Mapeamento cromossômico comparativo em peixes ciclícos utilizando sequências repetitivas de DNA

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Development of a scar marker for Pierce's Disease strains of Xylella fastidiosa

O objetivo deste trabalho foi desenvolver um oligonucleotídeo iniciador para reação em cadeia da polimerase (PCR) específico para as estirpes de Xylella fastidiosa que causam o mal de Pierce (PD) em videira (Vitis vinifera). Amplificações de DNA de 23 diferentes hospedeiros, usando o conjunto de oligonucleotídeos REP1-R (5'-IIIICGICGIATCCIGGC-3') e REP 2 (5'-ICGICTTATCI GGCCTAC-3') utilizando o programa: 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 45 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/5 min, produziu um fragmento de 630 pb que diferenciou as estirpes de videiras dos demais. Entretanto, padrões de bandeamento REP não são considerados confiáveis para detecção devido ao par de oligonucleotídeos REP 1 e REP 2 corresponderem a seqüências repetitivas encontradas por todo o genoma bacteriano. Desse modo, o produto amplificado de 630 pb foi eluído do gel de agarose, purificado e seqüenciado. A informação da seqüência nucleotídica foi usada para identificar e sintetizar um oligonucleotídeo específico para o isolado de X. fastidiosa causadora do mal de Pierce denominado Xf-1 (5'-CGGGGGTGTAGGAGGGGTTGT-3'), que foi utilizado juntamente com o oligonucleotídeo REP-2 nas condições 94 ºC/2 min; 35 X (94 ºC/1 min, 62 ºC/1 min; 72 ºC/1 min and 30 s) 72 ºC/10 min. Os DNAs das estirpes de X. fastidiosa de outros hospedeiros [amêndoa (Prumus amygdalus), citros (Citrus spp.), café (Coffea arabica), olmo (Ulmus americana), amora (Morus rubra), carvalho (Quercus rubra), vinca (Catharantus roseus), ameixa (Prunus salicina) e ragweed (Ambrosia artemisiifolia)] e de bactérias Gram negativas e positivas foram submetidos a amplificação com o conjunto de oligonucleotídeos Xf-1/REP 2. Um fragmento, de aproximadamente 350 pb, foi amplificado apenas com o DNA de X. fastidiosa isolada de videira.

Variabilidade genética em isolados de Curtobacterium flaccumfaciens

A cultura do feijoeiro está sujeita à incidência de várias doenças que acarretam perdas significativas na produção, dentre as quais encontra-se a murcha-de-curtobacterium ou murcha bacteriana, causada por Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff). Atualmente a murcha-de-curtobacterium tem se constituído em um novo problema para a cultura do feijoeiro em várias regiões brasileiras. A resistência genética tem sido o meio mais eficiente no controle da doença, porém a possibilidade da existência de variabilidade genética presente em isolados de Cff, pode ser uma conseqüência maléfica ao melhoramento visando a obtenção de cultivares de feijoeiro resistentes, especialmente na estabilidade e durabilidade da resistência. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo o estudo da variabilidade genética de 26 isolados de Curtobacterium flaccumfaciens, 20 dos quais provenientes de feijoeiro (Cff), coletados em diferentes regiões do Brasil, quatro provenientes de coleções internacionais (Cff) e dois endofíticos de citros (C. flaccumfaciens). Foram utilizados dois pares de oligonucleotídeos, CffFOR2-CffREV4 e CF4-CF5, avaliando-se na especificidade em reação de PCR, para a caracterização dos 26 isolados. No estudo da variabilidade genética, utilizou-se da técnica rep-PCR e os iniciadores REP, ERIC e BOX. A partir do padrão eletroforético gerado pela amplificação dessas seqüências repetitivas no DNA genômico dos 26 isolados bacterianos, foram realizadas análises pertinentes (UPGMA SM) e obtenção de um dendograma. Considerando-se um índice de similaridade de 75%, os isolados foram distribuídos em quatro grupos distintos. Os isolados de Cff provenientes do Paraná e DF foram separados em grupos diferentes, enquanto que isolados endofíticos de citros não formaram um grupamento distinto dos de feijoeiro. Os isolados procedentes do Estados de São Paulo mostraram-se geneticamente heterogêneos, alguns se agruparam com o isolado de USA, Santa Catarina e de citros, enquanto outros agruparam-se com isolados provenientes da França e Paraná. A avaliação da especificidade dos dois pares de oligonucleotídeos, mostrou que os oligonucleotídeos CffFOR2-CffREV4 detectaram todos os 26 isolados. Os oligonucleotídeos CF4-CF5 apresentaram menor especificidade não detectando dois isolados de Cff de feijoeiro (2928) e (2936) e os isolados endofíticos de citros. Portanto como ferramenta para detecção de Cff em feijoeiro os oligonucleotídeos CffFOR2-CffREV4 revelaram ser os mais indicados.

