48 resultados para UPGMA

em Repositório Institucional UNESP - Universidade Estadual Paulista "Julio de Mesquita Filho"


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Objetivou-se neste trabalho a obtenção de padrões de infestação de plantas daninhas na cultura de cana-de-açúcar com histórico de colheita mecanizada sem queima prévia da palha. Foram realizadas amostragens em 28 talhões na região de Ribeirão Preto, SP; em cada talhão foram demarcadas unidades de avaliação e coleta, na proporção de duas por hectare, que consistiram de áreas (quatro linhas de 4 metros de comprimento) mantidas sem controle de plantas daninhas e onde foram realizadas as amostragens de plantas emergidas. As amostragens foram realizadas aos 120 dias após o corte, com quadrados vazados (0,5 x 0,5 m) lançados aleatoriamente duas vezes em cada uma das unidades de avaliação e coleta. Com os dados obtidos, calculou-se a importância relativa e o índice de agregação das espécies ou grupo de espécies. Esses índices foram usados no processamento da análise de agrupamento hierárquica, utilizando como medida de semelhança a distância euclidiana e como estratégia de agrupamento o método UPGMA (Unweighted Pair-Group Method using arithmetic Averages). Foi possível distinguir quatro grupos em função da importância relativa e cinco grupos de talhões em função do índice de agregação; dentro de alguns grupos houve formação de subgrupos.

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Pertencente à família Lauraceae, o abacateiro compreende três raças hortícolas: antilhana, guatemalense e mexicana. Os marcadores moleculares são uma ferramenta rápida e eficaz para estudos genômicos, uma vez que detectam o polimorfismo diretamente ao nível do DNA e não sofrem qualquer tipo de influência ambiental. Com base nesse polimorfismo, é possível fazer inferências sobre as relações entre o genótipo e o fenótipo dos indivíduos, o que, em última análise, permite aumentar a eficiência dos programas de melhoramento. Diante o exposto, o objetivo foi investigar a diversidade genética entre sete variedades de abacate a partir de 5 lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Nas amostras de abacateiros avaliadas, encontrou-se um total de 18 alelos, com uma média de 3,6 alelos por lócus. O dendrograma gerado a partir de análise de agrupamento UPGMA agrupou, separadamente do resto dos genótipos, a cultivar Geada da raça Antilhana, possivelmente por esta variedade ser uma raça pura, e o restante foi agrupado em dois grandes grupos das raças, a Guatemalense e a Mexicana. Os genótipos das sete variedades de abacate apresentam diversidade genética nos cinco lócus de marcadores moleculares microssatélites (SSR) avaliados, o que indica que são materiais promissores para utilização em futuros programas de melhoramento.

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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A new rot caused by a binucleate Rhizoctonia sp. affecting the tuberous root cortex of the domesticated yacon (Smallanthus sonchifolius) has been observed in Brazil. Isolates of a binucleate Rhizoctonia sp. were collected from roots with rot symptoms and characterized by the number of nuclei per cell, hyphal anastomosis, RAPD molecular markers, ITS-5.8S rDNA sequence and pathogenicity tests. All isolates had a mean of 1.9-2.2 nuclei per cell and anastomosed with the binucleate Rhizoctonia sp. AG G-tester strain. RAPD analysis was carried out between 11 isolates recovered from yacon and 11 AG (A, Ba, Bb, Bo, C, D, F, G, O, P, Q) standard testers of binucleate Rhizoctonia sp. Genetic similarities of 94.8-100% were observed among isolates of the binucleate Rhizoctonia sp. from yacon and all isolates were genetically more closely related to the AG G tester than other strains according to UPGMA analysis using RAPD markers. Homologies of complete ITS nucleotide sequences were 100% between binucleate isolates of Rhizoctonia sp. from yacon and the AG G tester. According to pathogenicity tests, the isolates caused typical rot symptoms of yacon tubers 90 days after inoculation.

