Taxonomic implications of molecular studies on Northern Brazilian Teredinidae (Mollusca: Bivalvia) specimens

The current taxonomy of the Teredinidae (shipworms) is wholly based on morphology and up to now no molecular studies of the phylogeny of this group have been published. In the present study the relationships between four genera of the subfamilies Teredininae and Bankiinae were established and the efficiency of the 16S rRNA gene in characterizing four Teredinidae species was tested. Phylogenetic trees support the grouping of Bankia fimbriatula with Nausitora fusticula and of Neoteredo reynei with Psiloteredo healdi, but the genetic distances do not justify the classification of these species into two distinct subfamilies. The results show that B. fimbriatula, N. reynei and P. healdi specimens from the coast of the Brazilian state of Pará have five distinct 16S rRNA haplotypes, with one N. reynei haplotype differing from the other haplotypes in respect to at least seven sequences sites, indicating the existence of two very distinct sympatric lineages.

Genetic characterisation of populations of the critically endangered Goliath grouper (Epinephelus itajara, Serranidae) from the Northern Brazilian coast through analyses of mtDNA

The Goliath grouper (Epinephelus itajara) is one of the most endangered species of fish of the subfamily Epinephelinae. Slow to develop and mature, and dependent on mangrove habitats for breeding, the species also suffers intense harvesting, which has reduced drastically in numbers in many areas. To contribute to the understanding of the characteristics of E. itajara populations, we conducted a molecular genetics study of the species, focusing on populations from the Northern Brazilian coast. The mtDNA control region (D-loop) of 116 individuals from five localities (Bragança, Ajuruteua, Parnaíba, Fortaleza and Natal) was analysed, and a sequence of 499 base pairs identified. Analyses of the sequences indicated that genetic variability was generally lower in E. itajara than in other endangered species of the genus. AMOVA found no significant grouping structure among the populations. Nested Clade Analysis revealed a significant association between genetic variability and geographic distribution among only three populations (Ajuruteua, Parnaíba and Natal). Genetic diversity was higher in populations from the Amazon region, which may be related to the better conservation of mangrove habitats in this area. Therefore, the present study could be used for the implementation of conservation and management measures in order to protect and consolidate these populations.

Identification and phylogenetic inferences on stocks of sharks affected by the fishing industry off the Northern coast of Brazil

The ongoing decline in abundance and diversity of shark stocks, primarily due to uncontrolled fishery exploitation, is a worldwide problem. An additional problem for the development of conservation and management programmes is the identification of species diversity within a given area, given the morphological similarities among shark species, and the typical disembarkation of processed carcasses which are almost impossible to differentiate. The main aim of the present study was to identify those shark species being exploited off northern Brazil, by using the 12S-16S molecular marker. For this, DNA sequences were obtained from 122 specimens collected on the docks and the fish market in Bragança, in the Brazilian state of Pará. We identified at least 11 species. Three-quarters of the specimens collected were either Carcharhinus porosus or Rhizoprionodon sp, while a notable absence was the daggernose shark, Isogomphodon oxyrhyncus, previously one of the most common species in local catches. The study emphasises the value of molecular techniques for the identification of cryptic shark species, and the potential of the 12S-16S marker as a tool for phylogenetic inferences in a study of elasmobranchs.

Low levels of genetic diversity depicted from mitochondrial DNA sequences in a heavily exploited marine fish (Cynoscion acoupa, Sciaenidae) from the Northern coast of Brazil

The acoupa weakfish (Cynoscion acoupa - Sciaenidae) is a marine species of croaker with estuarine-dependent behavior, found in the western Atlantic from Panama to Argentina. It is one of the most exploited food fish on the northern coast of Brazil. In this study, DNA sequences were determined from the entire control region (D-loop) of the mitochondrial genome of 297 individuals collected during seven different months between December 2003 and August 2005 on the northern coast of Brazil (Amapá and Pará). Genetic variability expressed by haplotype (h = 0,892) and nucleotide (p = 0,003) diversities were low compared to other heavily exploited marine fish species from the western Atlantic and eastern Asia. AMOVA depicted a lack of genetic structuring among the samples from different years, indicating the presence of a single stock of C. acoupa within the sample area. The possible reasons for the low levels of genetic diversity are discussed. These results demonstrate a need for the monitoring of C. acoupa harvesting and the preservation of the estuaries within its geographic range, considering that this large fish depends on estuarine ecosystems during part of its life cycle.

