Haplotype diversity of 17 Y-str loci in an admixed population from the Brazilian Amazon

The allelic and haplotype frequencies of 17 Y-STR loci most commonly used in forensic testing were estimated in a sample of 138 unrelated healthy males from Macapá, in the northern Amazon region of Brazil. The average gene diversity was 0.6554 ± 0.3315. 134 haplotypes of the 17 loci were observed, 130 of them unique and four present in two individuals each. The haplotype diversity index was 0.9996 + 0.0009, with the most frequent haplogroups being R1b (52.2%), E1b1b (11.6%), J2 (10.1%) and Q (7.2%). Most haplogroups of this population belonged to European male lineages (89.2%), followed by Amerindian (7.2%) and African (3.6%) lineages.

Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon

The Lewis blood group system involves two major antigens, Le^ª and Le^b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for a proportion of the Lewis-negative phenotype of the erythrocytes.

Estudo de mutações no gene GJB2 e deleção delGJB6-D13S1830 em indivíduos com surdez não sindrômica da região Amazônica

A deficiência auditiva afeta cerca de 1 em cada 1000 recém-nascidos. Mutações no gene da conexina 26 (GJB2) são as causas mais frequentes de surdez não sindrômica em diferentes populações e é sabido que a mutação delGJB6-D13S1830 em DFNB30 é causadora de surdez neurossensorial. Muitos estudos descrevem o envolvimento de mutações no gene GJB2 com a deficiência auditiva em diferentes populações. Entretanto, existe pouca informação sobre a surdez genética no Brasil, especialmente na região Amazônica. OBJETIVO: Determinar a prevalência de mutações no gene GJB2 e da mutação delGJB6-D13S1830 em 77 casos esporádicos de surdez não sindrômicas. MÉTODO: A região codificante do gene GJB2 foi sequenciada e a PCR foi realizada para detectar a mutação delGJB6-D13S1830. RESULTADOS: O alelo 35delG foi encontrado em 9% dos pacientes (7/77). As mutações M34T e V95M foram detectadas em dois distintos pacientes heterozigotos. A mutação não patogênica V27I foi detectada em 28,6% (22/77). Não foi detectada a mutação delGJB6-D13S1830 em nenhum paciente estudado. CONCLUSÃO: Alelos mutantes no gene GJB2 foram observados em 40% (31/77) da amostra. Variantes patogênicas foram detectadas em apenas 12% (9/77). Mais estudos são necessários para elucidar causas genéticas de deficiência auditiva em populações miscigenadas.

Heterogeneous ethnic distribution of the factor V leiden mutation

Inherited resistance to activated protein C caused by the factor V Leiden (FVL) mutation is the most common genetic cause of venous thrombosis yet described, being found in 20-60% of patients with venous thrombophilia. A relationship between the FVL mutation and an increased predisposition to arterial thrombosis in young women was recently reported. We assessed the prevalence of the FVL mutation in 440 individuals (880 chromosomes) belonging to four different ethnic groups: Caucasians, African Blacks, Asians and Amerindians. PCR amplification followed by MnlI digestion was employed to define the genotype. The FVL mutation was found in a heterozygous state in four out of 152 Whites (2.6%), one out of 151 Amerindians (0.6%), and was absent among 97 African Blacks and 40 Asians. Our results confirm that FVL has a heterogeneous distribution in different human populations, a fact that may contribute to geographic and ethnic differences in the prevalence of thrombotic diseases. In addition, these data may be helpful in decisions regarding the usefulness of screening for the FVL mutation in subjects at risk for thrombosis.

Does ethnic ancestry play a role in smoking?