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A cultura do feijoeiro está sujeita à incidência de várias doenças que acarretam perdas significativas na produção, dentre as quais encontra-se a murcha-de-curtobacterium ou murcha bacteriana, causada por Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff). Atualmente a murcha-de-curtobacterium tem se constituído em um novo problema para a cultura do feijoeiro em várias regiões brasileiras. A resistência genética tem sido o meio mais eficiente no controle da doença, porém a possibilidade da existência de variabilidade genética presente em isolados de Cff, pode ser uma conseqüência maléfica ao melhoramento visando a obtenção de cultivares de feijoeiro resistentes, especialmente na estabilidade e durabilidade da resistência. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo o estudo da variabilidade genética de 26 isolados de Curtobacterium flaccumfaciens, 20 dos quais provenientes de feijoeiro (Cff), coletados em diferentes regiões do Brasil, quatro provenientes de coleções internacionais (Cff) e dois endofíticos de citros (C. flaccumfaciens). Foram utilizados dois pares de oligonucleotídeos, CffFOR2-CffREV4 e CF4-CF5, avaliando-se na especificidade em reação de PCR, para a caracterização dos 26 isolados. No estudo da variabilidade genética, utilizou-se da técnica rep-PCR e os iniciadores REP, ERIC e BOX. A partir do padrão eletroforético gerado pela amplificação dessas seqüências repetitivas no DNA genômico dos 26 isolados bacterianos, foram realizadas análises pertinentes (UPGMA SM) e obtenção de um dendograma. Considerando-se um índice de similaridade de 75%, os isolados foram distribuídos em quatro grupos distintos. Os isolados de Cff provenientes do Paraná e DF foram separados em grupos diferentes, enquanto que isolados endofíticos de citros não formaram um grupamento distinto dos de feijoeiro. Os isolados procedentes do Estados de São Paulo mostraram-se geneticamente heterogêneos, alguns se agruparam com o isolado de USA, Santa Catarina e de citros, enquanto outros agruparam-se com isolados provenientes da França e Paraná. A avaliação da especificidade dos dois pares de oligonucleotídeos, mostrou que os oligonucleotídeos CffFOR2-CffREV4 detectaram todos os 26 isolados. Os oligonucleotídeos CF4-CF5 apresentaram menor especificidade não detectando dois isolados de Cff de feijoeiro (2928) e (2936) e os isolados endofíticos de citros. Portanto como ferramenta para detecção de Cff em feijoeiro os oligonucleotídeos CffFOR2-CffREV4 revelaram ser os mais indicados.

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Various molecular systems are available for epidemiological, genetic, evolutionary, taxonomic and systematic studies of innumerable fungal infections, especially those caused by the opportunistic pathogen C. albicans. A total of 75 independent oral isolates were selected in order to compare Multilocus Enzyme Electrophoresis (MLEE), Electrophoretic Karyotyping (EK) and Microsatellite Markers (Simple Sequence Repeats - SSRs), in their abilities to differentiate and group C. albicans isolates (discriminatory power), and also, to evaluate the concordance and similarity of the groups of strains determined by cluster analysis for each fingerprinting method. Isoenzyme typing was performed using eleven enzyme systems: Adh, Sdh, M1p, Mdh, Idh, Gdh, G6pdh, Asd, Cat, Po, and Lap (data previously published). The EK method consisted of chromosomal DNA separation by pulsed-field gel electrophoresis using a CHEF system. The microsatellite markers were investigated by PCR using three polymorphic loci: EF3, CDC3, and HIS3. Dendrograms were generated by the SAHN method and UPGMA algorithm based on similarity matrices (S(SM)). The discriminatory power of the three methods was over 95%, however a paired analysis among them showed a parity of 19.7-22.4% in the identification of strains. Weak correlation was also observed among the genetic similarity matrices (S(SM)(MLEE) x S(SM)(EK) x S(SM)(SSRs)). Clustering analyses showed a mean of 9 +/- 12.4 isolates per cluster (3.8 +/- 8 isolates/taxon) for MLEE, 6.2 +/- 4.9 isolates per cluster (4 +/- 4.5 isolates/taxon) for SSRs, and 4.1 +/- 2.3 isolates per cluster (2.6 +/- 2.3 isolates/taxon) for EK. A total of 45 (13%), 39(11.2%), 5 (1.4%) and 3 (0.9%) clusters pairs from 347 showed similarity (Si) of 0.1-10%, 10.1-20%, 20.1-30% and 30.1-40%, respectively. Clinical and molecular epidemiological correlation involving the opportunistic pathogen C. albicans may be attributed dependently of each method of genotyping (i.e., MLEE, EK, and SSRs) supplemented with similarity and grouping analysis. Therefore, the use of genotyping systems that give results which offer minimum disparity, or the combination of the results of these systems, can provide greater security and consistency in the determination of strains and their genetic relationships. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

