Effect of Spray Tips and Mix Deposition on Common Water Hyacinth Growing with Varied Population Arrangements of Salvinia and Water Lettuce

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

A machine learning approach for genome-wide prediction of morbid and druggable human genes based on systems-level data

Background: The genome-wide identification of both morbid genes, i.e., those genes whose mutations cause hereditary human diseases, and druggable genes, i.e., genes coding for proteins whose modulation by small molecules elicits phenotypic effects, requires experimental approaches that are time-consuming and laborious. Thus, a computational approach which could accurately predict such genes on a genome-wide scale would be invaluable for accelerating the pace of discovery of causal relationships between genes and diseases as well as the determination of druggability of gene products.Results: In this paper we propose a machine learning-based computational approach to predict morbid and druggable genes on a genome-wide scale. For this purpose, we constructed a decision tree-based meta-classifier and trained it on datasets containing, for each morbid and druggable gene, network topological features, tissue expression profile and subcellular localization data as learning attributes. This meta-classifier correctly recovered 65% of known morbid genes with a precision of 66% and correctly recovered 78% of known druggable genes with a precision of 75%. It was than used to assign morbidity and druggability scores to genes not known to be morbid and druggable and we showed a good match between these scores and literature data. Finally, we generated decision trees by training the J48 algorithm on the morbidity and druggability datasets to discover cellular rules for morbidity and druggability and, among the rules, we found that the number of regulating transcription factors and plasma membrane localization are the most important factors to morbidity and druggability, respectively.Conclusions: We were able to demonstrate that network topological features along with tissue expression profile and subcellular localization can reliably predict human morbid and druggable genes on a genome-wide scale. Moreover, by constructing decision trees based on these data, we could discover cellular rules governing morbidity and druggability.

Relationship between global structural parameters and Enzyme Commission hierarchy: Implications for function prediction

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

The Brazilian Seismographic Integrated Systems (BRASIS): Infrastructure and data management

In geophysics and seismology, raw data need to be processed to generate useful information that can be turned into knowledge by researchers. The number of sensors that are acquiring raw data is increasing rapidly. Without good data management systems, more time can be spent in querying and preparing datasets for analyses than in acquiring raw data. Also, a lot of good quality data acquired at great effort can be lost forever if they are not correctly stored. Local and international cooperation will probably be reduced, and a lot of data will never become scientific knowledge. For this reason, the Seismological Laboratory of the Institute of Astronomy, Geophysics and Atmospheric Sciences at the University of São Paulo (IAG-USP) has concentrated fully on its data management system. This report describes the efforts of the IAG-USP to set up a seismology data management system to facilitate local and international cooperation. © 2011 by the Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia. All rights reserved.

A New Miniature Characid (Ostariophysi: Characiformes: Characidae), with Phylogenetic Position Inferred from Morphological and Molecular Data

Erythrocharax altipinnis is described from the Serra do Cachimbo, Pará, Brazil. The new taxon is distinguished from all of the Characidae genera by having the pelvic bones firmly attached through the isquiatic processes; a nearly triangular hiatus in the musculature covering the anterior chamber of the swim bladder between the first and second pleural ribs (pseudotympanum); the pedunculate, notably expanded and distally compressed teeth in both jaws; circumorbital series represented by antorbital and four infraorbital bones with laterosensory canals not enclosed; a single tooth row in the premaxillary with the teeth perfectly aligned and similar in shape and cusp number; the first three branched dorsal-fin rays distinctly elongate in males; a bright red adipose and caudal fins in life; a conspicuous dark midlateral stripe extending from the opercle to the tip of the median caudal-fin rays; and by the absence of a humeral spot. The phylogenetic position of the new taxon is discussed using morphological and molecular datasets, with conflicting results of both approaches discussed. Additionally, a summarized discussion on the current problems in the Characidae taxonomy is presented and the principal biases in the morphological dataset are also discussed. © 2013 Netto-Ferreira et al.

Spirituality: Do teachers and students hold the same opinion?