Sciaenidae fish of the Caeté River estuary, Northern Brazil: mitochondrial DNA suggests explosive radiation for the Western Atlantic assemblage

Sciaenids are fish which are normally abundant in tropical estuaries of the western Atlantic. Studies on the Caeté river estuary in the northern Brazilian state of Pará have revealed that in this area Sciaenidae is the dominant family, comprising almost 50% of all teleosts sampled. In this paper we present the results of the first phylogenetic study on South American estuarine sciaenids, during which we obtained mitochondrial gene 16S sequences from 15 species belonging to eight genera occurring in the Caeté estuary. Intergeneric nucleotide divergences varied from 5 to 15%, Lonchurus and Menticirrhus being the most divergent lineages. Nucleotide divergences were quite variable amongst species of the same genus, ranging from 1.2% (Stellifer microps x Stellifer naso) to 8.4% (Menticirrhus americanus x Menticirrhus littoralis). Cladograms based on maximum parsimony, minimum evolution and maximum likelihood depicted an explosive diversification pattern for the western Atlantic sciaenid assemblage. Our analysis further reveals a very close relationship between Bairdiella and Stellifer, a monophyletic clade which emerged during the more recent diversification events of the Sciaenidae family. The phylogenetic reconstruction suggests the need for a revision of the taxonomy and nomenclature of the Bairdiella/Stellifer group.

Population analysis of Scomberomorus cavalla (Cuvier, 1829) (Perciformes, Scombridae) from the Northern and Northeastern coast of Brazil

Scomberomorus cavalla é uma espécie de peixe pelágico amplamente distribuído na costa oeste do Atlântico, e uma diminuição no seu nível de captura tem sido verificada nos E.U.A e Golfo do México, comparada com os níveis alcançados pela espécie no passado. Da mesma forma, em algumas áreas do Brasil, há indícios de sobre-exploração. Entretanto, não existem estudos moleculares que visam o manejo deste importante item. Desta forma, no presente estudo, foram seqüenciados 380 pares de bases nucleotídicas da região da Alça-D do DNA mitocondrial de amostras provenientes de desembarque em Macapá, Bragança e Fortaleza. As análises filogenéticas e populacionais revelaram que há apenas uma população panmítica e baixos níveis de variabilidade genética foram observados. Estes resultados, assim como a observada sobre-exploração de S. cavala, representam dados muito importantes para o estabelecimento do manejo deste estoque a fim de prevenir um colapso ou risco de extinção no futuro.

Low frequency of human papillomavirus detection in prostate tissue from individuals from Northern Brazil

The presence of human papillomavirus (HPV) was evaluated in 65 samples of prostate tumours and six samples of prostates with benign prostatic hyperplasia from individuals from Northern Brazil. We used a highly sensitive test, the Linear Array HPV Genotyping Test, to detect 37 high and low-risk HPV types. In this study, only 3% of tumour samples showed HPV infection. Our findings support the conclusion that, despite the high incidence of HPV infection in the geographic regions studied, HPV was not associated with a higher risk of prostate cancer. To our knowledge, this is the first study evaluating the frequency of HPV detection in prostatic tissue of individuals from Brazil.

Seasonal abundance of the shipworm Neoteredo reynei (Bivalvia, Teredinidae) in mangrove driftwood from a northern Brazilian beach

Turus são importantes decompositores de madeira, especialmente em manguezais, onde a produtividade é alta. Entretanto, pouca ênfase tem sido dada à atividade de turus em relação à exportação de nutrientes de manguezais para as áreas costeiras adjacentes. Como um passo inicial para obter tais informações, a freqüência de madeira do mangue à deriva colonizada por turus, bem como a densidade e comprimento de turus, foram estudados através da coleta de troncos encalhados durante 12 meses na praia de Ajuruteua, Estado do Pará, norte do Brasil. Uma única espécie, Neoteredo reynei (Bartsch, 1920), foi encontrada colonizando a madeira à deriva. Embora troncos grandes colonizados fossem mais comuns na praia, a densidade de turus foi maior nos troncos menores, especialmente na estação seca. Em geral, a densidade foi maior durante a estação chuvosa (janeiro a abril) e menor em julho. O comprimento médio geral de turus foi de 9,66cm e, em troncos grandes, o comprimento médio aumentou entre as estações chuvosa e seca. Entretanto, não houve nenhuma diferença em comprimento entre as categorias de tamanho dos troncos. O comprimento médio dos turus foi semelhante ao longo do maior parte do ano, mas a tendência foi de comprimentos maiores em julho. Embora a salinidade tenha variado entre 10,9 e 40 durante o ano, nenhuma relação entre salinidade e densidade ou comprimento foi encontrada. Os resultados sugerem que a atividade de turus em madeira à deriva é relativamente constante ao longo do ano. Maior umidade do ar e precipitação podem promover sobrevivência durante a estação chuvosa. Troncos maiores podem levar mais tempo para serem colonizados e portanto podem ter densidades menores do que nos troncos menores. Estes últimos são incomuns talvez porque sejam rapidamente destruídos pela atividade dos turus. Dados sobre a desintegração de troncos, entretanto, seriam necessários para corroborar esta hipótese. O tamanho maior de turus na estação seca possivelmente esteja relacionado ao crescimento após um período anterior de recrutamento. Na estação seca, turus em troncos grandes podem ser melhor protegidos da dessecação e de altas temperaturas pelas propriedades isolantes do maior volume de madeira.