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O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes técnicas multivariadas na caracterização de 35 genótipos de gergelim mediante 769 marcadores RAPD. As distâncias genéticas foram obtidas pelo complemento aritmético do coeficiente de Jaccard e agrupadas pelos métodos hierárquicos do vizinho mais próximo, do vizinho mais distante, das médias aritméticas não ponderadas (UPGMA), do método de otimização de Tocher e análises de coordenadas principais. O agrupamento dos genótipos foi alterado em função dos diferentes métodos usados. Adotando-se a mesma distância genética (0,36) como valor de corte, diferenciaram-se quatro grupos no método do vizinho mais próximo, 13 para o vizinho mais distante, 11 no UPGMA e quatro no Tocher. Entre os métodos hierárquicos, o UPGMA apresentou o melhor ajuste das distâncias originais e estimadas (CCC = 0,89). As análises das coordenadas principais confirmaram a baixa diversidade existente entre os genótipos. A maior divergência ocorreu entre as cultivares Seridó 1 e Arawaca 4, e a menor, entre os genótipos VCR-101 e GP-3314. As três primeiras coordenadas principais contabilizaram 35,13% do total da variabilidade, e 18 autovalores foram necessários para explicar 81% da variação genética. Os métodos UPGMA, de otimização de Tocher, e as análises de coordenadas principais são complementares na formação dos grupos.

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Espécies do gênero Psidium, como goiabeira e araçazeiros, são economicamente importantes e têm como área de diversidade genética primária o Brasil. Foram determinadas as relações genéticas, com base no marcador AFLP, para acessos do Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de Psidium da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Semiárido, para orientar trabalhos de melhoramento e de manejo de recursos genéticos do gênero. Foram analisados 88 acessos, sendo 64 de goiabeira e 24 de araçazeiros, coletados em dez Estados brasileiros, adotando-se para agrupamento o dendrograma UPGMA, considerando a matriz de similaridade do coeficiente de Jaccard de 149 bandas polimórficas de AFLP de 16 combinações dos iniciadores EcoRI e MseI. A análise da variância de dados moleculares foi realizada considerando a variação entre e dentro das populações de goiabeira dos dez Estados. O dendrograma apresentou boa definição, com coeficiente de correlação cofenética de 0,94. Foram observados dois grandes grupos: um formado por acessos de goiabeira e outro com acessos de araçazeiros, com inclusão de alguns acessos de goiabeira. Foram observados agrupamentos específicos no dendograma apenas para os indivíduos de goiabeira coletados em Goiás e Roraima. Os acessos estudados apresentaram similaridade variando de 28 a 98%, evidenciando a alta variabilidade genética dos mesmos. A variação entre acessos foi estimada em 0,16 (ΦST), indicando diferenciação genética moderada entre as populações de goiabeira dos dez Estados. Para aumentar a variabilidade genética do BAG estudado, sugere-se a coleta de um número maior de acessos nos Estados de Goiás e Roraima, dado o alto índice de similaridade entre os acessos provenientes destes Estados, bem como coletas amplas em outros Estados brasileiros. Sugerem-se ainda cruzamentos entre os poucos acessos de goiabeira posicionados no grupo dos araçazeiros para o desenvolvimento de híbridos interespecificos no gênero Psidium.

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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

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Flavonoid compounds were analyzed in ripe fruit pulp of ten species of Coffea, including two cultivars of C. arabica and two of C. canephora. Three coefficients of similarity: Simple-Matching, Jaccard and Ochiai and three different clustering methods, Single Linkage, Complete Linkage and Unweighted Pair Group, Using Arithmetic Averages (UPGMA), were used to analyze the data.Jaccard and Ochiai's coefficients of association showed a more coherent result, when compared with taxonomic and hybridization studies. Inclusion of Psilanthopsis kapakata in the genus Coffea, as C. kapakata, is justified by the similarity of this species with other studied species, and clusters clearly approximate the species C. arabica and C. eugenioides. The latter is one of the possible parents of the allotetraploid species C. arabica, C. congensis is the only species whose position remains ambiguous, probably due to the fact that the plants of this species that were introduced into the Campinas collections, were hybrids and not typical of C. congensis.

