: The present study focused on the decapod fauna of the fluvial-estuarine environment of the Guajará Bay, in the Brazilian state of Pará, where specimens were collected monthly from six sites, from May 2006 to April 2007. A total of 6,793 specimens were captured, belonging to 11 species of crab and shrimp: eight palaemonids - Macrobrachium amazonicum (Heller, 1862), Macrobrachium surinamicum Holthuis, 1948, Macrobrachium carcinus (Linnaeus, 1758), Macrobrachium rosenbergii (De Man, 1879), Macrobrachium spp. 1-4 -, one portunid - Callinectes bocourti A. Milne-Edwards, 1879 -, and two trichodactylids - Sylviocarcinus devileii H. Milne-Edwards, 1853 and Sylviocarcinus pictus (Milne-Edwards, 1853). While no significant differences were found in the ecological indices of diversity with respect to season, site, or trap size, a tendency for increased abundance and species richness was found during the dry season (August-November), in particular at some sites, apparently reflecting the influence of the estuary's saline wedge.

Epidemiological aspects of retrovirus (HTLV) infection among Indian populations in the Amazon Region of Brazil

O HTLV foi descrito inicialmente associado a uma leucemia no Japão e a uma doença neurológica presente no Caribe. Logo foi evidenciado que o HTLV-II era endêmico entre Ameríndios e, particularmente, entre Índios brasileiros. A Amazônia brasileira é a maior área endêmica para o vírus e dessa forma, permitiu que fossem realizados vários estudos relacionados com a sua biologia, a busca de doença, informações epidemiológicas que incluíram uma bem definida distribuição geográfica, a definição dos modos de transmissão e manutenção do vírus em comunidades pequenas, epidemiologicamente fechadas, assim como contribuições para o diagnóstico laboratorial da infecção. Um novo subtipo molecular, denominado HTLV-IIc, foi adicionalmente descrito baseando-se no sequenciamento genético do vírus e na análise filogenética. Esse subtipo está presente em outras áreas do país, indicando que o HTLV também funciona como um marcador precioso das migrações humanas nas Américas no passado e um provável marcador dos costumes das populações atuais. O outro retrovírus humano, o HIV, ainda não é prevalente nas comunidades indígenas, apesar de que elas podem ser facilmente alcançadas em virtude das inúmeras facilidades de transmissão para o vírus.