Effects of plant cover on the macrofauna of Spartina marshes in northern Brazil

Dados sobre a densidade e diversidade da macrofauna em relação à altura e densidade de Spartina brasiliensis foram obtidos em bancos de marismas em um estuário tropical no norte do Brasil. A amostragem foi realizada quatro vezes durante um ano, nas estações chuvosa, seca e nos períodos de transição entre estas. A amostragem foi realizada em marismas de três classes de tamanho: pequeno, médio e grande. As variáveis foram analisadas em relação às estações do ano e das classes de tamanho das marismas. Um total de 46 táxons foram encontrados, com os poliquetos, isopodos e o gastropódo Neritina virginea dominando a fauna, resultados similares a estudos realizados em marismas no sul do Brasil. A densidade e a diversidade da macrofauna foram correlacionadas positivamente com a densidade de colmos da vegetação, indicando um possível papel da vegetação em proteção contra predação. Todas as três variáveis foram maiores durante os períodos transicionais entre as estações chuvosa e seca e mudanças sazonais em precipitação, salinidade e disponibilidade de luz possam influenciar mortalidade, disponibilidade de alimento e assentamento da macrofauna. Não houve um efeito de tamanho da marisma sobre a macrofauna ou a vegetação. O efeito beneficial da vegetação sobre a macrofauna é apoiado por outros estudos de marismas brasileiras.

Development and functional morphology of the larval foregut of two brachyuran species from Northern Brazil

A alimentação é um importante fator para o sucesso no cultivo larval de espécies de caranguejos. Informações sobre as características morfológicas do estômago podem contribuir para revelar o comportamento alimentar larval ou, se há lecitotrofia em algum, ou até mesmo, em todos os estágios do ciclo larval. No presente estudo, o desenvolvimento estrutural do estômago e as funções digestivas foram examinados em larvas de duas espécies de braquiúros, Uca vocator e Panopeus occidentalis, cultivados em laboratório. Durante o desenvolvimento larval, os estômagos das larvas no primeiro e último estágio de zoea e megalopa foram microscopicamente examinados, descritos e ilustrados. Em ambas espécies, o estômago dos estágios de zoea são desenvolvidos e especializados, apresentando uma válvula cardiopilórica e um filtro pilórico funcionais. Oestágio de megalopa possui um moinho gástrico complexo e especializado semelhante àquele encontrado em caranguejos adultos com o aparecimento de estruturas rígidas e calcificadas. Estes resultados apóiam a hipótese de que o comportamento alimentar de cada estágio larval está diretamente relacionado à estrutura morfológica do estômago. Tal fato, fortemente indica que todos os estágios larvais de ambos U. vocator e P. occidentalis necessitam de uma fonte externa de alimento para completar o desenvolvimento larval no ambiente planctônico.

Distribution of phlebotomine fauna (Diptera: Psychodidae) across an urban-rural gradient in an area of endemic visceral leishmaniasis in northern Brazil

The number of visceral leishmaniasis (VL) cases has increased over the past 10 years in Brazil, especially in the North and Northeast regions of the country. The aim of this study was to evaluate the urbanisation of VL vectors in Barcarena, Pará, an area in northern Brazil where VL is endemic. Sandflies were captured using Centers for Disease Control (CDC) light traps along an urban-rural gradient. The CDC traps were installed inside hen houses at a height of 150 cm. A total of 5,089 sandflies were collected and 11 species were identified. The predominant species was Lutzomyia longipalpis (rate of 95.15%), which suggests its participation in the transmission of VL. A total of 1,451 Lu. longipalpis females were dissected and no Leishmania infections were detected. Most of the sandflies were captured at the border of a forest (88.25%) and no flies were captured in the urban area, which suggests that transmission is still restricted to rural sites. However, the fact that a specimen was collected in an intermediate area indicates that urbanisation is a real possibility and that vector monitoring is important.

