Descriptive study of HTLV infection in a population of pregnant women from the state of Pará, Northern Brazil

INTRODUÇÃO: No Brasil, estudos mostram que a soroprevalência do HTLV entre gestantes varia de 0 a 1,8%. Contudo, esta soroprevalência era desconhecida no Estado do Pará, Brasil. O presente estudo descreve, pela primeira vez, a soroprevalência do HTLV entre gestantes do Estado do Pará, Norte do Brasil. MÉTODOS: 13,382 gestantes foram submetidas à triagem para HTLV durante o pré-natal, e aquelas com sorologia alterada para anti-HTLV foram submetidas ao teste de Western Blot (WB), para confirmar e discriminar portadoras do HTLV-1 e do HTLV-2. RESULTADOS: A soroprevalência do HTLV na população de gestantes foi de 0,3%, sendo o HTLV-1 identificado em 95,3% das pacientes. O perfil demográfico das portadoras do HTLV foi de: mulheres com idade entre 20-40 anos (78,4%); residentes na região metropolitana de Belém (67,6%) e com nível educacional igual ao ensino médio (56,8%). Outras variáveis relacionadas à infecção foram: início das relações sexuais compreendido entre 12-18 anos (64,9%), e ter sido aleitada mais de 6 meses (51,4%). A maior parte das mulheres estudadas teve ao menos duas gestações anteriores (35,1%); e nenhum aborto (70,3%). Co-infecções (sífilis e HIV) foram descritas em 10,8% (4/37) das gestantes. A soroprevalência da infecção pelo HTLV em gestantes atendidas em Unidades Básicas de Saúde do Estado do Pará, Norte do Brasil foi de 0,3% semelhante à descrita em outros estudos brasileiros. As variáveis relacionadas com a infecção são indicadores importantes na identificação de gestantes com maior tendência a soropositividade pelo HTLV, sendo uma estratégia de controle e prevenção, evitando a transmissão vertical.

Soroepidemiologia e caracterização molecular da infecção pelo Vírus linfotrópico de células T humanas 1 e 2 (HTLV-1/2) em mulheres gestantes na cidade de Belém, Pará

A infecção pelo HTLV-1/2 já foi investigada em diversas populações, mostrando prevalência variável conforme a área geográfica, grupos étnicos e subpopulações analisadas. Em estudos brasileiros foi observada uma maior prevalência nos Estados da Bahia e do Pará. O presente estudo teve como objetivo avaliar a prevalência do HTLV em mulheres grávidas na cidade de Belém, Pará, por meio de técnicas sorológicas e moleculares. Foram coletadas 1.027 amostras de sangue e alíquotas de plasmas foram testadas para a presença de anticorpos anti-HTLV-1/2, utilizando o método imunoenzimático do tipo ELISA. A confirmação da infecção e diferenciação dos tipos e subtipos virais foi realizada por meio da Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em duas etapas (Nested PCR) através da amplificação gênica das regiões pX, env e 5’LTR seguido da análise de RFLP e seqüenciamento. Foram detectados seis (0,58%) casos de sororreatividade para o HTLV que posteriormente foram confirmados pela amplificação de um fragmento de 159 pb da região pX. A análise de RFLP com a enzima TaqI mostrou que quatro (66,7%) amostras eram positivas para HTLV-1 e duas (33,3%) para HTLV-2. Uma das amostras HTLV-2 teve o fragmento de 630 pb do gene env amplificado. A análise com a endonuclease XhoI mostrou a presença de um perfil de RFLP característico dos subtipos HTLV-2a/2c. Duas amostras HTLV-1 e uma HTLV-2 tiveram a região 5’LTR amplificada e seqüenciada. Por meio da análise filogenética foi possível classificar as amostras HTLV-1 como Cosmopolita Transcontinental e a HTLV-2 como pertencente ao subtipo HTLV-2c. Esse estudo mostra a relevância de se introduzir o teste para HTLV na triagem pré-natal, a fim de reduzir transmissão vertical e horizontal em nosso estado.

