Isolation and characterization of a satellite DNA family in Achirus lineatus (Teleostei : Pleuronectiformes : Achiridae)

Agarose gels stained with Ethidium bromide and Southern blot experiments of HindIII-digested genomic DNA of Achirus lineatus evidenced the presence of monomers and multimers of a DNA segment of about 200 bp, named here Al-HindIII sequence. No signals were observed in Southern blot experiments with genomic DNA of other flatfish species. The DNA sequencing of four recombinant clones showed that Al-HindIII sequences had 204 bp and were 63.72% AT-rich. FISH experiments using a Al-HindIII sequence as probe showed bright signals in the centromeric position of all chromosomes of A. lineatus.

Microsatellite loci isolation from river buffalo using enriched partial genomic libraries

The extensive use of buffalo in agriculture, especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Brazil presents the largest water buffalo populations in the New World, with 1 1 million heads including swamp and river types. To design rational breeding strategies for optimum utilization and conservation of available genetic variability in the Brazilian buffalo's population, it is essential to understand their genetic architecture and relationship among various breeds. This depends, in part, on the knowledge of their genetic structure based on molecular markers like microsatellites. In the present study, we developed six enriched partial genomic libraries for river buffalo using selective hybridization methods. Genomic DNA was hybridized with six different arrays of repeat motif, 5' biotinylated - (CA)(15), (CT)(15), (AGG)(8), (GAAA)(8), (GATA)(8), (AAAAC)(8) - and bound to streptavidin coated beads. The cloning process generated a total of 1920 recombinant clones. Up to date, 487 were directly sequenced for the presence of repeats, from which 13 have been positive for presence of repeats as follows: 9 for di-nucleotide repeats, 3 for tri-nucleotide repeats and 1 for tetra-nucleotide repeat. PCR primer pairs for the isolated microsatellites are under construction to determine optimum annealing temperature. These microsatellites will be useful for studies involving phylogenetic relationships, genome mapping and genetic diversity analysis within buffalo populations worldwide.

Isolamento e caracterização de microssatélites em Búfalo de rio (Bubulus bubalis) a partir da construção de bibliotecas genômicas parciais com hibridização seletiva

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Optimal Conditions for Biomass and Recombinant Glycerol Kinase Production Using the Yeast Pichia pastoris

The extracellular glycerol kinase gene from Saccharomyces cerevisiae (GUT]) was cloned into the expression vector pPICZ alpha. A and integrated into the genome of the methylotrophic yeast Pichia pastoris X-33. The presence of the GUT1 insert was confirmed by PCR analysis. Four clones were selected and the functionality of the recombinant enzyme was assayed. Among the tested clones, one exhibited glycerol kinase activity of 0.32 U/mL, with specific activity of 0.025 U/mg of protein. A medium optimized for maximum biomass production by recombinant Pichia pastoris in shaker cultures was initially explored, using 2.31 % (by volume) glycerol as the carbon source. Optimization was carried out by response surface methodology (RSM). In preliminary experiments, following a Plackett-Burman design, glycerol volume fraction (phi(Gly)) and growth time (t) were selected as the most important factors in biomass production. Therefore, subsequent experiments, carried out to optimize biomass production, followed a central composite rotatable design as a function of phi(Gly) and time. Glycerol volume fraction proved to have a significant positive linear effect on biomass production. Also, time was a significant factor (at linear positive and quadratic levels) in biomass production. Experimental data were well fitted by a convex surface representing a second order polynomial model, in which biomass is a function of both factors (R(2)=0.946). Yield and specific activity of glycerol kinase were mainly affected by the additions of glycerol and methanol to the medium. The optimized medium composition for enzyme production was: 1 % yeast extract, 1 % peptone, 100 mM potassium phosphate buffer, pH=6.0, 1.34 % yeast nitrogen base (YNB), 4.10(-5) % biotin, 1 %, methanol and 1 %, glycerol, reaching 0.89 U/mL of glycerol kinase activity and 14.55 g/L of total protein in the medium after 48 h of growth.