Background:  Few studies have investigated potential differences between the opinions of educators and undergraduates regarding spirituality in patient care. Understanding these differences, could lead to better strategies for educational proposes. Purpose:  To compare the opinions of medical teachers (MTs) and medical students (MSs) regarding spirituality training in a Brazilian medical school. Methods:  A cross-sectional study was conducted. MTs and MSs filled out a questionnaire containing the Duke Religion Index, and questions regarding spirituality in clinical practice and at medical school. A comparison between early-curriculum MSs, late curriculum MSs and MTs was carried out. Chi-square (categorical) and Mann-Whitney (continuous/ordinal) tests were used. Results:  A total of 475 MSs and 44 MTs were evaluated. Results showed that MSs did not address spirituality as frequently as MTs (p<0.001), and that most participants did not feel prepared to address this issue, and believe that Brazilian medical schools are not giving all the required information in this field. Nevertheless, they believe MSs should be prepared to discuss these issues. Late-curriculum MSs believed that spirituality plays a more positive role in patient health (p=0.027), and were more prone to address this issue than early-curriculum MSs (p=0.023). Conclusion:  These findings revealed some of the challenges faced by spirituality medical training in Brazil, and differences between MTs and MSs regarding this issue. Further studies are needed to replicate these findings in other countries. © Blackwell Publishing Ltd 2013.

Optimum contribution selection using differential evolution

Um programa baseado na técnica de evolução diferencial foi desenvolvido para a definição da contribuição genética ótima na seleção de candidatos a reprodução. A função- objetivo a ser otimizada foi composta pelo mérito genético esperado da futura progênie e pela coascendência média dos animais em reprodução. Conjuntos de dados reais e simulados de populações com gerações sobrepostas foram usados para validar e testar o desempenho do programa desenvolvido. O programa se mostrou computacionalmente eficiente e viável para ser aplicado na prática e as consequências esperadas de sua aplicação, em comparação a procedimentos empíricos de controle da endogamia e/ou com a seleção baseada apenas no valor genético esperado, seriam a melhora da resposta genética futura e limitação mais efetiva da taxa de endogamia.

Nutrição mineral de mudas de eucalipto produzidas sob diferentes lâminas de irrigação e substratos

Este trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos das lâminas brutas de irrigação na concentração de nutrientes de mudas de Eucalyptus grandis, produzidas em diferentes substratos. O experimento foi realizado na Camará - Mudas Florestais, em Ibaté, SP, e constituiu-se de um fatorial 5 x 4, sendo cinco lâminas brutas de irrigação diárias (6, 8, 10, 12 e 14 mm), aplicadas em diferentes horários (10, 13 e 16 h), e quatro substratos (FB - fibra de coco; CPV - casca de pinus e vermiculita; CATV - casca de pinus, carvão, turfa e vermiculita; e um MIX - 70 % de CPV e 30 % de FB). Foram determinadas os conteúdos dos nutrientes na parte aérea e no sistema radicular das mudas. Os resultados indicaram que houve influência das lâminas de irrigação e dos substratos no conteúdo dos nutrientes das mudas com maior acúmulo dos mesmos à medida que o fornecimento de água foi maior. As plantas crescidas nos substratos FB e CPV registraram os maiores acúmulos de nutrientes. CPV foi o melhor em se tratando do acúmulo dos macronutrientes nas raízes e também, juntamente com FB, o melhor para o acúmulo dos micronutrientes nas raízes e na parte aérea. Não houve influência dos substratos no acúmulo dos macronutrientes na parte aérea, porém houve das lâminas de irrigação.

Dinâmica de transposição de herbicida através de palha de aveia-preta utilizando diferentes pontas de pulverização

A transposição da palha por herbicidas aplicados em pré ou pós-emergência durante a aplicação é determinante na sua eficiência, dinâmica e impacto ambiental. O experimento foi conduzido no Núcleo de Pesquisas Avançadas em Matologia - FCA/UNESP, campus de Botucatu-SP, tendo como objetivo avaliar o desempenho de diferentes modelos de pontas de pulverização na transposição em quantidades crescentes de palha de aveia-preta (Avena strigosa). Os tratamentos foram constituídos pelo monitoramento do traçador corante Azul Brilhante (FDC-1) a 3.000 ppm, pulverizado com as pontas de pulverização XR11002-VS, TJ60-11002VS, FL-5VS, DG11002-VS, TXVK-8, TT11002-VP e AI11002-VS, utilizando, respectivamente, as pressões de trabalho de 1,4; 2,0; 1,5; 2,0; 4,9; 3,0 e 3,0 kgf cm² e volume de calda de 200, 200, 428, 200, 213 e 270 L ha-1 sobre quantidades de 0, 1, 2, 4, 6, 8, 10 e 12 t ha-1 de palha de aveia-preta. O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado, com sete tratamentos e cinco repetições, as quais foram constituídas de caixas plásticas com palha acondicionada sobre um fundo falso de área conhecida, sendo este lavado após as aplicações, para posterior quantificação do traçador em espectrofotometria. O modelo de Mitscherlich simplificado (Y = 10 ^ (2 - (C*X))) mostrou ajuste satisfatório para os dados originais de traçador que transpôs a palha, apresentando coeficientes de determinação (R²) elevados, oscilando entre 0,9782 e 0,9971. Todos os modelos de pontas de pulverização mostraram-se similares na transposição da palha pelo traçador. As porcentagens médias de transposição foram de 43,00; 18,77; 3,73; 0,78; 0,17; 0,04 e 0,01% para as quantidades de 1, 2, 4, 6, 8, 10 e 12 t ha-1 de palha, respectivamente.