Taxonomic implications of molecular studies on Northern Brazilian Teredinidae (Mollusca: Bivalvia) specimens

The current taxonomy of the Teredinidae (shipworms) is wholly based on morphology and up to now no molecular studies of the phylogeny of this group have been published. In the present study the relationships between four genera of the subfamilies Teredininae and Bankiinae were established and the efficiency of the 16S rRNA gene in characterizing four Teredinidae species was tested. Phylogenetic trees support the grouping of Bankia fimbriatula with Nausitora fusticula and of Neoteredo reynei with Psiloteredo healdi, but the genetic distances do not justify the classification of these species into two distinct subfamilies. The results show that B. fimbriatula, N. reynei and P. healdi specimens from the coast of the Brazilian state of Pará have five distinct 16S rRNA haplotypes, with one N. reynei haplotype differing from the other haplotypes in respect to at least seven sequences sites, indicating the existence of two very distinct sympatric lineages.

Molecular phylogenies, chromosomes and dispersion in Brazilian akodontines (Rodentia, Sigmodontinae)

Uma nova filogenia molecular para roedores akodontinos do Brasil é proposta. A árvore filogenética foi enriquecida com a área de ocorrência e com informações sobre o cariótipo das amostras. Baseado nisto, e com a metodologia descrita, foram propostas hipóteses sobre as características do cariótipo e sobre a área de ocorrência dos ancestrais de cada clado. Assim, foi possível discutir hipóteses sobre evolução cromossômica do grupo, e sobre eventos de dispersão a partir da área de diferenciação original dos akodontinos nos Andes. A evolução cromossômica começou com números diplóides altos (2n=52) e mostrou uma tendência a redução (até 2n=14 em clados mais recentes). Ramos independentes da árvore mostraram redução do 2n e num caso aumentou o numero diplóide. Foram propostos pelo menos quatro eventos de dispersão dos Andes até o Brasil Sul-Oriental. Os resultados indicam a direção de novos estudos em cariologia comparada.

Phylogenetic relationships among Brazilian howler monkeys, genus Alouatta (Platyrrhini, Atelidae), based on γ¹-globin pseudogene sequences

Os guaribas, do gênero Alouatta, que são os primatas do Novo Mundo com maior distribuição geográfica, têm sido colocados em três grupos de espécies: o grupo Alouatta palliata da América central, e os grupos sulamericanos Alouatta seniculus e Alouatta caraya. Este último é monotípico, mas o grupo A. seniculus inclui pelo menos três espécies (A. seniculus, A. belzebul e A. fusca). Neste estudo, foram seqüenciados aproximadamente 600 pares de base do pseudogene globina g1 nas quatro espécies brasileiras (A. seniculus, A. belzebul, A. fusca e A. caraya). Os métodos de máxima parcimônia e máxima verossimilhança produziram árvores filogenéticas com o mesmo arranjo: {A. caraya [A. seniculus (A. fusca, A. belzebul)]}. A árvore mais parcimoniosa apresentou valores de bootstrap maiores de 82% para todos os agrupamentos, e valores de força de ligação de pelo menos 2, apoiando o agrupamento irmão de A. fusca e A. belzebul. O estudo também confirmou a presença em A. fusca do elemento de inserção Alu, com 150 pares de base, e uma deleção de 1,8 kb no pseudogene globina g1 já conhecidos nas demais espécies de guaribas. A classificação cladística baseada em dados moleculares é congruente com as de estudos morfológicos, com um isolamento claro do grupo monoespecífico A. caraya em relação ao grupo A. seniculus.

Molecular discrimination of pouched four-eyed opossums from the Mamirauá Reserve in the Brazilian Amazon

Previous cytochrome B (CytB) mtDNA studies have suggested four species for the opossum genus Philander (four-eyed opossums), three (P. mcilhennyi, P. andersoni and P. opossum) from the Amazon and one (P. frenata) from the Brazilian Atlantic forest. During a faunal survey nine specimens of Philander sp. and four of Didelphis marsupialis were collected in the Mamirauá Sustainable Reserve, Amazonas State, Brazil. Preliminary analyses based on morphology and geographical distributions were not conclusive, suggesting that Philander specimens could belong to either P. andersoni or P. opossum. In order to elucidate the relationship of this taxon to the remaining Amazonian taxa, seven Philander and two Didelphis specimens animals were sequenced for the cytB mtDNA gene and compared to other previously studied taxa. The maximum likelihood (ML), neighbor-Joining (NJ) and maximum parsimony (MP) consensus bootstrap trees depicted six groups: Didelphis., P. frenata, P andersoni, P. mcilhennyi, P.o. opossum and Philander sp. and Philander canus in a common assemblage supported by significant bootstrap values, suggesting that the Philander sp. from Mamiraua in fact belongs to the species Philander canus.