Recombinant expression of glycerol-3-phosphate dehydrogenase using the Pichia pastoris system

In the present study, the GPD2 gene from Saccharomyces cerevisiae, which codifies for the enzyme glycerol-3-phosphate dehydrogenase (GPDH), was cloned from the pPICZ-alpha expression vector and used with the purpose of inducing the extracellular expression of the glycerol-3-phosphate dehydrogenase under the control of the methanol-regulated AOX promoter. The presence of the GPD2 insert was confirmed by PCR analysis. Pichia pastoris X-33 (Mut(+)) was transformed with linearized plasmids by electroporation and transformants were selected on YPDS plates containing 100 mu g/mL of zeocin. Several clones were selected and the functionality of this enzyme obtained in a culture medium was assayed. Among the mutants tested, one exhibited 3.1 x 10(-2) U/mg of maximal activity. Maximal enzyme activity was achieved at 6 days of growth. Medium composition and pre-induction osmotic stress influenced protein production. Pre-induction osmotic stress (culturing cells in medium with either 0.35 M sodium chloride or 1.0 M sorbitol for 4h prior to induction) led to an increase in cell growth with sorbitol and resulted in a significant increase in GPDH productivity with sodium chloride in 24h of induction approximately fivefold greater than under standard conditions (without pre-induction). (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Leaf anatomy of rubber-tree clones

A seringueira é uma planta de fácil reconhecimento por ser lenhosa, de porte mediano a grande, que apresenta um padrão característico de desfolha e reenfolhamento e, sobretudo, pela produção de látex. O objetivo do trabalho foi efetuar um estudo anatômico e morfológico foliar, comparando os clones RRIM 600 e GT 1 de seringueira &91;Hevea brasiliensis (Wild. ex Adr. de Juss.) Muell.- Arg&93;, desenvolvidos sob as mesmas condições edáficas e climáticas, para obtenção de informações que possam fornecer subsídios para correlações com dados fisiológicos e também diferenciar os clones em relação ao conteúdo de fibras, espessamento de tecidos do parênquima paliçádico e do parênquima lacunoso, caracterização anatômica do pecíolo, número e tamanho de estômatos e fornecer dados referentes a morfologia foliolar. Foram realizadas secções transversais na região do mesófilo, nervura central e pecíolo, seguindo-se os métodos usuais de preparação de lâminas permanentes. Foram realizadas análises biométricas de extensões de tecidos dos parênquimas paliçádico e lacunoso e contagem do número de células do parênquima lacunoso. Paralelamente foram realizadas análises biométricas para aferições de estômatos. Não houve diferenças para a altura das células epidérmicas, altura e número de camadas do parênquima lacunoso e para o comprimento e para a maior largura do limbo foliolar. Porém houve variação para a espessura das células do parênquima paliçádico, sendo que GT 1 apresentou maior espessura em relação a RRIM 600. GT1 apresentou maior número de estômatos em relação a RRIM 600, porém com menor tamanho. GT1 apresentou maior diâmetro da nervura central da folha e do pecíolo e maior quantidade de fibras de esclerênquima que RRIM 600.

Respostas fisiológicas de diferentes clones de eucalipto sob diferentes regimes de irrigação

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Molecular analysis of the bacterial diversity in a specialized consortium for diesel oil degradation

Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI.

Consequências da deriva de clomazone e sulfentrazone em clones de E. grandis x E. urophylla

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Pegamento e crescimento inicial de enxertos do pessegueiro 'Aurora-1' em clones de umezeiro (Prunus mume Sieb. et Zucc.) e 'Okinawa' [Prunus persica (L.) Batsch] propagados por estacas herbáceas

O presente estudo teve por objetivo avaliar o pegamento e o crescimento inicial de enxertos do pessegueiro 'Aurora-1' em clones de umezeiro (Prunus mume Sieb. et Zucc.) e 'Okinawa' [Prunus persica (L.) Batsch] propagados por estacas herbáceas. Realizaram-se dois experimentos, adotando-se a enxertia de borbulhia por escudo (março) e borbulhia por escudo modificada (julho). Com os resultados obtidos, pode-se concluir que é viável a realização da enxertia do 'Aurora-1' nos Clones 05; 10 e 15 de umezeiro e no 'Okinawa', tanto em março quanto em julho, com as metodologias utilizadas. O 'Okinawa' induz crescimento mais rápido ao enxerto, de forma que o ponto máximo do comprimento é atingido em tempo menor.

