On the determination of epsilon during discriminative GMM training

Discriminative training of Gaussian Mixture Models (GMMs) for speech or speaker recognition purposes is usually based on the gradient descent method, in which the iteration step-size, ε, uses to be defined experimentally. In this letter, we derive an equation to adaptively determine ε, by showing that the second-order Newton-Raphson iterative method to find roots of equations is equivalent to the gradient descent algorithm. © 2010 IEEE.

Análise isotópica do carbono em néctares de caju

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Discriminação de classes de cobertura vegetal utilizando técnicas de classificação digital de imagens de sensoriamento remoto

The aim of this work is to discriminate vegetation classes throught remote sensing images from the satellite CBERS-2, related to winter and summer seasons in the Campos Gerais region Paraná State, Brazil. The vegetation cover of the region presents different kinds of vegetations: summer and winter cultures, reforestation areas, natural areas and pasture. Supervised classification techniques like Maximum Likelihood Classifier (MLC) and Decision Tree were evaluated, considering a set of attributes from images, composed by bands of the CCD sensor (1, 2, 3, 4), vegetation indices (CTVI, DVI, GEMI, NDVI, SR, SAVI, TVI), mixture models (soil, shadow, vegetation) and the two first main components. The evaluation of the classifications accuracy was made using the classification error matrix and the kappa coefficient. It was defined a high discriminatory level during the classes definition, in order to allow separation of different kinds of winter and summer crops. The classification accuracy by decision tree was 94.5% and the kappa coefficient was 0.9389 for the scene 157/128. For the scene 158/127, the values were 88% and 0.8667, respectively. The classification accuracy by MLC was 84.86% and the kappa coefficient was 0.8099 for the scene 157/128. For the scene 158/127, the values were 77.90% and 0.7476, respectively. The results showed a better performance of the Decision Tree classifier than MLC, especially to the classes related to cultivated crops, indicating the use of the Decision Tree classifier to the vegetation cover mapping including different kinds of crops.

Robust Bayesian analysis of heavy-tailed stochastic volatility models using scale mixtures of normal distributions

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Robust linear mixed models with normal/independent distributions and Bayesian MCMC implementation

Linear mixed effects models have been widely used in analysis of data where responses are clustered around some random effects, so it is not reasonable to assume independence between observations in the same cluster. In most biological applications, it is assumed that the distributions of the random effects and of the residuals are Gaussian. This makes inferences vulnerable to the presence of outliers. Here, linear mixed effects models with normal/independent residual distributions for robust inferences are described. Specific distributions examined include univariate and multivariate versions of the Student-t, the slash and the contaminated normal. A Bayesian framework is adopted and Markov chain Monte Carlo is used to carry out the posterior analysis. The procedures are illustrated using birth weight data on rats in a texicological experiment. Results from the Gaussian and robust models are contrasted, and it is shown how the implementation can be used for outlier detection. The thick-tailed distributions provide an appealing robust alternative to the Gaussian process in linear mixed models, and they are easily implemented using data augmentation and MCMC techniques.

Influência do tipo de parto na hematologia do cordão umbilical de cães

O sangue do cordão umbilical humano tem sido crescentemente utilizado como fonte de células-tronco. Os modelos experimentais de células-tronco da medula óssea, em cães, têm propiciado informações importantes para transplantes medulares em humanos. Vários trabalhos citam a influência do tipo de parto nas características do sangue do cordão umbilical (SCU) humano. Entretanto, não existem relatos sobre a colheita do sangue do cordão umbilical de cães. O objetivo deste ensaio é avaliar a influência do tipo de parto na hematologia do cordão umbilical de cães. No presente protocolo experimental, foram estudados 54 fetos de cães, ao final da vida intra-uterina, provenientes de parto normal (n=24) e cesariana (n=30). A colheita de sangue do cordão umbilical foi realizada com seringa de cinco mL contendo solução anticoagulante EDTA (1mg/1mL sangue). em seguida, a contagem global de hemácias, leucócitos, plaquetas, a determinação da concentração de hemoglobina, taxa de hematócrito, os índices eritrocitários foram realizados no contador automático de células. A contagem diferencial de leucócitos foi determinada em esfregaços de SCU corados com May-Grunwald-Giemsa (MGG). Com relação ao eritrograma e ao plaquetograma, não houve diferença significativa entre as amostras obtidas em cesarianas e partos normais. Os valores do leucograma do SCU colhido em partos normais foram superiores àqueles obtidos em cesarianas (P<0,05). Portanto, o tipo de parto influencia os valores hematológicos do cordão umbilical de cães.

A mixture theory based method for three-dimensional modeling of reinforce concrete members with embedded crack finite elements

The paper presents a methodology to model three-dimensional reinforced concrete members by means of embedded discontinuity elements based on the Continuum Strong Discontinuous Approach (CSDA). Mixture theory concepts are used to model reinforced concrete as a 31) composite material constituted of concrete with long fibers (rebars) bundles oriented in different directions embedded in it. The effects of the rebars are modeled by phenomenological constitutive models devised to reproduce the axial non-linear behavior, as well as the bond-slip and dowel action. The paper presents the constitutive models assumed for the components and the compatibility conditions chosen to constitute the composite. Numerical analyses of existing experimental reinforced concrete members are presented, illustrating the applicability of the proposed methodology.