Evaluation of two genera of benthic foraminifera for down-core paleotemperature studies in the western south atlantic

Neste estudo, compara-se a composição de isótopos de oxigênio de dois gêneros de foraminíferos bentônicos (Uvigerina e Cibicidoides) de amostras de topo de testemunho com a composição isotópica moderna da água do mar (d¹⁸O). Baseados em uma nova relação entre d¹⁸O e salinidade para a latitude média do Atlântico Sul ocidental, estimou-se a composição isotópica da calcita em equilíbrio (d¹⁸O_eq) a partir de duas equações diferentes: (1) O'Neil et al. (1969), modificada por McCorkle et al. (1997) e (2) Kim & O'Neil (1997). Utilizando (1), a pequena diferença entre d¹⁸O_eq e d¹⁸O de Uvigerina sugere que este gênero precipita as suas testas próximo ao equilíbrio com a água. Já os dados de d¹⁸O de Cibicidoides são 0,82 ‰ menores que a composição isotópica prevista. Ao contrário, utilizando (2) os dados de d¹⁸O de Cibicidoides mostram uma concordância excelente com a composição isotópica esperada, enquanto que os dados de d¹⁸O de Uvigerina são 0,69 ‰ maiores que os valores de equilíbrio previstos. A partir das evidências apresentadas neste trabalho e em estudos prévios sugerimos a utilização do gênero Cibicidoides e a aplicação da equação de Kim & O'Neil (1997) para pesquisas de paleotemperatura. Na ausência de suficientes espécimens de Cibicidoides sugerimos a utilização de d¹⁸O deUvigerina aplicando um fator de correção de -0,69 ‰.

Studies toward the identification of transcription factors in cassava storage root

Fatores de transcrição desempenham importantes funções em vários processos fisiológicos. Nos últimos anos, muitos fatores de transcrição têm sido isolados de plantas, emergindo como poderosas ferramentas na manipulação de características agronômicas. No presente trabalho, iniciamos estudos para isolar fatores de transcrição de mandioca (Manihot esculenta Crantz), importante cultura tropical e subtropical. Nossos resultados revelaram três tipos de proteínas diferencialmente expressas na raiz de reserva de mandioca (Manihot esculenta Crantz):e imunologicamente relacionadas com o fator de transcrição opaco-2 de milho. Experimentos de Southwestern mostraram duas proteínas capazes de interagir in vitro com uma seqüência de DNA do gene be2S1 de castanha-do-brasil.

Pharmacogenetic polymorphisms in Brazilian-born, first-generation japanese descendants

Brazil hosts the largest Japanese community outside Japan, estimated at 1.5 million individuals, one third of whom are first-generation, Brazilian-born with native Japanese parents. This large community provides a unique opportunity for comparative studies of the distribution of pharmacogenetic polymorphisms in native Japanese versus their Brazilian-born descendants. Functional polymorphisms in genes that modulate drug disposition (CYP2C9, CYP2C19 and GSTM3) or response (VKORC1) and that differ significantly in frequency in native Japanese versus Brazilians with no Japanese ancestry were selected for the present study. Healthy subjects (200 native Japanese and 126 first-generation Japanese descendants) living in agricultural colonies were enrolled. Individual DNA was genotyped using RFLP (GSTM3*A/B) or TaqMan Detection System assays (CYP2C9*2 and *3; CYP2C19*2 and *3; VKORC1 3673G>A, 5808T>G, 6853G>C, and 9041G>A). No difference was detected in the frequency of these pharmacogenetic polymorphisms between native Japanese and first-generation Japanese descendants. In contrast, significant differences in the frequency of each polymorphism were observed between native or first-generation Japanese and Brazilians with no Japanese ancestry. The VKORC1 3673G>A, 6853G>C and 9041G>A single nucleotide polymorphisms were in linkage disequilibrium in both native and first-generation Japanese living in Brazil. The striking similarity in the frequency of clinically relevant pharmacogenetic polymorphisms between Brazilian-born Japanese descendants and native Japanese suggests that the former may be recruited for clinical trials designed to generate bridging data for the Japanese population in the context of the International Conference on Harmonization.