Reação de clones de umezeiro (Prunus mume sieb. et zucc.) e cultivares de pessegueiro a Meloidogyne javanica (treub, 1885) Chitwood, 1949

Um amplo projeto de estudos sobre a utilização do umezeiro como porta-enxerto para pessegueiro está sendo desenvolvido na FCAV/UNESP, Câmpus de Jaboticabal-SP, devido, especialmente, às promissoras características para uso como redutor de vigor da copa e sua boa qualidade de frutos. Alguns trabalhos na literatura citam o umezeiro como resistente ao nematóide das galhas, entretanto dispõe-se de poucas informações. Neste trabalho, teve-se por objetivo estudar a reação de clones de umezeiro e cultivares de pessegueiro a Meloidogyne javanica. O experimento foi conduzido em casa de vegetação, com 6 tratamentos (Clones 05; 10 e 15 de umezeiro e as cultivares Okinawa, Aurora-1 e Dourado-1 de pessegueiro) e 9 repetições. As plantas foram mantidas em vasos de cerâmica contendo uma mistura de solo e areia (1:1, v/v), previamente autoclavada a 121ºC e 1kgf.cm-2 por 2 horas. Aos sessenta dias após o plantio, cada planta foi inoculada com 3.000 ovos e juvenis de segundo estádio de Meloidogyne javanica. Aos 100 dias após a inoculação, as plantas foram colhidas para avaliação da massa de matéria fresca do sistema radicular, número de galhas por sistema radicular, número de ovos e juvenis por 10 g de raízes, número de ovos e juvenis por sistema radicular e fator de reprodução. Verificou-se que todos os clones e cultivares de umezeiro e pessegueiro, respectivamente, mostraram-se resistentes a Meloidogyne javanica.

Resistência de clones de umezeiro e cultivares de pessegueiro a Meloidogyne incognita (nemata: Heteroderidae)

O presente estudo teve por objetivo avaliar a reação dos Clones 05; 10 e 15 de umezeiro (Prunus mume Sieb. et Zucc.) e das cultivares Okinawa, Aurora-1 e Dourado-1 de pessegueiro [Prunus persica (L.) Batsch] a Meloidogyne incognita (Kofoid and White) Chitwood, em condições de casa de vegetação. As plantas foram mantidas em vasos de cerâmica contendo uma mistura de solo e areia (1:1, v/v), previamente autoclavada a 121ºC e 1kgf.cm-2 por 2 horas. Aos 60 dias após o plantio, cada planta foi inoculada com 2.000 ovos e juvenis de segundo estádio de Meloidogyne incognita. O experimento foi conduzido em delineamento inteiramente casualizado, com 6 tratamentos (genótipos) e 9 repetições. Transcorridos 116 dias após a inoculação, as plantas foram colhidas para avaliação do sistema radicular. Foi possível verificar que o número de galhas por sistema radicular, o número de ovos e juvenis por 10g de raízes e por sistema radicular foi nulo ou praticamente nulo em todos os clones e nas cultivares estudadas, de forma que os respectivos fatores de reprodução foram todos inferiores a 1. Conclui-se que os Clones 05; 10 e 15 de umezeiro, assim como as cultivares Okinawa, Aurora-1 e Dourado-1 de pessegueiro são resistentes a Meloidogyne incognita.

Reação de variedades e clones de laranjas a Xylella fastidiosa

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Reação de clones de umezeiro (Prunus mume Sieb. et Zucc.) e cultivares de pessegueiro [Prunus persica (L.) Batsch] ao nematóide anelado Mesocriconema xenoplax (Nemata: Criconematidae)

Com o objetivo de avaliar a reação de clones de umezeiro (Prunus mume Sieb. et Zucc.) e cultivares de pessegueiro [Prunus persica (L.) Batsch] ao nematóide anelado Mesocriconema xenoplax (Raski) Loof & de Grise, realizou-se o presente estudo em casa de vegetação do Departamento de Fitossanidade da FCAV/UNESP, Câmpus de Jaboticabal-SP. As plantas foram mantidas em vasos de cerâmica com 6 litros de capacidade, contendo uma mistura de solo e areia (1:1, v/v), previamente autoclavada a 121°C e 1kgf.cm-2 por 2 horas. Cada planta foi inoculada com 10mL de uma suspensão de 200 M. xenoplax por mL. Com os resultados obtidos, após 105 dias da inoculação, pode-se concluir que os Clones 05; 10 e 15 de umezeiro e as cultivares Okinawa e Aurora-1 de pessegueiro são suscetíveis a M. xenoplax. A cultivar Aurora-1 apresentou maior Fator de Reprodução (93,06).

Construção de uma biblioteca de fragmentos de anticorpos monoclonais de galinhas com cadeia única (scFv) por phage display com reatividade cruzada para estirpes heterólogas do vírus da bronquite infecciosa aviária

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)