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Random amplified polymorphic DNA molecular marker was utilized as a means of analyzing genetic variability in seven bat species: Molossus molossus, M. rufus, Eumops glaucinus, E. perotis, Myotis nigricans, Eptesicus furinalis, and Artibeus planirostris. The determination of genetic diversity was based on 741 bands produced by a 20-random primer set. Only eight bands were considered monomorphic to one species. The greatest number of bands and the most polymorphic condition were exhibited by M. molossus, followed by M. nigricans, A. planirostris, E. furinalis, E. glaucinus, M. rufus, and E. perotis. Nei's genetic diversity index in the seven species considering the 20 primers was not greater than 0.22, but some primers were capable of detecting values between 0.39 and 0.49. Nei's unbiased genetic distance values and the UPGMA clustering pattern show that M. molossus and M. rufus have a close genetic relationship, unlike that observed between E. perotis and E. glaucinus. The latter was clustered with A. planirostris and E. furinalis. The low values for genetic diversity and distance observed indicate a genetic conservatism in the seven species. The fluorescent in situ hybridization experiments did not confirm a monomorphic condition for the eight bands identified, demonstrating that the monomorphic bands obtained by random amplified polymorphic DNA are insufficient for the identification of bat species.

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Thirteen species of Coffea were studied for five enzymes systems, including alpha and beta esterase, alkaline phosphatase, acid phosphatase, malate dehydrogenase and acid dehydrogenase. Three coefficients of similarity: Simple Matching, Jaccard and Ochiai and three different clustering methods: Single Linkage, Complete Linkage and Unweighted Pair Group, using Arithmetic Averages (UPGMA) were used to analyse the data.The phylogenetic relationships among the twelve diploid species and between them and the tetraploid species C. arabica showed that similarity among species of the same subsection is not always greater than among species of different subsections. In addition, although there are several similarity groups in common, established by isoenzymatic polymorphism, morphological characteristics, chemical data, crossability and geographic distribution, there is no common trend among the phylogenetic relationships as indicated by all these different evaluating procedures.

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The PCR-based technique, involving the random amplification of polymorphic DNA (RAPD), was optimized and used for assessing genomic variability among eight Thiobacillus ferrooxidans strains. RAPD fingerprints presented variation for the thirty primers used, giving a total of 269 polymorphic bands. Similarity coefficients between the strains were calculated, and UPGMA cluster analysis was used to generate a dendrogram showing relationships among them. Most primers divided T. ferrooxidans strains in two distinct groups - Group 1: S, SSP, V3, AMF and Group 2: CMV, FG-460, I-35, LR. We observed that the T. ferrooxidans strains used in this work have a high degree of genomic diversity and that RAPD is a powerful method to differentiate them.

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A simulation study was made of the effects of mixing two evolutionary forces (natural selection and random genetic drift), combined in a single data matrix of gene frequencies, on the resulting genetic distances among populations. Twenty-one, kinds of simulated gene frequencies surfaces, for 15 populations linearly distributed over geographic space, were used to construct 21 data matrices, combining different proportions of two types of surfaces (gradients and random surfaces). These matrices were analysed by Unweighted Pair-Group Method - Arithmetic Averages (UPGMA), clustering and Principal Coordinate Analysis. The results obtained show that ordination is more accurate than UPGMA in revealing the spatial patterns in the genetic distances, in comparison with results obtained using the Mantel test comparing directly genetic and geographic distances.

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Bark extracts of Stryphnodendron adstringens (Mart) Coville a Leguminosae species, well known in Brazil as barbatimao, are popularly used as healing agent. The objective of this work was to determine the genetic diversity of S. adstringens populations and to correlate genetic distances to the production of tannins. S. adstringens accessions from populations found in Cerrado regions in the states of Goias, Minas Gerais and São Paulo were analyzed using the AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) technique. A total of 236 polymorphic bands were scored and higher proportion of genetic diversity was found inter populations (70.9%), rather than intra populations (29.1%). F-ST value was found to be significantly greater than zero (0.2906), demonstrating the complex genetic structure of S. adstringens populations. Accessions collected in Cristalina, GO, showed higher percentage of polymorphic loci (87.3%) and the highest genetic diversity. The lowest genetic variability was detected among accessions from the population growing in Caldas Novas, GO. The genetic distance among populations was estimated using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA), which grouped populations into 3 clusters. Moreover, chemotypes with tannin concentration above 40% showed higher genetic similarity. AFLP analysis proved to be an efficient gene mapping technique to determine the genetic diversity among remaining populations of S. adstringens. Obtained results may be employed to implement further strategies for the conservation of this medicinal plant. (C) 2011 Elsevier Ltd. All rights reserved.