Allele frequency distributions of six hypervariable loci (D1S80, APOB, D4S43, vW1, F13A and DYS19) in two African-Brazilian communities from the Amazon region

ABSTRACT: The allele frequency distributions of three VNTR (D1S80, APOB and D4S43) and three STR (vW1, F13A1 and DYS19) loci were investigated in two Afro-Brazilian populations from the Amazon: Curiau and Pacoval. Exact tests for population differentiation revealed significant differences in allele frequency between populations only for the D1S80 and APOB loci. A statistically significant deviation from the Hardy-Weinberg equilibrium was observed only in the D1S80 locus of the Pacoval sample. A neighbor-joining tree was constructed based on DA genetic distances of allele frequencies in four Afro-Brazilian populations from the Amazon (Pacoval, Curiau, Trombetas, and Cametá), along with those from Congo, Cameroon, Brazilian Amerindians, and Europeans. This analysis revealed the usefulness of these Amp-FLPs for population studies - African and African-derived populations were closely grouped, and clearly separated from Amerindians and Europeans. Estimates of admixture components based on the gene identity method revealed the prevalence of the African component in both populations studied, amounting to 51% in Pacoval, and to 43% in Curiau. The Amerindian component was also important in both populations (37% in Pacoval, and 24% in Curiau). The European component reached 33% in Curiau.

CYP21 gene mutations in Brazilian patients with 21-hydroxylase deficiency from the Amazon region

ABSTRACT: Congenital adrenal hyperplasia (CAH) due to 21-hydroxylase deficiency (P450c21, CYP21) accounts for about 95% of all CAH cases. The incidence of CYP21 gene mutations has been extensively studied in the last years, but in Brazil it has been investigated only in Southeast Brazilian patients. This study is the first report on the distribution of CYP21 mutations in patients from the Amazon region. Direct sequencing of the CYP21 gene identified at least one mutation in 96% of the studied chromosomes. The most common mutations found were IVS2-13A/C > G (36%), Q318X (12%), V281L (12%), 1760_1761insT (9%), Cluster E6 (7%), and P30L (7%). The worldwide most common mutations were identified among patients from the Amazon region at frequencies that may be expected for a population resulting from the admixture of Europeans (predominantly Portuguese), African Blacks and Amerindians, in proportions that differ from those estimated for South Brazilian populations. Interethnic mixture may explain the differences in the frequencies of some mutations between Brazilian patients from the Amazon and from the Southeast of the country. However, the differences found may also be due to variation in the number of patients with the different clinical forms of 21-hydroxylase deficiency in the studies carried out so far.

Distribution of hepatitis C virus genotypes among different exposure categories in the State of Pará, Brazilian Amazon

INTRODUÇÃO: Estudos epidemiológicos sobre a distribuição genotípica do HCV na Amazônia Brasileira são escassos. Baseado nisto, determinamos o padrão de distribuição genotípica do HCV em diferentes categorias de exposição no Estado do Pará, Amazônia Brasileira. MÉTODOS: Estudo transversal foi realizado com 312 indivíduos infectados pelo HCV, pertencentes a diferentes categorias de exposição atendidas pelo HEMOPA, CENPREN e uma clínica privada de hemodiálise em Belém. Eles foram testados quanto à presença de anticorpos anti-HCV por teste imunoenzimático, RNA-HCV utilizando PCR em tempo real e genotipados através de análise filogenética da 5' UTR. Os grupos de populações foram caracterizados epidemiologicamente de acordo com dados coletados em breve entrevista ou consulta de prontuários médicos. RESULTADOS: Em todas as diferentes categorias de exposição ao HCV, foram encontrados predomínio do genótipo 1. A distribuição genotípica do HCV em doadores de sangue (BD) foi constituída pelos genótipos 1 (94%) e 3 (6%). Todos os pacientes com doenças hematológicas crônicas (PCHD) possuíam genótipo 1. A distribuição genotípica em usuários de drogas ilícitas (DU) foi constituída pelos genótipos 1 (59,6%) e 3 (40,4%). Em pacientes em hemodiálise (PUH) foram detectados os genótipos 1 (90,1%), 2 (3,3%) e 3 (6,6%). Finalmente, a frequência entre os genótipos 1 e 3 foi significativamente diferente entre os grupos: BD e DU, PUH e DU, PUH e PCHD, e PCHD e DU. CONCLUSÕES: A frequência genotípica e distribuição de HCV em diferentes categorias de exposição no Estado do Pará mostraram predominância do genótipo 1, independentemente do possível risco de infecção.