A maior proporção de fumantes entre negros no Brasil tem sido atribuída a desigualdades socioeconômicas, mas fatores genéticos também poderiam contribuir para esse achado. Este estudo visou investigar associações entre status tabágico com ancestralidade definida geneticamente e características socioeconômicas em brasileiros. Amostras de sangue foram colhidas de 448 voluntários (66,7% homens; idade: 37,1±11,4 anos) classificados como fumantes atuais (FA: 60,9%), ex-fumantes (EF:8,9%) e não fumantes (NF:30,1%).Misturas éticas individuais foram determinadas empregando-se um painel informativo de ancestralidade composto por 48 polimorfismos de deleções e inserções. FA mostraram menor proporção de ancestralidade europeia do que NF (0,837±0,243 X 0,883±0,194; p≤0,05) e EF (0,837±0,243 X 0,864±0,230; p≤0,05), e maior proporção de ancestralidade africana sub-saárica do que EF (0,128±0,222 X 0,07±0,174, p≤0,05) e NF (0,128±0,222 X 0,085±0,178, p≤0,05). NF informaram maior número de anos de escola do que FA (11,2±3,7 X 8,9±3,8; p≤0,001). FA foram menos comuns na Classe econômica A (30%) e mais comuns na Classe B (56,8%). Em análise multivariada, apenas menor número de anos escolares e menor classe econômica estiveram associados com chances maiores para FA. O uso de marcadores de genética molecular para caracterizar o background étnico confirmou que diferenças socioeconômicas são os principais determinantes de maiores taxas de tabagismo entre negros no Brasil.

Análise acústica das sílabas tônicas em Apurinã (Aruák)

Este trabalho investiga os correlatos acústicos das sílabas proeminentes, doravante acento na língua Apurinã, levando-se em consideração as hipóteses de Facundes, 2000 e Brandão, 2010. A pesquisa investiga correlatos como F0, intensidade e duração de vogais em sílabas acentuadas, com acento secundário e sem acento, para verificar, a partir de análises estatísticas, qual deles é o mais relevante correlato associado ao acento na língua. O trabalho está dividido em três partes: 1) a introdução onde se aborda aspectos do povo, da língua e se faz uma abordagem da metodologia e dos teóricos que serão utilizados na análise; 2) uma breve abordagem sobre o acento descrito por Facundes (2000) e a aplicação da teoria métrica do acento de Hayes (1995); 3) a análise acústica com os resultados do teste estatístico, e conclusão e a lista de palavras utilizadas na pesquisa.

Allelic frequencies and statistical data obtained from 12 codis STR loci in an admixed population of the Brazilian Amazon

The allelic frequencies of 12 short tandem repeat loci were obtained from a sample of 307 unrelated individuals living in Macapá, a city in the northern Amazon region, Brazil. These loci are the most commonly used in forensics and paternity testing. Based on the allele frequency obtained for the population of Macapá, we estimated an interethnic admixture for the three parental groups (European, Native American and African) of, respectively, 46%, 35% and 19%. Comparing these allele frequencies with those of other Brazilian populations and of the Iberian Peninsula population, no significant distances were observed. The interpopulation genetic distances (F_ST coefficients) to the present database ranged from F_ST = 0.0016 between Macapá and Belém to F_ST = 0.0036 between Macapá and the Iberian Peninsula.

Molecular analysis of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms and their relationship with the lewis erythrocytary phenotype in a human population of japanese-ancestry living in Tomé Açu, a town in the Brazilian Amazon

The Lewis blood group system involves two major antigens, Le^a and Le^b. Their antigenic determinants are not primary gene products but are synthesized by the transfer of sugar subunits to a precursory chain by a specific enzyme which is the product of the FUT3 gene (Lewis gene). The presence of three FUT3 gene single nucleotide polymorphisms (SNPs) (59T > G; 508G > A and 1067T > A) was related to the Lewis phenotype of erythrocytes from 185 individuals of Japanese ancestry living in the town of Tomé-Açu in the Brazilian Amazon region. This relationship was detected using a serological hemagglutination test and the Dot-ELISA assay along with the molecular technique PCR-RFLP. We found that the three SNPs investigated in this study only accounted for a proportion of the Lewis-negative phenotype of the erythrocytes.