Animal models for clinical and gestational diabetes: maternal and fetal outcomes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo de simulação de modelos lineares mistos com distribuição normal contaminada no melhoramento genético animal

Objetivou-se com esse trabalho comparar estimativas de componentes de variâncias obtidas por meio de modelos lineares mistos Gaussianos e Robustos, via Amostrador de Gibbs, em dados simulados. Foram simulados 50 arquivos de dados com 1.000 animais cada um, distribuídos em cinco gerações, em dois níveis de efeito fixo e três valores fenotípicos distintos para uma característica hipotética, com diferentes níveis de contaminação. Exceto para os dados sem contaminação, quando os modelos foram iguais, o modelo Robusto apresentou melhores estimativas da variância residual. As estimativas de herdabilidade foram semelhantes em todos os modelos, mas as análises de regressão mostraram que os valores genéticos preditos com uso do modelo Robusto foram mais próximos dos valores genéticos verdadeiros. Esses resultados sugerem que o modelo linear normal contaminado oferece uma alternativa flexível para estimação robusta em melhoramento genético animal.

A discrepância de tamanho dentário, de Bolton, na oclusão normal e nos diferentes tipos de más oclusões, bem como sua relação com a forma de arco e o posicionamento dentário

Esta pesquisa teve como objetivo geral avaliar a discrepância de tamanho dentário, na oclusão normal e nos diferentes tipos de más oclusões e a sua relação com as medidas que determinam a forma de arco e o posicionamento dentário na região anterior. Para tanto, foram estudados 185 pares de modelos de gesso, divididos em 4 grupos: Grupo 1 (composto por 41 pares com Oclusão Normal, sendo 20 do gênero masculino e 21 do gênero feminino); Grupo 2 (composto por 44 pares com má oclusão de Classe I, divisão 1, sendo 22 do gênero masculino e 22 do gênero feminino); Grupo 3 (composto por 54 pares com má oclusão de Classe II, sendo 28 do gênero masculino e 26 do gênero feminino) e Grupo 4 (composto por 46 pares com Classe III, sendo 23 do gênero masculino e 23 do gênero feminino). Observou-se que não ocorreu dimorfismo sexual entre as discrepâncias de tamanho dentário e os diferentes tipos de oclusão dentária; as proporções estabelecidas por Bolton não se aplicaram ao grupo com Oclusão Normal; na Oclusão Normal, Classe I, Classe II e Classe III, houve um predomínio de excesso dentário total (RAZ12) no arco inferior; na Classe I houve uma igualdade na distribuição de excesso dentário anterior (RAZ6) nos arcos superior e inferior; na Oclusão Normal, Classe II e Classe III, ocorreu um predomínio de excesso dentário anterior (RAZ6) no arco inferior, em relação ao arco superior; os excessos dentários não contribuíram na ocorrência das más oclusões e as discrepâncias total e anterior (RAZ12 e RAZ6) não interferiram diretamente nas larguras e comprimentos dos arcos, bem como no posicionamento dos dentes anteriores.

A Generalized Log-Normal Model for Grouped Survival Data

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

In Vivo Models for Measuring Placental Glutatione-S-transferase (GST-P 7-7) Levels: A Suitable Biomarker for Understanding Cancer Pathogenesis

The Glutatione-S-transferases (GSTs) comprise a family of enzymes closely associated with the cell detoxification of xenobiotics. GSTs exist as homo- or heterodimers and have been grouped into at least seven distinct classes. The main function of GSTs is to catalyze the conjugation of reduced glutathione (GSH) to an electrophilic site of a broad range of potentially toxic and carcinogenic compounds, thereby making such compounds less dangerous and enabling their ready-excretion. Placental GST, known as GST-P 7-7, is the main isoform found in normal placental tissue and comprises 67% of the total GST concentration in this tissue. During development, GST-P 7-7 decreases in concentration and is absent in adult tissues. Interestingly, GST-P 7-7 expression has been detected in adult tissues after exposure to carcinogenic agents in several experimental test systems, being considered a reliable biomarker of exposure and susceptibility in early phases of carcinogenesis. In this article, we review a series of studies involving GST-P 7-7 expression as a suitable tool for understanding cancer pathogenesis, especially cancer risk.

Comments about some species abundance patterns: classic, neutral, and niche partitioning models

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Comparison between the complete Bayesian method and empirical Bayesian method for ARCH models using Brazilian financial time series

In this work we compared the estimates of the parameters of ARCH models using a complete Bayesian method and an empirical Bayesian method in which we adopted a non-informative prior distribution and informative prior distribution, respectively. We also considered a reparameterization of those models in order to map the space of the parameters into real space. This procedure permits choosing prior normal distributions for the transformed parameters. The posterior summaries were obtained using Monte Carlo Markov chain methods (MCMC). The methodology was evaluated by considering the Telebras series from the Brazilian financial market. The results show that the two methods are able to adjust ARCH models with different numbers of parameters. The empirical Bayesian method provided a more parsimonious model to the data and better adjustment than the complete Bayesian method.

Methods to verify parameter equality in nonlinear regression models

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)