Descriptive study of HTLV infection in a population of pregnant women from the state of Pará, Northern Brazil

INTRODUÇÃO: No Brasil, estudos mostram que a soroprevalência do HTLV entre gestantes varia de 0 a 1,8%. Contudo, esta soroprevalência era desconhecida no Estado do Pará, Brasil. O presente estudo descreve, pela primeira vez, a soroprevalência do HTLV entre gestantes do Estado do Pará, Norte do Brasil. MÉTODOS: 13,382 gestantes foram submetidas à triagem para HTLV durante o pré-natal, e aquelas com sorologia alterada para anti-HTLV foram submetidas ao teste de Western Blot (WB), para confirmar e discriminar portadoras do HTLV-1 e do HTLV-2. RESULTADOS: A soroprevalência do HTLV na população de gestantes foi de 0,3%, sendo o HTLV-1 identificado em 95,3% das pacientes. O perfil demográfico das portadoras do HTLV foi de: mulheres com idade entre 20-40 anos (78,4%); residentes na região metropolitana de Belém (67,6%) e com nível educacional igual ao ensino médio (56,8%). Outras variáveis relacionadas à infecção foram: início das relações sexuais compreendido entre 12-18 anos (64,9%), e ter sido aleitada mais de 6 meses (51,4%). A maior parte das mulheres estudadas teve ao menos duas gestações anteriores (35,1%); e nenhum aborto (70,3%). Co-infecções (sífilis e HIV) foram descritas em 10,8% (4/37) das gestantes. A soroprevalência da infecção pelo HTLV em gestantes atendidas em Unidades Básicas de Saúde do Estado do Pará, Norte do Brasil foi de 0,3% semelhante à descrita em outros estudos brasileiros. As variáveis relacionadas com a infecção são indicadores importantes na identificação de gestantes com maior tendência a soropositividade pelo HTLV, sendo uma estratégia de controle e prevenção, evitando a transmissão vertical.

Heavy mineral as a tool to refine the stratigraphy of kaolin deposits in the Rio Capim Area, Northern Brazil

Estudos de minerais pesados provenientes em depósitos cauliníticos da Formação Ipixuna na região do rio Capim (Brasil) revelaram uma mineralogia matura a supermatura, representada dominantemente por zircão e turmalina e, subordinadamente, rutilo, cianita e estaurolita. Os minerais encontrados não variam muito, entretanto cada unidade caulinítica apresenta uma assinatura particular definida por diferenças nasproporções entre os principais minerais, assim como em suas características texturais. Este trabalho demonstrou que asunidades de caulim soft (inferior) e semi-flint (superior) podem ser consideradas seqüências deposicionais distintas. As altas percentagens de opacos em relação aos minerais transparentes e altos teores de zircão são diagnósticos da unidade caulinítica inferior. O incremento no volume de grãos de zircão e turmalina arredondados a subarredondados na unidade caulinítica superior sugere que esta inclui grãos que foram submetidos a um grau mais elevado de retrabalhamento. O aumento no volume de grãos não alterados de estaurolita e cianita na unidade superior leva a concluir que, além da reciclagem sedimentar, uma fonte distinta deve ser invocada. Estes resultados também mostram que as características da assembléia de minerais pesados da unidade intermediária são comparáveis com aqueles da unidade superior, o que sugere mesmo posicionamento estratigráfico.

HTLV-I associated myelopathy in the northern region of Brazil (Belém-Pará): serological and clinical features of three cases

Três pacientes (masculinos, negros, idades 37, 40 e 57) foram atendidos em uma clínica universitária com uma paraparesia progressiva de origem obscura. Um paciente que referiu a duração da doença por mais de 16 anos, mostrou hiporreflexia, sinal de Babinski bilateral, uma sensibilidade vibratória diminuída, disfunção urinária e dor lombar. Os outros dois pacientes (com um e seis anos de duração da doença) queixavam-se de fraqueza em uma das pernas, hiperreflexia e lombalgia. Sinal de Babinski e distúrbio urinário estavam também presentes no paciente com seis anos de doença. Amostras de sangue testadas por ELISA e Western blot foram positivos para HTLV-I. A análise familiar de um dos pacientes, mostrou um possível padrão de transmissão sexual e vertical do vírus. Ao nosso conhecimento, estes são os primeiros casos comprovados de uma provável associação entre o HTLV-I e PET/MAH em Belém, Pará, e enfatiza a necessidade de uma busca ativa de casos de doenças neurológicas associadas ao vírus na região.

Multidisciplinary approach to identification of fishery production systems on the northern coast of Brazil

A pesca artesanal na costa Norte do Brasil é caracterizado por um conjunto de modalidades de pesca diferentes. Utilizando uma abordagem multidisciplinar, 20 sistemas de produção pesqueira foram identificados, com características distintas em relação à tecnologia e finalidade. As características de cada sistema foram classificados em cinco dimensões (ecológicas, económicas, sociais, tecnológicos e políticos). A análise de escalonamento multidimensional revelou que alguns destes 20 sistemas têm semelhanças maiores. Assim, um total de 10 grupos distintos foram identificados.