Estudo da organização estrutural de elementos repetitivos isolados do genoma de Leporinus elongatus em diferentes espécies da família Anostomidae (Teleostei, Characiformes)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Pesquisa de Micobacterium Leprae e outras microbactérias em Tatus Selvagens

Pós-graduação em Doenças Tropicais - FMB

Organização cromossômica de elementos repetitivos de DNA em representantes da sufamília Scarabaeinae (Coleoptera: Scarabaeidae)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Cytogenetic analysis of the neotropical spider Nephilengys cruentata (Araneomorphae, tetragnathidae): standard staining, NORs, C-bands and base-specific fluorochromes

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Diversidade de Phytophthora parasitica isolados de Citrus usando seqüências de nucleotídeos da região ITS-5.8S rDNA

Realizou-se estudo para caracterização e verificação da diversidade genética de Phytophthora parasitica, agente causador da gomose dos citros. Quatorze isolados de Phytophthora parasitica, provenientes do Estado de São Paulo, foram seqüenciados a partir das regiões internas transcritas (ITS1 e ITS2) do gene 5.8S. Obtiveram-se seqüências de 812 pb a 860 pb que foram comparadas com seqüências de outras espécies de Phytophthora spp depositadas no NCBI. Foram feitos estudos filogenéticos, utilizando-se o método neighbor-joining com 1000 bootstrap e construído o dendrograma mais representativo. Obtiveram-se os resultados de 98,88% a 100% de similaridade genética entre os 14 isolados paulistas, e 99,5% a 98,8% entre estes e a seqüência de P. nicotianae (gi| 8927482) obtida do GenBank NCBI.

Formação de classes ordinais após a aprendizagem de seqüências independentes

A aquisição de relações ordinais entre estímulos arbitrários é uma importante habilidade comportamental, requisito para a aprendizagem de comportamentos acadêmicos, especialmente a alfabetização. O propósito deste estudo foi investigar o efeito do ensino de seqüências de dois termos com sobreposição na emergência de relações ordinais com mais de dois estímulos. A sobreposição ocorre quando o último estímulo em uma seqüência de dois estímulos é o primeiro de outra seqüência (e.g., S1 -> S2 e S2 ->S3, onde S2 é o estímulo sobreposto). Nas Etapas 1 e 2 de um experimento conduzido com cinco estudantes do ensino fundamental foram ensinadas seqüências de dois termos com os cinco estímulos de um conjunto A (A1 -> A2, A2 -> A3, A3 -> A4, A4 ->A5) e os cinco de um conjunto B (B1 -> B2, B2 ->B3, B3 -> B4, B4 -> B5). Estabelecida essa linha de base, foram conduzidos testes da emergência de relações ordinais com três, quatro e cinco termos dos conjuntos A e B, separadamente. A Etapa 3 avaliou se estímulos das seqüências ensinadas eram mutuamente substituíveis, com base na mesma função ordinal (primeiro, secundo, etc.). Os estudantes compuseram as relações ordinais ensinadas e apresentaram relações ordinais emergentes com estímulos dos conjuntos A e B, separadamente. Três estudantes também realizaram a substituição mútua entre estímulos dos conjuntos A e B na Etapa 3. Esses resultados sugerem a formação de cinco classes de estímulos (A1B1, A2B2, etc.), cada uma consistindo de estímulos que ocuparam a mesma função ordinal em diferentes seqüências. Os resultados têm implicações para a análise de comportamento simbólico complexo. Merecem consideração, também, aspectos metodológicos que favoreceram a aprendizagem relacional e a emergência de comportamento novo.

