Venomics of the Australian eastern brown snake (Pseudonaja textilis): detection of new venom proteins and splicing variants

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Splice variants of the human ZC3H14 gene generate multiple isoforms of a zinc finger polyadenosine RNA binding protein

The human ZC3H14 gene encodes an evolutionarily conserved Cys(3)His zinc finger protein that binds specifically to polyadenosine RNA and is thus postulated to modulate post-transcriptional gene expression. Expressed sequence tag (EST) data predicts multiple splice variants of both human and mouse ZC3H14. Analysis of ZC3H14 expression in both human cell lines and mouse tissues confirms the presence of multiple alternatively spliced transcripts. Although all of these transcripts encode protein isoforms that contain the conserved C-terminal zinc finger domain, suggesting that they could all bind to polyadenosine RNA, they differ in other functionally important domains. Most of the alternative transcripts encode closely related proteins (termed isoforms 1, 2. 3, and 3short) that differ primarily in the inclusion of three small exons, 9, 10, and 11, resulting in predicted protein isoforms ranging from 82 to 64 kDa. Each of these closely related isoforms contains predicted classical nuclear localization signals (cNLS) within exons 7 and 11. Consistent with the presence of these putative nuclear targeting signals, these ZC3H14 isoforms are all localized to the nucleus. In contrast, an additional transcript encodes a smaller protein (34 kDa) with an alternative first exon (isoform, 4). Consistent with the absence of the predicted cNLS motifs located in exons 7 and 11, ZC3H14 isoform 4 is localized to the cytoplasm. Both EST data and experimental data suggest that this variant is enriched in testes and brain. Using an antibody that detects endogenous ZC3H14 isoforms 1-3 reveals localization of these isoforms to nuclear speckles. These speckles co-localize with the splicing factor, SC35, suggesting a role for nuclear ZC3H14 in mRNA processing. Taken together, these results demonstrate that multiple transcripts encoding several ZC3H14 isoforms exist in vivo. Both nuclear and cytoplasmic ZC3H14 isoforms could have distinct effects on gene expression mediated by the common Cys(3)His zinc finger polyadenosine RNA binding domain. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.

First detection of the equine herpesvirus 1 neuropathogenic variant in Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

PRP8 intein in Ajellomycetaceae family pathogens: Sequence analysis, splicing evaluation and homing endonuclease activity

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular epidemiology of virulent Rhodococcus equi from foals in Brazil: virulence plasmids of 85-kb type I, 87-kb type I, and a new variant, 87-kb type III

We investigated the prevalence of virulent Rhodococcus equi in clinical isolates from 41 foals (19 sporadic and seven endemic cases) in Brazil between 1991 and 2003. of the 41 virulent isolates, six contained an 85-kb type I plasmid, 33 contained an 87-kb type I plasmid, both of which have been found in isolates from the Americas, and the remaining two contained a new variant, which did not display the EcoRI, EcoT221 and BamHI digestion patterns of the 11 representative plasmids already reported (85-kb types I-IV; 87-kb types I and II; 90-kb types I-V). We tentatively designated the new variant as the '87-kb type III' plasmid, because its BamHI digestion pattern is similar to that of the 87-kb type I plasmid. This is the first report of the molecular epidemiology surveillance of virulent R. equi in clinical isolates from Brazilian foals. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Spliceosomal Proteomics in Trypanosoma brucei Reveal New RNA Splicing Factors

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Application of a serum/protein-free medium for the growth of mammalian cell lines and high level production of classical, variant and very virulent strain of infectious bursal disease virus (IBDV)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

First defection of the equine herpesvirus 1 neuropathogenic variant in Brazil

This report describes the first detection of an equine herpesvirus 1 (EHV-1) neuropathogenic variant (G 2254/D 752) in Brazil from a case of fatal equine herpesvirus myeloencephalopathy (EHM) in a mare. The results of nucleotide sequencing of the EHV-1 ORF30 gene showed that two other Brazilian EHV-1 isolates from EHM cases are representatives of the non-neuropathogenic variant (A 2254/N 752), suggesting that other unidentified factors are probably also involved in the neuropathogenicity of EHV-1 in horses. These findings will contribute to the epidemiological knowledge of EHV-1 infection in Brazil.

Reação de trans-splicing in vitro utilizando extrato nuclear livre de células e sequencia parcial de alfa tubulina de Trypanosoma cruzi

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise dos genes GL1 E PTCH1 em indivíduos com anomalias craniofaciais de linha média, olho e face

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Padronização da reação de trans-splicing in vitro em tripanosomas utilizando a técnica de RT-PCR

Pós-graduação em Biotecnologia - IQ

Efeito da infecção pelo vírus da febre amarela no mecanismo de splicing celular

Pós-graduação em Microbiologia - IBILCE

Impacto das mutações somáticas pontuais em regiões reguladoras de Splicing em linhagens tumorais de mama

O evento de splicing alternativo tem como resultado a geração de diversos produtos a partir do precursor do RNA mensageiro de um único gene, sendo o responsável, assim, pelo aumento da variedade de transcritos e proteínas existentes em uma célula. Estima-se que cerca de 90% dos genes humanos estejam sujeitos a este tipo de processamento. O funcionamento adequado do processo de splicing depende do reconhecimento correto dos limites entre trechos intrônicos e exônicos pela maquinaria enzimática, que se dá através do reconhecimento de diversos sinais, como os sítios de splicing 3’ e 5’, o trato de polipirimidina, a seqüência “branch”, e pequenas seqüências presentes em exons e introns, próximas aos sítios de splicing, que promovem ou inibem a inclusão de trechos na fita de RNA madura. É fato comprovado por diversos estudos que mutações nas seqüências sinalizadoras de splicing podem modificar o padrão de processamento de um gene. Acreditase que variações genéticas individuais possam modificar a suceptibilidade a diversas doenças, entre elas o câncer, que trata-se, atualmente, da doença que mais gera óbitos no mundo (13% do total). Recentemente, Sjoblom et al. (2006) e Wood et al. (2007) mapearam mutações não silenciosas encontradas em 1718 genes em linhagens de câncer de mama e colorretal. Neste trabalho, investigamos os efeitos dessas mutações somáticas presentes em câncer no padrão de splicing celular. Para tanto, nos focamos nas 201 mutações encontradas em quatro linhagens de câncer de mama (HCC1954, HCC1599, HCC1143 e HCC2157). A partir dos dados obtidos pela técnica de “Exon Array” (Affymetrix) e do mapeamento das mutações, foi realizada uma seleção dos genes aonde haviam mutações e eventos de splicing alternativos específicos a somente uma das linhagens celular, e cuja distância... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)