The coastal restinga vegetation of Pará, Brazilian Amazon: a synthesis

Este artigo apresenta uma revisão dos estudos (alguns não publicados) da vegetação de restinga da costa do Estado do Pará, na região norte do Brasil. Ao todo foram registradas 411 espécies de plantas vasculares, sendo as famílias Fabaceae, Poaceae, Cyperaceae, Rubiaceae e Myrtaceae as mais ricas em espécies. Dentre as espécies da restinga, 48% são ervas terrestres, 39% são palmeiras, árvores e arbustos, sendo o restante constituído por lianas e epífitas. As espécies são amplamente distribuídas ocorrendo inclusive em ambientes costeiros de outras regiões brasileiras, como a região sudeste, assim como em ambientes não costeiros da Amazônia. Apenas duas espécies parecem ser exclusivamente costeiras, já outras espécies parecem ter preferência por ambientes de solo arenoso em geral. Diferentes associações de plantas são descritas e agrupadas em diferentes tipos de "formações vegetais" associadas à certos habitats, mas os dados da literatura não permitem identificar com precisão tais associações em toda a costa. Análises estatísticas mostraram que a distribuição das espécies ao longo da costa não apresentam nenhum padrão de agrupamento. Mudanças na composição da vegetação de restinga nas estações seca e chuvosa são mais provavelmente ligadas à variação do nível do lençol freático. As florestas de restinga são, em sua maioria, abertas e de pequeno porte. Entre as espécies arbóreas dominantes estão: Humiria balsamifera Aubl., Pouteria ramiflora (Mart.) Radlk., Anacardium occidentale L., Byrsonima crassifolia (L.) Kunth e Tapirira guianensis Aubl.

Lack of evidence for human infection with Xenotropic murine leukemia virus-related virus in the Brazilian Amazon basin

Introduction: This study confirmed the absence of natural infection with Xenotropic murine leukemia virus-related virus (XMRV) or XMRV-related disease in human populations of the Brazilian Amazon basin. We demonstrated that 803 individuals of both sexes, who were residents of Belem in the Brazilian State of Pará, were not infected with XMRV. Methods: Individuals were divided into 4 subgroups: healthy individuals, individuals infected with human immunodeficiency virus, type 1 (HIV-1), individuals infected with human T-lymphotrophic virus, types 1 or 2 (HTLV-1/2), and individuals with prostate cancer. XMRV infection was investigated by nested PCR to detect the viral gag gene and by quantitative PCR to detect pol. Results: There was no amplification of either gag or pol segments from XRMV in any of the samples examined. Conclusions: This study supports the conclusions of the studies that eventually led to the retraction of the original study reporting the association between XMRV and human diseases.

Myxidium volitans sp. nov., a parasite of the gallbladder of the fish, Dactylopterus volitans (Teleostei: Triglidae) from the Brazilian Atlantic coast: morphology and pathology

Myxidium volitans sp. nov. (Myxozoa: Myxidiidae) parasitizing the hypertrophied green-brownish gallbladder of the teleost Dactylopterus volitans, collected in the Atlantic coast near Niterói, Brazil was described based on ultrastructural studies. The spores were fusiform, sometimes slightly crescent-shaped on average 21.7 ± 0.3 µm (mean ± standard deviation) (n = 50) long and 5.6 ± 0.4 µm (n = 30) wide. The spore wall was thin and smooth, comprising two equally-sized valves joined by a hardly visible sutural ridge. Spores containing two pyriform polar capsules (PC) (5.0 ± 0.4 × 2.3 ± 0.3 µm) (n = 30) are situated in each extremity of the spore. The PC wall was composed of hyaline layer (0.20-0.29 µm thick) and by a thin external granular layer. Each PC contains a polar filament (PF) with irregular arrangements that was projected from its apical region to the bases of PC and coiled laterally from bases to the tip of PC. Some regular striations and S-like structures in the periphery of the PFs with four-five irregular sections were observed. Based on the spore morphology, ultrastructural differences and the specificity of the host we describe this parasite as a new myxosporidian, named M. volitans sp. nov.