Estratigrafia de seqüências das formações Taciba e Rio Bonito (Membro Triunfo) na região de Mafra/SC, leste da Bacia do Paraná

The Taciba and Rio Bonito (lower Triunfo Mbr) formations are divided into six depositional sequences based on cores, gamma-ray and electrical logs from shallow drillings from northern Santa Catarina State, Each sequence is formed by two systems tracts, a lower one, sandy (lowstand) and an upper one, shaly (highstand). The Taciba Formation has three sequences, S 0 to S 0 sequence S 0 has a thick turbidite sandstone at the base (Rio Segredo Member) that pinches out towards the eastern margin and even disappears in the Mafra outcrop area. Sequence S 1 varies from a thin fluvial-estuarine system to a thick turbidite sandstone of a channelized fan system; S 1 upper shaly system tract is marine in well PP-11, and it is glacially-influenced in well PP-10. Sequence S 2 is a thick sand-stone body of shallow marine origin, but restricted to one well (PP-11); its upper shaly tract is dominated by massive siltstones intercalated with thin, distal tempestites. The lower Triunfo Member (or Taciba-Triunfo transition) begins with the arrival of deltaic clastics of sequence S 3 lower tract, coarsening-up from medial- to proximal delta front sandstones. Sequence S 4 is quite similar to S 3, both showing sand-stone progradation from north to south, as opposed to the southwest-sourced transgressive diamictites. Sequence S 5 consists of fluvial deposits at well PP-12, and two transgressive cycles from wells PP-11 to PP-9, each one of them composed of fluvial-estuarine to marine systems. Well PP-10 is an exception, where the lower cycle presents deglaciation to marine deposits.

Ciclos e seqüências deposicionais das formações Rio da Batateira e Santana (Andar Alagoas), Bacia do Araripe, Brasil

The Rio da Batateira e Santana formations, the latter with Crato, Ipubi and Romualdo members (Alagoas Stage, Aptian), were studied in four cored and logged wells from the eastern portion of Araripe Basin, Northeastern Brazil. The investigated section is 230 m-thick, and PS-14 well is the most representative, because it is the only one which sampled the evaporites of Ipubi Member. Nine facies cycles were identified, being formed by siliciclastics (estuarine, deltaic and lacustrine), mixed lithologies (lacustrine), carbonates, black shales and marls (lacustrine), and gypsum-anhydrite (lacustrine evaporite). The ordering of facies cycles furnished six depositional sequences. They were formed by siliciclastic, regressive-transgressive R-T cycles (S1 and S4, corresponding to Rio da Batateira Formation and to Santana Formation/Romualdo Member), by siliciclastics and carbonates, R-T cycles (S2, S3.1 and S3.2, corresponding to Crato Member), and by siliciclastic-carbonate, R-T cycles followed by evaporitic cycles (S3.3, referred to Ipubi Member). The last cycles correspond to concentration-dilution, C-D cycles of marine brines, which precipitated gypsum in the restricted lacustrine basin.

Estratigrafia de seqüências das formações Serra Alta, Teresina e Rio do Rasto (permiano, Bacia do Paraná) na porção nordeste do Paraná e centro-sul de São Paulo

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE

Análise filogenética da subfamília Callichthyinae (Teleostei: Siluriformes: Callichthyidae) com base em seqüências de DNA nuclear e mitocondrial

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análises moleculares na subfamília hypoptopomatinae (Siluriformes, Loricariidae): isolamento, caracterização e mapeamento cromossômico de sequências repetitivas

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estratigrafia das seqüências deposicionais do grupo Guatá, borda leste da Bacia do Paraná

Pós-graduação em Geologia Regional - IGCE