Análise de consistência de iogurte: correlação entre medida sensorial e instrumental

O efeito das variáveis independentes: soro desmineralizado em pó (0,0; 1,5 e 3,0 %), cultura láctica (1,0; 2,0 e 3,0 %) e temperatura de tratamento da mistura (85; 90 e 95°C) foi estudado nas respostas consistência sensorial e instrumental do iogurte. A metodologia de superfície de resposta foi usada para efetuar tratamentos estatísticos dos experimentos e desenvolver modelos matemáticos da relação entre as variáveis e as respostas. A consistência instrumental e sensorial apresentaram resultados semelhantes e correlacionáveis entre si, r = 0,65 (p < 0,01), ambas foram maiores quando aumentou-se a temperatura da mistura e diminuiu-se o teor de soro desmineralizado em pó.

A biologia em obras infantis de Monteiro Lobato: modulações literárias, científicas e culturais

A tessitura deste trabalho abarca os traços da Biologia presentes em duas obras infanto-juvenis de Monteiro Lobato. Os entendimentos acerca dos traços biológicos como evolução, seleção natural, tamanho, classificação e organização natural se hibridizam, mesclam-se a outros discursos e significados e apontam relações e significações que se dão entre os espaços - diferenças - dos múltiplos conhecimentos. Ao reconhecer que a Biologia participa dessa Literatura, construiu-se um olhar para seus significados que são (re)criados em relação às diferenças, não funcionando como decalque, cópia de um campo cultural único ou suposto como original. Ao migrar para o texto, os significados culturais desses traços biológicos expandem o campo da escritura por uma interrupção e um espaçamento. Investigaram-se as relações de diferenças que se estabelecem entre Literatura e Biologia, e a intensidade das narrativas que trazem traços de crenças, valores, interesses políticos no discurso científico, e que são arrastados para a Literatura, num trajeto híbrido e nômade.

Eletrocardiografia em cães anestesiados com cetamina-s ou cetamina

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Desempenho de um motor de trator agrícola em bancada dinamométrica com biodiesel de óleo de frango e misturas binárias com óleo diesel

O Brasil, terceiro maior produtor de biodiesel do mundo e terceiro maior produtor mundial de frango, pode incrementar, na sua matriz energética, o uso de óleo oriundo de aves como alternativa aos combustíveis fósseis e à redução da dependência do óleo de soja para esse fim. O país dispõe de mais de 350 milhões de litros de óleo de frango por ano. Considerando a aplicação dos combustíveis alternativos para os motores a diesel, em máquinas agrícolas, o trabalho teve por objetivo avaliar o desempenho do motor de um trator agrícola de 53kW acoplado pela TDP em bancada dinamométrica, operando com biodiesel metílico de óleo de frango e misturas com óleo diesel, sendo: B5 (testemunha), B20, B40, B60, B80 e B100. Avaliaram-se a potência, o torque, a reserva de torque, o consumo de combustível, o consumo de energia e a eficiência térmica do motor. O ensaio foi instalado com delineamento inteiramente casualizado (DIC) em esquema fatorial com seis tratamentos. Os resultados foram submetidos à análise de variância e as médias ajustadas por equações de regressão. Foram observadas perdas na geração de potência e torque, aumento no consumo de combustível, redução do consumo energético e melhoria na eficiência térmica do motor, de acordo com o aumento da proporção de biodiesel na mistura.

Employing 2D Projections for Fast Visual Exploration of Large Fiber Tracking Data

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Optimization of yogurt production using demineralized whey

The effect of three independent fermentation variables: demineralized whey powder (0.0; 1.5 and 3.0%), lactic culture concentration (1.0; 2.0 and 3.0%) and mix treatment temperature (85; 90 and 95°C) was studied. Fermentation time to reach pH 4.3, instrumental consistency and appearance, visual consistency and taste of the product were evaluated. Product consistency increased as mix treatment temperature increased and demineralized whey powder decreased. The powder had a stronger influence on instrumental consistency than did temperature. Appearance was better when whey powder was used at 1.4 to 1.6%. Visual consistency decreased as whey powder increased but addition of demineralized whey powder did not negatively affect yogurt flavor.